Umstritten in dieser Verordnung war auch der Auftrag an den Staatsschutzbeauftragten, nicht mehr benötigte Fichen zu vernichten. Linke Parlamentarier und auch Geschichtswissenschafter protestierten gegen diese Aktenvernichtung unter anderem mit dem Argument, dass damit die wissenschaftliche Erforschung der neueren Schweizer Geschichte erschwert oder gar verunmöglicht werde. Der Bundesrat hielt zwar grundsätzlich an seiner Meinung fest, dass es nicht sinnvoll sei, die Fichen zu archivieren. Da er aber ein Wissenschafterteam unter der Leitung des Basler Geschichtsprofessors Georg Kreis mit der Aufarbeitung der Entwicklung des schweizerischen Staatsschutzes beauftragt habe, werde über Ausmass und Zeitpunkt der Aktenvernichtung ohnehin erst später entschieden. Angesichts des grossen personellen Aufwands, den die Bearbeitung der mehr als 300'000 Einsichtsgesuche erfordert, wurden auch Stimmen laut, welche die Übung nach der Verschickung der Fichenkopien beenden möchten. Der Ständerat überwies in diesem Sinn ein Postulat Hunziker (fdp, AG), welches die Dossiers nur in speziellen Fällen (z.B. bei Schadenersatzklagen) zugänglich machen möchte. Nationalrat Eisenring (cvp, ZH) verlangte mit einem noch nicht behandelten Postulat, dass angesichts der geschätzten Kosten von rund 50 Mio Fr. sogar die Offenlegung der Fichen abgebrochen werden soll.