Le problème des débits minimums, point le plus controversé dans le domaine de l'énergie hydro-électrique en 1987, a connu un nouvel épisode puisque, par deux fois, le Conseil des Etats a refusé l'entrée en matière quant au projet d'arrêté fédéral visant à créer des dispositions transitoires.

En février, le Conseil fédéral a soumis aux chambres un message proposant d'instaurer un arrêté fédéral prévoyant une réserve aux futurs débits minimums. En vertu de l'article 24bis de la Constitution, la Confédération peut édicter des dipositions pour le maintien de débits minimaux. Il est prévu qu'elles figureront dans la loi révisée sur la protection des eaux. Mais comme il est probable qu'elles n'entreront pas en vigueur avant 1989, le gouvernement a proposé, en 1986 déjà, d'édicter des normes transitoires afin d'empêcher que des centrales hydrauliques en grand nombre n'obtiennent une concession avant l'entrée en vigueur de la loi. Les résultats de la procédure de consultation, sur ce projet d'arrêté, furent partagés.

Le Conseil des Etats, suivant en cela la proposition de la majorité de sa commission, a refusé d'entrer en matière sur le projet de l'exécutif. Les motifs invoqués par les adversaires – principalement les libéraux et les démocrates-chrétiens mais aussi quelques radicaux – sont identiques à ceux avancés lors de la procédure de consultation. Ce sont les représentants des sept cantons de montagne qui se sont montrés les plus virulents contre ce projet d'arrêté dans lequel ils voient une ingérence dans leur souveraineté. Parmi les partisans du programme du gouvernement figuraient notamment les socialistes, les écologistes, les indépendants ainsi que la majorité des radicaux et des agrariens. En revanche, le Conseil national a non seulement accepté l'entrée en matière mais, en plus, adopté la réglementation transitoire par 106 voix contre 16, néanmoins munie d'un compromis limitant dans le temps (1993) son application. Mais comme la chambre haute a maintenu son refus, ces dispositions transitoires ont été définitivement rayées de l'agenda politique. Seule la révision ordinaire de la loi sur la protection des eaux permettrait désormais au parlement de garantir des débits minimums.

Um zu verhindern, dass noch kurz vor dem Inkrafttreten des revidierten GSG eine grössere Anzahl Wasserkraftwerke ohne genügende Restwasserauflagen konzessioniert und auf diese Weise die vorgesehene Restwasserregelung unterlaufen werden könnte, beantragte der Bundesrat eine Übergangsregelung und legte im Februar die Botschaft zu einem Bundesbeschluss über den Vorbehalt künftiger Restwassermengen vor. Die in der Vernehmlassung geäusserte deutliche Ablehnung einer solchen vorsorglichen Regelung durch die Mehrheit der Kantone (darunter alle Bergkantone) wurde im Ständerat dadurch bestätigt, dass er mit grossem Mehr Nichteintreten auf die Vorlage beschloss. Demgegenüber sprach sich der Nationalrat unter Namensaufruf klar für eine provisorische Verfügung in der Restwasserfrage aus und stimmte einer inhaltlich modifizierten und zeitlich auf sechs Jahre befristeten Kompromisslösung mit 106 gegen 16 Stimmen zu. Doch die Vorlage scheiterte, da die kleine Kammer – auch in ihrer personell stark erneuerten Zusammensetzung – daran festhielt, ein Vorbehalt künftiger Restwassermengen präjudiziere auf unstatthafte Weise die ordentliche Gesetzgebung, und sich erneut für Nichteintreten entschied.