Suite à la décision prise en décembre 1994 par les autorités fédérales d'autoriser l'exploitation d'un hydravion et de deux aquaports sur le Léman, plusieurs associations de protection de l'environnement - dont la Fondation Helvetia Nostra présidée par Franz Weber - ont déposé un recours commun devant le Conseil fédéral. Estimant toutefois que cette procédure aurait peu de chances d'aboutir, Franz Weber a annoncé, peu après, le lancement de l'initiative populaire «Pas d'hydravions sur les lacs suisses!», au terme de laquelle l'utilisation des eaux publiques par ce type d'appareils est interdite, sauf en cas de détresse.

Lancée en avril 1995 par la Fondation Helvetia Nostra de Franz Weber, l'initiative populaire "Pas d'hydravions sur les lacs suisses" a été déposée à la Chancellerie fédérale, munie de 109'604 signatures.

Conformément à ce qui avait été annoncé par la presse en 1996, l'initiative populaire "Pas d'hydravion sur les lacs suisses" - lancée en avril 1995 par la Fondation Helvetia Nostra - a abouti avec 108'60 signatures valables. Peu de temps après, un second événement est venu hypothéquer le projet de mise en service de deux aérodromes pour hydravions sur le lac Léman: Le Conseil fédéral a en effet admis les recours déposés en 1994 par plusieurs organisations de protection de l'environnement. Le dossier a ainsi été renvoyé au DFTCE qui a été chargé de procéder à des études approfondies concernant l'impact de ces aquadromes sur la faune ornithologique avant de rendre une nouvelle décision en la matière.

Le Conseil fédéral a publié un message relatif à l'initiative populaire fédérale «Pas d'hydravions sur les lacs suisses!» déposée en 1996. L'exécutif recommande de rejeter l'initiative et propose, à titre de contre-projet, de modifier un article de la loi sur l'aviation. Dans son message, le Conseil fédéral rappelle qu'il n'y a en Suisse actuellement que trois hydravions immatriculés et qu'il n'existe dans tout le pays qu'un seul hydro-aérodrome (sur le lac de Zurich), dont l'exploitation n'a jamais donné lieu à aucune réclamation. L'exécutif ajoute que les décollages et atterrissages sur les eaux publiques sont déjà soumis à autorisation et que le droit actuel garantit la prise en compte des aspects écologiques. En outre, comme le canton touché doit donner son autorisation, la possibilité d'interdire les hydravions sur les lacs existe déjà. Pour ces raisons, le Conseil fédéral estime qu'une interdiction générale serait disproportionnée. Il propose, comme contre-projet, de modifier l'article 36 de la loi sur l'aviation, afin d'interdire la construction de tout nouvel hydro-aérodrome. Le seul hydro-aérodrome actuel, de Wangen-Lachen, pourrait néanmoins continuer à être exploité.

Le Conseil national s'est penché sur l'initiative populaire fédérale «Pas d'hydravions sur les lacs suisses!» lors de la session d’été. Le député Föhn (udc, SZ) s’opposait à l’entrée en matière; sa proposition a été rejetée par 99 voix contre 36. La majorité de la commission demanda de suivre le contre-projet indirect de l'exécutif qui proposait d’interdire la construction de tout nouvel hydroaérodrome. Un député Binder (udc, ZH) réclama que l'autorisation d'aménager un nouvel hydroaérodrome relève de la compétence des cantons. Sa proposition fut rejetée par 100 voix contre 42 en faveur de celle de Baumberger (pdc, ZH) qui stipule que le Conseil fédéral a seulement la possibilité de limiter le nombre d'hydroaérodromes (loi sur l’aviation). Cette proposition fut soutenue par les groupes radical, libéral et démocrate-chrétien. Le Conseil national a donc recommandé, par 88 voix contre 44, le rejet de l'initiative populaire. Une minorité de gauche demandait son acceptation, jugeant le contre-projet indirect trop faible. Le contre-projet, dans le vote sur l'ensemble, a été accepté par 73 voix contre 34 et 17 abstentions.

Au Conseil des Etats, les sénateurs se sont ralliés à la version du National alors qu’une minorité (PDC et PS) souhaitait que le Conseil fédéral limite expressément le nombre d’hydroaérodromes en Suisse. Cette proposition fut repoussée par 15 voix contre 14. Le contre-projet indirect de la grande Chambre a été approuvé à l’unanimité. Il fut accepté dans les votes finaux au National par 129 voix contre 36 et 24 abstentions, et par 42 voix contre 1 à la Chambre des cantons. La loi sur l’aviation modifiée fut approuvée par 171 voix contre 17 et 2 abstentions au Conseil national, et par 37 voix contre 1 au Conseil des Etats.