Mitte Oktober gab Bundespräsident Adolf Ogi (svp) bekannt, dass er auf Ende Jahr aus der Regierung zurücktreten werde. In seiner dreizehnjährigen Amtszeit hatte Ogi zuerst dem Verkehrs- und Energiewirtschaftsdepartement (heute UVEK) und dann dem Militärdepartement (heute VBS) vorgestanden. Seine spontane und volksnahe Art, seine Dialogbereitschaft und sein Kommunikationstalent, aber auch sein Wirken um eine Verbesserung des Bildes der Schweiz im Ausland wurden in Rückblicken allgemein gelobt. In kaum einem Medienkommentar fehlte der Ausdruck des Bedauerns über seinen Rücktritt.

Als mögliche Nachfolgekandidaten Ogis wurden von der Presse sofort die Ständeräte Christoffel Brändli (GR) und Samuel Schmid (BE), Nationalrat Ulrich Siegrist (AG) sowie die Zürcher Regierungsrätin Rita Fuhrer und ihr Thurgauer Amtskollege Roland Eberle genannt. Damit war auch das politische Spektrum der SVP einigermassen abgedeckt: Siegrist gilt als Exponent des liberalen Flügels, und Schmid hatte sich mehrmals als Kritiker einer nationalistischen und populistischen Parteilinie hervorgetan, Brändli wurde etwa in der Mitte der Partei eingeordnet und Eberle und Fuhrer galten vor allem wegen ihren Positionen in der Asylpolitik als Vertreter des rechten Parteiflügels. Siegrist verzichtete auf eine Kandidatur; die anderen vier wurden von ihren Kantonalsektionen nominiert. Eine Woche vor der Wahl stellte die SVP-Fraktion Fuhrer und Eberle als Kandidaten auf. Die nichtberücksichtigten Schmid und Brändli erklärten, dass sie trotz dieses Verdikts eine Wahl zum Bundesrat annehmen würden.

Die Grünen kündigten kurz nach Ogis Demission an, dass sie eine eigene Kandidatin aufstellen würden, was sie mit der Nominierung von Nationalrätin Cécile Bühlmann (LU) dann auch taten. Die SP versuchte vergeblich, die FDP und die CVP von der Opportunität eines Rauswurfs der SVP aus der Regierung zu überzeugen. Ihr Angebot, zu diesem Zweck eine freisinnige Kandidatur zu unterstützen, fand lediglich bei einigen Freisinnigen aus der Romandie Interesse. Der Versuch, die SVP aus dem BR abzuwählen, fand in der SP-Fraktion mit 29:5 Stimmen eine klare Mehrheit. Danach lancierten einzelne SP-Politiker die Idee, mit Ulrich Siegrist wenigstens einen möglichst weit vom politischen Kurs seiner Partei entfernten Vertreter der SVP zu wählen. Ganz zum Schluss der Kampagne versuchte die SP dann auch noch, den FDP-Präsidenten Franz Steinegger (UR) ins Spiel zu bringen. Die FDP und die CVP hatten zwar keine Lust, der SVP den Bundesratssitz zu entreissen; aber sie machten von Anfang an klar, dass sie niemanden unterstützen würden, der auf der radikalen aussenpolitischen Linie von Nationalrat Blocher und seiner Zürcher SVP politisiert. Da Eberle und auch Fuhrer sowohl beim UNO-Beitritt als auch bei der Frage der Bewaffnung von schweizerischen Armeekontingenten bei Friedenseinsätzen im Ausland eine von Blocher divergierende Meinung vertreten, waren für sie grundsätzlich alle vier SVP-Politiker wählbar. Beide Fraktionen verzichteten darauf, eine bestimmte Kandidatur zu unterstützen. Die Fraktion der Liberalen sprach sich für Schmid aus.

Am 6. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung Ogis Nachfolger. Im ersten Wahlgang erhielten von den offiziellen Kandidaten Fuhrer 54, die von den Grünen nominierte Bühlmann 53 und Eberle 16 Stimmen. Klar vor Eberle lagen die im Auswahlprozedere der nationalen SVP auf der Strecke gebliebenen Samuel Schmid und Christoffel Brändli sowie der von der SP trotz seines Verzichts ins Spiel gebrachte Ulrich Siegrist mit 50, 25 resp. 33 Stimmen. Bereits im zweiten Wahlgang schwenkte ein Teil der SP-Fraktion von Bühlmann zu Siegrist, welcher sich mit 55 Stimmen hinter Schmid (76) auf den zweiten Platz vorschob und dabei Rita Fuhrer (50) überholte. Diese Reihenfolge blieb in den folgenden Wahlgängen unverändert, wobei die Stimmen für die ausscheidenden Kandidierenden Brändli und Eberle zum grössten Teil Schmid zufielen. Samuel Schmid wurde im sechsten Wahlgang bei einem absoluten Mehr von 117 mit 121 Stimmen gewählt; auf Siegrist entfielen 83 und auf Fuhrer 28 Stimmen. Um Siegrist zu verhindern, hatte am Ende ein Teil der SVP-Fraktion von Fuhrer zu Schmid gewechselt. Die SVP war zwar etwas verärgert über das Scheitern ihrer beiden offiziellen Kandidaturen, Fraktionschef Frey (ZH) erklärte aber, auch mit Schmid als SVP-Vertreter im Bundesrat leben zu können. Im Anschluss an diese Entscheidung wurde Moritz Leuenberger (sp) mit 187 Stimmen zum Bundespräsidenten für das Jahr 2001 und Kaspar Villiger zu seinem Vize gewählt. Zu Rochaden bei der Departementsverteilung kam es nicht: Schmid trat auf den 1. Januar 2001 die Nachfolge von Ogi als Vorsteher des VBS an.