Die Folgen des Abstimmungsergebnisses zur Minarett-Initiative waren auch im eidgenössischen Parlament, wo eine Vielzahl von Vorstössen zu muslimischen Gemeinschaften in der Schweiz eingereicht wurde, zu beobachten. Bereits überwiesen wurden die Postulate Amacker-Amann (cvp, BL), Malama (fdp, BS) und Leuenberger (gp, GE), welche die Erarbeitung eines umfassenden Berichts, respektive die Zusammenstellung bestehender Studien zu Muslimen in der Schweiz forderten. Die beiden letztgenannten Initianten betonten dabei, sie hätten in der Diskussion zur Minarett-Initiative eine ausgewogene und differenzierte Informationsgrundlage über in der Schweiz lebende Musliminnen und Muslime vermisst.

In Erfüllung dreier nach Annahme der Minarett-Initiative überwiesener Postulate präsentierte der Bundesrat im Mai einen umfassenden Bericht zur Situation der Muslime in der Schweiz. Das 100 Seiten umfassende Dokument bietet sowohl eine Datengrundlage zur Präsenz von Muslimen in der Schweiz wie auch einen Überblick über Berührungspunkte und mögliche Spannungsfelder zwischen Staat und Religion sowie eine Auflistung wirksamer Massnahmen zur Verbesserung der Integrationsbemühungen. Laut Bericht leben zwischen 350'000 und 400'000 Muslime in der Schweiz, wovon ein Drittel über das Schweizer Bürgerrecht verfüge. Der Islam in der Schweiz sei geprägt von einer Vielzahl schwach vernetzter Gruppierungen, deren Mitglieder im Unterschied zu den Muslimen im restlichen Westeuropa grösstenteils aus der Türkei und dem Westbalkan stammen und somit aufgrund ihrer Herkunft eher mit der hiesigen Gesellschafts- und Rechtsordnung vertraut seien als Muslime arabischen oder asiatischen Ursprungs. Von den zwölf bis fünfzehn Prozent der Muslime, die ihren Glauben tatsächlich praktizieren, täten dies vier Fünftel ohne Kollision mit den in der Schweiz geltenden gesellschaftlichen Gepflogenheiten. Aufgrund dieser Befunde sah der Bundesrat keine Gefahr für die Entstehung sogenannter Parallelgesellschaften und verurteilte die teilweise undifferenzierte und oft verletzende negative Haltung gegenüber Muslimen im öffentlichen Diskurs und in den Medien. Die Ergebnisse der Studie würden nicht darauf hindeuten, dass Massnahmen zum Abbau religiöser Differenzen zu einer verbesserten Integration führen würden; vielmehr bedürfe es der Überwindung von Sprachbarrieren. Der Bundesrat erachtete die Postulate somit als erfüllt und beantragte dem Parlament deren Abschreibung.