In der Sommersession begann der Nationalrat als Zweitrat mit der Beratung des Bundesgesetzes über die Förderung der Hochschulen und die Koordination im Schweizerischen Hochschulbereich (HFKG). Nach dem Willen des Bundesrats soll das neue, auf Artikel 63a BV abgestützte Gesetz einheitliche Rahmenbedingungen schaffen, die Bund und Kantonen die Entwicklung eines gemeinsamen, wettbewerbsfähigen Hochschulraums (gebildet durch die kantonalen Universitäten, die eidgenössischen Technischen Hochschulen, die Fachhochschulen und die Pädagogischen Hochschulen) ermöglichen. Es soll das bestehende Universitätsförderungsgesetz (UFG) und das Fachhochschulgesetz ersetzen (nicht aber das ETH-Gesetz) und mit dem sich in Totalrevision befindlichen Forschungs- und Innovationsförderungsgesetz (FIFG) abgestimmt werden. Dazu soll erstens die Hochschulkonferenz als gemeinsames hochschulpolitisches Organ die gemeinsamen Steuerungsaufgaben von Bund und Kantonen im Hochschulbereich schweizweit koordinieren. Die Hochschulkonferenz tagt in zwei unterschiedlichen Besetzungen, einerseits als eine den Bund und alle Kantone umfassende Plenarversammlung, andererseits als Hochschulrat, in dem neben dem Bund die Trägerkantone von Universitäten, Fachhochschulen und pädagogischen Hochschulen vertreten sind. Zweitens sollen gemeinsame Rahmenbedingungen (vergleichbare Studienordnungen) und ein gemeinsames Akkreditierungssystem (Qualitätssicherung) geschaffen, drittens in kostenintensiven Bereichen eine Aufgabenteilung unter den verschiedenen Hochschulinstitutionen vorgesehen und viertens gemeinsame Grundsätze der Hochschulfinanzierung festgelegt werden. Neben einem Nichteintretensantrag Föhn (svp, SZ) hatte die Grosse Kammer auch über einen Minderheitsantrag des St. Galler SVP-Vertreters Theophil Pfister (darin wurden insbesondere die Vorbehalte des Schweizerischen Gewerbeverbands (SGV) zum HFKG ins Parlament eingebracht) zu befinden. Letzterer wollte das Geschäft mit der Auflage an den Bundesrat zurückweisen, die Fragen des Wettbewerbs, der Autonomie (Verhältnis subsidiäre Bundeskompetenz – kantonale beziehungsweise universitäre Autonomie) und des Bedarfs eingehender zu prüfen. Nach einer animierten Eintretensdebatte wurden – zweimal gegen den beinahe geschlossenen Widerstand der SVP-Fraktion – der Nichteintretensantrag Föhn mit 110 zu 51, der Rückweisungsantrag Pfister mit 95 zu 57 Stimmen abgelehnt.
Analog zum Ständerat stellte der Nationalrat die Koordination des Hochschulwesens unter gleichberechtigen Partnern (Bund und Kantone) und nicht dessen Planung in den Mittelpunkt des HFKG. Damit suchte auch der Zweitrat den Ausgleich zwischen der insbesondere von rechtsbürgerlichen Kreisen befürchteten Zentralisierung des Hochschulwesens und der vom Bundesrat angestrebten gesamtschweizerischen Strategie. Hatte der Ständerat dem Bund in den Zweckbestimmungen noch einen aktiven Part in der Koordination des Hochschulwesens zugewiesen, schwächte der Nationalrat den Passus ab. So sollte der Bund in Zusammenarbeit mit den Kantonen nur noch geeignete Rahmenbedingungen für den Wettbewerb unter den Hochschulen schaffen. Allfällige Investitionsbeiträge des Bundes an die Hochschulen wurden auf besonders kostenintensive Bereiche beschränkt. In der Differenzbereinigung hielt der Ständerat an seiner Version der Zweckbestimmungen fest. Mit einer aktiveren Rolle des Bundes in der Hochschulkoordination und seinem allgemeiner gehaltenen Finanzierungsgrundsatz befände sich die Version der Kleinen Kammer näher am Verfassungsartikel, wurde betont. Er beharrte auch auf seiner weit vorsichtigeren Annäherung an das Wettbewerbsprinzip und verteidigte hier den Grundsatz der Profilbildung. In seiner Differenzberatung schwenkte der Nationalrat schliesslich auf die Linie der kleinen Kammer um.
Der vom Ständerat gestützte Bundesratsentwurf strebte die Verankerung der grundlagenorientierten Universitäten und praxisorientierten Fachhochschulen als gleichwertige, sich in ihren Aufgaben ergänzende Institutionen der tertiären Bildung an. Minderheitsanträge aus dem bürgerlichen Lager des Nationalrats hingegen zielten auf die Betonung des Wettbewerbselements unter den Hochschulen und auf eine Schwächung der vom Bundesrat anvisierten und den übrigen Parteien gestützten strategischen Gesamtverantwortung des Bundes für einen international wettbewerbsfähigen Hochschulraum. Unter anderem mit dem Stichentscheid des Ratspräsidenten sprach sich das Grosse Ratsplenum für die Abschwächung der vorgesehenen Bundesregulierung aus. In der Differenzbereinigung hielt der Ständerat aber an seiner Version der Zweckbestimmung für das HFKG fest. Mit einer aktiveren Rolle des Bundes in der Hochschulkoordination und seinem allgemeiner gehaltenen Finanzierungsgrundsatz befände sich die Version der Kleinen Kammer näher am Verfassungsartikel, wurde betont. Diese beharrte auch auf ihrer weit vorsichtigeren Annäherung an das Wettbewerbsprinzip und verteidigte hier den Grundsatz der Profilbildung. Auch in diesem Punkt schloss sich der Nationalrat schliesslich dem Ständerat an.
Die künftige Organisationsform der Hochschulkonferenz (SHK) gab einiges zu reden. Nicht mehrheitsfähig war die Minderheit Peter Malama (fdp, BS), die neben dem Bundesrat und allen Kantonen auch vom Bundesrat zu bestimmende Vertreter aus der Arbeitswelt als stimmberechtigte Mitglieder in der Plenarversammlung vertreten wissen wollte. Angesichts der Referendumsdrohung des Gewerbeverbands und der Gewerkschaften wurde den Sozialpartnern aber eine beratende Rolle in den Gremien der Hochschulkonferenz zugestanden. Der Ständerat hatte dem Hochschulrat zusätzliche Kompetenzen zur Vereinheitlichung der Titelstrukturen gegeben, in Bezug auf die Kompetenzverteilung zwischen den beiden Tagungsformen der Hochschulkonferenz ansonsten aber keine materiellen Änderungen zum Bundesratsentwurf eingebaut. Auf Vorschlag der Kommissionsmehrheit nahm der Nationalrat dann aber eine gewichtige Kompetenzverschiebung von der Plenarversammlung an den kleineren Hochschulrat vor. So übertrug er die Verantwortung für die Festlegung von Hochschultypen und der kostenintensiven Bereiche sowie das Vorschlagsrecht für Studiengebühren von der Plenarversammlung an den Hochschulrat. Nachdem sich die beiden Kammern in der ersten Beratung der Differenzen zu keiner Einigung gefunden hatten, akzeptierte der Ständerat schliesslich die Position des Nationalrats.
In der Zulassungsregelung für die verschiedenen Hochschultypen hatte der Ständerat den schlanken, allgemeingültigen Bundesratsvorschlag verabschiedet. Dem Prinzip der Gleichwertigkeit und Gleichberechtigung folgend, war die Kompetenz zur Festlegung von Richtlinien und Grundsätzen für die Zulassung für alle Hochschultypen dem Hochschulrat zugewiesen worden. Zudem sollte dieser aber auch Grundsätze für das Studienangebot der Fachhochschulen beschliessen können, was der postulierten Gleichbehandlung aller Hochschultypen wiederum entgegenstand. Der Nationalrat entschied sich für eine differenzierte Gesetzgebung, indem er für die Universitäten, Pädagogischen Hochschulen und die Fachhochschulen je eigene Zulassungsbestimmungen formulierte und die Kompetenzen des Hochschulrats zurückband. Gleichzeitig korrigierte er aber den im Bundesratsentwurf vorgesehenen und vom Ständerat gutgeheissenen Einfluss des Hochschulrats allein auf das Studienangebot der Fachhochschulen und die Ausgestaltung ihrer Studiengänge und gab nur noch die Praxisorientierung ihres Studien- und Forschungsbetriebs vor. Zusätzlich zu den verschiedenen Maturitätsabschlüssen akzeptierte der Nationalrat eine sogenannt gleichwertige Vorbildung als Zulassungsvoraussetzung für Fachhochschulen. Daneben lehnte er es äusserst knapp, mit einer Stimme Unterschied ab, eine von den ehemaligen Konservatorien in den Diskurs eingebrachte Sonderregelung für die musischen und künstlerischen Fachhochschullehrgänge vorzusehen. Er war nicht bereit, für Absolventen dieser Studienrichtungen zwingend einen Masterstudiengang vorzuschreiben. Nachdem beide Räte bezüglich der Differenzierung der Zulassungsbestimmungen an ihren Positionen festgehalten hatten, schloss sich der Ständerat schliesslich der differenzierteren Auslegung des Nationalrat an.
Das im Ständerat gescheiterte Anliegen, die Akkreditierung einer (Fach-)hochschule an die Beschäftigungs- beziehungsweise Arbeitsmarktfähigkeit ihrer Absolventinnen und Absolventen zu binden, wurde im Nationalrat erneut diskutiert. Ein Minderheitsantrag Riklin (cvp, ZH) forderte die regelmässige Evaluation der Beschäftigungssituation der Absolventen durch ihre Hochschulen. Ein Minderheitsantrag Malama (fdp, BS) verlangte gar die subventions- beziehungsweise akkreditierungswirksame Überprüfung der Arbeitsmarktfähigkeit von Hochschulabgängern. Der Minderheitsantrag Riklin vermochte sich in der Variantenabstimmung gegen die Minderheit Malama, dann auch gegen die nur durch die BDP und Grünen klar unterstützte Kommissionsmehrheit durchzusetzen. Die SP und die FDP waren in der zweiten Abstimmung gespalten, wobei eine klare FDP-Mehrheit für die unterlegene Kommissionsmehrheit votierte, eine ebenso klare SP-Mehrheit den obsiegenden Minderheitsantrag Riklin unterstützte. In der Akkreditierungsfrage hielt der Ständerat in der Differenzbereinigung an seiner ablehnenden Haltung fest, worauf der Nationalrat das Ansinnen fallen liess.
Der vom Bundesrat vorgeschlagene Finanzierungsgrundsatz (der Bund trägt bei den Fachhochschulen knapp ein Drittel, bei den Universitäten ein Fünftel der Gesamtkosten) sowie der Modus zur Ermittlung des Finanzbedarfs waren auch im Zweitrat nicht umstritten. Zwei durch weitere SVP-Abgeordnete unterstützte Minderheitsanträge Pfister (svp, SG) zur Wahrung der Hochschulautonomie und zur Verteidigung der in dieser Lesart gefährdeten Budgethoheit des Parlaments (das Gesetz verlangt die zwingende Sicherstellung ausreichender Finanzmittel für die darin verankerten Aufgaben) waren chancenlos. Weitere Minderheitsanträge der SVP zu den im Entwurf festgehaltenen Grund- und Projektbeiträgen sowie den Bauinvestitions- und Nutzungsbeiträgen, mit denen sie konsequent ihr Autonomieanliegen einzubringen suchte, scheiterten. Links-Grün störte sich daran, dass der Ständerat die Ausbildungsqualität als Berechnungskriterium für die Referenzkosten der Lehre und damit die Bemessung der Grundbeiträge ergänzt hatte. Ein Minderheitsantrag auf Streichung des entsprechenden Absatzes wurde vom Ratsplenum jedoch deutlich abgelehnt.
Beim Bezeichnungs- und Titelschutz übernahm die Grosse Kammer eine Ergänzung des Ständerats, die festhält, dass die Entscheide des Akkreditierungsrats nicht angefochten werden können. Damit sollen langwierige Rechtsstreitigkeiten mit unseriösen privaten Bildungsanbietern vermieden werden. Ein Antrag Egger (cvp, AG), das Gesetz aufgrund der vielen Vorbehalte zu Zielsetzung und beabsichtigter wie unbeabsichtigter Wirkung auf acht Jahre zu befristen, wurde zurückgezogen, nachdem die Vorgaben zum verlangten Wirksamkeitsbericht detaillierter ausgestaltet worden waren.
Bundesgesetz über die Förderung der Hochschulen und die Koordination im schweizerischen Hochschulbereich