Im Rahmen des gemeinsamen Zusatzberichtes der SPK beider Räte zur Neuordnung der Beziehungen zwischen Regierung und Parlament im Rahmen der Totalrevision der Bundesverfassung schlug die Nationalratskommission die Einführung des in der Schweiz bisher nicht bekannten Misstrauensvotums gegen die Regierung vor. Sie beantragte, dass die Gesamterneuerungswahl für den Bundesrat nicht nur jeweils nach den Nationalratswahlen stattfinden soll, sondern auf Verlangen einer qualifizierten Mehrheit (drei Viertel der Mitglieder der Bundesversammlung) auch während einer Legislaturperiode.

Die Staatspolitischen Kommissionen (SPK) beider Parlamentskammern möchten die Totalrevision der Bundesverfassung nutzen, um auch die Beziehungen zwischen Regierung und Parlament teilweise neu zu ordnen. Ihr am 6. März verabschiedeter Zusatzbericht schlägt gewisse Kompetenzverschiebungen zugunsten der Bundesversammlung sowie einige Neuerungen bei der Organisation der parlamentarischen Arbeit vor. Die wohl bedeutendste der beantragten Kompetenzverschiebungen betrifft die Aussenpolitik. Hier soll in Zukunft nicht mehr die Regierung, sondern das Parlament die wichtigen Zielsetzungen beschliessen. Im weiteren soll die bereits bestehende Praxis, dass das Parlament über wichtige Bundesprojekte entscheiden und bei der allgemeinen politischen Planung mitwirken kann, verfassungsmässig abgesichert werden. Mehr Mitwirkungsrechte sieht der Entwurf auch beim Erlass von Verordnungen vor. Das Parlament soll das Recht erhalten, das vom Bundesrat dabei anzuwendende Verfahren gesetzlich vorzugeben. Verordnungen, die sich nicht auf Gesetze, sondern direkt auf den Verfassungsauftrag (Schutz der Landesinteressen sowie der inneren und äusseren Sicherheit) stützen, müssten gemäss Kommissionsentwurf nachträglich vom Parlament genehmigt werden. Als weitere Neuerung schlugen die Kommissionen vor, die in den beiden Räten nicht gleich gehandhabte Anwendung der verbindlichen Aufträge an den Bundesrat in der Form von Motionen zu klären. Bisher hatte der Bundesrat oft Motionen aus formellen Gründen als sogenannt unechte Motionen bekämpft, weil sie seine eigenen oder an ihn delegierte Kompetenzbereiche betrafen. Der Ständerat hatte für diese Fälle 1986 anstelle der Motion das Instrument der Empfehlung eingeführt, sich in der Praxis allerdings nicht immer daran gehalten. Neu soll nun – als Alternative oder als Ergänzung zur Motion – das neue Instrument des Auftrags geschaffen werden. Für den Kompetenzbereich des Parlaments wäre ein derartiger Auftrag wie die bisherigen Motionen verbindlich; für den Kompetenzbereich der Regierung oder an sie delegierte Bereiche käme ihm der Charakter einer Richtlinie zu. Für Leistungsaufträge im Rahmen der Verwaltungsführung nach den Prinzipien des NPM hat das Parlament diese Neuerung im Berichtsjahr bereits eingeführt.

Im Bereich der Parlamentsorganisation sieht der Entwurf vor, dass die Ratspräsidien durch die Wahl eines zweiten Vizepräsidenten gestärkt, und die Parlamentsdienste vollständig, das heisst auch administrativ, der Bundesversammlung unterstellt werden. Die parlamentarischen Kommissionen sollen aufgewertet werden, indem ihnen gewisse Entscheidkompetenzen übertragen werden. Gedacht wird dabei an Beschlüsse im Zusammenhang mit der administrativen Parlamentsorganisation, aber auch der parlamentarischen Oberaufsicht (z.B. Genehmigung des Geschäftsberichtes), hingegen nicht an die Gesetzgebung.

Schliesslich nahm der Vorschlag der SPK auch zwei alte Anliegen auf: Erstens sollen die Wählbarkeitskriterien für die Bundesversammlung flexibler und für beide Räte gleich gestaltet werden. In Zukunft soll nur noch Personen, die an den Entscheidungsprozessen der Regierung beteiligt sind, die Ausübung eines Parlamentsmandats verwehrt sein. Die generelle Inkompatibilität eines Nationalratsmandats mit einer Bundesbeamtenstelle – und auch mit einem geistlichen Amt – würde damit aufgehoben. Zweitens möchte die Reform eine Ombudsstelle für den Verkehr der Bürger mit der Verwaltung schaffen. Ein entsprechender Vorstoss war 1994 vom Nationalrat als überflüssig abgelehnt worden.

Der Bundesrat sprach sich dafür aus, diese Vorschläge – soweit sie materielle Änderungen bewirken – nicht im Rahmen der Verfassungsnachführung zu behandeln, sondern in ein neues Reformpaket «Staatsleitung», das sich auch mit der Organisation der Regierung befassen soll, einzupacken. Dieses möchte er dem Parlament im Sommer 1999 präsentieren. Zu den die Beziehungen zwischen Regierung und Parlament regelnden konkreten Anträgen der Kommissionen äusserte er sich vorwiegend skeptisch, da sie seiner Meinung nach die Gewaltentrennung auflockern und die Kompetenz und Glaubwürdigkeit der Exekutive beeinträchtigen würden.

Die ständerätliche Verfassungskommission hielt sich an diesen Ratschlag des Bundesrates. Die nationalrätliche Kommission erachtete hingegen dieses Tempo als ungenügend und nahm mit Ausnahme der gesetzlichen Regelung des Verfahrens beim Erlass von Verordnungen alle oben erwähnten Vorschläge der SPK bereits in ihren Beschluss über die Verfassungsnachführung auf.

Die staatspolitischen Kommissionen (SPK) beider Räte hatten in einem Zusatzbericht zur Verfassungsreform gefordert, dass in den Bereichen Parlamentsorganisation und Beziehung des Parlaments zum Bundesrat eine über die von der Regierung vorgeschlagene reine Nachführung hinausgehende Reform anzustreben sei. Sie machten dabei zu beiden Bereichen auch konkrete Vorschläge. Der Bundesrat anerkannte die Berechtigung dieses nicht neuen Anliegens und beschloss im April, ein Reformpaket «Staatsleitung» auszuarbeiten, das im Rahmen der Verfassungsreform behandelt werden soll. Dieses soll neben den beiden erwähnten Bereichen auch die Regierungsorganisation umfassen. Aufgrund früherer Entscheide sollen dabei namentlich die Zahl der Regierungsmitglieder und die Stärkung der Funktion des Bundespräsidenten im Vordergrund stehen. Bezüglich Vorgehen schlug der Bundesrat vor, sich bis zum Vorliegen dieses Pakets, welches er auf ungefähr Mitte 1999 terminierte, auf eine Nachführung der Verfassung zu beschränken und die darüber hinausgehenden Vorschläge der staatspolitischen Kommissionen zurückzustellen. Die ständerätliche Kommission hielt sich an diesen Ratschlag. Die nationalrätliche Verfassungskommission erachtete hingegen dieses Tempo als ungenügend und nahm einige Vorschläge der SPK bereits in die Verfassungsnachführung auf. So hiess sie eine Kompetenzverschiebung in der Aussenpolitik gut, welche darin besteht, dass das Parlament die grundlegenden Ziele der Aussenpolitik festlegt (Art. 156). Sie stimmte ebenfalls dem neuen Instrument des Auftrags zu, welches dem Bundesrat als Richtlinie dient für die Erfüllung von Aufgaben, die in seinem Kompetenzbereich liegen (Art. 161.1 gquater).

Bei der alten Streitfrage zwischen National- und Ständerat, ob das Parlament dem Bundesrat auch in dessen eigenem Zuständigkeitsbereich Aufträge erteilen kann, erzielte die grosse Kammer, welche dies bejaht, im Rahmen der Verfassungsreform einen Teilsieg. Die konkrete Ausgestaltung dieses Instruments wurde freilich auf die Gesetzgebungsstufe delegiert (Art. 171 BV).