Um das Thema «Gen-Schutz-Initiative» frühzeitig zu besetzen, hatte der SP-Vorstand bereits im August 1997 die Ja-Parole gefasst. Die Gesamtpartei war in dieser Frage aber gespalten: in einem offenen Brief an die SP-Geschäftsleitung wandten sich namhafte Parteimitglieder, darunter die Ständeräte Pierre Aeby (FR) und Gian-Reto Plattner (BS), gegen die Ja-Parole aus Furcht, die Gen-Schutz-Initiative würde die Beteiligung der Schweiz an der Gentechnik behindern und viele positive Entwicklungen in der Medizin unterbinden. Ein weiteres Indiz für die Uneinigkeit innerhalb der Partei war die abweichende Parolenfassung zahlreicher SP-Kantonalsektionen (Nein: VD, NE; Stimmfreigabe: BL, JU,VS).