Der Ton zwischen Pro Natura und den Bauern verschärfte sich im Sommer 2016, als die Naturschutzorganisation Ende Mai eine Plakatkampagne startete, in der sie die Landwirtschaft für die Pestizidbelastung in den Gewässern verantwortlich machte. Der Schweizer Bauernverband (SBV) fühlte sich von dieser Kampagne zu Unrecht angegriffen. Die Branche habe in den letzten Jahren grosse Anstrengungen unternommen, um die Verwendung von Pflanzenschutzmitteln zu optimieren, verteidigte sich der Verband in einer Medienmitteilung. Der konfrontative Kurs von Pro Natura sei unverständlich; das Gespräch zu suchen wäre zielführender. Pro Natura wiederum liess verlauten, dass ein zielführender Dialog mit den Bauern über den Einsatz von Pestiziden nicht möglich sei, da die Landwirte aus dem Einsatz von Pestiziden resultierende Probleme negieren würden. In die Hand spielte der Naturschutzorganisation ein kurz darauf vom BAFU veröffentlichter Bericht, der die Landwirtschaft als primäre Quelle von Mikroverunreinigungen durch diffuse Einträge identifizierte und Verunreinigungen durch den Einsatz von Pflanzenschutzmitteln für die Wasserlebewesen als am problematischsten erachtete. Den Zeitpunkt zur Lancierung ihrer Kampagne hatte Pro Natura nicht zufällig gewählt, sondern bewusst um den Termin gelegt, an dem der Aktionsplan zur Risikoreduktion und nachhaltigen Anwendung von Pflanzenschutzmitteln in die Vernehmlassung gelangte. Es gelte, den Druck aus der Öffentlichkeit aufrecht zu erhalten, bestätigte der Sprecher der Organisation. Ansonsten bestehe die Gefahr, dass Interessenvertreter aus Landwirtschaft und Chemieindustrie den Aktionsplan entschärfen würden.

Bereits Ende 2015 hatte Pro Natura die Bauern in einer Medienmitteilung angeklagt, sich nicht um die Umwelt zu scheren. Ferner habe sich der Bauernverband im Aufruf zur Demonstration gegen die vorgesehenen Budgetkürzungen vom November 2015 explizit gegen den Gewässerschutz ausgesprochen, lautete ein weiterer, zu jener Zeit von Pro Natura erhobener Vorwurf. Auch diese Anschuldigungen wies der Bauernverband damals zurück.

Pestizidbelastung in Fliessgewässern
Reduzierung und Verbot des Pestizideinsatzes