In seiner Botschaft zum Bundesbeschluss über die finanziellen Mittel für die Landwirtschaft in den Jahren 2018-2021 beantragte der Bundesrat im Herbst 2016, auch in der Landwirtschaft den Gürtel enger zu schnallen. Konkret beabsichtigte er, für die Jahre 2018-2021 für die Massnahmen zur Grundlagenverbesserung und für die Sozialmassnahmen CHF 563 Mio. als Höchstbeitrag festzulegen, für Massnahmen zur Förderung von Produktion und Absatz die Grenze bei CHF 1'730 Mio. zu setzen sowie für Direktzahlungen CHF 10'985 Mio. zu budgetieren. Insgesamt lag somit der vorgeschlagene Finanzrahmen bei CHF 13.278 Mrd. und damit um CHF 514 Mio. oder 3.7 Prozent tiefer als die effektiven Ausgaben in der vorangegangenen Periode (CHF 13.792 Mrd.). Da weniger Betriebe als erwartet an den Programmen des Bundesamts für Landwirtschaft teilgenommen hatten, war der maximale Zahlungsrahmen für die Periode von 2014-2017 von CHF 13.830 Mrd. nicht vollständig ausgeschüttet worden, was dazu führte, dass die effektiven Ausgaben bei CHF 13.792 Mrd. zu liegen kamen.
Grund für die Kürzungen waren gemäss Bundesrat Schneider-Ammann der Voranschlag 2015 sowie das Stabilisierungsprogramm 2017-2019, zwei Sparpakete, welche die Bundesfinanzen entlasten sollten. In der nationalrätlichen Diskussion traf der Vorschlag aber auf Widerstand. Die Kommissionsmehrheit beantragte, die finanziellen Mittel für die Landwirtschaft auf demselben Niveau zu belassen wie in den Jahren zuvor und auf Sparmassnahmen in der Landwirtschaft zu verzichten. Dieser Antrag wurde mit 14 zu 8 Stimmen bei 2 Enthaltungen auch von der Mehrheit der Finanzkommission unterstützt. Da die Bauern und Bäuerinnen dabei seien, die Agrarpolitik 2014-2017 umzusetzen, wäre der Zeitpunkt für Sparmassnahmen denkbar schlecht. Weiter würden mit den Einsparungen Betriebe bestraft, die sich an die neuen Gegebenheiten angepasst und Investitionen getätigt haben. Zudem sei die finanzielle Lage von vielen Betrieben wegen der sinkenden Preise ohnehin schon sehr schwierig, so die Argumentation der Kürzungskritiker.
Eine Minderheit der WAK-NR beantragte analog zum Bundesrat den Zahlungsrahmen gesamthaft bei CHF 13.278 Mrd. festzulegen. In der Schlussabstimmung entschied sich der Nationalrat mit 119 zu 59 Stimmen (10 Enthaltungen) dafür, auf Sparmassnahmen in der Landwirtschaft zu verzichten und die finanziellen Mittel auf dem Niveau der Vorjahre zu belassen. Die Mehrheit setzte sich aus den geschlossen stimmenden SVP-, BDP- und CVP-Fraktionen sowie Stimmen aus allen anderen Lagern zusammen.

Die Mehrheit der WAK-SR stellte den Sparmassnahmen des Bundesrates und dem Vorschlag des Nationalrates eine eigene Version der finanziellen Mittel für die Landwirtschaft in den Jahren 2018-2021 gegenüber. Der ständerätliche Vorschlag entsprach den Zahlen, welche die kleine Kammer schon im Rahmen der Diskussion um das Stabilisierungsprogramm beschlossen hatte. Die WAK-SR schlug vor, CHF 563 Mio. für Grundlagenverbesserung und Sozialmassnahmen, CHF 1'747 Mio. für die Förderung von Produktion und Absatz und CHF 11'250 Mio. für Direktzahlungen zu sprechen. Mit diesem Vorschlag lag die WAK-SR gesamthaft CHF 273 Mio. über dem bundesrätlichen Entwurf und CHF 232 Mio. unter der grosszügigeren Version des Nationalrates. Zwei Minderheitsanträge von Seiten der SP-Fraktion wurden in der Ständeratsdebatte in der Wintersession 2016 diskutiert. In einem davon forderte Anita Fetz (sp, BS) den Ständerat dazu auf, dem Vorschlag des Bundesrates zuzustimmen, im anderen beantragte Christian Levrat (sp, FR), gesamthaft CHF 24 Mio. weniger zu sprechen, als die Kommissionsmehrheit beabsichtigt hatte. In der Gesamtabstimmung vermochte die Fassung der Kommissionsmehrheit die Ratsmehrheit mit 33 zu 3 Stimmen (5 Enthaltungen) zu überzeugen. Damit ging der Entwurf zurück zum Nationalrat und ins Differenzbereinigungsverfahren.

Der Bundesbeschluss über die finanziellen Mittel für die Landwirtschaft in den Jahren 2018-2021 gelangte im Frühjahr 2017 zur Differenzbereinigung in die grosse Kammer. Mit 152 zu 30 Stimmen (5 Enthaltungen) entschied der Nationalrat, dem vom Ständerat vorgeschlagenen Kompromiss zuzustimmen. Die unterlegene Opposition, welche dafür eingestanden war, die restriktivere Version des Bundesrates zu übernehmen, bestand aus der geschlossen stimmenden GLP-Fraktion sowie Teilen der SP- und FDP-Fraktionen. Mit diesem Entscheid stand also fest, dass insgesamt CHF 13'560 Mio. für landwirtschaftliche Unterstützungsmassnahmen in den Jahren 2018-2021 zur Verfügung stehen.