Unter dem Schlagwort «Partnerschaft für den Frieden» skizzierte US-Verteidigungsminister Aspin im Oktober ein Modell für eine engere Zusammenarbeit der NATO mit den neutralen Staaten Europas sowie den Ländern des ehemaligen Warschauer Pakts. Bundesrat Villiger bekundete umgehend lebhaftes Interesse an einem Kooperationsvertrag zwischen der Schweiz und der NATO. Er begründete dies damit, dass das vorgeschlagene Modell eine Zusammenarbeit «à la carte» erlauben würde, bei welcher die Schweiz nicht auf ihre Neutralität verzichten müsste. Bei verschiedenen Gelegenheiten – so etwa auch bei einem Besuch bei seinem österreichischen Amtskollegen in Wien – plädierte Villiger für einen «strukturierten Dialog» der Schweiz mit militärischen Bündnissen wie der WEU oder der NATO, schloss jedoch einen Beitritt in absehbarer Zeit aus neutralitätspolitischen Überlegungen ausdrücklich aus.

Le gouvernement a accueilli avec intérêt le projet de l'OTAN de «partenariat pour la paix». Celui-ci, initié par les Etats-Unis, vise à créer une sorte d'espace militaire européen axé en premier lieu sur le maintien de la paix et dans lequel les nations non-membres de l'Alliance atlantique (pays de l'Est et pays neutres) pourraient s'intégrer selon leur convenance. Ce système de rapprochement à la carte a particulièrement séduit les chefs du DMF et du DFAE qui ont considéré ce projet comme compatible avec leurs objectifs de politique étrangère, soit renforcer l'engagement international de la Suisse en matière de politique de sécurité, notamment dans les domaines du maintien de la paix, de l'action humanitaire et de l'aide en cas de catastrophe, tout en maintenant sa neutralité. Alors que les pays de l'Est et la Scandinavie ont répondu rapidement et favorablement à l'invitation, les autorités helvétiques, malgré leur opinion positive, ont tardé à prendre position, préférant attendre le résultat du vote sur les casques bleus. Ce dernier projet permettait en effet à la Suisse d'entamer une participation au niveau international à des opérations de maintien de la paix, ce qui aurait grandement facilité un rapprochement avec l'OTAN. Le refus en votation populaire de la création d'un tel corps a conduit le gouvernement à renvoyer à plus tard toute démarche visant à prendre part au «partenariat pour la paix».

Si la participation de la Suisse au projet de l'Organisation du Traité de l'Atlantique Nord (OTAN) de «Partenariat pour la paix» – question particulièrement sensible depuis la votation de 1994 sur les Casques bleus – n'est toujours pas à l'ordre du jour de l'agenda du Conseil fédéral, certains acteurs de la scène politique ont cependant tenté de relancer ce projet. C'est ainsi qu'au début de l'année, les présidents des commissions de la politique de sécurité, le conseiller aux Etats Ziegler (pdc, UR) et le conseiller national Keller (pdc, AG) ont déclaré, suite à leur rencontre avec Willy de Claes, Secrétaire-général de l'OTAN, que la Suisse se devait de répondre favorablement à l'offre qui lui était faite. A cette déclaration faisaient écho en été le rapport du Conseil de défense (organe consultatif du gouvernement pour les questions relatives à la politique de sécurité) ainsi que différentes prises de position provenant de milieux proches de l'armée. Unanimement, il a été souligné que participer à cette forme très souple de collaboration ne signifiait nullement entrer dans une alliance militaire ni dans une organisation supra-étatique et que, dès lors, les craintes concernant la neutralité n'étaient aucunement fondées. La Suisse pouvant définir comme elle l'entendait la nature de sa participation («collaboration à la carte»), celle-ci se limiterait à engager l'armée dans des actions non militaires telles que l'aide humanitaire, l'aide en cas de catastrophe ou encore un soutien logistique à des opérations de maintien de la paix (troupes de génie).

Au début de l'été, le Conseil fédéral a déclaré, par la voix du chef du DMF, qu'il entendait répondre positivement, d'ici fin 1996, à l'offre de Partenariat pour la paix (PPP) proposée par l'OTAN en 1994. Cette déclaration d'intention a suscité de multiples discussions dans le monde politique. En effet, si les partis radical et démocrate-chrétien approuvaient le projet de l'exécutif, il n'en allait pas de même pour les deux autres partenaires gouvernementaux. L'UDC, de concert avec la droite nationaliste, fustigeait l'offre de l'OTAN comme portant gravement atteinte à la neutralité helvétique. Contestant l'utilité même du PPP, le parti socialiste – ou du moins une large partie de ses membres – estimait pour sa part que ce projet était particulièrement malvenu dans la mesure où il était nécessaire d'accorder la priorité à des questions autrement plus urgentes de la politique étrangère, notamment celles relatives à l'adhésion à l'ONU ainsi que celles concernant les négociations bilatérales avec l'UE. Le PS ajoutait que la participation au PPP risquait de raviver inutilement la polémique sur la neutralité et de créer ainsi une crispation peu propice à une intégration plus poussée de la Suisse au sein de la communauté internationale.

Au Conseil national, deux motions exprimant des réserves à l'égard du projet du gouvernement furent déposées. La première, celle du socialiste Gysin (BS) (Mo. 96.3212), demandait que la question de l'adhésion au PPP soit tranchée par le parlement. La seconde, déposée par le démocrate suisse Keller (BL) (Mo. 96.3211), exigeait en outre que le sujet soit soumis au référendum facultatif. Estimant que la participation au programme de l'OTAN avait une importance beaucoup plus grande que ne le prétendait le gouvernement, les deux motionnaires souhaitaient que des instances représentatives, voire même le peuple, puissent s'exprimer. Devant le plénum, le chef du DFAE a relevé qu'il était légitime que cette question relève de la compétence de l'exécutif dans la mesure où le PPP n'était pas un traité international. Il a également ajouté que ce dernier n'avait aucune force contraignante, le gouvernement pouvant à tout moment décider de dénoncer ses engagements. Enfin, Flavio Cotti a souligné que les actions non militaires auxquelles la Suisse participerait ne sauraient violer le principe de neutralité armée de la Confédération. Devant les arguments du ministre des affaires étrangères, la motion du député socialiste fut retirée. La proposition Keller fut pour sa part largement rejetée, seuls les députés des partis des démocrates suisse et de la liberté ainsi que la majorité de l'UDC lui apportant leur soutien.

En automne, suite à aux votes au parlement ainsi que face au soutien exprimé par les milieux militaires, le gouvernement – conforté par l'idée que le PPP bénéficiait d'un large soutien politique – a décidé que la Suisse participerait au programme de l'OTAN. Le Conseil fédéral a tenu à préciser que la Confédération resterait fidèle à sa neutralité permanente et armée et qu'elle excluait toute adhésion ultérieure à l'Alliance atlantique. Il a également ajouté que la participation de la Suisse se limiterait à des activités où elle dispose de connaissances particulières: à savoir, essentiellement, le contrôle démocratique des forces armées, le respect des minorités, la formation dans le droit international humanitaire et celle d'observateurs militaires, l'appui logistique aux mesures de maintien de la paix, ou encore le développement de collaborations dans le domaine sanitaire et du sauvetage (aide en cas de catastrophe). Le gouvernement a par ailleurs souligné que la participation au PPP permettrait à la Suisse d'avoir un accès privilégié à de multiples informations militaires, la Confédération pouvant notamment disposer d'un attaché militaire auprès de l'OTAN.
Au mois de décembre, Flavio Cotti a signé, au nom de l'exécutif, le document-cadre du PPP au siège de l'OTAN à Bruxelles. J. Solana, secrétaire général de l'OTAN, a déclaré à cette occasion que tant la Suisse que l'Alliance atlantique avaient beaucoup à gagner de cette collaboration naissante. Selon l'ancien ministre espagnol des affaires étrangères, la neutralité helvétique ne saurait constituer un obstacle à une coopération fructueuse, les cas de la Finlande, de l'Autriche et de la Suède l'ayant amplement démontré lors des opérations de maintien de la paix en Bosnie.

Suite à la décision prise en 1996 de répondre positivement au «Partenariat pour la Paix» (PPP) proposé par l'OTAN, le conseiller fédéral Adolf Ogi a présenté, en juin, au siège de l'organisation nord-atlantique à Bruxelles, le programme détaillé de la participation helvétique au PPP. Alors que les Etats neutres collaborant à ce projet (Autriche, Finlande et Suède) ont inclus dans leur offre l'engagement de leurs forces armées lors d'opérations militaires de maintien de la paix, le programme de la Suisse exclut toute action de ce type. En effet, selon le contrat de participation entre la Confédération et l'OTAN, valable jusqu'en 1999 et renouvelable pour une nouvelle période de trois ans, la Suisse ne pourra prendre part tout au plus qu'à des actions de nature civile. Les domaines pour lesquels la Suisse offrira ses services ont trait à l'aide en cas de catastrophe (corps en cas de catastrophe), à l'aide humanitaire ainsi qu'à la formation. Concernant ce dernier volet, de nombreux cours seront donnés à des militaires étrangers, notamment en matière de droit humanitaire, de politique de sécurité, de déminage, de gestion des armes chimiques et de médecine militaire. L'armée suisse apportera également son savoir et son expérience en matière de contrôle démocratique des forces armées. Au total, l'offre helvétique comprendra pas moins de 18 projets. En contrepartie, la Confédération pourra participer aux réunions du Conseil de partenariat euro-atlantique. Nouvellement créé et remplaçant le Conseil de coopération nord-atlantique, cet organe vise à associer les pays membres du PPP aux décisions majeures prises par l'OTAN ainsi qu'à créer un forum de discussion où membres et non-membres de l'organisation nord-atlantique jouiront d'un même statut. La Suisse pourra y obtenir de nombreuses informations. Le contrat passé avec l'OTAN prévoit aussi la participation de militaires suisses à des cours ainsi qu'à des réunions d'experts. Présentant son programme au secrétaire général de l'OTAN, Javier Solana, le chef du DMF a souligné que le PPP permettrait à la Suisse de trouver une voie originale entre la nécessaire solidarité internationale et les exigences posées par la neutralité. S'il est dans l'immédiat exclu que la Suisse contribue de manière plus importante à la sécurité en Europe, A. Ogi n'a cependant pas écarté une intégration à terme quelque peu plus poussée à des mécanismes de défense collectifs.

L’un des objectifs 1998 du Conseil fédéral en matière de politique de sécurité a été la consolidation de la participation de la Suisse au Partenariat pour la paix (PPP) de l’OTANOTAN. Le gouvernement a d’ailleurs donné son feu vert pour une participation au PPP jusqu’en l’an 2000 au moins. Limitée de par la neutralité, la coopération y est toutefois effective en matière de formation sur le plan international, de droit international humanitaire, de contrôle des armements, de contrôle démocratique des forces armées, d’aide en cas de catastrophe et d’amélioration des données relatives à la politique de sécurité dans le cadre du PPP. La Suisse a ainsi accueilli à Interlaken un séminaire sur l’aide humanitaire auquel ont participé le PPP et le bureau pour la coordination des affaires humanitaires de l’ONU. Dans l’optique de contribuer activement au maintien de la paix, de la sécurité et de la stabilité en Europe, le Conseil fédéral a également défini comme objectif d’utiliser le forum de consultation du Conseil de Partenariat Euro-Atlantique (CPEA) ou la Suisse jouit d’un statut équivalent aux 16 membres de l’OTAN. Au début de l’année, la Confédération a notamment ouvert une mission diplomatique auprès de l’alliance Atlantique, ceci par l’intermédiaire de son ambassade en Belgique. Toutefois, Adolf Ogi a précisé que l’adhésion à l’OTAN n’était pour lui pas d’actualité, ceci tant que l’Autriche resterait en dehors de l’Alliance atlantique.

Le Conseil fédéral a approuvé le troisième programme de partenariat individuel pour 1999 et 2000. Le gouvernement veut porter l’accent sur le contrôle démocratique des forces armées, le droit international humanitaire et l’instruction en matière de politique de sécurité. Pour 1999, le coût de cette participation au PPP est de CHF 5.8 millions, soit 70% de plus qu’en 1998. La Suisse doit participer à environ 200 activités organisées par l’OTAN et les Etats partenaires (exercices, séminaires, cours). Une motion de Ulrich Schlüer (udc, ZH) (Mo. 97.3326) proposant la désignation d’une délégation parlementaire permanente auprès du Partenariat pour la paix (PPP) a été rejetée par 86 voix contre 5 par le Conseil national. Dans sa prise de position écrite, le bureau a argumenté que la Suisse ne faisant pas partie de l’OTAN, il n’était pas question d’une participation parlementaire plus active avec cette organisation, contrairement à ce qui se pratique avec l’OSCE ou le Conseil de l’Europe.