Anders als noch beim ersten Nachtrag konnte der Bundesrat seine Kreditanträge allesamt in den Nachtrag IIa zum Voranschlag 2020 integrieren, Nachmeldungen waren nicht nötig. Der zweite Nachtrag beinhaltete Corona-bedingt wiederum aussergewöhnlich hohe Nachtrags- und Verpflichtungskredite in der Höhe von CHF 14.9 Mrd. respektive CHF 307.5 Mio. (Nachtrag I: CHF 16 Mrd. respektive CHF 40 Mrd.). Im Unterschied zum ersten Nachtrag entfiel jedoch der Grossteil dieses Betrags (CHF 14.2 Mrd.) auf einen einzigen Posten: die Arbeitslosenversicherung. Erneut sollte damit verhindert werden, dass der ALV-Fonds seine Schuldenobergrenze von CHF 8 Mrd. erreicht, wodurch eine Erhöhung der Lohnbeiträge und eine Revision des Arbeitslosenversicherungsgesetzes nötig werden würde. Die übrigen CHF 700 Mio. verteilten sich auf weitere 10 Nachtragskredite: CHF 307.5 Mio. beantragte der Bundesrat für die Entwicklungshilfe; diese Mittel sollten für verschiedene internationale Bemühungen zur Bewältigung der Corona-Epidemie eingesetzt werden. CHF 200 Mio. sollten etwa als zinsloses Darlehen an das IKRK gehen und bis zum Jahr 2027 vollständig zurückbezahlt werden. Weitere CHF 50.5 Millionen sollten der Internationalen Rotkreuz- und Rothalbmond-Bewegung, den Vereinten Nationen sowie einzelnen, von Covid-19 besonders stark betroffenen Ländern zugute kommen. CHF 20 Mio. davon konnten durch das EDA-Globalbudget kompensiert werden.
Erneut sollten der Sport- und der Kulturbereich unterstützt werden, so beantragte der Bundesrat A-fonds-perdu-Beiträge über CHF 50 Mio. für die Sportvereine und -organisationen (Breitensport) sowie CHF 175 Mio. als rückzahlbare Darlehen für die Fussball- und Hockeyligen. Dies sollte Letzteren ermöglichen, den Betrieb bis Ende der Saison 2020/2021 sicherzustellen. Allenfalls sei im Budget 2021 ein weiteres Darlehen in derselben Höhe nötig, kündigte der Bundesrat an.
Im Kulturbereich hatte der Bundesrat festgestellt, dass zinslose Darlehen und Soforthilfen selten genutzt wurden, aber stattdessen weit mehr Gesuche für Ausfallentschädigungen eingegangen seien als erwartet. Folglich erhöhte er letzteren Kredit um CHF 50 Mio. und kompensierte dies vollumfänglich durch eine Reduktion der im Nachtrag I genehmigten Kredite zur Soforthilfe für Kulturunternehmen (CHF -35 Mio.) und zur Soforthilfe für Kulturschaffende (CHF -15 Mio.).
Auch die Aufstockung des Kredites zur Impfstoffbeschaffung um CHF 100 Mio. wurde durch Reduktionen der Kredite aus dem ersten Nachtrag finanziert. Bei den Impfungen rechnete der Bundesrat mit einem Bestellvolumen für etwa 60 Prozent der Schweizer Bevölkerung, was Kosten von CHF 200 Mio. mit sich bringen würde. Da er bezüglich des Arzneimittelbedarfs von deutlich höheren Fallzahlen ausgegangen war, konnten CHF 100 Mio. dort kompensiert werden.

Neben diesen als ausserordentlicher Zahlungsbedarf verbuchten Krediten – eine solche Ausnahme ist in der Schuldenbremse für eine «aussergewöhnliche und vom Bund nicht steuerbare Entwicklung» vorgesehen –, standen auch Kredite an, die der Schuldenbremse unterstellt waren. Dazu gehörten die zwei Verpflichtungskredite für die Entwicklungshilfe sowie ein Nachtragskredit für die Produktion und den Absatz von Wein um CHF 7 Mio. Um einen Preiszusammenbruch aufgrund einer Weinschwemme, die ihrerseits vor allem durch die Schliessung von Restaurants bedingt war, zu verhindern, wollte der Bundesrat Betriebe, die ihre Lagerbestände an inländischem Wein mit kontrollierter Ursprungsbezeichnung (AOC-Wein) zu Tafelwein deklassierten, mit insgesamt CHF 8.5 Mio. unterstützen. CHF 1.5 Mio. sollten durch einen früheren Kredit kompensiert werden.
CHF 17.5 Mio. sah der Bundesrat schliesslich für die indirekte Presseförderung vor und wollte damit den Tages- und Wochenzeitungen der Regional- und Lokalpresse während sechs Monaten die Tageszustellung bezahlen und sich an den Zustellkosten von Tages- und Wochenzeitungen mit einer Auflage über 40'000 Exemplaren beteiligen. Weitere, im Rahmen verschiedener Motionen (Mo. 20.3145, Mo. 20.3154, Mo. 20.3146, Mo. 20.3155) geforderte Unterstützungsmassnahmen sollten durch die Radio- und Fernsehabgabe finanziert werden.

In der Sommersession behandelte der Nationalrat als Erstrat den Nachtrag IIa zum Voranschlag 2020. Fast mehr zu reden als die eigentlichen Nachtragskredite gab jedoch die Frage des Schuldenabbaus. Roland Fischer (gpl, LU) und Daniel Brélaz (gp, VD) erklärten, die Kommission habe lange über dieses Thema diskutiert, zumal gemäss der aktuellen Regelung der Schuldenbremse in den nächsten sechs Jahren CHF 30 Mrd. abgebaut werden müssten. In einer Motion (Mo. 20.3470) habe die Kommission deshalb beantragt, die Corona-bedingten ausserordentlichen Ausgaben nicht auf das Amortisationskonto der Schuldenbremse zu buchen und somit der Verpflichtung des Abbaus innert sechs Jahren zu entgehen.
Inhaltlich bestanden kaum Differenzen zwischen der Kommissionsmehrheit und dem Bundesrat; die Mehrheit der FK-NR hatte sich zuvor bis auf einen Punkt bei allen Nachtragskrediten dem Bundesrat angeschlossen. Hingegen lagen dem Rat zu verschiedenen Kreditposten Minderheitsanträge für Kürzungen vor, nur vereinzelt verlangten Kommissionsminderheiten zudem eine Erhöhung der zu sprechenden Kredite.
Bei den Anträgen des EDA für die Darlehen für das IKRK (CHF 200 Mio.), für die humanitäre Hilfe (CHF 50.5 Mio.) sowie für die multilaterale Zusammenarbeit (CHF 57 Mio.) und des EFD für den Katastrophenfonds des IWF verlangten Minderheiten Guggisberg (svp, BE) und Nicolet (svp, VD) die Streichung der Kredite respektive bei der humanitären Hilfe ihre Reduktion auf CHF 20 Mio. Minderheitensprecher Guggisberg betonte, dass man Prioritäten setzen müsse und sich «auf die Menschen in der Schweiz konzentrieren» solle, zumal während vier Jahren für die Entwicklungshilfe und die humanitäre Hilfe bereits CHF 11 Mrd. «ins Ausland geschickt» würden. Die nachfolgenden Generationen müssten das jetzt gesprochene Geld überdies «erst wieder verdienen». Folglich schlug Guggisberg als Rahmenbedingung für die Kreditverwendung in weiteren Minderheitsanträgen vor, die entsprechenden Beiträge dem Budget der internationalen Entwicklungshilfe anzurechnen. Eine Minderheit II Friedl (sp, SG) verlangte im Gegenzug die Aufstockung des Kredits für humanitäre Hilfe auf CHF 100 Mio. Claudia Friedl betonte, dass es aufgrund der globalisierten Wirtschaftsbeziehungen im Eigeninteresse der Schweiz sei, dass es auch dem Rest der Welt gutgehe. Mit Verweis auf die humanitäre Tradition der Schweiz sei 1 Prozent der Schweizer Ausgaben zur Bewältigung der Corona-Krise als humanitäre Hilfe zu wenig. Vielmehr sollen in Übereinstimmung mit der vom Nationalrat in der ausserordentlichen Session zur Bekämpfung der Corona-Krise angenommenen Motion der APK-NR (Mo. 20.3131) CHF 100 Mio. für die humanitäre Hilfe gesprochen werden. Sämtliche Minderheiten lehnte der Nationalrat deutlich ab.
Ein Minderheitsantrag lag auch bezüglich der indirekten Presseförderung vor. Eine Minderheit Strupler (svp, TG) verlangte die Streichung der CHF 17.5 Mio. für die Zustellungshilfe für die Presse, um eine unzulässige Abhängigkeit der Presse vom Staat zu verhindern. Die Mehrheit des Nationalrats stimmte dem Kredit jedoch in Übereinstimmung mit der Forderung aus zwei zuvor von beiden Räten angenommenen Motionen (Mo. 20.3145, Mo. 20.3154) zu.
Diskussionen gab es wie schon beim ersten Nachtrag auch bei den Sport- und Kulturkrediten. Bei den Darlehen für die Fussball- und Eishockeyligen verlangte die Kommissionsmehrheit, dass die Senkung des durchschnittlichen Einkommens aller am Ligabetrieb teilnehmenden Spieler, welche gemäss der auf den 1. Juni 2020 geänderten Sportförderungsverordnung nötig wird, wenn die Darlehen nicht innert drei Jahren zurückbezahlt werden, durch eine progressive Senkung der einzelnen Einkommen erreicht wird, dass also höhere Einkommen stärker gesenkt würden. Während eine Minderheit Feller (fdp, VD) diese Bedingung ablehnte, wollte eine weitere Minderheit Strupler den Betrag des Darlehens um CHF 50 Mio. reduzieren. Die Kommissionsmehrheit setzte sich jedoch gegen beide Minderheiten durch.
Auch bei den Ausfallentschädigungen für Kulturunternehmen und Kulturschaffende verlangte eine Minderheit Guggisberg die Streichung, zumal ab dem 6. Juni Kulturanlässe mit 300 Personen wieder möglich seien und die Betroffenen andere Möglichkeiten hätten. Auch hier setzte sich die Kommission durch, genauso wie bei ihrem Antrag auf zusätzliche CHF 10 Mio. für Kulturvereine im Laienbereich. Sämtliche Kulturbeträge sollten durch eine Umlagerung des Kredits «Soforthilfe für Kulturunternehmen» finanziert werden.
Eine Minderheit Widmer setzte sich schliesslich erfolglos für einen Kredit über CHF 10 Mio. als Nothilfe für Armutsbetroffene ein; verschiedene Sprechende verwiesen diesbezüglich auf die Bilder von auf Essenshilfe wartenden Menschen in Genf. Kommissionssprecher Fischer erläuterte jedoch für die Kommission, dass die entsprechende Hilfe von den Kantonen und Gemeinden geleistet werden solle, zumal diese mit der jeweiligen Situation besser vertraut seien als der Bund.
Der grösste Kreditposten schliesslich, die CHF 14.2 Mrd. für die ALV, wurde gar ohne Minderheitsantrag stillschweigend verabschiedet. Der Rat war sich einig, dass man nun nicht durch eine Erhöhung der Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeiträge die konjunkturelle Erholung ausbremsen dürfe. Zuvor hatte Lars Guggisberg als Bedingungen für die Zustimmung der SVP-Fraktion eine gesetzliche Grundlage für die Ausgabe gefordert. Finanzminister Maurer versprach dem Rat auf Anfang Juli eine entsprechende Botschaft, die das Parlament in der Herbstsession beschliessen könne, und betonte, ohne die entsprechende Botschaft könne der Kredit nicht verwendet werden. Des Weiteren versprach er eine Gesamtschau zur Kurzarbeit, die gemeinsam mit dem Budget 2021 und den Finanzplänen behandelt werden sollte, und liess durchblicken, dass die CHF 40 Mrd. kaum vollständig aufgebraucht werden würden.
In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat den Nachtrag IIa zum Voranschlag 2020 mit 150 zu 23 Stimmen (bei 22 Enthaltungen) an. Sämtliche ablehnenden Stimmen und Enthaltungen stammten von Mitgliedern der SVP-Fraktion.

Der Ständerat folgte bei seiner Behandlung des Nachtrags IIa zum Voranschlag 2020 einen Tag später bis auf eine Ausnahme vollständig dem Bundesrat. Zwar waren in der Kommission zahlreiche verschiedene Anträge behandelt worden, im Unterschied zum Nationalrat verzichteten die Kommissionsminderheiten jedoch darauf, ihre Anträge dem Rat zu unterbreiten. Einzig der Antrag der Mehrheit, dem Nationalrat bezüglich seines ergänzten Kredits über CHF 10 Mio. für Kulturvereine im Laienbereich zu folgen, stand im Raum und wurde von der kleinen Kammer stillschweigend gutgeheissen. Eine Differenz zum Erstrat schuf der Ständerat jedoch: Die kleine Kammer sprach sich gegen die Rahmenbedingung für die Kreditvergabe an die Fussball- und Eishockeyligen aus; die Vereine sollten nicht verpflichtet werden, bei allfällig nötigen Gehaltskürzungen progressiv vorzugehen. Die Anspruchsvoraussetzungen für die Darlehen seien bereits sehr einengend und verpflichtend, weshalb man keine weitere Hürde einbauen wolle, erklärte Kommissionspräsident Hegglin (cvp, ZG). In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den Nachtrag IIa ohne Gegenstimmen an (42 zu 0 Stimmen bei 2 Enthaltungen respektive 44 zu 0 Stimmen bei 1 Enthaltung).

Somit stand im Differenzbereinigungsverfahren lediglich die Frage der Anspruchsvoraussetzungen für die Sportligen zur Debatte. Dabei entschied der Nationalrat auf Antrag seiner Finanzkommission, aber entgegen einer Minderheit Feller (fdp, VD), auf Festhalten. Man müsse zwischen weniger gut verdienenden und den hochbezahlten Profisportlern unterscheiden, argumentierte etwa Lars Guggisberg (svp, BE) diesbezüglich. In der Folge lenkten die ständerätliche Kommission und schliesslich auch der Ständerat ein: Man stimme der Bedingung der Kreditvergabe zu, wenn diese nicht als Einzelfallprüfung, sondern als Selbstdeklaration der Liga, diese Pflicht einzuhalten, – wenn auch mit allfälligen Stichprobenkontrollen – verstanden werde. Mit 23 zu 18 (bei 1 Enthaltung) nahm der Ständerat diese Bedingung schliesslich an und hiess damit den Nachtrag IIa zum Voranschlag 2020 gut.

Im August 2020 legte der Bundesrat dem Parlament das dritte Massnahmenpaket zur Bewältigung der Corona-Pandemie als Nachtrag IIb zum Voranschlag 2020 vor. Dieses weitere Massnahmenpaket beinhaltete 13 Nachtragskredite über insgesamt CHF 770 Mio. und war zur weiteren Abfederung der wirtschaftlichen Folgen der Corona-Krise nötig geworden. Die entsprechenden Kosten sollten ausserordentlich verbucht werden, zumal Corona eine «aussergewöhnliche und vom Bund nicht steuerbare Entwicklung» darstelle, die Hälfte der Ausgaben sollten überdies aus früheren Krediten kompensiert werden.
Der grösste Kreditposten stellten die Coronatests (CHF 288.5 Mio.) dar. Da der Bund so viel, wie möglich und sinnvoll ist, testen wollte, übernahm er ab Ende Juni 2020 die Kosten der Coronatests, die zuvor uneinheitlich durch die OKP oder die Kantone bezahlt worden waren. Die dadurch anfallenden Kosten sollten durch den bereits bewilligten Kredit für die Beschaffung von Sanitätsmaterial kompensiert werden. Der Kredit sollte bis zum Ende des Jahres 2020 durchschnittlich 8000 Tests pro Tag ermöglichen.
Ähnlich hoch fielen die Kosten für die Einlage in den Bahninfrastrukturfonds aus (CHF 221.3 Mio.), die aufgrund des dringlichen Bundesgesetzes über die Unterstützung des öffentlichen Verkehrs in der Covid-19-Krise möglich geworden war. Da der Bundesrat für das Jahr 2020 Corona-bedingt mit einem Einbruch der Einlagen aus dem allgemeinen Bundeshaushalt sowie der zweckgebundenen Einnahmen in den Bahninfrastrukturfonds rechnete, wollte er dem Fonds zusätzlich den Maximalbetrag von zwei Dritteln des Reinertrag der LSVA zukommen lassen. Ursprünglich hätten CHF 221 Mio. der LSVA-Einnahmen für den allgemeinen Bundeshaushalt eingesetzt werden sollen. Zudem sollte die Rückzahlung der Bevorschussung des Fonds für 2020 sistiert werden.
Der dritte grosse Kreditposten stellte die Rekapitalisierung von Skyguide (CHF 150 Mio.) dar. Wegen des Zusammenbruchs des Flugverkehrs habe Skyguide grosse Umsatzeinbussen zu beklagen – für das Jahr 2020 rechnete das Unternehmen mit Verlusten bis CHF 246 Mio. Der Bund sei gemäss Luftfahrtgesetz verpflichtet, für eine genügende Kapitalaustattung von Skyguide zu sorgen, entsprechend wollte der Bundesrat den Betrag in das Eigenkapital von Skyguide einschiessen.
Die übrigen Nachtragskredite waren deutlich kleiner: Die Parlamentsdienste benötigten CHF 3 Mio. für die Sommersession 2020 in der Bernexpo sowie für die baulichen Massnahmen im Bundeshaus für die Herbstsession 2020. Das Bundesamt für Kultur beantragte CHF 3.5 Mio. für die Abfederung der Auswirkungen der Schliessungen der 18 Schweizerschulen im Ausland, CHF 1 Mio. für Kulturvereine im Laienbereich zur Deckung finanzieller Schäden durch die reduzierte Durchführung von Veranstaltungen sowie CHF 34 Mio. für die Finanzierung von Leistungsvereinbarungen der Kantone zur Unterstützung der Kulturunternehmen. Letztere beiden Kredite wurden vollständig aus der Soforthilfe für Kulturunternehmen kompensiert.
Das BAG benötigte neben dem Kredit für die Covid-Tests CHF 28.2 Mio. zur Finanzierung des Aufbaus ihrer Krisenorganisation und zur Entwicklung des Proximity-Tracing-Systems sowie CHF 3.4 Mio. für Subventionen an nationale Referenzzentren etwa für zusätzliche Testkapazitäten oder an Organisationen für die psychologische Beratung.
Aufgrund des Lockdowns konnten bauliche Massnahmen an der ETH Zürich schneller realisiert werden als geplant, wodurch deren zusätzliche Kosten über CHF 24 Mio. aus dem Finanzierungsbeitrag der ETH kompensiert werden sollten. Das WBF beantragte CHF 10 Mio. als ausserordentliche Kapitalerhöhung der SIFEM, der Entwicklungsfinanzierungsgesellschaft des Bundes, wobei der Nachtragskredit aus den Voranschlagskrediten für wirtschaftliche Entwicklungszusammenarbeit und für wirtschaftliche Entwicklungszusammenarbeit der Länder des Ostens kompensiert werden sollte. CHF 95'000 beantragte das BWL für die Lagerhaltung von Ethanol für eine allfällig zukünftig erneut nötige Herstellung von Desinfektionsmitteln. Schliesslich verlangte das Bakom CHF 2.92 Mio. für den Ausbau der indirekten Presseförderung, konkret für die Tageszustellung für abonnierte Tages- und Wochenzeitungen der Regional- und Lokalpresse sowie für einen Teil der Kosten grösserer Medien. Bei einer Annahme des Covid-19-Gesetzes würden die entsprechenden Massnahmen verlängert, wodurch der Nachtragskredit nötig werden würde.

Obwohl doch einige Wortmeldungen zu vermerken waren, führte der Nachtrag IIb zum Voranschlag 2020 im Vergleich zum Nachtrag IIa im Nationalrat zu vergleichsweise wenig Diskussionen. Gleich zu Beginn der Behandlung in der Herbstsession 2020 stellten die Kommissionssprecher Gschwind (cvp, JU) und Wettstein (gp, SO) fest, dass alle Nachtragskredite von der Mehrheit der FK-NR gutgeheissen worden seien. So lagen lediglich drei Minderheitenanträge zu zwei Positionen vor.
Die Minderheit Guggisberg (svp, BE) störte sich daran, dass der Kredit für die Finanzierung der Leistungsvereinbarungen der Kantone im Kulturbereich aus der Soforthilfe für Kulturunternehmen kompensiert werden sollte, die als Darlehen gesprochen worden war. Nun werde dieses Darlehen aber in einen A-Fonds-perdu-Posten umgewandelt, was nicht gerechtfertigt sei, zumal Grossveranstaltungen ab Oktober 2020 wieder möglich seien und die Kantone gemäss Bundesverfassung für den Kulturbereich zuständig seien. Entsprechend solle dieser Kredit gestrichen werden. Finanzminister Maurer wies hingegen darauf hin, dass der Bund das Geld nicht an die Unternehmen, sondern an die Kantone überweise. Diese nähmen die Verteilung der Gelder vor, übernähmen dabei aber selbst jeweils die Hälfte der Finanzierung. Mit 140 zu 53 Stimmen hiess der Nationalrat diesen Kredit gegen den Willen der geschlossen stimmenden SVP-Fraktion gut.
Eine weitere Minderheit Guggisberg störte sich an den «feudalen Anstellungsbedingungen von Skyguide», etwa am Rentenalter 56 oder den vergleichsweise hohen Löhnen. Die Ankündigung, dass die Gewerkschaften und Skyguide im Gegenzug für die Rekapitalisierung bis Ende 2021 einen gemeinsamen Plan für eine Rentenaltererhöhung zu erarbeiten hätten, sei zu wenig verbindlich. Stattdessen wollte die Minderheit diese Bedingung sowie weitere Massnahmen zur Kostenreduktion als Rahmenbedingungen der Kreditvergabe vorschreiben. Eine Minderheit Dandrès (sp, GE) wollte hingegen sicherstellen, dass die Gesamtarbeitsverträge und Arbeitsbedingungen, die vor dem Shutdown festgelegt worden waren, eingehalten würden. Der Bund könne seine obligatorische Unterstützung nicht an schlechtere Arbeitsbedingungen knüpfen, zumal diese durch Kollektivverhandlungen ausgearbeitet worden seien. Bundesrat Maurer entgegnete, dass beide Minderheitsanträge die Gewaltentrennung missachteten, indem das Parlament in die Entscheidungen des Verwaltungsrates eingreife. Zum Beispiel habe der Verwaltungsrat von Skyguide bereits eine Kürzung des variablen Anteils der Löhne beschlossen. In der Folge zog der Rat den Minderheitsantrag Guggisberg dem Minderheitsantrag Dandrès zwar mit 109 zu 68 Stimmen (bei 17 Enthaltungen) vor, lehnte Ersteren aber anschliessend dennoch mit 139 zu 54 Stimmen (bei 1 Enthaltung) ab. Die SVP-Fraktion, die sich als einzige für den Minderheitsantrag Guggisberg ausgesprochen hatte, lehnte auch als einzige den ausserordentlichen Zahlungsbedarf, die Lösung der Schuldenbremse sowie den Nachtrag IIb in der Gesamtabstimmung ab (142 zu 53 Stimmen; 142 zu 52 Stimmen; 141 zu 52 Stimmen). Kaum Widerstand gab es bezüglich des Bundesbeschlusses III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2020, diesem stimmte der Rat mit 192 zu 1 Stimmen gegen den Willen von Erich Hess (svp, BE) zu.

Keine Diskussionen zum Nachtrag IIb gab es im Ständerat: Nach der Präsentation der Vorlage durch Kommissionssprecher Hegglin (cvp, ZG) und Bundesrat Maurer nahm der Rat den ausserordentlichen Zahlungsbedarf, die Lösung der Schuldenbremse, den Nachtrag IIb und den Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds einstimmig mit jeweils 33 zu 0 Stimmen an.

Zwei Wochen, nachdem das Parlament den ausserordentlichen Nachtrag IIb verabschiedet hatte, reichte der Bundesrat im September 2020 den ordentlichen Nachtrag II zum Voranschlag 2020 nach. Dieser beinhaltete zehn Nachtragskredite über CHF 98.2 Mio. und betraf insbesondere die Bundesbeiträge an die Ergänzungsleistungen zur AHV (CHF 53 Mio.) und zur IV (CHF 25 Mio.). So nähmen die Bezüge von Ergänzungsleistungen in den Kantonen im Jahr 2020 voraussichtlich stärker zu als erwartet, wodurch auch die Ausgaben des Bundes, der 5/8 der Kosten übernimmt, anstiegen. Weitere Kreditposten betrafen die Frontex (CHF 7.1 Mio.), deren Budget voraussichtlich erhöht werde; die Hochseeschifffahrt (CHF 4 Mio.), bei der eine weitere Bürgschaft gezogen worden sei; die Zollverwaltung (CHF 3 Mio.), die aufgrund eines Bundesgerichtsentscheids zur Besteuerung von Cannabisblüten die Erträge sowie Zinsen aus der Tabaksteuer zurückerstatten muss.
Neben diesen Nachtragskrediten beantragte der Bundesrat auch einen Verpflichtungskredit für die Beschaffung von Arzneimitteln (CHF 30 Mio.). Da der Bund diese nicht mehr direkt beschaffe, sondern den Lieferfirmen eine Abnahmegarantie gebe, entstünden mehrjährige Verpflichtungen, erklärte der Bundesrat. Weiter wollte er eine Kreditverschiebung von der Armeeapotheke für die Beschaffung von Sanitätsmaterial hin zur Finanzierung der Covid-Testkosten vornehmen. Statt der 8000 Tests täglich, die im Rahmen des Nachtrags IIb finanziert worden waren, führe der Bund derzeit 12'000 Tests täglich durch. Obwohl er die Testkosten gesenkt habe, entstünde dadurch noch immer ein Finanzbedarf. CHF 15.6 Mio. aus nicht ausgeschöpften Voranschlagskrediten 2019 sollten schliesslich in verschiedenen Bundesämtern zur Bildung von zweckgebundenen Reserven eingesetzt werden, wozu aufgrund der verspäteten Behandlung der Staatsrechnung 2019 eine Kreditübertragung nötig wurde.

In der Wintersession 2020 behandelten National- und Ständerat nach dem Nachtrag I, dem Nachtrag IIa und dem Nachtrag IIb schliesslich den zweiten ordentlichen Nachtrag zum Voranschlag 2020. Dabei ging es um ordentlich verbuchte nachträgliche Kosten des Jahres 2020, nicht um die bereits im Nachtrag IIa und IIb abgesegneten ausserordentlichen Corona-bedingten Kosten. Insgesamt lagen zehn Nachtragskredite über CHF 98.2 Mio. vor, wobei 80 Prozent des gesamten beantragten Nachtragskredits auf die Bundesbeiträge an die Ergänzungsleistungen zur AHV (CHF 53 Mio.) und zur IV (CHF 25 Mio.) entfielen. Die Kosten der Ergänzungsleistungen seien in den Kantonen höher ausgefallen als geplant, weshalb auch die diesbezüglichen Kosten für den Bund gestiegen seien, wie Finanzminister Maurer erklärte. Er sah dies als erstes Anzeichen dafür, dass sich die Situation bei den Ergänzungsleistungen verschärfen könnte und Kantone und Gemeinden hier Probleme bekommen könnten. Keiner der Nachträge war umstritten, die FK-NR und die FK-SR hatten sie zuvor einstimmig angenommen – sie fielen denn ob den bereits genehmigten Budgetnachträgen 2020 in der Höhe von CHF 31.9 Mrd. auch kaum ins Gewicht. Zudem konnte die Schuldenbremse 2020 bei einem erlaubten Defizit von CHF 3.4 Mrd. problemlos eingehalten werden, da ein Grossteil der Corona-bedingten Kosten als ausserordentliche Ausgaben verbucht worden waren und somit die Schuldenbremse nicht belasteten. Einstimmig lösten Nationalrat und Ständerat die dafür nötige Ausgabenbremse und nahmen den Bundesbeschluss über den Nachtrag II zum Voranschlag 2020 an (Nationalrat: 183 zu 0 Stimmen; Ständerat: 39 zu 0 Stimmen).