Depuis le 6 juillet 2020, les personnes ayant séjourné sur un territoire à risque élevé d'infection – figurant sur la liste coordonnée par l'OFSP – ont l'obligation de se mettre en quarantaine durant dix jours (art.2 Ordonnance Covid-19 mesures dans le domaine du transport international de voyageurs). L'ordonnance fédérale indique seulement, d'après l'art.2, al. 2 bis de l'Ordonnance sur les pertes de gain Covid-19, que cette quarantaine «ne donne pas droit à l’allocation». Ainsi, d'après l'Union patronale suisse (UPS), si des employé.e.s se retrouvent en quarantaine – après s'être rendus «sciemment dans un pays à risque d'infection» – alors les employeurs.euses ne seraient pas tenus de verser leur salaire. Toutefois, si l'employé.e y a été envoyé par son employeur.euse ou s'il est en mesure de travailler en télétravail, alors le salaire doit être versé. En cas d'absence dans le contrat de travail d'une obligation pour l'employeur.euse de continuer à verser le salaire, c'est au tribunal de trancher en cas de litige entre les parties concernées. Début août, pour éviter que les quarantaines soient éludées par les employé.e.s, le vice-directeur de l'Office fédéral de la justice (OFJ) a alors demandé que le salaire soit versé, en attendant que les tribunaux règlent la question.