La CER-CE a déposé une motion pour que le système Suisse-Bilanz, qui permet de calculer les bilans de fumure des exploitations, soit adapté à la réalité actuelle. En cela, la commission souhaite que la Confédération prenne en compte les diverses avancées et amélioration en la matière (que ce soit la consommation de fourrage, le potentiel de rendement des cultures, les pratiques des exploitations, etc.). Cela doit se faire en parallèle à la mise en œuvre des objectifs fixés par l'initiative parlementaire sur la réduction des pesticides et des intrants fertilisants (Iv.pa. 19.475). La commission estime également que la marge de tolérance actuelle de dix pour cent d'écart du bilan de fumure doit être maintenue, alors que les autorités ont prévu de la supprimer dans le cadre de la Politique agricole 22+.
Le Conseil fédéral s'est opposé à cette motion estimant, d'une part, que le système allait être adapté plus régulièrement, celui-ci étant entièrement numérisé depuis 2017, et d'autre part, que cette tolérance de dix pour cent n'est, aujourd'hui, plus défendable. En effet, Guy Parmelin a précisé, lors des débats en chambre, qu'elle avait été introduite au tout début de Suisse-Bilanz – il y a de cela 20 ans – pour parer aux imprécisions du système; des imprécisions qui sont aujourd'hui négligeables. Le ministre de l'agriculture a toutefois tenu à préciser que l'OFAG analysait actuellement la possibilité de faire une moyenne du bilan de fumure sur trois ans, ce qui permettrait de mieux prendre en compte les fluctuations annuelles. Pour Guy Parmelin, maintenir ce taux de dix pour cent rendrait toute réduction des intrants fertilisants très compliquée. Malgré cela, la chambre haute a décidé de suivre sa commission, en soutenant, par 26 voix contre 15 et deux abstentions cette motion.

Le Conseil National a soutenu, à l'unanimité, une adaptation de Suisse-Bilanz aux réalités actuelles. Pour autant, la CER-CN a fait une proposition d'amendement au texte initial de sa commission sœur, qui consiste à biffer le maintien actuel de la marge de tolérance de dix pour cent approuvé par le Conseil des Etats. La chambre haute devra donc se prononcer sur cette modification.

La version modifiée par le Conseil national de la motion visant une adaptation de Suisse-Bilanz a été acceptée par 37 voix contre 3, contre l'avis du Conseil fédéral qui s'opposait au texte dans son entier. Ce dernier estimait que la plupart des mesures inscrites dans la motion ont déjà été mises en œuvre et qu'une adaptation permanente est effectuée en collaboration avec les branches concernées. Cela n'aura pas suffi à convaincre le Conseil des Etats. Le Conseil fédéral est donc chargé d'appliquer la motion.