Compte tenu du mauvais exercice 2002 (perte de CHF 980 millions), de la fonte de ses fonds propres à CHF 1,7 milliard en décembre 2002, de la conjoncture et de la crise généralisée dans le transport aérien, Swiss a été obligée de poursuive la restructuration amorcée l’année précédente. Le dégraissage est intervenu pour l’entrée en vigueur de l’horaire d’été. La compagnie a réduit son offre de moyen et court-courriers de 45 destinations: 25 vols ont été retirés et 20 autres ont vu leur fréquence diminuer. (Les destinations moyen et court-courriers sont situées en Europe.) Tous les aéroports suisses ont été touchés. Swiss a supprimé 700 emplois (200 pilotes dont principalement des ex-Crossair, 200 employés dans le personnel de cabine et 300 collaborateurs parmi les cadres et le personnel au sol) et a retiré 20 avions sur une flotte de 129 (1 Airbus A321, 2 Boeing MD-83 et 17 avions régionaux). Les économies escomptées se chiffraient à CHF 100 millions. Bien que les long-courriers n’aient pas été touchés, ces mesures jetaient définitivement le Plan Phoenix, qui prévoit le modèle 26 long-courriers et 26 moyens-courriers, aux oubliettes.

En parallèle de cette restructuration, Swiss a demandé à l'aéroport de Zurich-Kloten (Unique) et Skyguide, ainsi qu’à la Confédération de la soutenir. En réponse, le Conseil fédéral a opposé une fin de non-recevoir aux exigences formulées par Swiss: pas de baisse des impôts sur le carburants, pas de baisse des taxes d’aéroport, pas de rabais chez Skyguide, pas d’injection d’argent public et pas de garantie financière pour l’obtention de crédits. Le gouvernement a par contre institué un comité intitulé "Conditions cadres Swiss" composé de Moritz Leuenberger, Kaspar Villiger et Joseph Deiss. Celui-ci jugera de la nécessité d'agir pour la Confédération et évaluera les conditions cadres, ainsi que les éventuelles mesures de surveillance. Lors de l'assemblée générale, les 860 actionnaires de Swiss, représentant 84,3% des droits de vote, ont approuvé la demande de la compagnie de réduire de la valeur nominale de l'action de CHF 50 à CHF 32. Cette mesure avait été proposée pour que les fonds propres ne dépassent pas la barre de la moitié du capital-actions.

Additionnés à une baisse des liquidités, les mauvais chiffres du premier trimestre – perte de CHF 200 millions due aux surcapacités du secteur aérien, à la concurrence effrénée entre compagnies, aux conséquences du SARS (pneumonie atypique) et de la guerre en Irak sur la demande –, ont entraîné une seconde restructuration d'envergure de la compagnie. Pour l'entrée en vigueur de l'horaire d'hiver, l'offre en sièges/kilomètres a été réduite de 27% et la flotte à 81 appareils. 3'050 emplois à plein temps ont été supprimés: 700 pilotes, 850 flight attendants et 1'500 collaborateurs au sol, dont 850 dans l'administration. Les économies annuelles induites par ces coupes ont été devisées à CHF 1,6 milliard. Swiss ne desservait plus que 72 destinations contre 96, soit 44 pays reliés depuis les aéroports suisses. Le réseau longue distance a été réduit de 40 à 30 destinations, réparties dans 22 pays, celui européen concernait 42 pays au-lieu de 56, dans 22 pays également. Tous les aéroports ont été touchés par cette restructuration; Berne-Belp a disparu du réseau et Lugano-Agno ne conservait plus que des vols vers Zurich. La liaison Genève-Lugano a pu reprendre du service via la reprise de la concession par la compagnie suisse "Flybaboo". La desserte sera toutefois assurée jusqu'au 26 mars 2004 par la compagnie allemande Cirrus, à laquelle l'OFAC a octroyé une dérogation.

Analysant la situation, le comité gouvernemental "Conditions cadres Swiss" a considéré les mesures prises comme nécessaires à la survie de l'entreprise. Le Conseil fédéral, partageant cet avis, a estimé que, malgré la cure d'amaigrissement, il avait été juste de s'engager pour Swiss et le secteur aérien suisse un an et demi auparavant. Le Conseil fédéral a pris deux mesures d'accompagnement destinées à améliorer les conditions cadres de Swiss. La première exonérait la compagnie de l'impôt sur les huiles minérales sur certains vols intérieurs: CHF 6 millions d'économies. La seconde prenait en charge le coût des vols spéciaux (rapatriement des personnes non autorisées à entrer sur le territoire suisse) lorsque le rapatriement a lieu pour des raisons non imputables à Swiss. Les coûts tournent autour de CHF 900'000. Le Conseil fédéral n'a par contre pas pris de décision sur la demande de Swiss de lui pourvoir une déclaration sans engagement ("Letter of Comfort"), ni sur celle de savoir si les crédits d'exploitation à long terme accordés par des investisseurs étrangers pouvaient être assurés entre autres par une garantie contre les risques à l'exportation. L’année 2003 s’est soldée par des chiffres défavorables pour la compagnie aérienne suisse. La perte nette avoisinait les CHF 650 millions, charges de restructuration incluses. De plus, Swiss n’a, hormis une garantie bancaire de CHF 50 millions de British Airways, pas obtenu de ligne de crédit auprès des banques. Quant à la Confédération, elle n’a toujours pas donné suite à la demande de « Letter of Comfort ». (Pour l'exercice 2004, voir ici.)

Lors de l’assemblée générale de mai 2004, les actionnaires ont accepté la proposition du conseil général de réduire la valeur nominale de chaque action de CHF 32 à 18. Arrivée à échéance, la convention de blocage de vente des actions, a été reconduite pour la seconde fois par la majorité des grands actionnaires. Ils conserveront leurs titres une année supplémentaire. Ceux-ci représentent 86% du capital du groupe.

Après avoir obtenu au mois de mars un crédit bancaire de CHF 50 millions grâce à British Airways, Swiss a mis fin à une longue période de prospection en réussissant à décrocher un second crédit de CHF 325 millions auprès d’un pool de cinq banques. Interrogé par deux interpellations de l’UDC (03.3074 / 04.3022) quant à une participation de la Confédération, le Conseil fédéral a rappelé qu’il refusait de mettre à disposition des ressources supplémentaires sous forme de subventions ou de prêts.

Swiss a bouclé l’exercice 2004 avec une perte nette de CHF 140 millions contre CHF 687 millions en 2003. Le chiffre d’affaires a reculé de 11,7% à CHF 3,64 milliards, notamment en raison de mesures de rationalisation. Le résultat d’exploitation a été amélioré de CHF 376 millions, mais reste négatif à CHF -122 millions. A la fin 2004, Swiss disposait de liquidités pour un montant de CHF 481 millions. (Pour les chiffres en 2003, voir ici.)

Suite aux difficultés qu’a éprouvé Swiss sur son réseau régional en 2004, la direction a décidé en janvier 2005 de lancer une nouvelle restructuration afin de supprimer 13 appareils et 1'000 postes de travail.