Im Februar 2021 präsentierte der Bundesrat seine Botschaft zur Änderung des FIFG (BRG 21.026). Das Hauptziel dieser Gesetzesrevision lag darin, der Schweizerischen Agentur für Innovationsförderung Innosuisse bei ihrer Förderpraxis mehr Handlungsspielraum und Flexibilität zu geben. Neu sollen sich Unternehmen, welche bei der Förderung von Innovationsprojekten als Umsetzungspartner fungieren, mit 40 bis 60 Prozent an den Gesamtkosten beteiligen. Im Ausnahmefall soll die Innosuisse auch eine höhere oder tiefere Beteiligungsquote festlegen können. Bisher beteiligten sich die Unternehmen in der Regel zu 50 Prozent an den Kosten. Eine weitere vorgeschlagene Neuerung bestand darin, dass Innosuisse künftig Innovationsprojekte von Start-ups direkt finanzieren kann. Bisher war nur eine indirekte Förderung möglich – beispielsweise in den Bereichen Coaching oder Weiterbildung. Mit dieser gesetzlichen Anpassung soll der Start-up-Szene in der Schweiz zusätzlicher Schub verliehen werden. Zudem soll die Innosuisse auch «bei der Nachwuchsförderung, bei der Förderung des wissenschaftsbasierten Unternehmertums und dem Wissens- und Technologietransfer sowie bei der Entschädigung für indirekte Forschungskosten (Overhead) bei vom Bund unterstützten Technologiekompetenzzentren» mehr Möglichkeiten erhalten. Daneben schlug der Bundesrat auch noch weitere kleinere Änderungen des FIFG vor.

Der Nationalrat befasste sich in der Sommersession 2021 mit der Änderung des FIFG, durch welche die Innosuisse mehr Flexibilität erhalten soll. Der Nationalrat folgte dabei in weiten Teilen dem Vorschlag des Bundesrates, stimmte aber auch einigen wichtigen Änderungsanträgen der Mehrheit der vorberatenden WBK-NR zu. So sprach sich die grosse Kammer etwa dafür aus, dass sich Firmen (die sogenannten Umsetzungspartner) mit 30 bis 50 Prozent Eigenleistung finanziell an von der Innosuisse geförderten Projekten beteiligen müssen. Der Bundesrat hatte eine Bandbreite von 40 bis 60 Prozent vorgeschlagen und wollte die Umsetzungspartner damit stärker zur Kasse bitten. Weiter erhöhte der Nationalrat auch die Obergrenze der Reserven, welche die Innosuisse halten darf. Schliesslich entschied die grosse Kammer – entgegen dem Antrag des Bundesrates –, dass als Stipendien ausgerichtete Forschungs- und Förderbeiträge, die der SNF oder Innosuisse an Nachwuchsforschende vergeben, nicht versteuert werden müssen. In der Gesamtabstimmung sprach sich die grosse Kammer einstimmig, und zwar mit 186 zu 0 Stimmen, für die Gesetzesänderung aus.

Der Ständerat beugte sich als Zweitrat im September 2021 über die Änderung des FIFG. Benedikt Würth (mitte, SG) stellte die Vorlage vor und erläuterte die Beschlüsse der vorberatenden WBK-SR. Die Kommission war zum Schluss gekommen, dass sie dem Nationalrat in der Frage der Obergrenze der Reserven von Innosuisse folgen will. Sie hatte aber drei Differenzen zum Nationalrat geschaffen. Zum einen hatte sie sich dafür ausgesprochen, dass Stipendien an Nachwuchsforschende der Besteuerung unterliegen sollen. Dies entspreche dem Grundsatz der Rechtsgleichheit, argumentierte die Kommission, die damit dem Vorschlag des Bundesrates gefolgt war. Die Vorlage des Bundesrates unterstützte die WBK-SR zum anderen auch mit ihrem Entscheid zur Höhe der Beteiligung der Umsetzungspartner, also derjenigen Firmen, die sich an von Innosuisse geförderten Projekten beteiligen. Sie hatte sich dafür eingesetzt, dass deren Beteiligung bei einer Bandbreite von 40 bis 60 Prozent bleiben soll; damit wollte die Kommission eine höhere Beteiligung als der Nationalrat, der diese bei 30 bis 50 Prozent ansetzen wollte. Darüber hinaus hatte sich die Kommission dafür entschieden, aufgrund der problematischen Situation in Bezug auf die Nicht-Assoziierung der Schweiz an das EU-Forschungsprogramm «Horizon Europe» eine neue Bestimmung einzufügen. Mit dieser neuen Bestimmung soll es der Innosuisse ermöglicht werden, Projekte mit grossem Innovationspotenzial von Jungunternehmen sowie von KMU zu fördern. Dies sei notwendig geworden, weil die fehlende Assoziierung auch die Innovationsförderung treffe. Bundesrat Parmelin zeigte sich mit den Anträgen der WBK-SR einverstanden, auch den neu hinzugefügten Artikel betreffend Horizon Europe schätzte er als sinnvoll ein. Der Ständerat folgte seiner Kommission anschliessend in allen Punkten und stimmte der Vorlage in der Gesamtabstimmung einstimmig zu.

Nachdem der Ständerat zu Beginn der Herbstsession 2021 die Änderung des FIFG beraten und einige Differenzen zum Nationalrat geschaffen hatte, beugte sich die grosse Kammer knapp zwei Wochen später und damit noch in derselben Session bereits wieder über die Vorlage. Die Differenz betreffend die Besteuerung von Stipendien an Nachwuchsforschende konnte rasch behoben werden. Hier folgte der Nationalrat dem Beschluss des Ständerates. Dadurch unterliegen diese Stipendien nun der ordentlichen Besteuerung. Der vom Ständerat aufgrund der Nicht-Assoziierung an Horizon Europe eingefügte Passus betreffend die Förderung von Projekten mit grossem Innovationspotenzial von Jungunternehmen wurde vom Nationalrat ebenso gutgeheissen. Die letzte Differenz betraf die Bandbreite der finanziellen Beteiligung der Umsetzungspartner. Minderheitssprecher Keller (svp, NW), der sich wie der Bundesrat und der Ständerat für eine Beteiligung der Umsetzungspartner in der Höhe von 40 bis 60 Prozent aussprach, erläuterte, dass er eine tiefere finanzielle Beteiligung der Umsetzungspartner für nicht ausgewogen halte; Innosuisse respektive der Bundeshaushalt werde dazu zu stark belastet. Zudem stelle sich die Frage, wie innovativ und zukunftsfähig ein Projekt überhaupt sei, das nur zu 30 Prozent selber finanziert werden könne. Christian Wasserfallen (fdp, BE), der die Position der Mehrheit der WBK-NR vertrat, sprach sich hingegen für eine Bandbreite von 30 bis 50 Prozent aus und begründete dies mit der Tatsache, dass eine tiefere Beteiligung der Industriepartner dafür sorgen könne, dass auch Projekte aus Disziplinen, die nicht sehr wertschöpfungsintensiv seien, umgesetzt werden könnten.
Der Nationalrat folgte dem Antrag der Mehrheit und blieb damit bei einer niedrigeren Beteiligung als dies der Ständerat zuvor gefordert hatte. Diese letzte Differenz konnte folglich nicht bereinigt werden.

Die beiden Räte konnten in der Wintersession 2021 die letzte Differenz bei der Änderung des FIFG ausräumen. Einmal mehr vermochte sich der Ständerat durchzusetzen, womit sich die Umsetzungspartner künftig mit einer Bandbreite von 40 bis 60 Prozent am von Innosuisse unterstützten Projekt beteiligen müssen.
In den Schlussabstimmungen nahmen die Räte den Entwurf jeweils einstimmig an.