Nach dem Rücktritt von Peter Schmid (sp) und Andreas Koellreuter (fdp) versuchte die SP, ihren zweiten Sitz, den sie vor vier Jahren an die SVP verloren hatte, zurück zu gewinnen. Sie schickte Gewerkschafter und Landrat Urs Wüthrich, der in der Regierungsratsersatzwahl 2000 nur knapp gescheitert war, und Nationalrätin Susanne Leutenegger Oberholzer ins Rennen. Ausserdem ging sie erstmals ein Bündnis mit den Grünen ein, die mit Nationalrätin Maya Graf antraten. Diesem links-grünen Trio stand ein Quartett gegenüber, das wie bereits vor den letzten Wahlen dank der bürgerlichen Zusammenarbeit „BüZa“ zustande gekommen war und das aus den drei bisherigen Regierungsmitgliedern und der neuen FDP-Kandidatin Sabine Pegoraro bestand. Bei den Wahlen im März erzielte der freisinnige Finanzdirektor Adrian Ballmer das beste Resultat, gefolgt von Baudirektorin Elsbeth Schneider (cvp). Sabine Pegoraro (fdp) belegte den dritten Rang, vor dem amtierenden Volkswirtschaftsdirektor Erich Straumann (svp). SP-Landrat Urs Wüthrich erreichte Rang fünf. SP-Nationalrätin Susanne Leutenegger Oberholzer erreichte zwar das absolute Mehr, schied aber als überzählig aus. Knapp unter dem absoluten Mehr lag die grüne Nationalrätin Maya Graf. Weit abgeschlagen auf dem letzten Platz landete der Kandidat der Schweizer Demokraten. Damit setzt sich die Baselbieter Regierung wie bisher aus zwei FDP- sowie je einem CVP-, SP- und SVP-Mitglied zusammen. Neu gehören ihr zwei Frauen an.

Bei den Gesamterneuerungswahlen in fünf Kantonen (AR, BL, LU, TI, ZH) kam es parteipolitisch in Appenzell Ausserrhoden, in Zürich und in Luzern zu Sitzverschiebungen: Während Jakob Frei (svp) in der Ostschweiz den Sitz des zurückgetretenen Werner Niederer (sp) eroberte, setzte sich die SVP in den Kantonen Tessin und Luzern trotz Erfolgen bei den Parlamentswahlen nicht durch. Der CVP hingegen gelang es, ungeachtet der Verkleinerung der Luzerner Regierung von sieben auf fünf Mitglieder, ihre absolute Mehrheit zu verteidigen. Dafür musste sie in Zürich den Sitz des zurückgetretenen Ernst Buschor der Sozialdemokratin Regine Aeppli überlassen. Die SP verteidigte in Luzern ihr einziges Mandat erfolgreich; Yvonne Schärli folgte auf Paul Huber. In Basel-Land und im Tessin hingegen blieb die parteipolitische Zusammensetzung der Regierung unverändert; im Tessin wurde damit die bisherige Regierung erstmals seit 1951 ohne personellen Wechsel bestätigt.

Bei den Ersatzwahlen war die Linke besonders erfolgreich: In Genf wurde Charles Beer (sp) Nachfolger von Micheline Calmy-Rey (sp), die in den Bundesrat gewählt worden war. Er profitierte von der Uneinigkeit der bürgerlichen Parteien, die sich nicht auf einen Kandidaten festlegen konnten. Den Solothurner Sozialdemokraten gelang es mit Roberto Zanetti, ihren 1985 an die CVP verlorenen zweiten Regierungssitz zurück zu erobern.

In den sieben Gesamterneuerungswahlen konnten die Frauen ein zusätzliches Regierungsmandat hinzugewinnen: In Zürich trat Regine Aeppli (sp) die Nachfolge von Ernst Buschor (cvp) an, in Basel-Land folgte Sabine Pegoraro (fdp) auf Andreas Koellreuter (fdp). Für die zurücktretende Marianne Kleiner (fdp) hingegen wählten die Appenzell Ausserrhoder Wahlberechtigten einen Mann in die Regierung; in der von sieben auf fünf Mitglieder reduzierten Luzerner Regierung ist mit Yvonne Schärli (sp) weiterhin nur eine Frau vertreten, die Christlichdemokratin Margrit Fischer musste auf eine Kandidatur für den zweiten Wahlgang verzichten, weil sie im ersten Wahlgang von den vier offiziellen CVP-Bewerbern das schlechteste Resultat erzielt hatte. Gesamtschweizerisch belegten die Frauen Ende 2003 34 von 158 Regierungssitzen (21,5%; 2002: 21,3%). Gemessen am Gesamttotal ihrer Regierungssitze (7) stellen die Liberalen mit drei Exekutivmitgliedern den höchsten Frauenanteil (42,9%), gefolgt von der SP mit 36,7% (11 von 30 Regierungsmitgliedern) und der FDP mit 27,9% (12 von 43 Mandaten). Bei den Bundesratsparteien ist der Frauenanteil bei der CVP mit 8,5% (4 von 47 Sitzen) am kleinsten; bei der SVP beträgt er 17,6% (3 von 17 Sitzen). Von einem reinen Männergremium regiert werden sechs Kantone (AI, AG, SH, SZ, TG, VS).

Bei den Baselbieter Regierungsratswahlen hat die CVP, welche seit 55 Jahren in der Regierung vertreten war, eine Allianz mit der FDP und der SVP ausgeschlagen, und büsste ihren Sitz zugunsten der FDP ein. Letztere ist somit wieder mit zwei Sitzen vertreten, nachdem sie in einer Ersatzwahl vor zwei Jahren ein Mandat an die SP verloren hatte. Der freisinnige Herausforderer Andreas Koellreuter übertraf sogar den bisherigen Sanitätsdirektor Werner Spitteler (svp) um 6'000 Stimmen. Dieser konnte sich mit ca. 2'000 Stimmen Vorsprung vor dem Christlichdemokraten Max Kamber, welcher als überzählig ausschied, plazieren. Die einzige Regierungsratskandidatin, Dorothee Widmer von der GP – drei Parteigruppierungen traten vereint als "Grünes Baselbiet" an – und Peter Brunner von den SD blieben chancenlos. Baudirektor Edi Belser (sp), der als Beirat der Widerstandsorganisation P-27 in die Schlagzeilen geraten war, erreichte das beste Resultat.