Im Juni 2019 machte das EDA per Medienmitteilung öffentlich, dass es Pilatus ab sofort sämtliche Dienstleistungen in Saudi-Arabien und den Vereinigten Arabischen Emiraten (VAE) verbiete. Es stützte sich dabei auf das Bundesgesetz über die im Ausland erbrachten Sicherheitsdienstleistungen (BPS), gegen welches die Pilatus Flugzeugwerke AG in zwei Fällen verstossen habe. Unter anderem hatte Pilatus in Saudi-Arabien und den Vereinigten Arabischen Emiraten insgesamt 80 PC-21 und dazugehörige Unterstützungsdienstleistungen, wie beispielsweise Ersatzteilmanagement, technischen Support, Problembehebung am Flugzeugtyp PC-21 und an Simulatoren, verkauft. Problematisch war dies, da sowohl die VAE wie auch Saudi-Arabien gemäss der Zeitung La Liberté der sogenannten Jemenallianz angehörten und aktiv in den Jemen-Krieg eingegriffen hatten. Das EDA schrieb in seiner Medienmitteilung, dass die Direktion nach ausführlicher Überprüfung des Falls zum Schluss gekommen sei, dass die Tätigkeiten von Pilatus in besagten Ländern nicht mit den aussenpolitischen Zielen des Bundes vereinbar seien, da derartige Dienstleistungen als «logistische Unterstützung von Streitkräften» gälten. Somit verstiess Pilatus gegen Artikel 1 Buchstabe b des BPS, wonach das Gesetz dazu beitragen solle «die aussenpolitischen Ziele der Schweiz zu verwirklichen».
Darüber hinaus fielen derartige Dienstleistungen laut BPS unter eine Meldepflicht beim EDA, gegen welche Pilatus möglicherweise ebenfalls verstossen habe, war der Medienmitteilung zudem zu vernehmen. Aus diesem Grund habe die Politische Direktion des EDA eine Anzeige bei der Bundesanwaltschaft eingereicht. Laut Basler Zeitung sehe Pilatus die Dienstleistungen jedoch von den durch das Seco autorisierten Exportbewilligungen gedeckt und sei mit den entsprechenden Anschuldigungen des EDA nicht einverstanden. Pilatus blieb somit bis Mitte September 2019 Zeit, um sich geschäftlich aus den beiden Staaten zurückzuziehen. Nicht betroffen davon seien laut Medienmitteilung ähnliche Dienstleistungen, die Pilatus zugunsten von Katar und Jordanien ausgeführt habe.
Im September desselben Jahres errang Pilatus zumindest einen Teilerfolg, als das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde, welche das Unternehmen kurz nach Bekanntwerden gegen das Tätigkeitsverbot erlassen hatte, guthiess. Dadurch traten die Anordnungen des EDA bis auf Weiteres nicht in Kraft und Pilatus durfte weiterhin in den beiden Staaten operativ tätig sein. Die Basler Zeitung bezeichnete den Zeitgewinn für Pilatus als «entscheidend, um auf dem politischen Parkett gegen das EDA vorzugehen». So habe das Unternehmen die Möglichkeit, bis zum endgültigen Entscheid eine kulantere Auslegung des BPS durch das Parlament zu erreichen, wurden doch die entsprechenden Motionen Wicki (fdp, NW; Mo.19.3991) und jene der SPK-SR (Mo. 19.4376) sowie das Postulat Schilliger (fdp, LU; Po.19.4297) in der Wintersession 2019 angenommen.