Si de nombreux indépendantes et indépendants n'ont pas pu bénéficier des crédit-relais ou du chômage partiel car la fermeture de leur business n'avait pas été décrétée, ils ont néanmoins perdu jusqu'à 90% de leur revenus dans une économie qui tourne au ralenti à cause de la crise Covid-19. Cette situation concerne près de 270'000 indépendantes et indépendants tels que les chauffeurs de taxi, les phytothérapeutes, les graphistes, les ergothérapeutes ou encore les ostéopathes. Après de nombreux échanges avec le Conseil fédéral, une solution a finalement été trouvée. Les indépendantes et indépendantes pourront bénéficier, avec effet rétroactif au 17 mars 2020, de l'allocation perte de gain (APG) à hauteur de 196 francs suisses par jour. Cette décision a été prise en concertation entre le Secrétariat d'Etat à l'économie (Seco) et l'Office fédérale des assurances sociales (OFAS). Elle aura un coût estimé à 1,3 milliards de francs suisses. Les indépendantes et indépendants ont donc obtenu gain de cause après avoir menacé de manifester.

Dans le cadre de la crise du Covid-19, le soutien aux indépendantes et indépendantes a été prolongé jusqu'au 16 septembre. Cette aide, liée à l'allocation perte de gain (APG), avait disparu entre fin mai et début juin avec la suppression des restrictions liées au Covid-19.

Le groupe de l’Union démocratique du centre (UDC) a déposé une motion afin de prolonger les indemnisations des indépendants touchés par les mesures liées au Covid-19. Le parti politique estime que tant que des mesures imposées par le Conseil fédéral restreignent les activités des indépendants, ils doivent pouvoir bénéficier de l’allocation perte de gain ou de l’indemnité pour réduction de l’horaire de travail (RHT). Le parti agrarien estime que cette motion soulage les indépendants et ne crée pas une aide illimitée dans le temps.
Le Conseil fédéral s’est opposé à la motion. D’abord, il a précisé que les indépendants touchés par les mesures ont continué de bénéficier des allocation perte de gains tant que des mesures du Conseil fédéral étaient en place. Ensuite, il a précisé que l’accès au RHT avait pour objectif d’éviter des licenciements à court terme, or les indépendants et les personnes ayant une position assimilable à un employeur ne sont pas les premières concernées par des licenciements à court terme. Finalement, il a rappelé que l’Ordonnance sur les pertes de gains Covid-19 a été adaptée pour prendre en compte la suppression de la plupart des évènements en Suisse. Au final, la motion a été adoptée par le Conseil national par 147 voix contre 35 et 13 abstentions. L’UDC (53) a été rejoint par 23 voix du PLR, 37 voix du PS, 29 voix des Verts, 4 voix du groupe du Centre et 1 voix des Vert’libéraux.

La motion du groupe UDC a été rejetée tacitement par le Conseil des Etats. La chambre des cantons a suivi sa Commission de l'économie et de redevances (CSSS-CE) qui préconisait à l'unanimité un rejet de la motion. Les sénateurs et sénatrices ont estimé que l'entrée en vigueur de la loi Covid-19 rendait la motion superflue.

A la suite de la crise du Covid-19, la question du soutien aux indépendants a été posée sur la table du Parlement à de nombreuses reprises, notamment à travers les motions 20.3862 et 20.3825. S'appuyant sur l'urgence de ces motions, les parlementaires ont même obtenu la tenue d'une session extraordinaire selon la loi sur le Parlement (LParl).
La parlementaire Maya Graf (verts, BL) a également déposé une motion pour prolonger l'accès à l'allocation perte de gain (APG) pour les indépendants touchés directement ou indirectement par les mesures découlant du Covid-19. La parlementaire préconisait une prolongation jusqu'au 16 septembre 2020.
Alors que le Conseil fédéral y était favorable, Maya Graf a décidé de retirer sa motion. En effet, si la motion demandait une prolongation jusqu'au 16 septembre 2020, elle a été débattue en chambre que le 9 septembre 2020, ce qui a fortement réduit sa pertinence.

Le sénateur Werner Salzmann (udc, BE) a déposé une motion qui vise la prolongation des indemnisations des indépendants touchés par les mesures liées au Covid-19. Cette motion est identique à la motion 20.3825 déposée par l'ensemble du Groupe UDC au Conseil national. Pour être précis, le sénateur considère que tant que des mesures imposées par le Conseil fédéral restreignent les activités d’indépendants, ils doivent pouvoir bénéficier de l’allocation perte de gain (APG) ou de l’indemnité pour réduction de l’horaire de travail (RHT).
Le Conseil fédéral s’est opposé à la motion. D’abord, il a précisé que les indépendants touchés par les mesures ont continué de bénéficier des allocation perte de gains tant que des mesures du Conseil fédéral étaient en place. Ensuite, il a précisé que l’accès au RHT avait pour objectif d’éviter des licenciements à court terme, or les indépendants et les personnes ayant une position assimilable à un employeur ne sont pas les premières concernées par des licenciements à court terme. Finalement, il a rappelé que l’Ordonnance sur les pertes de gains Covid-19 a été adaptée pour prendre en compte la suppression de la plupart des évènements en Suisse. Lors du vote au Conseil des Etats, la motion a été rejetée par 20 voix contre 14 et 9 abstentions, sans débat. Le Conseil des Etats semble donc prendre une direction inverse du Conseil national qui à, quant à lui, adopté la motion 20.3825.

En juin 2023, la conseillère aux Etats Johanna Gapany (plr, FR) a déposé une motion chargeant le Conseil fédéral d'agir pour que l'Administration fédérale cesse d'assimiler un bénéfice de liquidation résultant d'une cessation d'activité à une sortie de liquidité. En effet, cette pratique est, selon Johanna Gapany, interdite par la réglementation relative aux aides pour les cas de rigueur. La sénatrice indique que les entreprises qui ont bénéficié d'aides pour les cas de rigueur sont soumises à des restrictions, telles que l'interdiction de distribuer des dividendes, de rembourser des apports de capital ou d'octroyer des prêts à leurs propriétaires. Cependant, ces restrictions sont levées en cas de remboursement des aides reçues. En revanche, les ordonnances en vigueur n'interdisent pas aux entreprises ayant reçu des aides pour les cas de rigueur de réaliser un bénéfice de liquidation suite à une cessation d'activité pour diverses raisons, telles que la fin de bail, la maladie ou la retraite planifiée depuis longtemps. L'objet de la motion porte donc sur le fait que l'Administration fédérale considère à tort qu'un bénéfice de liquidation après une cessation d'activité est similaire à une sortie de liquidité, ce qui est interdit par les ordonnances, et que cette interprétation ne trouve pas de fondement dans le texte de ces ordonnances.
Le Conseil fédéral a exprimé son avis le 6 septembre 2023, en proposant de rejeter la motion. La position de l'exécutif est motivée par le fait que la loi sur les subventions (LSu, art. 29) s'applique de manière subsidiaire, exigeant la restitution de l'aide en cas de non-respect des conditions. L'intention du Parlement était de soutenir les entreprises dans une période de forte baisse de chiffre d'affaires due à la pandémie. Ainsi, l'entreprise bénéficiaire doit pouvoir compter sur cette aide pendant l'exercice au cours duquel elle a été accordée et les trois exercices suivants. Selon la loi, si un bénéfice ou un dividende de liquidation imposable est réalisé avant la fin de cette période, alors l'aide n'a pas été utilisée conformément à son objectif initial, entraînant une demande de restitution. Le Conseil fédéral souligne finalement qu'étant donné que la LSu est applicable de manière subsidiaire, il n'y a pas de lacune légale.
Fin septembre 2023, par une motion d'ordre de Thierry Burkart (plr, AG), la motion de Johanna Gapagny a été transmise à la commission compétente pour un examen préalable. En octobre 2023, la Commission de l'économie et des redevances CER-CE a annoncé par voie de communiqué de presse qu'elle a décidé d'ajourner ses travaux sur la motion car elle a besoin de plus d'informations de la part de l'Administration. Les travaux sur la motion doivent reprendre dans le premier trimestre de 2024.

En février 2024, la Commission de l'économie et des redevances du Conseil des Etats (CER-CE) a publié un rapport visant la modification des bases légales concernant le remboursement d'aides aux entreprises pour les cas de rigueur lors de la pandémie de COVID-19. Dans le rapport, la CER-CE explique qu'elle soutient l'objectif de la motion, dont le but est de restaurer l’égalité de traitement entre les entreprises individuelles – dans lesquelles les actifs privés et commerciaux ne sont pas séparés – et les autres formes d’entreprises. La commission estime que cette modification est importante pour les entreprises qui subissent cette iniquité, même si elle ne concerne que quelques cas, en majeure partie dans le domaine de la gastronomie. De ce fait, la CER-CE a recommandé l'adoption de la motion par 8 voix contre 2 et 2 abstentions.
Lors de la session de printemps 2024, le débat a été ouvert par Werner Salzman (udc, BE), qui s'est exprimé au nom de la commission. Après avoir évoqué les principaux points de la motion, il a expliqué que la CER-CE estime qu'il est relativement facile de vérifier si un bénéfice de liquidation provient des fonds propres de l'entreprise ou des aides reçues pour les cas de rigueur. En second lieu, la motionnaire Johanna Gapany (plr, FR) est intervenue pour rappeler la confusion actuelle entre le prêt COVID-19 et les aides pour les cas de rigueur, qui ont des objectifs différents malgré un contexte similaire. Elle s'est également exprimée pour préciser le problème d'inégalité de traitement pour les entreprises de type «raison individuelle». Ensuite, Esther Friedli (udc, SG), ancienne membre de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national (CER-CN), est intervenue pour soutenir la motion de la députée Gapany, reconnaissant que les travaux législatifs relatifs aux aides pour des cas de rigueur durant la pandémie de Covid-19 n'avaient pas suffisamment pris en compte les particularités des entreprises individuelles, notamment la confusion entre les actifs commerciaux et privés.
En dernier lieu, le ministre de l'économie Guy Parmelin s'est exprimé contre cette motion. Il a notamment argumenté que des solutions pour les entreprises individuelles existent déjà, citant l'article 29 de la loi sur les subventions (LSu). De plus, le conseiller fédéral estime qu'il serait complexe et tardif d'adapter les bases légales, la plupart des restrictions expirant à la fin 2024 pour les aides perçues en 2021. A l'argument de l'égalité de traitement, il a opposé qu'un changement de base légale pénaliserait les entreprises qui ont respecté les conditions jusqu'ici et remboursé les aides. Lors du vote de la chambre haute, les arguments du Conseil fédéral n'auront pas su convaincre, puisque la motion a été acceptée par 36 voix, aucun refus et 4 abstentions.

En avril 2024, la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national (CER-CN) a rendu un rapport à l'attention de son conseil concernant la motion de Johanna Gapany (plr, FR) portant sur les aides pour les cas de rigueur dans le contexte des mesures prises par l'Etat pour atténuer les conséquences économiques de la pandémie de Covid-19. Dans ce document, la majorité de la commission soutient la motion par 14 voix contre 8 et 2 abstentions. Cette majorité considère que la pratique actuelle peut engendrer une inégalité de traitement injustifiée envers les entreprises individuelles, où la fortune commerciale et la fortune personnelle ne sont pas distinctes. Le rapport souligne également que pour ces entreprises, les bénéfices de liquidation représentent souvent la prévoyance vieillesse des propriétaires. Cependant, la minorité de la commission partage l'avis du Conseil fédéral, estimant que les règles sont claires depuis l'entrée en vigueur de la loi et qu'il est crucial de ne pas pénaliser les entreprises qui ont respecté ces règles jusqu'à présent. Cette minorité rappelle également que l'ordonnance établit seulement le cadre de la participation financière de la Confédération, tandis que les aides pour les cas de rigueur sont du ressort des cantons, responsables de leur conception et de leur mise en œuvre.
En mai 2024, lors du débat en chambre, Philipp Matthias Bregy (centre, VS) s'est exprimé au nom de la CER-CN. Pour argument principal, il a expliqué que lors de la création de l'ordonnance sur les cas de rigueur Covid-19 de 2020, le Parlement n'avait pas envisagé les cas où des entreprises individuelles devraient liquider leurs actifs en raison de décès, maladie, retraite ou autres raisons. Ceci crée des gains de liquidation comptable, menant à des obligations de rembourser les aides, ce qui crée une iniquité par rapport aux entreprises de type «personne morale». Olivier Feller (plr, VD) est ensuite intervenu pour expliquer qu'une application homogène de cette règle est nécessaire, car les administrations fédérales et cantonales ont plusieurs fois changé leurs pratiques, créant une confusion pour l'application de la loi et des ordonnances. Au nom de la minorité, Thomas Burgherr (udc, AG) est également monté à la tribune pour appeler au respect du principe de subsidiarité, les cantons étant responsables de la mise en œuvre des aides pour les cas de rigueur. Il a argumenté qu'une modification de la base légale créerait une inégalité de traitement envers les entreprises ayant respecté les règles existantes. En dernier lieu, le ministre de l'économie Guy Parmelin s'est appuyé sur l'article 29 de la loi sur les subventions (LSu) pour rappeler qu'il existe déjà quatre cas de figure dans lesquels les cantons peuvent renoncer à une partie des demandes de remboursement (en cas de décès, d'incapacité de longue durée, en cas d'atteinte de l'âge de l'AVS ou de non-prolongation de la concession d'exploitation). Selon le ministre, les problèmes frappant les entreprises individuelles ont en grande partie pu être réglés.
A l'issue du débat au sein de la chambre basse, aucun parti n'aura été convaincu par l'argumentaire de la minorité de la CER-CN et de Guy Parmelin, à l'exception d'une majorité des Vert'libéraux et de quelques parlementaires UDC. Le Conseil national a ainsi accepté la motion par 150 voix (25 PLR, 37 PS, 41 UDC, 17 Vert-e-s, 29 Centre, 1 Vert'libéraux) contre 28 (1 PLR, 18 UDC, 1 Vert-e-s, 8 Vert'libéraux) et 7 abstentions.