Pour endiguer la crise du Covid-19, le canton du Tessin a été au-delà des exigences du Conseil fédéral. Il a décidé de suspendre les chantiers, de fermer toutes les industries n'exerçant pas leurs activités dans des domaines essentiels comme l'alimentation ou la santé, et d'appliquer une nouvelle réglementation aux hôtels. Pour Berne, le régime tessinois était illégal car c'est à la Confédération de manœuvrer en cas de «situation extraordinaire». Les mesures n'étaient pas conformes au droit fédéral – comme l'a indiqué le directeur de l'Office fédéral de la justice (OFJ) Martin Dumermuth – puisque seuls les chantiers et les exploitations ne respectant pas les recommandations en matière d'hygiène et de distance devaient fermer; les autres entreprises ne devaient pas cesser leurs activités. Le président du Conseil d'Etat tessinois, Christian Vitta (TI, plr), a rétorqué qu'une gestion uniforme sur tout le territoire ne faisait pas de sens car la propagation du virus était différente entre les cantons. Cette situation, qui a duré plusieurs jours, n'a pas été sans conséquence pour l'économie régionale. En effet, une cessation d'activités en raison d'une injonction cantonale illégale, ne permettait pas aux entreprises d'être indemnisées pour le chômage partiel. Pour les entreprises de constructions tessinoises, il semblait peu probable qu'elles recourent à la justice pour être indemnisé, puisqu'une demande d'arrêt des chantiers avait été adressée aux autorités de la part d'acteurs du secteur.

Le 21 mars 2020, le Conseil fédéral a fait un pas en direction d'un compromis :«Si la situation épidémiologique d'un canton implique un risque pour la santé publique, le Conseil fédéral peut autoriser ce canton à ordonner, pour une durée limitée, la restriction ou l'arrêt des activités dans des branches entières de l'économie. Les entreprises qui respectent de manière crédible les mesures d'éloignement social et d'hygiène peuvent poursuivre leurs activités» (art. 7e Ordonnance 2 Covid-19). Afin d'éviter un patchwork fédéraliste et préserver une gestion unifiée de la crise, le Conseil fédéral a alors posé quelques conditions – un système de santé arrivant à saturation même après le soutien d'autres cantons, difficulté à respecter les mesures de prévention pour le secteur économique et fonctionnement entravé par le manque de main-d'œuvre transfrontalière, et approbation des restrictions par les partenaires sociaux. En contrepartie, les cantons bénéficiant de la clause d'exemption devaient autoriser la reprise des activités si une entreprise prouvait le respect de la réglementation de l'OFSP. Le canton du Tessin remplissait tous les critères, comme l'a évoqué Alain Berset, pour formuler une demande au Conseil fédéral.

Le 28 février 2020, la «situation particulière» au sens de la loi sur les épidémies (LEp) a été promulguée après que les cantons aient été consultés. Si les manifestations de plus de 1'000 personnes ont été interdites par le Conseil fédéral, en deçà la décision revenait aux cantons (art.2 Ordonnance sur les mesures destinées à lutter contre le coronavirus (Covid-19)). Le canton du Tessin a été le premier à ordonner la fermeture des restaurants, cafés, bars et magasins non alimentaire. Pour la restauration, il a été suivi quelques jours plus tard par les cantons de Bâle-Campagne, du Jura et de Neuchâtel. Neuchâtel a même interdit toutes manifestations publiques. Alors que le Tessin et le Valais avaient demandé une fermeture beaucoup plus hermétique de la frontière avec l’Italie, le Conseil fédéral s'est contenté – le 13 mars 2020 dans l'Ordonnance 2 Covid-19 – de renforcer les contrôles Schengen au sud des Alpes. Les cantons romands – qui ont réclamé des mesures plus sévères auprès du Conseil fédéral – ont aussi pris les devants en annonçant la fermeture des écoles et des établissements publics.

Essuyant de nombreuses critiques de la part des scientifiques, du monde médical et particulièrement du Tessin, le Conseil fédéral a alors décrété – le 16 mars 2020 – la «situation extraordinaire». Aux commandes, il a, dès lors, pu ordonner les mesures nécessaires pour tout ou autre partie du pays (art. 7 LEp). Confiant l'exécution des ordonnances fédérales aux pouvoirs cantonaux, la participation des cantons restait essentielle à leur mise en œuvre. Le 21 mars 2020, après que le Tessin a notamment été dans l'illégalité en allant au-delà des exigences du Conseil fédéral s'agissant des chantiers et des industries, le Conseil fédéral a décidé de permettre – sous certaines conditions – aux cantons de restreindre ou d'arrêter les activités dans des branches entières de l'économie. Au fur et à mesure des semaines, l'Ordonnance 2 Covid-19 a été à plusieurs reprises révisées en fonction de la situation sanitaire jusqu'à la fin de la situation extraordinaire fixée au 19 juin 2020. Les cantons ont pu retrouver certaines compétences comme par exemple pour l'instruction publique dès la fin avril, s'agissant de la reprise des cours pour les degrés primaires et secondaires agendée le 11 mai 2020.

De retour en «situation particulière», les cantons ont retrouvé à nouveau une certaine autonomie. Ils ont en priorité la compétence d'agir en cas de nouvelle augmentation d'infections liées au Coronavirus. Ils devront prendre les mesures qui s'imposent, en privilégiant celles qui ont fait leurs preuves. De son côté, le Conseil fédéral a chargé les différents départements fédéraux à se préparer pour pouvoir réagir. Fin juillet, le Comité directeur de la Conférence des directrices et directeurs cantonaux de la santé (CDS) tirait un bilan plutôt positif de la reprise par les cantons de la responsabilité d'une grande partie des mesures de lutte contre la Covid-19. Bien que la responsabilité partagée entre la Confédération et les cantons puisse engendrer des réglementations cantonales divergentes, les échanges relatifs aux mesures prévues ou adoptées «fonctionnent bien» selon le comité.

Nachdem der Bundesrat die Rückkehr von der ausserordentlichen Lage in die besondere Lage auf den 19. Juni 2020 festlegte, übernahmen die Kantone – und damit auch die GDK – wieder grösstenteils die Verantwortung für die Bekämpfung der Covid-19-Pandemie. Der Bundesrat, das BAG und die aus Vertreterinnen und Vertretern der Wissenschaft bestehende Coronavirus-Task Force überwachten die Kantone jedoch laufend und gaben Empfehlungen ab. In den darauffolgenden Monaten wurde dieses föderalistische Corona-Regime immer wieder gefordert und kam teilweise auch an seine Grenzen, wie verschiedenste Medien berichteten.

Keine zwei Wochen nach der Aufhebung der ausserordentlichen Lage wurden erstmals seit Ende April wieder mehr als 100 Neuinfektionen an einem Tag gemeldet. Schon bald informierten einzelne Kantone, beispielsweise Zürich, dass sie beim Nachverfolgen der Infektionsketten (Contact Tracing) an ihre Grenzen stiessen. Die Kantone arbeiteten in der Folge daran, ihre Contact Tracing-Kapazitäten laufend auszubauen. Da aber auch die Fallzahlen über den Sommer stetig zunahmen, nahm der Druck auf das Contact Tracing nicht ab. Mitte August kritisierte Andy Fischer, der CEO des vom Bundesrat mit dem Betrieb der Infoline zur SwissCovid-App beauftragten Unternehmens Medgate, die Kantone und ihr Contact-Tracing scharf. Demnach würden sich die Kantone weigern, die SwissCovid-App mit einer wirksamen Rückverfolgung zu unterstützen – aus Angst vor einer Überbelastung des «klassischen» Contact Tracings. Die App sei damit praktisch nutzlos, monierte Fischer weiter. Verschiedene Kantonsärzte wehrten sich gegen diese Vorwürfe. Laut ihnen sei eine einzig auf Daten einer App beruhenden Quarantäneanordnung juristisch heikel, erklärten sie gegenüber den Medien.

Bei der Kontrolle der Einhaltung der Coronamassnahmen in Betrieben zeigte sich das BAG Ende Juli unzufrieden und forderte die Kantone auf, ihr Monitoring zu verstärken. Laut Auswertungen des SonntagsBlicks gebe es von Kanton zu Kanton riesige Unterschiede bei den Kontrollregimen und die Zahlen lägen sowohl bei der Anzahl Kontrollen als auch beim Anteil an Beanstandungen weit auseinander.

Für weitere Unstimmigkeiten zwischen den Kantonen und dem Bund sorgten die Daten zu Rückkehrern aus Risikoländern. Die Kantone waren auf die Passagierlisten von Einreisenden angewiesen, damit sie stichprobenartig die Einhaltung der Quarantänepflicht von aus Risikogebieten zurückgereisten Personen überprüfen konnten. Die GDK beschwerte sich beim Bund für dessen ungenügende Bereitstellung von Daten, womit eine seriöse Überprüfung kaum möglich sei. Die Zürcher Sicherheitsdirektion kündigte anfangs August an, Zürich werde sich die Flugpassagierdaten künftig selbst bei der Flughafenpolizei besorgen, und bot gleichzeitig anderen Kantonen an, die Daten an sie weiterzuleiten, wovon auch sechs Kantone Gebrauch machten (BE, AG, SH, TI, TG, GL). Der Bundesrat reagierte zuerst kritisch – als Grund gab er Datenschutzbedenken an –, schloss danach aber sogar eine Vereinbarung mit der Zürcher Regierung über eine Kooperation bei den Daten ab und wurde somit zum Leistungsbezüger.

Spätestens ab Ende Juli berichteten verschiedene Zeitungen, die Coronamassnahmen in den Kantonen ähnelten einem «Flickenteppich» – etwa bezüglich einer Maskenpflicht in Einkaufsläden und bei der Obergrenze an Personen oder einer Registrierungspflicht in Clubs und Bars. Das BAG forderte die Kantone deshalb auf, die Massnahmen zu vereinheitlichen und eine Maskenpflicht in allen öffentlichen Innenräumen einzuführen. Anders als bei der Maskenpflicht im öffentlichen Verkehr, die der Bundesrat am 6. Juli schweizweit verfügt hatte, wollte die Regierung aber in diesen Bereichen vorerst keine nationalen Vorschriften beschliessen. Die GDK betonte entsprechend auch, dass die unterschiedlichen Massnahmen in den Kantonen bisher noch problemlos funktionierten. Auch rund drei Wochen später beschränkte sich die GDK auf eine Empfehlung an ihre Mitglieder, gewisse Mindestmassnahmen zu treffen, wie etwa die obligatorische Registrierung in Clubs und eine Maskenpflicht in Einkaufsläden. Doch mehrere Kantone, vor allem in der Ost- und Innerschweiz, ignorierten diese Empfehlung weitgehend.

Obwohl hauptsächlich die Lockerung der Massnahmen auf Bundesebene zu diesem Flickenteppich geführt hatte, preschte der Bundesrat Mitte August vor und beschloss auf Anfang Oktober die Aufhebung der Obergrenze von 1000 Personen bei Grossveranstaltungen. Dies, obschon sich die GDK im Vorfeld gegen die Aufhebung gewehrt hatte, weil sie den Zeitpunkt für verfrüht hielt. Die Kantone konnten sich in der Folge denn auch nicht auf einheitliche Kriterien und Verfahren bei der Bewilligung von Grossanlässen einigen.

Ab anfangs Oktober 2020 stiegen die Coronavirus-Fallzahlen in der Schweiz wieder drastisch an und erreichten ihren Höhepunkt anfangs November mit über 10'000 neu gemeldeten Fällen an einem Tag. Viele Kantone verschärften deshalb ihre Coronamassnahmen ab Mitte Oktober, beispielsweise durch die Einführung einer Maskenpflicht in allen Läden. Doch die Massnahmen in der Schweiz glichen weiterhin einem Flickenteppich, denn die Kantone vermochten sich nicht auf ein einheitliches Vorgehen zu einigen. Die GDK appellierte deshalb Mitte Oktober an den Bundesrat, flächendeckende Massnahmen zu ergreifen, wie etwa eine Maskenpflicht in allen öffentlichen Innenräumen oder Obergrenzen für private Feste. Dieser hatte zwar die Kantone nur zwei Tage zuvor noch explizit in die Pflicht genommen, reagierte dann aber schnell: Am Sonntag, dem 18. Oktober, traf er sich zu einer Notfallsitzung und entschied nach einer «Blitzkonsultation» über das Wochenende, schweizweit eine Maskenpflicht in öffentlichen Innenräumen und bei privaten Treffen ab 16 Personen einzuführen. Neu galt zudem Sitzpflicht in allen Gastrobetrieben. Ganz strikt griff der Bundesrat allerdings nicht durch: So verzichtete er bewusst darauf, erneut die ausserordentliche Lage auszurufen – die neusten Massnahmen konnte der Bundesrat gemäss Epidemiengesetz auch in der besonderen Lage aussprechen. Folglich blieben die Kantone weiterhin in vielen Bereichen in der Verantwortung, etwa bei den Massnahmen in Schulen oder bei den Öffnungszeiten von Clubs und Bars. Bundespräsidentin Simonetta Sommaruga betonte jedoch, Bundesrat und Kantone müssten jetzt zusammenspannen, «damit das ‘Gstürm’ endlich aufhöre».
Da die Fallzahlen weiter stark anstiegen, schickte der Bundesrat bereits am Freitag der darauffolgenden Woche erneut strengere Massnahmen in die Konsultation bei den Kantonen. Diese beinhalteten unter anderem eine Limite von 10 respektive 50 Personen bei privaten und öffentlichen Veranstaltungen, Fernunterricht für Hochschulen, eine ausgedehnte Maskenpflicht und eine Sperrstunde von 23 bis 6 Uhr. Auch diesmal hielt der Bundesrat aber am Verbleib in der besonderen Lage fest.
Da eine Mehrheit der Kantone in der Zwischenzeit bereits ihre eigenen Massnahmen verschärft hatten und viele den Bundesrat aufgefordert hatten, strengere Massnahmen auf nationaler Ebene zu beschliessen, hielt sich ihr Widerstand gegen die neuen Massnahmen in Grenzen. Trotzdem gab es auch Kritik, wie etwa von der St. Galler Regierung, welche monierte, dass eine erneute Verschärfung der Massnahmen verfrüht sei, da ihre Spitalkapazitäten nicht ausgeschöpft seien und die Massnahmen deshalb «unnötigen Schaden» anrichteten. Die St. Galler Kantonsregierung ging gar noch weiter und stellte das gemeinsame Corona-Regime von Bund und Kantonen grundlegend infrage. Dass die Kantone selbst für die «Folgekosten» der Massnahmen aufkommen müssten, ohne diesen zugestimmt zu haben, verletze das Prinzip der fiskalischen Äquivalenz, wonach diejenigen das Sagen haben sollten, welche die Kosten tragen. Der Bundesrat solle stattdessen wieder die ausserordentliche Lage ausrufen, woraufhin der Bund erneut für die gesellschaftlichen und gesamtwirtschaftlichen Folgen der Pandemiebekämpfung verantwortlich wäre und sich folglich an den entstandenen Kosten beteiligen müsste. Der Kanton Zürich kritisierte derweil, dass der Bundesrat beim Verbot von Grossanlässen eine Ausnahme für Demonstrationen beschlossen hatte. Seiner Meinung nach sollten für alle Grossanlässe die gleichen Regeln gelten. Auch in den folgenden Wochen gingen die Diskussionen zwischen Bund und Kantonen weiter. So rügte beispielsweise Gesundheitsminister Alain Berset am 4. November diejenigen Kantone, welche weiterhin nicht dringende Eingriffe und Operationen an Spitälern erlaubten und damit Ressourcen für mögliche Corona-Patientinnen und -Patienten besetzten.

Au cours des mois d'octobre et de novembre 2020, des tensions avaient vu le jour entre la Confédération et les cantons quant aux mesures sanitaires à prendre face à la nouvelle augmentation du nombre de cas de Covid-19. Si un recul du nombre de cas a pu être observé au niveau national à partir de la mi-novembre, ces tensions n'ont pas disparu pour autant. Les situations sanitaires très hétérogènes ainsi que les restrictions plus ou moins strictes selon les régions ont provoqué de nouvelles frictions, entre les cantons qui tenaient absolument à conserver le maximum d'autonomie et ceux qui militaient pour que la Confédération reprenne la main afin de resserrer la vis à l'approche des fêtes de fin d'année.
Le vendredi 4 décembre 2020, constatant que le nombre de cas stagnait à un niveau élevé, le ministre de la santé Alain Berset appelait les cantons à prendre des nouvelles mesures, sans quoi la Confédération se verrait obligée d'intervenir. Cet appel s'adressait avant tout aux cantons alémaniques, qui connaissaient une recrudescence des cas, alors que la situation s'améliorait en Suisse romande, où des mesures plus strictes avaient été prises.
Pourtant, à peine des nouvelles mesures étaient-elles annoncées par les cantons que le Conseil fédéral, trouvant que celles-ci n'allaient pas assez loin, reprenait déjà la main. En effet, le mardi 8 décembre, le gouvernement annonçait une uniformisation des restrictions au niveau national: fermeture des magasins, restaurants et marchés à 19h, limitation des réunions privées à cinq personnes, etc. Alors que le canton de Zürich avait annoncé de nouvelles règles dans l'après-midi lors d'une conférence de presse, celles-ci furent rendues caduques quelques heures plus tard. Cette communication fut critiquée dans les médias zurichois, qui se demandaient comment leur gouvernement pouvait encore être pris au sérieux en étant pris à contre-pied de la sorte par le Conseil fédéral.
Cette annonce du Conseil fédéral provoqua également de vives réactions en Suisse romande. Après avoir pris des mesures très strictes durant les semaines précédentes, la plupart des cantons romands étaient sur le point de rouvrir leurs restaurants et avaient communiqué quelques jours auparavant un assouplissement des restrictions suite à la diminution du nombre d'infections. Le conseiller d'État neuchâtelois Laurent Kurth, président de la Conférence latine des affaires sanitaires et sociales, considérait ces décisions comme «du mépris envers les cantons» de la part des autorités fédérales. Son homologue jurassien Jacques Gerber déplorait que le Conseil fédéral ait exposé ses décisions «de manière abrupte, faisant fi du fédéralisme».
Suite à une consultation des cantons, le Conseil fédéral a alors opté le vendredi 11 décembre pour un compromis. Une exception permettait aux cantons dont le taux de reproduction de la maladie était inférieur à 1 durant sept jours d’affilés et dont le nombre de nouveaux cas était inférieur à la moyenne suisse d'ouvrir les restaurants jusqu'à 23h. L'éclaircie fut néanmoins de courte durée pour les restaurants, puisque le Conseil fédéral annonçait leur fermeture complète le 18 décembre. Les cantons qui bénéficiaient encore du régime d'exception s'y soumirent également les jours suivants – les cantons du Valais, de Neuchâtel, de Fribourg et de Vaud étant les derniers avec des restaurants ouverts jusqu'au 26 décembre.

Les événements évoqués ci-dessus ont provoqué de nombreuses discussions quant à l'efficacité du fédéralisme en temps de crise. C'est particulièrement le manque de coopération entre les cantons qui fut sous le feu des critiques. Il leur a été reproché de vouloir chacun régler leurs problèmes de leur côté. D'autres voix se sont cependant élevées pour saluer la volonté de prendre des mesures différenciées et adaptées à chaque situation, ce qui a suscité de longs et intenses débats, autant dans la sphère politique que dans les médias et la société en général.
Un rapport du KOF s'est intéressé à la question. Il en a conclu que les régimes fédéralistes, comme l'Allemagne, l'Autriche ou la Suisse, affichent de meilleurs résultats en gestion de crise que les systèmes centralisés. Cependant, les auteurs et les autrices de l'étude relèvent une différence entre les systèmes allemand et autrichien, où le fédéralisme repose sur la coopération entre les gouvernements, les Länder et les communes, et le système suisse, considéré comme concurrentiel. Selon Jan-Egbert Sturm, directeur du KOF, «dans ce système, les incitations sont fortes pour les cantons d’adopter une attitude passive, dans l’espoir peut-être que les régions voisines réagissent plus rapidement et que cela avantage son propre canton. Ou alors, à l’inverse, par manque de récompense, les cantons pourraient renoncer à prendre des mesures qui ont un coût financier car elles risqueraient de profiter aux voisins.» Le rapport conclut néanmoins que malgré la crise, ce système a fait ses preuves en de nombreuses situations et ne doit pas être remis en question. De nouveaux outils devraient cependant être mis au point, notamment pour déterminer à quel moment l'état doit reprendre la main.

Alors que la Confédération avait repris la main en fin d'année 2020, la gestion de la crise du Covid-19 a continué à créer des remous durant les premiers mois de l'année 2021. Face à l'augmentation du nombre de cas en janvier, les mesures ont été durcies, avec notamment la fermeture des commerces non-essentiels. Dès lors, des tensions sont apparues entre les cantons qui voulaient un allégement des mesures et ceux qui prônaient la prudence.
Le mois de février, caractérisé par les semaines de relâches hivernales et le beau temps en montagne, fût le théâtre de quelques épisodes démontrant l'esprit frondeur de certains gouvernements cantonaux. Mécontents de la fermeture des restaurants et des terrasses sur les pistes de ski, qui obligeait les touristes à se masser aux alentours pour consommer leur repas, les cantons de Schwyz, Obwald, Nidwald, Uri, Glaris et du Tessin ont contrevenu aux directives fédérales en permettant, explicitement ou tacitement, l'ouverture des terrasses. Après avoir tenté sans succès de convaincre le conseiller fédéral en charge de la santé Alain Berset que leur fermeture était contre-productive, ils ont fait marche arrière et se sont conformés à l'obligation.
Néanmoins, cet événement s'inscrivait dans la volonté globale des cantons d'ouvrir plus rapidement que prévu par la Confédération. Dans cette optique, nombre d'entre eux exigèrent dans le courant du mois de février un calendrier de réouverture clair, permettant ainsi aux citoyennes et citoyens ainsi qu'aux commerces et entreprises touchés par les fermetures d'avoir des perspectives à moyen-terme. Ils s'appuyaient alors sur le nombre de cas à la baisse malgré les variants plus contagieux ainsi que l'arrivée des vaccins pour justifier leurs demandes.
Dans ce climat, le fédéralisme a à nouveau fait l'objet de nombreux débats dans la presse. Ses bienfaits ont notamment été reconnus dans le cadre de la stratégie de test de masse. D'abord déployé dans les Grisons, le système a ensuite été étendu dans toute la Suisse – la Confédération ayant décidé d'endosser les coûts des tests. L'objectif était ainsi de repérer les personnes asymptomatiques, responsables selon l'OFSP de plus de la moitié des transmissions du virus. Le «laboratoire» grison permit ainsi de démontrer l'efficacité de cette stratégie. Le nombre de nouvelles infections dans le canton chuta en effet de 73 pour cent dans les semaines suivant l'introduction, selon le Blick.

Le conseiller national neuchâtelois Damien Cottier (plr, NE) a déposé en décembre 2020 un postulat co-signé par 20 autres parlementaires. Ce postulat demande au Conseil fédéral d'élaborer un rapport sur le fonctionnement du fédéralisme durant la crise du Covid-19, notamment au niveau de la coordination entre les cantons et la Confédération. Les possibles améliorations institutionnelles et organisationnelles devront être examinées sous le prisme des avantages et inconvénients de l'organisation actuelle.
Le Conseil fédéral a proposé d'accepter ce postulat, précisant que ses demandes seront prises en compte dans le cadre de l'évaluation de la gestion de crise pendant la 2e phase de la pandémie de COVID-19.
Le Conseil national a adopté le texte sans discussion.

La CPS-CE prie le Conseil fédéral d'analyser comment la gestion stratégique de crise peut être améliorée pour faire face à des situations de crise nationales. En considérant différents types de crise, il devra détailler quelle coordination avec le Réseau nationale de sécurité et quelles formations – incluant la Formation supérieure des cadres de l'armée et l'Office fédéral de la protection de la population – sont nécessaires pour assurer la capacité de conduite des états-majors dans de tels contextes. Comme préconisé par le Conseil fédéral, le Conseil des Etats a adopté le postulat.

En publiant son rapport, le Conseil fédéral a répondu au postulat de la CPS-CE qui demandait comment la gestion stratégique de crise peut être améliorée afin de lutter contre des situations de crise nationales.

La Commission de la politique de sécurité du Conseil des Etats (CPS-CE) a pris acte du rapport du Conseil fédéral relatif à la gestion des situations de crise par les autorités fédérales. Elle a demandé au Conseil fédéral de lui soumettre son projet d'ordonnance sur l'organisation de crise de l'administration fédérale lorsqu'il serait rédigé.

A la suite de la publication du rapport du Conseil fédéral, rédigé en réponse au postulat de la CPS-CE, qui demandait au Conseil fédéral de réfléchir aux moyens de renforcer la gestion stratégique de crise de la Suisse, le postulat a été classé par le Conseil des Etats dans le cadre de l'examen de l'objet 24.006.

Le groupe libéral-radical demande une évaluation de la gestion de la crise du Covid-19, particulièrement du rôle joué par l'EMFP en vue d'une nouvelle crise. L'article 55 de la loi fédérale sur les épidémies dispose que le Conseil fédéral est conseillé par un organe d'intervention pour les événements représentant un risque particulier pour la santé publique. Or, la comparaison de l'art.4 de l'Ordonnance sur l'Etat-major fédéral Protection de la population (OEMFP) et les instructions concernant la gestion des crises dans l'administration fédérale révèle une correspondance entre les tâches de l'EMFP et de l'état-major de crise ad hoc du Conseil fédéral. Les recoupements et les doubles emplois dans ces états-majors ayant déjà été soulevés par la Chancellerie fédérale, le postulat vise à renforcer l'EMFP.
Le postulat a été adopté sans discussion par le Conseil national, qui a suivi la recommandation du Conseil fédéral. Celui-ci devra entre autres analyser le rôle que peut jouer l'EMFP dans différents scénarios de crise et présenter les moyens, les techniques de travail et les compétences dont il dispose pour la conduite d'événement.

A la suite de la publication du rapport du Conseil fédéral rédigé en réponse au postulat déposé par le groupe libéral-radical, qui demandait de faire le point sur de l'organisation de crise retenue pour faire face à la pandémie de COVID-19 et sur le rôle joué par l'Etat-major fédéral Protection de la population, ce postulat a été classé dans le cadre de l'examen de l'objet 24.006.

Jakob Stark (svp, TG) verlangte per Motion, dass die Führungsstruktur des Bundesrats krisenresilienter werden soll. Die Covid-19-Pandemie habe gezeigt, dass die Krisenführung optimiert werden könne. Die Entscheidungen der Regierung seien teilweise einseitig «von epidemiologischen Gesichtspunkten» geleitet gewesen. Gesundheit, Wirtschaft und Finanzen seien vernachlässigt worden. Mit einem interdepartementalen Bundesratsausschuss und einem ausbalancierten Führungsstab aus verschiedenen Fachkräften, der bereits in einer normalen Lage ernannt werden müsste, könnte eine ausgeglichenere Entscheidungsgrundlage geschaffen werden, begründete Stark seinen Vorstoss.
Der Bundesrat erklärte, dass er eine Verbesserung der Führungsstrukturen in Krisenzeiten ebenfalls als notwendig erachte. Er werde dies sorgfältig evaluieren, gebe aber zu bedenken, dass es zu früh sei, bereits heute Gesetzesgrundlagen dafür zu schaffen, weshalb er die Motion zur Ablehnung empfehle.
In der Ratsdebatte verlangte Daniel Fässler (mitte, AI) mittels Ordnungsantrag, die Motion zusammen mit einer Motion Ettlin (mitte, OW; Mo. 21.3956), mit der gesetzliche Grundlagen für ein Beratungsgremium im Krisenfall geschaffen werden sollen, an die zuständige GPK zur Vorprüfung zuzuweisen. Die GPK untersuche die Bewältigung der Corona-19-Krise detailliert und beziehe dort auch die Führungsstruktur mit ein. Er schlage vor, den GPK-Bericht abzuwarten und die beiden Motionen noch nicht zu beraten, um Doppelspurigkeiten zu vermeiden. Dieser Vorschlag wurde von der Kantonskammer stillschweigend angenommen.

Nachdem die GPK-SR die beiden Motionen von Erich Ettlin (mitte, OW; Mo. 21.3956) und von Jakob Stark (svp, TG; Mo. 21.3722) eingehend beraten hatte, empfahl sie beide zur Ablehnung. Die Idee der Vorstösse war es, die Führungsstruktur des Bundesrats krisenresilient zu machen, indem in einem Krisenfall Gremien oder Ausschüsse eingesetzt werden könnten, die den Bundesrat beraten und unterstützen. In der Ratsdebatte während der Wintersession 2022 begründete Matthias Michel (fdp, ZG) die ablehnende Position der GPK-SR: Die Anliegen seien in der Zwischenzeit überholt. Es seien seit der Einreichung der beiden Vorstösse zahlreiche Motionen und Postulate überwiesen und Berichte dazu verfasst worden – darunter auch spezifisch zur Frage der Einbindung von Fachgremien in Krisenzeiten. Die Kommission habe sich zwar überlegt, die beiden Motionen zu sistieren und das revidierte Epidemiengesetz abzuwarten, habe aber darin keinen Mehrwert erkannt. In der Folge zog Erich Ettlin seine Motion noch während der Debatte zurück. Die Motion von Jakob Stark wurde ohne Abstimmung abgelehnt.

Ein Anliegen aus der Beratung der zweiten Revision des Covid-19-Gesetzes bezüglich der «Swiss National Covid-19 Science Task Force», kurz Swiss Covid Task Force, nahm Erich Ettlin (mitte, OW) im Juni 2021 in einer Motion auf, jedoch ohne die Swiss Covid Task Force ausdrücklich zu erwähnen. Er forderte die Anpassung der rechtlichen Grundlage zu den Beratungsgremien des Bundesrates im Falle einer Epidemie. Demnach solle der Bundesrat während der besonderen oder ausserordentlichen Lage gemäss EpG verwaltungsexterne Gremien mit dem nötigen Fachwissen einsetzen und mandatieren können. Neu sollen diese Gremien dem Kommissionsgeheimnis unterliegen und nur entsprechend eines «im Voraus festgelegte[n] Kommunikationskonzepts» kommunizieren, wie es verschiedene Anträge auch in der Frühjahressession 2021 für die Swiss Covid Task Force gefordert hatten. «Vor sich selbst konstituierenden, einseitig-ausgerichteten und erst noch politischen Gremien ist Abstand zu halten», verlangte Ettlin. Der Bundesrat betonte in seiner Stellungnahme, dass er die Möglichkeit zur Einberufung solcher Gremien bereits habe, und verwies dabei auf die Swiss Covid Task Force sowie auf die «Taskforce BAG Covid-19», welche im Rahmen der Covid-19-Pandemie ebenfalls bereits tätig sei. Er lehne die Motion zu diesem Zeitpunkt ab, da vorgängig eine systematische Auswertung des Krisenmanagements in der aktuellen Pandemie nötig sei – und aktuell auch durchgeführt werde. Er werde allfällig nötige Änderungen dem Parlament als Revision des EpG vorlegen. In der Herbstsession 2021 entschied der Ständerat auf Ordnungsantrag Fässler (mitte, AI) stillschweigend, die Motion der Geschäftsprüfungskommission zur Vorberatung zuzuweisen, da diese auch mit der Evaluation des Krisenmanagements betraut sei.

Im Oktober 2022 empfahl die GPK-SR die beiden Motionen von Erich Ettlin (mitte, OW; Mo. 21.3956) und von Jakob Stark (svp, TG; Mo. 21.3722), welche die Führungsstruktur des Bundesrats krisenresilient machen wollten, indem in einem Krisenfall Gremien oder Ausschüsse eingesetzt werden könnten, zur Ablehnung. In der Zwischenzeit sei das Anliegen überholt, begründete Matthias Michel (fdp, ZG) die ablehnende Position der GPK-SR in der Wintersession 2022. Seit der Einreichung der beiden Vorstösse seien zahlreiche Motionen und Postulate überwiesen und Berichte dazu verfasst worden. In der Folge zog Erich Ettlin seine Motion noch während der Debatte zurück. Die Motion von Jakob Stark wurde ohne Abstimmung abgelehnt.

Anfang März 2022 zog Jacqueline de Quattro (fdp, VD) ihr Postulat zurück, mit dem sie einen Bericht darüber verlangt hatte, wie man das Krisenmanagement optimieren könnte. Man müsse Lehren aus der Coronakrise ziehen, hatte sie ihren Vorstoss begründet. Dem hatte der Bundesrat in seiner Stellungnahme beigepflichtet, aber darauf verwiesen, dass ein entsprechender Bericht bereits im Entstehen sei, weshalb er die Ablehnung des Postulats beantrage. Dies dürfte wohl auch der Grund für den Rückzug des Vorstosses gewesen sein.

Wie kann die institutionelle Krisenresistenz des Bundesrates verbessert werden? Diese Frage stellt die GLP-Fraktion dem Bundesrat, indem sie ihn mittels Postulat beauftragte, einen entsprechenden Bericht zu verfassen. Tiana Angelina Moser (glp, ZH) führte in der Herbstsession 2022 im Nationalrat aus, dass der Bundesrat nicht nur auf die Covid-19-Pandemie, sondern auch auf den Ausbruch des Ukraine-Krieges unvorbereitet gewesen sei. Es habe an Szenarien und vorbereiteten Massnahmen gefehlt, die man in Krisen rasch herbeiziehen könnte. Im Gegenteil habe der Bundesrat «orientierungslos» gewirkt und habe «erst auf Druck von aussen wieder Tritt» gefasst. Es brauche deshalb dringend eine «Gesamtstrategie des Führungsgremiums Bundesrat», so Moser. Die Ratsdebatte war nötig geworden, weil das vom Bundesrat eigentlich zur Annahme empfohlene Postulat von Gregor Rutz (svp, ZH) bekämpft worden war. Er teile zwar die Ansicht, dass der Bundesrat nicht vorbereitet gewesen sei, aber vorausschauendes Regieren könne nicht gesetzlich verordnet werden, sondern funktioniere nur, wenn «man die richtigen Leute in die Gremien» wähle. Das System funktioniere im Gegenteil selbst in einer Krise trotz eines schwachen Bundesrats sehr gut. Wenn man die Führung verbessern wolle, müsse man neue Leute wählen und nicht teure Berichte verfassen, schloss Rutz. Bundeskanzler Walter Thurnherr schliesslich wies darauf hin, dass der Bundesrat bereits daran sei, einen Bericht der Bundeskanzlei zum Krisenmanagement in der Covid-19-Pandemie umzusetzen, weshalb er das Postulat als ergänzenden Auftrag zur Annahme empfehle. Dieser Empfehlung kam eine 115 zu 47 Stimmen-Mehrheit (3 Enthaltungen) der Volksvertreterinnen und Volksvertreter nach. Einzig die geschlossen stimmende SVP-Fraktion (42 Stimmen), vier Mitglieder der Mitte-Fraktion sowie ein Mitglied der FDP-Fraktion lehnten das Postulat ab.

Ende März 2023 legte der Bundesrat seinen Bericht zur Erfüllung dreier Postulate vor, die eine Diskussion von Möglichkeiten für eine verbesserte Krisenorganisation der Exekutive verlangt hatten (Po. 21.3205; Po. 21.3449; Po. 22.3343). Im Kern gehe es im Bericht darum, Instrumente zu finden, mit denen Krisen antizipiert werden können, mit denen erste Schritte zur Bewältigung einer Krise besser geplant werden können und mit denen die Aufgabenteilung zwischen verschiedensten Akteurinnen und Akteuren (Verwaltung, Kantone, Wissenschaft, Akteure aus Wirtschaft und Zivilgesellschaft) besser koordiniert bzw. diese einbezogen werden können. In verschiedenen Auswertungen zum Verhalten in bisherigen Krisen (etwa die erste und zweite Auswertung des Krisenmanagements während der Covid-19-Pandemie der BK, die Auswertungen der KdK zum Krisenmanagement aus Sicht der Kantone und zur Zusammenarbeit von Bund und Kantonen in der Covid-19-Epidemie sowie der Evaluation der GPK zur Krisenorganisation des Bundes) waren verschiedene Erkenntnisse gewonnen worden: Der Einstieg in die Krisenbewältigung sei ungenügend gewesen, weil die mangelnde Antizipation zu einem zu wenig ganzheitlichen und überdepartementalen Zugang und einer ungenügenden Inklusion von Fachbereichen geführt habe. Auch der Einbezug Dritter sei zu wenig systematisch erfolgt. Die Covid-19-Pandemie habe diesbezüglich gezeigt, wie wichtig auch der Einbezug wissenschaftlicher Expertise sei. Die Zusammenarbeit mit der Wissenschaft sei damals aber von Misstrauen geprägt und die Aufgabenteilung zwischen Behörden und Expertinnen und Experten sei nicht geregelt gewesen. Schliesslich seien die aufgrund der Auswirkungen der Krise stark belasteten Verwaltungseinheiten zu wenig unterstützt worden.
Auf der Basis dieser Erkenntnisse wurden im Bericht vier Eckpunkte hervorgehoben, die künftig für eine Verbesserung der Krisenorganisation gelten sollen: Erstens soll eine Krise so lange wie möglich in den ordentlichen Strukturen angegangen werden. Zweitens sollen Krisenstäbe Leistungen beziehen, die von einem permanenten Kernstab angeboten werden, der im Krisenfall aus dafür ausgebildeten Mitarbeitenden aus dem VBS, dem Fedpol und der BK bestehen soll. Zu diesen Leistungen gehören etwa die Organisation und Planung des Einbezugs der Kantone und der Wissenschaft sowie Angebote für den Austausch von Informationen. Drittens unterstellt der Bundesrat dem bei einer Krise federführenden Departement einen «Politisch-Strategischen Krisenstab» (PSK) und einen «Operativen Krisenstab» (OPK). Der PSK setzt sich aus den Generalsekretariaten der von der Krise betroffenen Departementen und den beiden Vizekanzlerinnen oder Vizekanzlern und falls nötig dem Bundeskanzler oder der Bundeskanzlerin zusammen. Beigezogen werden können auch die «Querschnittämter» EFV, BJ und SECO und bei Bedarf weitere Bundesämter. Aufgabe des PSK ist die Vorbereitung von Entscheidungsgrundlagen und die Koordination zwischen den verschiedenen Verwaltungsstellen. Der OPK leistet dem PSK Hilfe bei der Koordination und bei der Bereitstellung von Unterlagen. Viertens zieht der PSK unter der Verantwortung des federführenden Departements die Kantone und die Wissenschaft und wenn nötig weitere relevante Akteure aus Wirtschaft oder Zivilgesellschaft «systematisch» mit ein.
Der Bundesrat wolle nun bis Ende 2023 die rechtlichen Grundlagen für die Krisenstäbe und den permanenten Kernstab erarbeiten, so der Bericht abschliessend.

Gleichzeitig mit den Motionen zur Regelung von Krisenstäben hatten die GPK beider Räte auch gleichlautende Postulate (Po. 22.3509 und Po. 22.3508) eingereicht, die eine Gesamtbilanz und eine Revision der Krisenorganisation des Bundes anhand der Lehren aus der Covid-19-Krise forderten. Die Postulate wurden in den Räten gleichzeitig den beiden Motionen behandelt und waren ebenfalls Folge des GPK-Berichts zur Krisenorganisation des Bundes bei der Covid-19-Pandemie. Der Bundesrat empfahl die Postulate zur Ablehnung, weil er in einem weiteren Bericht keinen Mehrwert erkannte. Es seien bereits mehrere Arbeiten am Laufen, mit denen die Krisenorganisation während der Pandemie aufgearbeitet werde.
Sowohl der Nationalrat als auch der Ständerat waren aber der Meinung, dass es eine kritische Gesamtbilanz brauche, mit der ein Konzept für das zukünftige Management in Krisen erstellt werden könne, wie Kommissionssprecherin Prisca Birrer-Heimo (sp, LU) im Nationalrat argumentierte. Die vom Bundesrat in seiner Stellungnahme erwähnten Arbeiten hätten zudem nicht den generellen Charakter des zur Abstimmung stehenden Anliegens. In der grossen Kammer wurde das Postulat mit nur einer Gegenstimme gutgeheissen; 185 Volksvertreterinnen und -vertreter stimmten dafür. Im Ständerat lag das Stimmenverhältnis zugunsten des Postulats bei 29 zu 14.

Im Mai 2022 reichten die GPK beider Räte je eine gleichlautende Motion ein, mit denen sie Rechtsgrundlagen für einen Fach-Krisenstab forderten. Das Krisenmanagement müsse ergänzt und Grundlagen für einen Krisenstab – als Beispiel wurde die Covid-19-Taskforce vorgebracht – geschaffen werden, mit denen verschiedene Modalitäten geregelt würden, wie etwa die Organisation der Führungsstrukturen oder die Festlegung der konkreten Aufgaben eines solchen Krisenorgans. Die Motionen waren Resultat des GPK-Berichts zur Krisenorganisation des Bundes während der Covid-19-Pandemie. Dort sei festgestellt worden, dass viele Aktivitäten der Covid-Taskforce einer rechtlichen Grundlage entbehrt hatten, obwohl das Krisenorgan eine zentrale Stellung im Krisenmanagement des Bundes eingenommen habe. Es brauche deshalb eine Anpassung und Erweiterung der bestehen Rechtsgrundlagen. Der Bundesrat beantragte die Ablehnung des Anliegens. Die berechtigte Forderung werde bereits «in laufenden Arbeiten überprüft». Allerdings sollten nicht nur Krisenstäbe, sondern die gesamte Krisenorganisation betrachtet werden. Er warnte davor, alle Eventualitäten regeln zu wollen, weil eine Krise «Flexibilität und Agilität» erfordere und die Handlungsfähigkeit durch zu viele Rechtsvorschriften eingeschränkt würde.
Im Nationalrat beantragte Thomas Aeschi (svp, ZG) zu Beginn der Herbstsession 2022 die Ablehnung der Motion (22.3506). Statt dem Bundesrat mit einem Fachgremium noch mehr Macht zu gewähren, müsse vielmehr die Handlungsfähigkeit des Parlaments gestärkt werden, so die schriftliche Begründung. Mit 129 zu 51 Stimmen hiess die grosse Kammer die Motion jedoch gut. Der Grossteil der SVP-Fraktion und eine kleine Minderheit der Mitte-Fraktion lehnten den Vorstoss ab.
Im Ständerat stiess Bundeskanzler Walter Thurnherr, der die Position des Bundesrats vertrat, Mitte der Herbstsession 2022 mit seinem Argument auf mehr Wohlwollen: Jedes Mal nach einer Krise – es habe ja in den letzten Jahren nicht nur die Pandemie gegeben – würden ganz viele Evaluationen und Berichte verfasst, bloss um dann trotzdem wieder zum Alltag zurückzukehren. Er plädiere im Namen des Bundesrats für weniger Berichte und dafür für eine grössere Konzentration auf die Umsetzung verschiedener Empfehlungen. Mit 24 zu 20 Stimmen hiess dann aber doch eine knappe Mehrheit des Ständerats die Motion (22.3507) gut. Weil damit beide konnexen Motionen angenommen wurden, wird der Bundesrat Rechtsgrundlagen für Krisenstäbe schaffen müssen.