Im März 2023 beauftragte der Bundesrat das WBF damit, eine erste Stossrichtung für eine Reform der WEKO auszuarbeiten. Bis im Frühling 2024 soll die Verwaltung dazu in Zusammenarbeit mit einer unabhängigen Expertenkommission verschiedenste Reformmöglichkeiten der Wettbewerbsbehörden prüfen und bewerten. Der Bundesrat hatte bereits im Rahmen der gescheiterten Revision des Kartellgesetzes von 2012 eine solche Institutionenreform angestossen. Weil sie damals stark torpediert worden war, klammerte er eine solche aus der neuen Revision des Kartellgesetzes von 2022 aus, um sie nun als eigenständiges Projekt zu verfolgen.

En décembre 2023, la commission d'experts et expertes chargée d'établir les bases théoriques nécessaires à l’élaboration d’une réforme institutionnelle des autorités de la concurrence a rendu son rapport, qui avait été mandaté par le Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche (DEFR). En bref, les experts et expertes préconisent à l’unanimité l’adoption d’un modèle de «statu quo optimisé», assorti de réformes du Tribunal administratif fédéral (TAF). Ces réformes incluent la réduction de la taille et la professionnalisation de la Commission de la concurrence (COMCO), l’élection de juges suppléants spécialisés au sein du TAF, ainsi que plusieurs adaptations procédurales concernant la COMCO et le Tribunal. Selon les experts et expertes, ce modèle répond aux principales critiques à l’encontre du système actuel, notamment formulées dans la motion 23.3224 du député Olivier Français (plr, VD). Les changements préconisés par le groupe d'experts et expertes s'alignent aussi sur certaines propositions émanant du projet avorté de révision de la loi sur les cartels (LCart) de 2014, notamment concernant la taille de la COMCO. Finalement, selon le rapport, ce modèle de restructuration respecterait les principes de l’État de droit, garantirait efficacité et efficience, resterait compatible avec le cadre institutionnel en place et pourrait être mis en œuvre de façon simple grâce à des ajustements législatifs limités et à un coût modéré.
Ensuite, en mars 2024, le Conseil fédéral a de nouveau mandaté le DEFR pour qu'il lui prépare cette fois-ci, d’ici l’été 2025, un projet de réforme législative. Le Conseil fédéral souhaite que le DEFR se base sur les conclusions du rapport d'experts et expertes et demande au DEFR de rédiger un projet dans lequel les enquêtes sont désormais menées exclusivement par le Secrétariat, tandis que la COMCO doit être réduite à cinq ou sept membres, avec davantage de professionnalisation. Par ailleurs, le Conseil fédéral, suivant les recommandations des experts et expertes, veut renforcer le Tribunal administratif fédéral avec des juges spécialisés en droit des cartels, afin d'accélérer les procédures et d'améliorer l’expertise économique. Il faut noter que le projet du DEFR devra composer avec les modifications acceptées par le Conseil des Etats, et prochainement par le Conseil national, dans le cadre de la révision de la LCart.

Die WEKO soll einer institutionellen Reform unterzogen werden, damit die «funktionale Trennung ihrer Rollen als Anklägerin und als Richterin» sichergestellt und ihre Kommunikation sowie ihre Arbeitsweise verbessert werden, so die Forderung einer im März 2023 eingereichten Motion Français (fdp, VD). Der Motionär erkannte eine «institutionelle Schwäche» in der Behörde und verwies dazu auf allgemein Kritik der Zivilbevölkerung an ihrer Arbeitsweise. So monierte der Waadtländer beispielsweise, dass die Unschuldsvermutung zu wenig Beachtung fände, wenn Unternehmen nach der Bekanntgabe einer Untersuchung öffentlich an den «Pranger» gestellt würden. Ebenso beurteilte er kritisch, dass die WEKO als Behörde sowohl Sachverhalte untersuche als auch Urteile fälle.
In der Sommersession 2023 stand die Motion auf der Traktandenliste des Ständerates. Stillschweigend hiess die kleine Kammer einen Ordnungsantrag Juillard (mitte, JU) auf Zuweisung der Motion an die zuständige WAK-SR zur vertieften Vorberatung zu. Der Bundesrat verwies indes in seiner Stellungnahme darauf, dass er das WBF im März 2023 mit der Ausarbeitung einer Stossrichtung für die Reform der WEKO beauftragt habe. Die Regierung beantragte deshalb die vorliegende Motion zur Ablehnung.