Bereits im April des Berichtjahres eröffnete der Bundesrat die Vernehmlassung zum Bundesbeschluss über das zweite Programm zur Beseitigung von Engpässen im Nationalstrassennetz. Der Bundesrat ist durch das Infrastrukturfondsgesetz verpflichtet, den Räten alle vier Jahre ein aktualisiertes Programm zur Engpassbeseitigung vorzulegen. Wie im ersten Programm von 2009 hielt der Bundesrat an der Einteilung der Ausbauprojekte nach Priorität in vier Module fest. Aufgrund der nach oben korrigierten Stauprognosen wollte der Bundesrat drei zusätzliche Projekte im Umfang von CHF 995 Mio. ins Modul 1 aufnehmen: Es sind Projekte zwischen Meyrin/Vernier und Le Vengeron (GE), Luterbach und Härkingen (SO) sowie Andelfingen und Winterthur (ZH). Später umgesetzt werden sollen die Projekte des Moduls 2 (CHF 3.2 Mrd.) und planerisch weiter zu verfolgen sind die Projekte des Moduls 3 (CHF 6 Mrd.). Es handelt sich dabei hauptsächlich um Projekte in städtischen Gebieten und Agglomerationen. Das Programm stiess bei den Vernehmlassungsteilnehmern grösstenteils auf Zustimmung, insbesondere die Massnahmen des Moduls 1 waren mehrheitlich unumstritten. Von den Parteien haben FDP, CVP und SVP das Programm insgesamt positiv aufgenommen. Die GLP ist mit der vorgeschlagenen Engpassbeseitigung einverstanden, sofern vorab Massnahmen zur Verkehrsvermeidung ergriffen würden und sichergestellt sei, dass die Infrastruktur optimal genutzt werde. Die SP hielt fest, dass sie dem Infrastrukturfondsgesetz mit Blick auf die Agglomerationsprogramme zugestimmt habe, und dass die vorgeschlagenen Massnahmen zur Engpassbeseitigung die Verkehrsprobleme eher verschärfen als vermindern würden. Die Befürchtung, dass die Beseitigung von Engpässen das Verkehrsaufkommen erhöhen und damit an anderen Stellen zu Problemen führen, teilen strassenverkehrskritische und umweltpolitische Verbände und Organisationen, aber auch der Kanton Freiburg wies auf diese Problematik hin. Aus den Kantonen kamen viele Vorschläge zur Umteilung von Projekten in höher priorisierte Module bzw. zur Aufnahme von weiteren Projekten. Nicht einverstanden mit dem Programm war der Kanton Tessin, welcher bemängelte, dass die Kriterien für die Priorisierung zu wenig klar und mögliche Alternativen zu den Projekten nicht berücksichtigt worden seien. Der Kanton Tessin schlug vor, die Engpassbeseitigungsvorlage in die Vorlage zum Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds NAF aufzunehmen. Besonders aus der Ostschweiz kamen viele zustimmende Antworten aus Parteien, Kantonen, Gemeinden und Verbänden, die meisten davon zeigten sich erfreut über die Umteilung der dritten Röhre des Rosenbergtunnels (SG) von Modul 3 in Modul 2. Der Bundesrat will die Vorlage bis zum März 2014 dem Parlament vorlegen.

Als Erstrat entschied die grosse Kammer in der Sommersession 2014 über das zweite Programm zur Beseitigung von Engpässen im Nationalstrassennetz. Die KVF-NR empfahl dem Rat die Zustimmung zum bundesrätlichen Vorschlag. Votantinnen und Votanten von SPS, GPS und GLP kritisierten das Programm: Eine Kapazitätserhöhung im Nationalstrassennetz führe schliesslich nur zu einer weiteren Verkehrszunahme und bringe im Endeffekt nichts. Die anderen Parteien signalisierten Zustimmung zum bundesrätlichen Programm. Ein Einzelantrag Maier (glp, ZH) verlangte die Streichung des Projekts zwischen Andelfingen und Winterthur mit der Begründung, der Ausbau dieses Teilstücks torpediere Massnahmen zur Verringerung des Verkehrsaufkommens. Nach kurzer Diskussion stimmte der Nationalrat dem Programm mit 131 zu 28 Stimmen bei 29 Enthaltungen zu und verwarf den Antrag Maier, welchem nur die Fraktionen von SPS, GPS und GLP zustimmten. In der Herbstsession 2014 kam das Geschäft in die kleine Kammer. In der Debatte wurde Zustimmung zum Programm bekundet, einzig Vertreter der Kantone Luzern und Bern äusserten ihren Ärger darüber, dass Projekte in ihren Regionen nicht die gewünschte Priorität erhalten hatten. Der Ständerat nahm die Vorlage einstimmig (bei zwei Enthaltungen) an.

Eine im Dezember 2012 eingereichte Standesinitiative Genf, welche den Ausbau der A1 in Genf als vordringliches Projekt ins Programm zur Beseitigung von Engpässen aufnehmen wollte, ist im Berichtjahr von den Räten sistiert worden. Im Ständerat wurde argumentiert, dass es sich um ein lokales Anliegen handle, deren es viele gäbe und die alle gleichermassen betrachtet werden müssten. Die Standesinitiative sei bis zur bundesrätlichen Botschaft zum zweiten Programm zu sistieren. Der Ständerat folgte am 13. Juni seiner Kommission und der Nationalrat folgte dem Ständerat am 16. September.

Die 2012 eingereichte Standesinitiative Genf zum Ausbau der A1 in Genf (zwischen Genf Flughafen und Le Vengeron) war 2013 von beiden Räten sistiert worden, da dieses Ausbauprojekt im Rahmen des zweiten Programmes zur Beseitigung von Engpässen im Nationalstrassennetz diskutiert werden müsse. Das Ausbauprojekt fand Eingang in die zweite bundesrätliche Programmbotschaft, welche in der Herbstsession des Berichtjahres verhandelt wurde. Aufgrund seiner Zustimmung zum zweiten Programm betrachtete der Ständerat die Forderung der Standesinitiative als erfüllt und gab keine Folge. Der Nationalrat folgte der kleinen Kammer in der Wintersession 2014 und gab ebenfalls keine Folge.

Der Kanton Bern versuchte mittels Standesinitiative, dem Projekt zur Engpassbeseitigung Bern-Wankdorf-Muri zu prioritärer Behandlung und zur Aufnahme ins Modul II des Programms zur Beseitigung von Engpässen im Nationalstrassennetz zu verhelfen. Das vom Bundesamt für Strassen, von Kanton und Region Bern sowie betroffenen Gemeinden erarbeitete Projekt sei fachlich unbestritten, ausgereift und notwendig und sei auf nicht nachvollziehbare Weise ins dritte Modul der Engpassbeseitigung zurückgestuft worden. Der Ständerat befasste sich 2014 als Erstrat noch nicht mit der im Juni eingereichten Standesinitiative.

Nachdem im September 2015 der Ständerat der Standesinitiative zur prioritären Berücksichtigung der Engpassbeseitigung Bern-Wankdorf-Muri keine Folge gegeben hatte, fand das Ersuchen des Kantons Bern im März 2016 auch im Nationalrat keine Mehrheit: Das Begehren wurde zusammen mit der Standesinitiative des Kantons Aargau zum Ausbau der A1 behandelt und mit 90 zu 75 Stimmen bei einer Enthaltung abgelehnt.

Am 25. November 2014 reichte der Kanton Aargau eine Standesinitiative zum Ausbau der A1 auf sechs Spuren ein. Die Nationalstrasse A1 soll im Kanton Aargau zwischen Aarau Ost und Birrfeld mit höchster Priorität auf sechs Spuren ausgebaut werden. Der in der 2. Programmbotschaft zur Engpassbeseitigung vorgesehene Ausbau der Strecke bis 2040 kommt in den Augen des Grossen Rates des Kantons Aargau zu spät: Er verlangt einen Ausbau bis 2030. Die Standesinitiative wurde in der kleinen Kammer (Erstrat) 2014 noch nicht behandelt.

Der Ständerat hatte der Standesinitiative des Kantons Aargau zum „Ausbau der A1 im Kanton Aargau auf sechs Spuren mit höchster Priorität" im September 2015 keine Folge gegeben. Im Nationalrat wurde die Standesinitiative im März 2016 zusammen mit der Standesinitiative von Bern zur Engpassbeseitigung bei Wankdorf und Muri behandelt und verworfen: 69 Parlamentsmitglieder wollten Folge geben, 93 verweigerten dies (9 Enthaltungen).