Les membres du Conseil d'Etat genevois ont manifesté leur volonté de construire la voie de chemin de fer entre Cornavin/La Praille et la gare SNCF d'Annemasse par les Eaux Vives. Pour ce projet à environ CHF 650 millions, le gouvernement genevois a saisi le parlement fédéral par le biais d'une initiative d'un canton pour lui demander d'assumer l'investissement requis à hauteur des deux tiers.

En début d’année, Genève a présenté son réseau express régional (RER). Il espère le mettre en fonction pour 2007. Cette nouvelle offre ferroviaire desservira un vaste espace transfrontalier, dans un rayon d’une trentaine de kilomètres autour de Genève. Gland (VD), Bellegarde, Bonneville et Thonon (F) en constitueront les points d’ancrage extérieurs. L’étendard du nouveau système de transports sera formé de la nouvelle liaison entre la Praille et les Eaux-Vives. C’est dans ce contexte que l’Etat de Genève a plaidé en faveur d’une application rapide d’une Convention signée le 7 mai 1912. Ce texte prévoyait que le raccordement ferroviaire entre Cornavin et la frontière d’Annemasse soit financé par l’Etat de Genève, la Confédération et les CFF à hauteur d’un tiers chacun. Son but inhérent était de désenclaver Genève en le raccordant au réseau français de Haute-Savoie. La commission des transports du Conseil des Etats a reconnu que l’accord de 1912 était encore valable et l’a transmis sous forme de motion chargeant la Confédération d’honorer les engagements pris. Les Etats l’ont adopté sans opposition, la préférant à une initiative cantonale genevoise (00.317). Suivant sa commission des transports, le Conseil national a fait de même en plébiscitant cette motion. Le Conseil fédéral a reconnu la pertinence de la motion et, à l’aune des estimations, il prendra CHF 550 millions à sa charge. Quant à la part cantonale de CHF 400 millions, elle représentera un peu plus du tiers du devis, car certains aménagements n’étaient pas couverts par l’accord du début du siècle.

Le Conseil fédéral a confirmé son intérêt au projet genevois de RER en acceptant d’y consacrer CHF 40 millions de la convention sur les prestations des CFF. Répondant aux attentes qu’avaient manifestés les autorités fédérales en accordant ce crédit, le Conseil d’Etat genevois a proposé de mettre sur la table l’intégralité de la contribution genevoise, soit CHF 400 millions sur un total de CHF 950 millions. Les CHF 550 millions restants seront versés par la Confédération. Les sources de financement genevoises proviendront des ressources liées à la nouvelle Redevance poids lourds liées aux prestations (RPLP) et de la valorisation des parcelles à côté de la Praille et de la gare des Eaux-Vives. La majeure partie de cette somme sera destinée à la réalisation de la liaison ferroviaire Cornavin–Annemasse via la Praille. A ce propos, le raccordement ferroviaire La Praille–Les Eaux-Vives a été rebaptisé CEVA pour Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse. Le Grand Conseil genevois a suivi le Conseil d’Etat et a également donné un signal clair aux Chambres fédérales en votant unanimement un crédit de CHF 400 millions. Se saisissant du dossier, le Conseil fédéral a décidé d’approuver et signer le protocole d’accord du 26 avril 2002 entre les parties concernées (Confédération, Canton de Genève et CFF).

Conséquence directe des allégements budgétaires, une première enveloppe de CHF 40 millions, que les CFF pensaient attribuer aux études dans le cadre de la convention de prestation de 2003-2006 à la ligne franco-genevoise Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse, a été biffée par les Chambres en septembre.

Les CFF et la SNCF ont créé une société commune du nom de Transferis qui doit prendre en charge les tâches de planification et de réalisation de la future ligne transfrontalière du RER genevois Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (F) (CEVA). Financée par le fonds d’infrastructure, cette ligne permettra de réduire de moitié le temps de trajet entre la commune française et la gare principale de Genève. L’OFT a levé les 1'700 oppositions au projet début mai, mais plusieurs opposants ont saisi le Tribunal administratif fédéral (TAF). Sous réserve de l’issue de la procédure judiciaire, la mise en service est prévue en 2013.

À l’automne, le peuple genevois a approuvé par 61,2% des voix l’octroi d’un crédit supplémentaire pour la future ligne transfrontalière du RER genevois Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (F) (CEVA) afin de couvrir un surcoût de CHF 107 millions par rapport aux CHF 400 millions octroyés par le Grand Conseil en 2002. Suite à l’approbation du Grand Conseil en juin, le référendum avait été lancé par le front anti-CEVA, qui avait déjà tenté de faire barrage au projet l’année précédente au moyen d’une initiative populaire visant à modifier le tracé de la ligne. Le Grand Conseil avait alors invalidé l’initiative, décision confirmée par la suite par le Tribunal fédéral.

Im November wurde mit den Bauarbeiten für die Vernetzung des schweizerischen mit dem französischen Bahn-Agglomerationsverkehr bei Genf begonnen. Das Vorhaben einer Bahnverbindung Cornavin–Eaux-Vives–Annemasse war bereits 1912 in einem Vertrag zwischen dem Bund und dem Kanton Genf geplant worden.

Im September 2014 unterbreitete der Bundesrat seine Botschaft zum Abkommen mit Frankreich bezüglich der Modernisierung und dem Betrieb der Bahnlinie von Annemasse (F) nach Genf. Es geht dabei um die Ratifizierung des von Bundesrätin Leuthard und dem französischen Transportminister Frédéric Cuvillier im März 2014 unterzeichneten Abkommens zum Ausbau der Bahnverbindung Cornavin-Eaux Vives-Annemasse (CEVA). Das Projekt, welches den Strassenverkehr in der Region Genf entlasten soll, beinhaltet den Bau einer neuen Bahnlinie von 14 km Länge in der Schweiz sowie ein zwei Kilometer langer Streckenabschnitt in Frankreich, dessen Finanzierung in Abweichung vom Territorialprinzip von der Schweiz geleistet werden soll. Die Kosten für die Bauarbeiten in der Schweiz sollen CHF 1'567 Mio. betragen, jene für das Streckenstück in Frankreich EUR 15,7 Mio. Der Bundesbeschluss über die Genehmigung des Abkommens wurde 2014 vom Nationalrat nicht mehr behandelt.

Der Bundesbeschluss zur Genehmigung des Abkommens mit Frankreich bezüglich der Bahnlinie von Annemasse (F) nach Genf wurde 2015 in den Räten behandelt. Dass die Bahnverbindung nach Annemasse (F) für die Region Genf eine wichtige Sache ist, war in den Räten unbestritten. Anlass zu Diskussionen gab die Finanzierung eines Streckenabschnitts auf französischem Boden durch die Schweiz. Bundesrätin Leuthard begründete diese Abweichung vom Territorialprinzip mit der Entlastung Genfs vom Grenzgängerverkehr deutlich, so dass der Nationalrat im März und der Ständerat im Juni 2015 ihre Zustimmung gaben.