Ende Januar gab Franz Steinegger (UR) seinen Rücktritt als FDP-Präsident bekannt. Er hatte das Amt zwölf Jahre inne gehabt. Der als Favorit gehandelte Hans-Rudolf Merz (AR) verzichtete auf eine Kandidatur. Zum Nachfolger designierte die Parteileitung den Schaffhauser Gerold Bührer. Der 53-jährige Finanzchef der Georg Fischer AG wurde 1991 in den Nationalrat gewählt und zählt zum neoliberalen Wirtschaftsflügel und gesellschaftspolitisch zu den Konservativen. Bührer verlangte einen bürgerlichen Dreierbund mit FDP, SVP und CVP und forderte die CVP auf, sich klar rechts zu positionieren. Am 7. April bestätigte die Delegiertenversammlung in Genf Gerold Bührer als Nachfolger von Parteipräsident Franz Steinegger.

Nachdem Gerold Bührer (SH) wegen seiner Doppelrolle als Parteipräsident der FDP und als Verwaltungsrat der krisengeschüttelten Rentenanstalt zunehmend unter Druck geraten war, erklärte er im November 2002 per sofort seinen Rücktritt vom Parteipräsidium. Um die Vakanz kurz vor den Wahlen möglichst rasch zu besetzen, nominierte die Parteileitung Ständerat Hans-Rudolf Merz (AR), der bereits 2001 für die Nachfolge von Präsident Franz Steinegger im Gespräch war. Da dieses Vorgehen parteiintern auf heftige Kritik stiess, übernahm Vizepräsidentin Christiane Langenberger (VD) und nicht wie ursprünglich vorgesehen Hans-Rudolf Merz interimistisch die Parteiführung bis zur Wahl des neuen Präsidiums im Januar 2003. Zudem beschloss die Geschäftsleitung, weitere für das Amt in Frage kommende Kandidaten anzufragen. Ende Dezember hatte neben Vizepräsidentin Christiane Langenberger einzig die Zürcher Nationalrätin Trix Heberlein ihre Kandidatur angemeldet. Der Favorit Merz war wegen seiner Mandate und seiner Tätigkeit als Unternehmensberater in Südafrika während der Apartheid in den 1980er Jahren zunehmend unter Beschuss geraten und hatte seine Kandidatur zurückgezogen, andere von den Medien als aussichtsreich gehandelte FDP-Mitglieder stellten sich nicht zur Verfügung.

Anfang Januar wählten die FDP-Delegierten Interimspräsidentin Christiane Langenberger (VD) mit 181 Stimmen zur Präsidentin. Auf die als Favoritin gehandelte Zürcher Nationalrätin Trix Heberlein entfielen 164 Stimmen. Manche Freisinnigen hatten befürchtet, dass Heberlein, die im Herbst gemeinsam mit dem SVP-Vertreter Hans Hofmann (ZH) für den Ständerat kandidieren wollte, sich als FDP-Präsidentin auf nationaler Ebene zu wenig würde von der Hauptkonkurrentin SVP abgrenzen können – die SVP hatte bereits damit gedroht, das Doppel-Ticket Heberlein-Hofmann platzen zu lassen. Langenberger hingegen hatte für eine eigenständige Politik der Mitte plädiert.

Anfang März gab Christiane Langenberger (VD) bekannt, sie stehe für die im April anstehende Wiederwahl als Parteipräsidentin nicht mehr zur Verfügung; sie sei zum Schluss gekommen, dass die Partei einen Neustart auch in personeller Hinsicht brauche. Als aussichtsreichste Kandidaten wurden in der Presse Ständerat Rolf Schweiger (ZG), Nationalrat Georges Theiler (LU) und Fraktionspräsident Fulvio Pelli (TI) gehandelt.

Am 16. April wählten die Freisinnigen in Chur den Zuger Ständerat Rolf Schweiger zum neuen Parteipräsidenten. Schweiger erzielte 195 Stimmen, Georges Theiler (LU) deren 25. Diskussionslos empfahlen die Delegierten die 11. AHV-Revision mit 184:3 Stimmen zur Annahme. Zum AHV-Finanzierungsbeschluss gaben sie nach engagierter Debatte mit 166:64 Stimmen bei 3 Enthaltungen die Nein-Parole heraus; damit musste Bundesrat Couchepin eine Niederlage einstecken, die sich bereits im Januar abgezeichnet hatte, als die FDP-Fraktion ihr einstiges Ja zur MWSt-Erhöhung rückgängig machte. Zum Steuerpaket hatten die Freisinnigen bereits letzten Herbst die Ja-Parole beschlossen. Mit 229:25 Stimmen bei 2 Enthaltungen empfahlen sie ausserdem die Annahme des Mutterschaftsurlaubs, über den das Volk im September entschied.

Anfang November teilte Rolf Schweiger der FDP seinen sofortigen Rücktritt als Parteipräsident mit. Er begründete diesen Schritt mit einem Burn-out-Syndrom, das in den letzten Wochen an Intensität zugenommen habe. Vizepräsidentin Marianne Kleiner (AR) übernahm interimistisch die Parteileitung. Eine vom Glarner Ständerat Fritz Schiesser präsidierte Findungskommission erhielt den Auftrag, für das Parteipräsidium geeignete Kandidaten zu kontaktieren, aber auch strukturelle Fragen wie jene einer weiteren Professionalisierung des Präsidiums und der dazu erforderlichen finanziellen Ausstattung zu erörtern. Dass sich diese Fragen nicht trennen liessen, war insbesondere bei dem von der Presse als potentiellem Nachfolger gehandelten Felix Gutzwiller (ZH) offensichtlich, der das Amt nicht übernehmen könnte, ohne sich von einem Teil seiner zahlreichen anderen Funktionen in Wissenschaft und Wirtschaft zu trennen. Als weitere Anwärter galten Didier Burkhalter (NE), Ruedi Noser (ZH), Marianne Kleiner (AR), Fulvio Pelli (TI) und Georges Theiler (LU). Ende Dezember unterbreitete die Findungskommission der Geschäftsleitung einen Doppelvorschlag mit den Nationalräten Fulvio Pelli (TI) und Georges Theiler (LU). Die Wahl des neuen Präsidenten ist für April 2005 vorgesehen.

An ihrer Delegiertenversammlung in Solothurn sprachen sich die Freisinnigen Anfang Jahr mit 253:1 Stimmen bei einer Enthaltung für die Ausdehnung der Personenfreizügigkeit auf die neuen EU-Staaten aus. In der kontradiktorischen Debatte zum Schengen-Abkommen gelang es dem Zürcher SVP-Nationalrat Hans Fehr zwar, das Gespräch auf das von Auns und SVP seit Monaten wiederholte Argument eines Verlusts der Sicherheit zu fixieren, doch die Delegierten beschlossen mit 219:4 Stimmen die Ja-Parole. Mit einer langandauernden, stehenden Ovation verabschiedeten die Freisinnigen anschliessend ihren wegen eines Burnout-Syndroms im November 2004 zurückgetretenen Parteipräsidenten Rolf Schweiger (ZG). Schweiger dankte für das ihm entgegengebrachte Verständnis; es sei ihm ein grosses Anliegen zu zeigen, dass psychische Krankheiten nicht zu Stigmatisierungen führen müssen.

Anfang März wählten die FDP-Delegierten an einem Sonderparteitag in Bern mit 228:150 Stimmen den Tessiner Fulvio Pelli zu ihrem neuen Parteipräsidenten. In seiner Grundsatzrede beschränkte sich Pelli auf allgemeine Bekenntnisse zum Liberalismus und Freisinn, vermittelte aber den Eindruck, Visionen entwickeln zu können und sich besser für die pragmatische Arbeit zu eignen als sein Mitbewerber Georges Theiler (LU), der im Vorjahr Rolf Schweiger unterlegen und von der Presse lange als geheimer Favorit gehandelt worden war. Die der Wahl vorangegangene dreistündige, emotionale Diskussion hatte die Gräben erahnen lassen, die durch die Partei gehen. Zürcher, Ost- und Zentralschweizer Freisinnige hatten sich für Theiler stark gemacht, während Tessiner, Romands, Berner, Solothurner und Basler für Pelli votiert hatten. In seiner Antrittsrede erklärte Pelli, die FDP dürfe nicht wie die SVP auf populistische Lösungen setzen, und – mit Blick auf die häufig von der Parteilinie abweichenden Äusserungen Filippo Leuteneggers (ZH): wenn die Partei ihre Position einmal festgelegt habe, dürfe sie sich keine „Philippika“ erlauben. – Zwei Wochen zuvor hatte die Geschäftsleitung der FDP alle Mitglieder zu Loyalität gegenüber der Partei aufgerufen, dies, nachdem bekannt geworden war, das Geschäftsleitungsmitglied Leutenegger sich mit Exponenten der SVP, der Auns und der Schweizer Demokraten zu einer Anti-Schengen-Strategiesitzung getroffen hatte.

Weil die Tessiner FDP eine Amtszeitbeschränkung von 16 Jahren für Volksvertreter kennt, hätte Fulvio Pelli (TI) eigentlich nicht mehr zu den Nationalratswahlen antreten dürfen. Die Statuten sehen allerdings Sonderbewilligungen vor, die dem Parteipräsidenten und Aushängeschild der Tessiner FDP vom Parteivorstand auch gewährt wurden. Pelli selber kündigte an, solange im Nationalrat zu bleiben, wie er Präsident sei. Er war aufgrund der gehäuften Niederlagen seiner Partei bei kantonalen Wahlen und der intransparenten Kommunikation in seiner Funktion als Verwaltungsratspräsident bei der Tessiner Kantonalbank auch in der Südschweiz nicht unumstritten. Seine äusserst knappe Wiederwahl in den Nationalrat – 54 Stimmen verhalfen ihm dazu – liess die Kritiker ebenfalls nicht verstummen. Pelli selber gab nach der Niederlage bei den eidgenössischen Wahlen bekannt, im April 2012 sein Amt abzugeben. Dies habe er bereits vor zwei Jahren beschlossen. Als potentielle Nachfolgerinnen und Nachfolger wurden Karin Keller-Sutter (SG), Philipp Müller (AG), Christian Wasserfallen (BE), Ruedi Noser (ZH) und Andrea Caroni (AR) ins Spiel gebracht. Keller-Sutter kündigte früh an, dass für sie das Amt als Parteipräsidentin mit jenem als Ständerätin unvereinbar sei. Eine Findungskommission wurde im Dezember eingesetzt und als Wahltermin der 21. April 2012 festgelegt.

Nach sieben Amtsjahren gab Fulvio Pelli (TI) am 21. April die Präsidentschaft der FDP ab. Karin Keller-Sutter (SG) wäre als Nachfolgerin zuoberst auf der Wunschliste gestanden, da sie aus der Deutschschweiz stammt, ein nationales Profil und die nötige Konsenskompetenz aufweise, die es für dieses Amt brauche. Die St. Galler Ständerätin sagte jedoch ab, weil für sie das Präsidialamt nicht mit dem Ständeratsmandat vereinbar sei. Mit Ruedi Noser (ZH), Philipp Müller (AG), dem Vizepräsidenten Vincenzo Pedrazzini (SZ), Andrea Caroni (AR), Martin Schmid (GR), Christian Wasserfallen (BE) oder Pankraz Freitag (GL) wurden in der Presse einige mögliche Namen genannt, die Findungskommission klagte jedoch über eine eigentliche Kandidatenflaute und zahlreiche Absagen. Anfang März stellte die Kommission dann mit Pankraz Freitag (GL) und Philipp Müller (AG) zwei unterschiedlich profilierte Papabili vor, die sich an verschiedenen Hearings in den Kantonen präsentieren mussten. Dem medial besser bekannten und in Bern auch besser vernetzten Müller wurden in der Presse die besseren Chancen eingeräumt: Dem gelernten Gipser wurde eher zugetraut, aus der FDP wieder eine Volksbewegung zu machen als dem von Wirtschaftskreisen unterstützte Glarner Mathematiklehrer. Müller hatte sich allerdings in der Romandie aufgrund seiner dezidierten und harten Asylpolitik nicht viele Freunde geschaffen. Zu einer Kampfwahl kam es jedoch nicht, da sich Freitag Mitte März als Kandidat zurückzog. Müller wurde am 22. April schliesslich ohne Gegenstimme mit 330 zu 0 Stimmen gewählt. Pelli wurde an derselben Abgeordnetenversammlung in Bern für seine Leistungen für die FDP mit stehenden Ovationen geehrt. Zwar habe er den Wählerschwund nicht aufhalten können, es sei ihm aber gelungen, interne Grabenkämpfe zu lindern. Darüber hinaus dürfe die Fusion mit den Liberalen als Erfolg verbucht werden. Die künftigen Erfolge der FDP würden auch eine Ernte von Pellis Wirken sein. Müller startete mit einer eigentlichen Tour de Suisse in sein Präsidium. Nach einigen Wochen mussten auch seine Kritiker anerkennen, dass der Neue für viel Schwung und eine grössere Nähe zur Basis sorge.

Rund ein Jahr nach seinem Amtsantritt als FDP-Präsident wurde Philipp Müller parteiintern ein gutes Zeugnis ausgestellt. Die zahlreichen Bedenken hinsichtlich seiner Ausbildung oder seiner harten Haltung in der Asylpolitik unmittelbar nach seiner Präsidentschaftswahl waren verstummt. Müller nahm sein grosses Ziel der „inneren Mobilisierung“ sehr ernst, war viel unterwegs und trat bei zahlreichen Ortssektionen auf. Er konnte sich zudem in verschiedenen Auftritten als Präsident Respekt verschaffen und seine Mediengewandtheit auch mit geschickt platzierten Provokationen unter Beweis stellen. Seine Ausbildung als Gipser kam ihm dabei gelegen, weil ihm seine Idee des „Volksfreisinns“ als authentisch abgenommen wurde. Mit einfachen, hemdsärmeligen Botschaften und Präsenz im öffentlichen Raum mache er die Partei wieder zu einem Produkt und halte sie so im Gespräch. Auch die Vorwürfe, dass die FDP lediglich Juniorpartner der SVP sei, waren seit Müllers Antritt seltener zu hören. Kritik kam allerdings von den FDP-Frauen, die von Müller mehr Engagement für Frauenanliegen und Ökologie verlangten. Diese beiden Themen hatte Müller eigentlich gleich nach seiner Wahl als prioritär angekündigt. Anstoss erregte auch die von Müller ab und an wenig zimperliche Verwendung von Kraftausdrücken in der Öffentlichkeit und gegenüber politischen Gegnern. Aufgrund der Wahlniederlagen wurde zudem kritisiert, dass der Aargauer zwar Publizität, aber keine Resultate bringe.

Am 30. März wurde der Parteipräsident der FDP, Philipp Müller (AG), an der Delegiertenversammlung in Schaffhausen einstimmig und mit stehenden Ovationen in seinem Amt bestätigt. Müller wurde auch in der Presse ein gutes Zeugnis ausgestellt. Seine direkte Art habe zur Popularisierung der Partei beigetragen. Die Linie der Partei sei deutlicher geworden und die Mitglieder aktiver. Das Klischee des „pseudo-UDC“, das ihm einige Liberale aus der Romandie vor seiner Wahl ins Präsidium 2012 angehängt hatten, habe sich nicht bestätigt. Im Gegenteil: Müller entpuppe sich als echter Liberaler. Seine Kollegen im Nationalrat attestierten ihm hohes Engagement. Allerdings eckte Müller mit seiner jovialen und teilweise ins vulgäre abdriftenden Art auch ab und zu an. Zudem gab es nach wie vor Stimmen, die Müller im Vergleich zu seinem Vorgänger, Fulvio Pelli (TI) nicht als nationalen Präsidenten, sondern als Deutschschweizer wahrnahmen. Dies war insbesondere deshalb ein Problem, weil die FDP in der Romandie stärker verankert ist. Im Schnitt unterstützen 20% der Romands die PLR, während die FDP in der Deutschschweiz durchschnittlich 13% Wählerstärke aufweist. Auch das Etikett des „Monsieur 18%“ blieb an ihm haften: Müller hatte vor 14 Jahren mit einer Initiative den Ausländeranteil auf 18% der Bevölkerung beschränken wollen. Vielleicht auch dank seinem Faible für Asylpolitik schaffte Müller aber den Spagat zwischen Wirtschaftspartei und Volksnähe – dies schienen zumindest Umfragen Ende März zu bestätigen. An der Delegiertenversammlung ebenfalls bestätigt wurde das bisherige Vizepräsidium, bestehend aus Christian Lüscher (GE), Isabelle Moret (VD), Carla Speziali (TI) und Christian Wasserfallen (BE). Als Wahlkampfleiter wurde Vincenzo Pedrazzini (SZ) bestimmt.

An der Delegiertenversammlung Mitte April 2016 in Bern wählte die FDP ein neues Präsidium. Philip Müller (fdp, AG), 2015 in den Ständerat gewählt, trat etwas überraschend als Präsident zurück, weil er sich ganz auf die Kantonsvertretung konzentrieren wolle. Er hatte das Amt 2012 von Fulvio Pelli (fdp, TI) als zuerst «belächelter Nichtakademiker» (NZZ) übernommen und wurde in Bern für seinen «unermüdlichen Einsatz» gefeiert, der als mitursächlich für die «Positivspirale» und die jüngsten eidgenössischen Wahlerfolge betrachtet wurde. Seine «direkte, bodenständige und ehrliche Art» habe geholfen, neue Wählerinnen und Wähler zu gewinnen, war der Medienmitteilung der Partei zu entnehmen.
Zur Nachfolgerin Müllers wurde Petra Gössi (fdp, SZ) gekürt – als einzige sich zur Verfügung stellende Kandidatin einstimmig und ohne Enthaltungen. Die 40-jährige ehemalige Schwyzer Kantonalparteipräsidentin war 2011 in den Nationalrat gewählt worden und hatte den Sitz 2015 erfolgreich verteidigt. In den Medien wurde der dritten Frau an der Spitze des Freisinns (nach Christiane Langenberger und Marianne Kleiner) wenig Kredit eingeräumt. Es werde für die als «trocken» geltende und in Bern noch nicht sehr bekannte Wirtschaftsberaterin nicht leicht werden, die FDP in ihrer momentanen Bestform zu halten, argwöhnte etwa der Sonntagsblick. Darüber hinaus könne sie sich im Gegensatz zu Müller kaum glaubhaft von der Finanzwirtschaft distanzieren. In einigen Medien wurde eine von ihr beratene Firma mit den Panama Papers in Verbindung gebracht. Le Temps prognostizierte einen «changement de génération, mais aussi du style».
Neben Gössi wurden neu Andrea Caroni (fdp, AR), Philippe Nantermod (fdp, VS) und Christian Vitta (Ti, fdp) ins Vize-Präsidium gewählt. Christian Wasserfallen (fdp, BE), von vielen Medien als Nachfolger für Müller gehandelt, und Christian Lüscher (fdp, VD) wurden im Vizepräsidialamt bestätigt. Gössi bezeichnete die fünf im Schnitt 40 Jahre alten Vizepräsidenten als ihre «Boygroup». Aus dem Präsidium zurückgetreten waren neben Müller auch Vincenzo Pedrazzini (SZ, fdp), Carlo Speziali (TI, fdp) und Isabelle Moret (fdp, VD). Nach ihrer Wahl zur neuen FDP-Präsidentin trat Gössi aus dem Vorstand des Gewerbeverbands und des Hauseigentümerverbands zurück.