Auf dem Verordnungsweg nahm das EDI eine Erhöhung von Selbstbehalt und Franchise auf Anfang 2004 vor. Begründet wurde dieser Schritt mit dem Kostenanstieg seit Inkrafttreten des neuen KVG (1996) resp. seit der letzten Anpassung der Minimalfranchise (1998). Die Minimalfranchise wurde von CHF 230 auf CHF 300 angehoben, der Selbstbehalt von bisher CHF 600 auf jährlich maximal CHF 800 für Erwachsene und von CHF 300 auf CHF 400 für Kinder. Nach Schätzungen des BSV wird dadurch das gesamte Prämienvolumen um rund 1,5% zurückgehen, doch werden die Haushalte stärker direkt belastet. Gleichzeitig wurden auch die Rabatte für freiwillig erhöhte Franchisen neu ausgestaltet, weil festgestellt worden war, dass Versicherte mit selbst gewählter höherer Franchise zwar weniger Kosten auslösen, ihre Rabatte aber meist bedeutender waren als das zusätzlich eingegangene betragsmässige Risiko. Die Rabatte wurden auf 80% des mit der Wahlfranchise zusätzlich übernommenen Risikos begrenzt (bisher 100%). Für mehr Transparenz wurde zudem eine einheitliche Einteilung der kantonalen Prämienregionen eingeführt.

Ständerat Frick (cvp, SZ) wollte mit einer Motion den Bundesrat verpflichten, zur Verhinderung der „Billigkassen“ eine Ergänzung des KVG vorzulegen, wonach Krankenkassen unter einheitlicher Leitung (Konzern, Kassenkonglomerate und dergleichen) für die obligatorische Grundversicherung in derselben Prämienregion jeweils dieselbe Prämie festlegen müssen. Im Plenum konnte Santésuisse-Präsident Brändli (svp, GR) mit einem Ordnungsantrag erreichen, dass der Vorstoss zur weiteren Vorbereitung an die Kommission zurückgegeben wurde.

Eine Motion Frick (cvp, SZ) wollte den Bundesrat beauftragen, eine Ergänzung des KVG vorzulegen, wonach die Krankenkassen unter einheitlicher Führung und Leitung für die obligatorische Grundversicherung in derselben Prämienregion jeweils dieselbe Prämie festlegen müssen. Die Motion bezweckte, die Jagd nach sogenannten guten Risiken und den Aufbau von Billigkassen zu unterbinden. Dem Bundesrat erschien der Vorschlag, eine einheitliche Prämie festzulegen, nicht der richtige Weg, um gegen diese Kassen vorzugehen. Er beantragte daher die Ablehnung der Motion. Die Kommission des Ständerates sprach sich hingegen mit 8 zu 3 Stimmen für deren Annahme aus, um den notwendigen Druck aufrechtzuerhalten, um gegen Billigkassen vorgehen zu können. Der Ständerat nahm die Motion knapp mit 18 zu 17 Stimmen an.

Eine von der kleinen Kammer angenommene Motion Frick (cvp, SZ), welche forderte, dass Krankenkassen unter einheitlicher Leistung für die obligatorische Grundversicherung in derselben Prämienregion dieselbe Prämie festlegen müssen und so den Aufbau von Billigkassen unterbinden wollte, wurde im Nationalrat mit 98 zu 84 Stimmen abgelehnt, nachdem die vorberatende Kommission des Nationalrates diese mit 13 zu 11 Stimmen bei 3 Enthaltungen zur Ablehnung empfohlen hatte.

Im September 2016 schickte das Bundesamt für Gesundheit einen Entwurf für eine Änderung der Verordnung über die Prämienregionen für die obligatorische Krankenpflegeversicherung in die Vernehmlassung. Neu sollen die Prämienregionen nicht mehr auf den Gemeinde-, sondern auf den Bezirksgrenzen beruhen. Somit soll eine kohärentere und ausgewogenere Karte der Prämienregionen entstehen, die per 1. Januar 2018 gültig werden soll. Nebst einer ausgewogeneren Erfassung, die Faktoren wie beispielsweise dem Vorhandensein eines Alters- und Pflegeheims in einer Gemeinde (ein erheblicher Kostentreiber) Rechnung trägt, wurde auch eine formelle Begründung für die Änderung angeführt. Seit 2015 erfasst nämlich das BAG die Versichertendaten nicht mehr nach Gemeinden, sondern nach Bezirken, um die Anonymität der Versicherten zu gewährleisten. Nur eine Handvoll Kantone wird von der Änderung direkt betroffen sein: In Schaffhausen werden die bestehenden zwei Prämienregionen vereint, in Bern, Graubünden, Luzern und St. Gallen werden aus drei noch zwei Regionen. Kostenveränderungen sind jedoch in allen Kantonen möglich. Das Vernehmlassungsverfahren dauert bis Mitte Januar 2017.

Spätestens im Dezember 2016 zeichnete sich ab, dass die vom BAG geplante und sich in der Vernehmlassung befindende Änderung der Verordnung über die Prämienregionen auf Widerstand stossen würde. Die Versicherer kritisierten, die Nivellierung zwischen den städtischen Gebieten, die durch die Revision tendenziell entlastet würden, und den ländlichen Regionen, die mehr bezahlen müssten, verkleinere ohne Grundlage die Prämienunterschiede innerhalb der Kantone und sei ein weiterer Schritt in Richtung kantonaler Einheitsprämien. Insgesamt handelt es sich um eine reine Umverteilung, jedoch drohen gemäss Berechnungen der Krankenkasse CSS in gewissen Gemeinden Aufschläge um bis zu 22%. Bezirke können sehr heterogene Gebilde sein und seien daher die falsche Grundlage für die Einteilung von Prämienregionen, hiess es vonseiten der Santésuisse. Ländliche Regionen mit tiefen Kosten würden die zum selben Bezirk gehörenden Städte, die hohe Kosten haben, quersubventionieren. Auch vonseiten der Gemeinden regte sich Widerstand. Der Entscheid liegt nach der Vernehmlassung nicht beim Gesamtbundesrat, sondern beim EDI-Vorsteher Berset – so steht es im 2016 in Kraft getretenen Krankenversicherungs-Aufsichtsgesetz. Mitte Dezember gingen im Parlament zwei Vorstösse ein (16.494 und 16.4083), um am bisherigen System festzuhalten.

Bei der zwischen September 2016 und Januar 2017 laufenden Vernehmlassung zur Änderung der Verordnung über die Prämienregionen gingen 68 Stellungnahmen ein. Zu Wort meldeten sich unter anderem alle Kantone ausser Basel-Stadt und Jura, die Parteien BDP, CVP, FDP, GLP, SP und SVP, der Gemeinde- (SGV) und der Städteverband (SSV), Wirtschaftsdachverbände, verschiedene Dachverbände von Leistungserbringern und Versicherern sowie Patientenorganisationen, einzelne Gemeinden und Private. Vorbehaltlos stimmte nur eine Minderheit der Vorlage zu, die meisten Vernehmlassungsteilnehmenden, darunter alle Parteien ausser der SP, lehnten die Vorlage ab. Sie kritisierten insbesondere die Einteilung anhand von Bezirken, da diese – anders als die Gemeinden – für die Organisation und Finanzierung der Gesundheitsversorgung nicht relevant seien und nicht in allen Kantonen existierten; Kantone, welche die Verwaltungseinheit «Bezirk» nicht kennen, sollten nicht aufgrund dessen nur über eine Prämienregion verfügen. Zudem sei es nicht fair, ländliche und städtische Gebiete in Prämienregionen zusammenzufassen, wie es durch die Verwendung der Bezirke geschehen würde, da sich diese bezüglich des Versorgungsangebots unterschieden. Umgekehrt begrüsste die GLP diesen Aspekt, da die städtischen Versicherten bisher für die von der Allgemeinheit verursachten Kosten hätten aufkommen müssen. Kritisiert wurde von zahlreichen Teilnehmenden zudem, dass die Orientierung an Bezirken zu einer Kosten- und Prämiennivellierung zwischen den Gemeinden eines Bezirks führe, obwohl das Volk eine Einheitskasse – als Extremform einer solchen Entwicklung – zuletzt 2014 erneut abgelehnt habe. Diese Nivellierung laufe auch der Kostenwahrheit zuwider.
Kritisiert wurden auch weitere Aspekte der Revision: So wurde darauf hingewiesen, dass bei grossen Kostenunterschieden auch in kleinen Kantonen Prämienregionen gerechtfertigt sein können und es durch das Kriterium «Grösse des Versichertenbestandes», dessen Grenzwerte überdies arbiträr festgelegt und nicht begründet worden seien, zu Ungleichbehandlungen zwischen den Kantonen komme. Allgemein wurde schliesslich beanstandet, dass die Revision zu teilweise erheblichen Prämienerhöhungen führen würde, von denen insbesondere die Landbevölkerung betroffen wäre.

Im Dezember 2016 reichte Andreas Aebi (svp, BE) eine parlamentarische Initiative ein, mit der die «bewährten Prämienregionen wiederhergestellt» werden sollten. Diese waren seit der Änderung des Krankenkassenaufsichtsgesetzes 2016 nicht mehr gesetzeskonform und mussten geändert werden. Eine Neueinteilung der Prämienregionen aufgrund von Bezirken war jedoch auf heftige Kritik gestossen. Aebi wollte nun eine Rückkehr zur ehemaligen Einteilung der Prämienregionen sowie zur Festlegung der maximalen Rabatte durch den Bundesrat – seit Inkrafttreten des Aufsichtsgesetzes lag diese Kompetenz beim EDI – erreichen. Ende 2017 gab die SGK-NR der Initiative mit 17 zu 5 Stimmen bei einer Enthaltung Folge. Ihre Schwesterkommission entschied sich aber Anfang 2018, lieber der Motion Germann (svp, SH; Mo. 16.4083) zu folgen, welche sie gemäss eigenen Aussagen «eng begleite». Es sei daher nicht nötig, dass «die Schwesterkommission gesetzgeberisch aktiv» werde, erklärte die SGK-SR und lehnte die Initiative mit 11 zu 0 Stimmen ab. Im Winter 2018 entschied sich die Nationalratskommission einstimmig, nicht an der Initiative festzuhalten, da das Anliegen mittlerweile bereits von einer Motion der Ständeratskommission aufgenommen wurde.

Hannes Germann (svp, SH) wollte eine Abkehr von den Änderungen zur Einteilung der Prämienregionen, wie sie im Rahmen der Revision der Verordnung über die Prämienregionen geplant wurden, erreichen. In seiner Motion «An bewährten Prämienregionen festhalten» vom Dezember 2016 kritisierte er, dass das EDI seit dem Inkrafttreten des KVAG zukünftig eigenmächtig bezüglich Prämienregionen entscheiden könne und diesbezüglich einige Änderungen angekündigt habe: Die Kosten würden neu auf Bezirks- statt wie bisher auf Gemeindeebene beurteilt, Prämienregionen müssten künftig mindestens 33'333 respektive (in grossen Kantonen) 66'667 Versicherte beinhalten und in Kantonen mit weniger als 200'000 Versicherten dürfe es nur noch eine Prämienregion geben. Ein solches Vorgehen würde jedoch einzig die Kostenunterschiede zwischen den Gemeinden eines Bezirks ausgleichen, erklärte der Motionär, wodurch es zu einer milliardenhohen Umverteilung komme. Davon seien gemäss Santésuisse 3 Mio. Menschen negativ betroffen. Die Kostenwahrheit oder Transparenz steigere die Änderung jedoch nicht. Zudem gebe es in vielen Kantonen gar keine Bezirke mehr. In seiner Motion verlangte Germann deshalb, dass für die Einteilung der Prämienregionen weiterhin die Kosten der Gemeinden relevant sein sollen und der Bundesrat die maximalen Rabatte festlegen soll.
Der Bundesrat argumentierte, dass die Einteilung der Prämienregionen nach Gemeinden die tatsächlichen Kostenunterschiede zwischen den Regionen nicht mehr erfasse. Das EDI sei daher gemäss seinem Auftrag daran, die Prämienregionen anzupassen, wobei sich in der Vernehmlassung zur Verordnung über die Prämienregionen nur eine Minderheit der betroffenen Kantone gegen die Einteilung nach Bezirken ausgesprochen habe. Die Bezirke als kleinste geografische Einheit für eine Prämienregion zu verwenden, mache Sinn, weil dadurch relativ einheitliche, zusammenhängende Prämienregionen gebildet werden könnten, während diese unter Berücksichtigung der Gemeinden wild auf dem Kantonsgebiet verstreut wären. Zudem sei die Einteilung langfristig stabil, weil einzelne schwere Krankheitsfälle in kleinen Gemeinden nicht mehr zu einem Wechsel der Prämienregion führten. Schliesslich sei eine Einteilung auf Gemeindeebene nicht mehr möglich, weil das BAG die entsprechenden Informationen aus Datenschutzgründen nicht mehr erhebe. Diese Änderungen beträfen schliesslich nur eine Minderheit der Versicherten und für die meisten Betroffenen seien die Auswirkungen minimal. Ein Prozent der Versicherten müsse jedoch mit einem Prämienanstieg um mehr als 10 Prozent rechnen.
Vor der Behandlung des Geschäfts im Ständerat reichte die SGK-SR einen Ordnungsantrag ein, mit welchem sie eine Zuweisung der Motion an sich selbst erreichen wollte. Da die Vernehmlassung zur Verordnung zum Zeitpunkt der Konsultation noch nicht abgeschlossen gewesen war, beabsichtige die SGK-SR gemäss Kommissionssprecher Graber (cvp, LU), eine weitere Konsultation durchzuführen, bei der auch die Motion Germann behandelt werden könne. Der Motionär hiess diesen Vorschlag gut, verwies aber auch auf die staatspolitischen und föderalen Bedenken, welche die Kommission in Betracht ziehen solle. Stillschweigend nahm der Ständerat den Ordnungsantrag an.

Durch die Änderung des Krankenkassenaufsichtsgesetzes war 2016 eine Neueinteilung der Prämienregionen und der maximal zulässigen Prämienunterschiede basierend auf den Kostenunterschieden zwischen den Regionen nötig geworden. Der Vernehmlassungsentwurf des EDI war insbesondere aufgrund der Regionenbildung anhand von Bezirken anstelle von Gemeinden stark kritisiert worden. Auch die SGK-SR sprach sich gegen die Vernehmlassungsvorlage sowie gegen die in der Zwischenzeit von Bundesrat und Krankenversicherern gemachten neuen Vorschläge aus. In der Folge reichte sie im Sommer 2018 im Rahmen ihrer Behandlung der Motion Germann (svp, SH) eine Motion ein, um die entsprechende Bestimmung im KVG so zu ändern, dass die aktuelle Einteilung der Prämienregionen beibehalten werden kann und die Anzahl Prämienregionen in den Kantonen gleich bleibt. Im Unterschied zur Motion Germann soll die Befähigung, die Prämienregionen und -unterschiede festzulegen, in der Kommissionsmotion weiterhin beim EDI belassen werden. Überdies soll eine Regelung bezüglich der Regionszuteilung einer Gemeinde, die aus einer Fusion zweier Gemeinden aus verschiedenen Prämienregionen entstanden ist, geschaffen werden. Der Bundesrat empfahl die Motion der SGK-SR zur Ablehnung. Er rief in Erinnerung, dass die nun kritisierte Bestimmung im KVG ursprünglich geschaffen worden war, um die Quersubventionierung innerhalb der Kantone – vor allem zu Lasten der Städte – zu beenden.

In der Wintersession 2018 behandelte der Ständerat die Motion der SGK-SR zusammen mit der Motion Germann. Joachim Eder (fdp, ZG) erklärte dem Rat, dass die Kommission mit 7 zu 1 Stimmen bei 3 Enthaltungen eine Annahme der Kommissionsmotion und mit 10 zu 0 Stimmen bei 1 Enthaltung eine Ablehnung der Motion Germann empfehle. Dieser Empfehlung stimmte auch Motionär Germann selbst zu. Die Kommissionsmotion fand im Rat jedoch nicht nur Anklang. Anita Fetz (sp, BS) störte sich daran, dass damit die Prämienregionen nun doch nicht aufgrund der tatsächlichen Kosten berechnet werden sollten, wie ursprünglich entschieden worden war. Zudem befürchtete sie, dass eine strikte Regelung der Gemeindezuteilung zu Prämienregionen Gemeinde- sowie Spitalfusionen erschweren würde. Bundesrat Berset wies noch einmal auf die Änderungen hin, die der Bundesrat aufgrund der Kritik in der Vernehmlassung vorgenommen hatte. Er betonte überdies, dass es verschiedene unklare Punkte gebe, die der Bundesrat nur in Übereinstimmung mit der SGK entscheiden werde.
Die Entscheidung des Ständerates fiel schliesslich deutlich aus: Mit 24 zu 13 Stimmen nahm die kleine Kammer die Kommissionsmotion an, Hannes Germann zog seine Motion zurück.

Wie zuvor ihre Schwesterkommission lehnte auch die SGK-NR eine Einteilung der Prämien nach Bezirken, wie sie das EDI einzuführen beabsichtigt hatte, ab. Dadurch würden die Kosten der städtischen Regionen auf die ländlichen Regionen, in denen das Angebot deutlich geringer ist, übertragen, argumentierte die Kommission in ihrem Bericht vom Februar 2019. Mit 16 zu 7 Stimmen empfahl sie daher, die Motion der SGK-SR zur Beibehaltung der aktuellen Einteilung der Prämienregionen anzunehmen. Eine Minderheit Gysi (sp, SG) setzte sich hingegen für eine Ablehnung der Motion ein, da es keine Lösung sei, den ungerechten Status quo zu zementieren.
Minderheitensprecherin Gysi bezeichnete die Motion in der Nationalratsdebatte in der Frühjahrssession 2019 als «Skandal». Die heutige Situation und damit auch diese Motion würden gegen das Gesetz verstossen, argumentierte sie. Aktuell würden städtische Gemeinden und Agglomerationen die Landbevölkerung massiv quersubventionieren. Zwar sei die Dichte der Leistungserbringenden und somit auch die Kosten in den Städten höher als auf dem Land, «aber nicht derart viel höher». Dem pflichtete Gesundheitsminister Berset – ebenfalls mit deutlichen Worten – bei. Die aktuelle Regelung sei ein echtes Problem, das jetzt gelöst werden müsse. Er bat daher den Nationalrat, die Motion abzulehnen. Man müsse ja nicht mit dem bisherigen Vorschlag vom EDI weiterarbeiten, aber die Diskussion müsse weitergeführt werden können; ansonsten sei die Thematik vom Tisch. Eine Annahme der Motion würde bedeuten, dass man sagt, «qu'on a bien compris qu[e la situation] est injuste, mais que l'on va faire comme si on ne le voyait pas et que, tant pis, on va cacher la poussière sous le tapis». Trotz dieses eindringlichen Appells nahm der Nationalrat die Motion mit 105 zu 62 Stimmen (bei 10 Enthaltungen) an. Mehrheiten der bürgerlichen Fraktionen hatten sich für die Beibehaltung der aktuellen Regelung ausgesprochen.
Somit werden die Bemühungen zur Änderungen der Prämienregionen eingestellt. Genau wie Barbara Gysi kritisiert hatte, fand die Vorlage in den Medien kaum Resonanz, diskutiert wurde stattdessen über die Anpassung der Franchisen an die Kostenentwicklung sowie über die Steuerabzüge für Krankenkassenprämien, die gleichentags respektive tags zuvor behandelt wurden.

In der Sommersession 2022 beschlossen die beiden Räte, die Motion der SGK-SR, die das KVG insofern anpassen wollte, als dass die aktuelle Einteilung der Prämienregionen beibehalten werden kann, abzuschreiben. Der Bundesrat hatte in seinem Bericht über die Motionen und Postulate 2021 ausgeführt, dass man den entsprechenden Artikel in der Verordnung des EDI über die Prämienregionen angepasst und die Forderung damit erfüllt habe.