Au Conseil national, l'entrée en matière sur l'arrêté fédéral séparé relatif à une taxe écologique sur l'énergie fut l'objet de débats nourris. Les partisans de la taxe l'ont soutenu en tant que contre-projet indirect aux trois initiatives populaires énergétiques en cours («pour l'introduction d'un centime solaire», «encourager les économies d'énergie et freiner le gaspillage», «pour garantir l'AVS – taxer l'énergie et non le travail!»). La constitutionnalité de la taxe et la procédure adoptée (l'arrêté ne sera soumis à une procédure de consultation qu'après son acceptation par la grande Chambre) ont été vivement controversées. La taxe a été jugée constitutionnelle par l'expert juridique Tobias Jaag pour autant qu'elle remplisse des buts écologiques, qu'elle soit incitative et qu'elle ne soit pas utilisée pour indemniser des investissements non amortissables (INA) ou pour diminuer les charges salariales. Une proposition Leuba (pl, VD) réclama le renvoi de l'arrêté en commission avec mandat de procéder à une consultation des cantons et milieux intéressés avant de décider, ainsi que d'obtenir l'avis du Conseil fédéral sur le projet d'arrêté. Elle fut rejetée in extremis par 93 voix contre 87. La majorité de la Ceate a soutenu la taxe écologique, estimant que la libéralisation du marché de l'électricité dans l'Union européenne nécessitait des mesures d'accompagnement. L'entrée en matière sur l'arrêté a été finalement acceptée par 105 voix contre 72. La taxe a été soutenue par les socialistes et les Verts, une majorité démo-chrétienne, une minorité radicale et par les représentants des cantons de montagne. Le député Lötscher (pdc, LU) demanda l'entrée en vigueur simultanée de la taxe et de la loi sur l’énergie et de prolonger en attendant l'arrêté fédéral de 1990. Soutenue par les écologistes et les socialistes, la proposition a toutefois été rejetée par 83 voix contre 69. Les députés ont suivi les recommandations de Moritz Leuenberger qui demanda de séparer les deux objets afin d'éviter qu'un référendum contre l'arrêté sur la taxe ne retarde l'entrée en vigueur de la loi. Le risque serait de ne jamais voir la loi entrer en vigueur et de prolonger indéfiniment l'arrêté de 1990.
Dans l'examen de détails de l'arrêté, les députés ont maintenu à 0.6 centime par kilowattheure la taxe prélevée sur la consommation finale de toute énergie non renouvelable. La taxe sera restituée dans les cas où les agents fossiles seront exportés ou utilisés à des fins autres qu'énergétiques, lorsque l'électricité sera produite au moyen d'agents renouvelables, lorsqu'elle sera exportée, ainsi que lorsqu'elle servira à alimenter des équipements à pompage-turbinage. La taxe sera exonérée ou remboursée lorsque l'énergie sera destinée à des réseaux de chauffage à distance. Un quart au moins du produit, en moyenne quinquennale, sera utilisé à l'encouragement des énergies renouvelables, à l'assainissement énergétique et au maintien et renouvellement des centrales hydrauliques. Le Conseil fédéral devra instituer un fonds avec les recettes de la taxe incitative. La Confédération pourra mettre à disposition d'organisations privées, cautionnant des projets de financement de tiers, des contributions à fonds perdu comme capital social ou comme caution. La taxe sera introduite progressivement par l'exécutif, en l'espace de six ans, son effet incitatif sera vérifié régulièrement. L'arrêté a été limité à 25 ans au plus à compter de son entrée en vigueur, pour autant que l'approvisionnement du pays en énergie renouvelable locale soit assuré au moins à 50% et que le pourcentage d'énergie utilisable soit supérieur aux pertes d'énergie. Le vote sur l'ensemble de l'arrêté a retenu l'approbation de 98 députés contre 59. Ce projet d'arrêté fédéral sur la taxe a été ensuite mis en procédure de consultation avant d'être transmis au Conseil des Etats.