La Ligue suisse pour la protection de la nature et le WWF ont exigé une action immédiate en faveur de la protection des marais. Selon eux, malgré l'acceptation de l'initiative de Rothenthurm en 1987 qui stipulait que les marais doivent conserver ou retrouver leur aspect d'avant le ler juin 1983, 100 d'entre eux ont souffert d'interventions humaines ces dernières années (agriculture, tourisme, armée). Les ordonnances et inventaires n'étant pas encore en vigueur, les cantons ne prendraient aucune mesure de protection. En. conséquence, ces organisations ont demandé au Conseil fédirai un arrêté fédéral urgent permettant une action rapide et effective. La motion Huber (pdc, AG) déposée au Conseil des Etats et la motion Bircher (ps, AG) (Mo. 89.748) au Conseil national ont exigé la même chose pour obliger les cantons et les communes à prendre leurs responsabilités.

En 1989, la Ligue suisse pour la protection de la nature et le WWF avaient exigé du gouvernement des mesures immédiates sous forme d'arrêté fédéral urgent (AFU) en faveur de la sauvegarde des marais. En début d'année, le Conseil fédéral consultait les cantons sur l'opportunité d'une législation d'urgence. Cela provoqua certaines protestations, notamment de la part de J. Cavadini (pl, NE) qui, par le biais d'une interpellation, fustigea l'attitude du gouvernement au sujet du délai trop court de la procédure de consultation, du fait que celle-ci était organisée avant même que des motions réclamant un AFU ne soient débattues au parlement, et parce que les résultats des consultations sur les inventaires des zones à protéger restaient inconnus. Peu après, la petite chambre transmettait comme postulat la motion Huber (pdc, AG) demandant, de la part du gouvernement, l'établissement d'un AFU comprenant un inventaire des zones humides méritant protection, et l'obligation faite aux cantons de prendre immédiatement des mesures en vue de la conservation de ces biotopes. F. Cotti répéta, à cette occasion, sa détermination à prendre des mesures urgentes en cas de nécessité.

Au terme de la consultation, le Conseil fédéral renonça à l'utilisation d'un AFU pour la protection des marais et des sites marécageux. Un bon nombre de cantons s'opposa en effet à l'élaboration d'un tel instrument; ils ont estimé être juridiquement en mesure de garantir la protection des zones humides, même sans disposer d'inventaires fédéraux contraignants. Il est apparu que le principal problème résidait dans l'application des dispositions en vigueur, les cantons souffrant d'un manque d'argent et de personnel pour assurer leur tâche. Le gouvernement, en conséquence, s'est contenté de leur accorder un crédit complémentaire de CHF trois millions pour l'année 1990.