Nachdem der Bundesrat in seiner Botschaft vom Mai 2018 vorgeschlagen hatte, das derzeit befristete Wasserzinsmaximum doch nicht auf CHF 80 pro Kilowatt Bruttoleistung zu senken, sondern dieses in der Höhe von CHF 110 bis ins Jahr 2024 beizubehalten, zeigte sich im August auch die UREK-SR mit zehn zu zwei Stimmen mit diesem Entscheid einverstanden. Eine Senkung des Wasserzinsmaximums hätte gemäss deren Befürwortern den Vorteil, dass Wasserkraftwerksbetreiber entlastet und Arbeitsplätze in den Bergregionen gesichert würden. Dem gegenüber standen jedoch die Randregionen, die in der Vernehmlassung ein finanzielles und regionalpolitisches Interesse an angemessen hohen Wassernutzungsentschädigungen geltend gemacht hatten. Im Zentrum der bundesrätlichen Vorlage steht erstens die Änderung des Wasserrechtsgesetzes mit der Weiterführung des oben erwähnten Zinses bis ins Jahr 2024. Zweitens soll gleichzeitig die von der nationalrätlichen Energiekommission eingereichte Motion (14.3668) zur Wasserzinsregelung nach 2019 abgeschrieben werden. Als dritter Punkt sah der Bundesrat in seinem Entwurf vor, dass bei Investitionen in Wasserkraftanlagen die Wasserzinsen für einen Zeitraum von zehn Jahren entfallen sollen. Damit soll ein gewisser Fördermechanismus für den Ausbau der Wasserkraft Einzug haben. Als vierter Punkt sollen die Behördenzuständigkeiten bei der Wasserkraftnutzung von Grenzgewässern präzisiert werden. Mit diesen vier Vorschlägen des Bundesrates zeigte sich eine Mehrheit der Kommission einverstanden. In Ergänzung zum bundesrätlichen Entwurf verlangte die Kommissionsmehrheit jedoch fünftens, dass nach 2024 bei der Regelung der Wasserzinsabgabe ein fixer und ein variabler Teil erarbeitet werden soll. Als letztes Element der Vorlage verlangte die Kommissionsmehrheit zusätzlich, dass die bestehenden Regelungen weitergeführt werden sollten, falls in der Revision des StromVG kein marktnahes Strommarktmodell termingerecht in Kraft treten würde. Die UREK-SR nahm die gesamte Vorlage schliesslich einstimmig bei einer Enthaltung an.
Obwohl es sich bei dieser Vorlage nur um eine Übergangsvorlage handelte, sorgte das Thema Wasserrechtsgesetzesänderung in der Herbstsession 2018 im Ständerat für viel Diskussionsstoff. Dabei wurden drei grosse Konflikte ersichtlich: Der erste Konflikt behandelte die Frage nach der Höhe des Wasserzinsmaximums selber. Eine Kommissionsminderheit Luginbühl (bdp, BE) plädierte im Rat dafür, das Maximum in Art. 49 Abs. 1 WRG nicht bei CHF 110 zu belassen, sondern dieses auf CHF 90 zu senken. Die Minderheit begründete dies damit, dass die Probleme der Wasserkraft nicht einfach nur auf ruinöse Unternehmensstrategien zurückzuführen seinen, wie dies gemäss Martin Schmid (fdp, GR) die Mehrheit der Kantone in der Vernehmlassung angedeutet hatte, sondern die Wasserzinsabgaben mit einem Anteil von beinahe einem Drittel der Gestehungskosten einfach zu hoch seien und die Wasserkraftwerke dadurch belasteten. Mit einer Senkung des Wasserzinses und der damit verbundenen Unterstützung der Unternehmen könnten zudem Arbeitsplätze in den Randregionen gesichert werden. Im internationalen Vergleich sei die Abgabe zudem viel zu hoch und die Idee des Wasserzinses, einer Abgabe der Konsumenten an die Berggebiete, sei schon in der NFA eingebunden. Gerade letzteres Argument konterte aber beispielsweise Thomas Hefti (fdp, GL) vehement und unterstrich, man dürfe die NFA und den Wasserzins nicht gegeneinander ausspielen, da dies zwei völlig verschiedene Instrumente seien.
Befürworter der 110-Franken-Obergrenze deuteten darauf hin, dass die jeweiligen Kantone nicht gezwungen seien, die CHF 110 einzufordern. Sie könnten auch einen viel tieferen Wasserzins berechnen, um die Wasserkraftwerke nicht aufs Spiel zu setzen und sich dadurch selber zu schaden. Genannt wurden in der Diskussion beispielsweise die Kantone Jura mit einem sehr tiefen Wasserzins von nur CHF 40 oder der Kanton Waadt mit CHF 80. Einige Ratsmitglieder waren zudem der Meinung, dass eine Senkung des Wasserzinses die Wettbewerbsfähigkeit der betroffenen Unternehmen nicht stärke und man vielmehr auch auf das interne Verrechnungswesen schauen müsse.
Die zwei weiteren Konflikte fanden sich in Art. 49 Abs. 1bis WRG. Gegenüber dem Entwurf des Bundesrates hatte die Kommissionsmehrheit – wie schon in der Einleitung angedeutet – zwei zentrale Änderungen vorgenommen. Eine davon war, dass sie im Gesetz verankern wollte, dass der Bundesrat für die Zeit nach dem 1. Januar 2025 den Wasserzins aus einem fixen und einem variablen Teil zusammenzusetzen habe. Bei guter Geschäftslage würden so dank des variablen Teils den Bergkantonen grössere Einnahmen zukommen, während in schlechten Zeiten die Wasserkraftunternehmen weniger stark mit den Wasserzinsen belastet würden. Auch Bundesrätin Doris Leuthard begrüsste die Festlegung dieser Ausgestaltungsvariante, da die Wissenschaft schon jetzt erklärte, dass dies wohl die beste Variante sei und der Bund so viel Aufwand einsparen könnte. Eine Minderheit Hösli (svp, GL) beantragte dem Rat jedoch, dem Bundesrat keine Vorgabe bei der Ausgestaltung des zukünftigen Wasserzinses im Rahmen der Revision des StromVG zu machen.
Zuletzt gab auch die von der Kommissionsmehrheit ergänzte Klausel im selben Absatz zu reden, die besagt, dass das aktuelle Wasserzinsmaximum automatisch ab dem 1. Januar 2025 verlängert würde, sollte das neue Strommarktmodell nicht rechtzeitig in Kraft treten. Gegen eine solche, ihrer Meinung nach überflüssige, automatische Weiterführung des bisherigen Regimes wehrten sich Roland Eberle (svp, TG) sowie Robert Cramer (gp, GE). Diese Klausel sei ein falscher Anreiz, kein neues Marktmodell zu schaffen, da den Bergkantonen bei einer Verweigerung neuer Marktmodelle eine Weiterführung der bisherigen Praxis gesichert wäre. Für diese Automatisierung sprach sich hingegen unter anderen Werner Hösli aus. Er argumentierte, dies sei eine unbürokratische und effiziente Lösung, die eine erneute Debatte um den Wasserzins bei Ausstehen eines neuen Marktmodells verhindern könne.
In den Detailabstimmungen folgte die Mehrheit der kleinen Kammer in allen Anliegen der Kommissionsmehrheit. So sprach sich der Ständerat mit 30 zu 13 Stimmen dafür aus, das Wasserzinsmaximum bei CHF 110 zu belassen. Betreffend die Einführung des flexiblen Wasserzinses fand sich eine knappe Mehrheit mit 22 gegen 20 Stimmen. Die automatische Verlängerung des Wasserzinsmaximums erachteten 20 Ständerätinnen und Ständeräte als sinnvoll, während sich 15 gegen eine solche aussprachen und fünf sich in dieser Frage enthielten. Stillschweigend folgte der Rat in den übrigen Bestimmungen dem Antrag der UREK-SR und schrieb auf Vorschlag des Bundesrates die Motion der UREK-NR (Mo. 14.3668) ab. In der Gesamtabstimmung herrschte nebst fünf Enthaltungen aber Einigkeit.