L'une des conséquences du résultat de la votation du 26 novembre réside dans la remise en question, par la gauche ainsi que par certains parlementaires et milieux de droite, tant de l'achat même des avions de combat F-18 que de leur choix. Le DMF a sollicité l'acquisition de 34 de ces appareils. Cet achat s'élèverait à CHF 3.48 milliards alors que celui de 24 de ces mêmes avions – alternative en discussion – se chiffrerait à CHF 2.82 milliards.

Dossier: Beschaffung des F/A-18 Hornet
Dossier: Beschaffung neuer Kampfflugzeuge

Ces altérations successives de la décision s'expliquent par les critiques croissantes envers cette acquisition, visant le coût financier, les qualités techniques du F-18 et son adéquation avec les objectifs de la défense suisse. Si, initialement, c'était surtout le parti socialiste qui s'opposait à cette opération, demandant que le dossier d'évaluation soit rendu public, il a, depuis lors, été rejoint par le parti écologiste et certains partis bourgeois. Ainsi, les démocrates-chrétiens et ceux du centre, s'ils demeurent fondamentalement favorables à l'achat d'un nouvel avion de combat, souhaitent une réflexion plus approfondie, voire le renvoi d'une ou deux années de la décision, ainsi que la réévaluation du F-16. Les radicaux, bien que soutenant leur conseiller fédéral, s'inquiètent néanmoins du montant final de la facture.

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Des critiques se sont élevées contre le versement de CHF 50 millions d'acompte sur les F/A-18 par le gouvernement et avec l'accord de la délégation des finances, pour raisons d'économie, alors que le Conseil national ne s'était pas encore prononcé. Peter Bodenmann (ps, VS), président du PS, a d'ailleurs qualifié cela de scandale, la somme étant perdue en cas de refus. Le gouvernement a prétendu que de tels paiements anticipés avaient déjà été pratiqués pour d'autres acquisitions. Toutefois, le parti socialiste a envisagé de déposer une plainte au Tribunal fédéral contre Kaspar Villiger et a examiné si cette démarche était légalement possible, ce qui a paru douteux aux yeux de certains juristes. Pour cette raison, le PSS a finalement renoncé à son action. Bodenmann fut blâmé, même dans ses propres rangs, pour ce qui fut considéré comme une faute politique. Bien qu'il ait fait son mea culpa, certaines voix bourgeoises ont néanmoins affirmé qu'un tel comportement était inadmissible de la part d'un parti gouvernemental.

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Deux nouvelles polémiques ont eu lieu au sujet des F/A 18. La première a été lancée par le conseiller national socialiste Hubacher (BS), lequel a accusé le DMF de gaspiller les deniers publics. Selon l'ancien président du PS, si le DMF avait échelonné dans le temps l'achat des dollars nécessaires à l'acquisition des avions de combat et non pas, comme ce fut le cas, acheté d'une seule traite l'ensemble des billets verts en 1993, il aurait pu épargner quelque CHF 728 millions, étant donné la chute du cours du dollars advenue entre-temps (de CHF 1.46 à 1.15). Suite à une question du conseiller national Vetterli (udc, ZH), le Conseil fédéral a répondu qu'il était erroné d'accuser le DMF puisque c'était le DFF, seul compétent en la matière, qui avait pris cette décision. De plus et surtout, cette dernière se justifiait pleinement dans la mesure où la chute du dollars n'était pas prévisible à l'époque et qu'il s'agissait de se prémunir, dans l'hypothèse d'une hausse de la monnaie américaine, contre tout dépassement du budget de CHF 3.5 milliards. La seconde polémique, lancée par le quotidien zurichois Tages Anzeiger, a concerné également le coût du F/A 18. Selon le journal zurichois, étant donné la baisse spectaculaire des prix du marché de l'aviation résultant de la concurrence acharnée entre les constructeurs américains, la Confédération aurait pu épargner au total CHF 1.5 milliard (taux de change 1993) si le Conseil fédéral avait signé le contrat d'achat des F/A 18 en 1995 et non, comme ce fut le cas, en 1993. Le gouvernement aurait donc commis l'erreur d'avoir précipité l'achat de ces appareils alors qu'il n'y avait aucune urgence et qu'il était prévisible que le marché de l'aviation était sur le point de connaître une baisse massive des prix. Le DMF a répondu que le prix mentionné par le quotidien zurichois était une offre de relations publiques qui ne correspondait pas au véritable prix.

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