Am 6. Juni lehnten Volk und Stände die beiden Initiativen «für eine Schweiz ohne neue Kampfflugzeuge» und «40 Waffenplätze sind genug – Umweltschutz auch beim Militär» mit 55.3% bzw. 57.2% Nein-Stimmen deutlich ab. Dieses Ergebnis wurde allgemein als grundsätzliches Ja des Schweizer Volkes zur Armee interpretiert. Dass dem Urnengang grosse gesamtgesellschaftliche wie individuelle Bedeutung beigemessen wurde, zeigte sich an der hohen Stimmbeteiligung von über 55%. Obgleich die beiden Initiativen aus unterschiedlichen Kreisen lanciert worden waren, gelang es den Gegnern, eine Mehrheit der Stimmenden davon zu überzeugen, dass zwischen den beiden Initiativen ein innerer Zusammenhang bestehe, dass beide zu einer bedeutenden Schwächung der Armee führen würden und deshalb als gezielte und konzertierte «Armeeabschaffung auf Raten» anzusehen seien. Mit dieser Argumentation gelang es ihnen, die Abstimmung auch zu einem Plebiszit für oder gegen die militärische Landesverteidigung zu machen.
Dabei wurden den beiden Initiativen ursprünglich durchaus gute Erfolgschancen eingeräumt. Die von der «Gruppe für eine Schweiz ohne Armee» (GSoA) lancierte Anti-F/A-18-Initiative war im Vorjahr in der Rekordzeit von zwölf Tagen zustandegekommen. Das Begehren der «Aktionsgemeinschaft zur Rettung von Neuchlen-Anschwilen» (ARNA) erinnerte in seiner Stossrichtung an die fast schon legendäre Rothenthurm-Initiative, die 1987 mit 57,8% der Stimmen angenommen worden war. Bei einer Umfrage im Januar sprachen sich noch 71% der Befragten für die Waffenplatzinitiative aus, und auch die – von Anfang an umstrittenere – Kampfflugzeug-Initiative wurde lediglich von 38% der Befragten klar abgelehnt. Später durchgeführte Umfragen zeigten dann allerdings ein langsames, aber stetes Aufholen der Initiativgegner, bis sich beide Seiten rund eine Woche vor der Abstimmung ungefähr die Waage hielten.
Der zwischen Januar und Juni erfolgte Meinungsumschwung ging zweifellos entscheidend auf das Konto der kraftvoll und geschickt geführten Abstimmungskampagne der Initiativgegner. Der Umstand, dass am Wochenende vom 6. Juni allein über diese beiden Initiativen abgestimmt wurde, erwies sich ebenfalls als sehr bedeutsam. Erst mit der Zusammenlegung der beiden Abstimmungen auf das gleiche Datum entwickelte die gegnerische Behauptung von der «Armeeabschaffung auf Raten» ihre volle Sprengkraft. Die pauschale Würdigung im Abstimmungsbüchlein, wonach beide Initiativen «eine zeitgemässe Landesverteidigung» verhinderten, verfestigte diese Sicht der Dinge weiter.
Vor allem auf der Gegnerseite wurde der Abstimmungskampf breit organisiert. Eine »Arbeitsgemeinschaft für eine wirksame und friedenssichernde Milizarmee» (AWM), welcher rund zwei Dutzend armeefreundliche Organisationen vom Gewerbeverband über die Wirtschaftsförderung bis hin zum Schweizerischen Schützenverein angehörten, koordinierte das einheitliche Auftreten dieser Interessengruppen. Die Aktivitäten der bürgerlichen Parteien führten deren Generalsekretariate unter der Leitung von SVP-Generalsekretär Max Friedli, welcher auch den Kontakt zum EMD sicherstellte. Daneben bildete sich ein Aktionskomitee «Gegen eine Schweiz ohne Schutz», dem 136 bürgerliche Bundesparlamentarierinnen und -parlamentarier angehörten. Wichtigster Exponent der Gegner im Abstimmungskampf war aber Bundesrat Villiger, der sich an unzähligen Veranstaltungen vehement für eine starke und damit glaubwürdige Armee einsetzte. Im Februar verschickte das EMD an sämtliche Truppenkommandanten bis hinunter auf Stufe Kompagnie ein Argumentarium gegen die beiden Initiativen, warnte die Offiziere aber vor direkten Abstimmungsempfehlungen.
In Anlehnung an das Stop-the-Army-Festival von 1989 heizte die GSoA den Abstimmungskampf mit einem Polit-Happening auf dem Berner Bundesplatz an, an welchem namhafte Vertreter aus der Schweizer Rock-, Pop- und Kabarettszene teilnahmen, und zu welchem sich Mitte Mai an die 25'000 meist jugendliche Teilnehmer einfanden. Eine Woche später konnte auch die Gegnerseite rund 25'000 Personen zu einer patriotischen Grosskundgebung mobilisieren. Dies erstaunte um so mehr, als die Mehrzahl der Anwesenden zweifellos der sonst eher demonstrationsfeindlichen «schweigenden Mehrheit» zuzuordnen war, und unterstrich erneut den polarisierenden Charakter dieser Abstimmung.
In dieser emotional stark aufgeladenen Atmosphäre fiel es den Befürwortern der Initiativen, zu denen neben der GSoA auch die SP, der LdU, die Grünen, die Lega und der SGB gehörten, zunehmend schwerer, ihr Anliegen politisch überzeugend darzustellen. Obgleich sie stets betonten, dass es hier lediglich darum gehe, den Bürgerinnen und Bürgern demokratische Mitbestimmung und der «classe politique» eine Denkpause in zwei heftig umstrittenen Fragen zu ermöglichen, gelang es ihnen immer weniger, sich aus dem Windschatten der Armee-Abschaffungs-Abstimmung von 1989 zu lösen. Vor allem die Moratoriums-Bestimmung in der Kampfflugzeug-Initiative und eine unklare Formulierung in der Waffenplatz-Initiative, welche weite Interpretationsmöglichkeiten über das künftige Schicksal der bestehenden Waffenplätze zuliess, wurden zusehends zum Fallstrick für die beiden Volksbegehren.
Eine vom Bundesamt für Statistik (BFS) in Auftrag gegebene Untersuchung, welche rund 2'900 Gemeinderesultate mit deren regionalen und lokalen Strukturdaten verband, zeigte, dass noch nie eine Volksabstimmung über Militärfragen die Schweiz derart polarisiert hat. Die kantonalen Abweichungen vom gesamtschweizerischen Ergebnis wurden in der Mehrheit der Kantone gegenüber denjenigen zur Armee-Abschaffungs-Initiative von 1989 grösser, die militärkritischen Kantone also noch kritischer und die militärfreundlichen noch armeefreundlicher. Auch die Vox-Analyse zu diesem Urnengang kam zum Schluss, dass die armeeplebiszitäre Dimension der Abstimmung entscheidend deren Ausgang bestimmt hatte. Die Nachbefragung der Stimmberechtigten ergab, dass es vor allem denjenigen, welche die Initiative ablehnten, um ein grundsätzliches Bekenntnis zur Armee ging. Der Umkehrschluss, wonach die Ja-Stimmenden ein Votum gegen die militärische Landesverteidigung abgegeben hätten, erwies sich hingegen nicht als zwingend. Insgesamt machte die Untersuchung nur etwas mehr als 20% harte Armeegegner aus. Die Analyse des Stimmverhaltens zeigte, dass Bildung oder berufliche Stellung bei diesem Urnengang keinen oder nur geringen Einfluss auf den individuellen Entscheid hatten. Überraschend war hingegen das stark geschlechterspezifische Stimmverhalten. Im Unterschied zur Abstimmung über die Armeeabschaffung vom November 1989 standen die Frauen den beiden armeekritischen Initiativen deutlich positiver gegenüber als die Männer. Ein ähnlicher Unterschied im Stimmverhalten zwischen Mann und Frau war bei der Abstimmung über das Rüstungsreferendum und vor allem bei der Rothenthurm-Initiative beobachtet worden. Die Polarisierung verlief weitgehend entlang den Trennlinien der (partei)politischen Orientierungen, wie dies auch bei früheren Armeevorlagen der Fall war. Klare Unterschiede im Stimmverhalten ergaben sich auch beim Alter, wo die Kategorie der 30-39jährigen als einzige deutlich zustimmte, während die über 60jährigen beide Initiativen mit über 60% der Stimmen verwarfen. Erneut zeigte sich ein Gegensatz zwischen der städtischen, eher progressiven Schweiz und den konservativeren ländlichen Gegenden. Ebenfalls eine grosse Rolle spielte die Sprachzugehörigkeit. In der Deutschschweiz lag der Anteil der globalen Zustimmung bei 43% resp. 44%, in der Romandie und im Tessin bei 55% bzw. 56%. Zum positiven Resultat in der Westschweiz trugen allerdings vor allem die Kantone Genf und Jura bei, die beide Initiativen deutlich annahmen. Ein differenzierteres Bild zeigten die Kantone Freiburg, Waadt und Neuenburg, welche die Waffenplatz-Initiative annahmen, die Kampfflugzeug-Initiative hingegen – wenn auch weniger deutlich als die Deutschschweiz – verwarfen. Das Wallis lehnte als einziger mehrheitlich welscher Kanton beide Initiativen ab. In der Deutschschweiz stimmten nur gerade die beiden Basel den Initiativen zu.