Après avoir refusé de repousser ce débat à la session de printemps 1990, le Conseil national a dû affronter une proposition de non-entrée en matière du député Christoph Blocher (udc, ZH) – hostile à toute décriminalisation de l'objection – ainsi qu'une série de demandes de renvoi. Ainsi, les groupes socialiste et AdI/PEP ont tous deux exigé la création d'un authentique service civil, totalement indépendant du DMF, où les objecteurs de conscience seraient jugés par la justice civile. La proposition de renvoi du député Rolf Büttiker (prd, SO) sollicitait un projet qui n'empirerait pas la situation des vrais objecteurs alors que celle de la conseillère nationale Susanne Leutenegger Oberholzer (poch, BL) demandait notamment la renonciation à tout examen des motifs de conscience allégués par les objecteurs.
Si ces propositions ont été rejetées par la chambre basse, celle-ci a néanmoins introduit deux divergences notables par rapport au projet initial. Alors que le Conseil fédéral désirait subordonner la contrainte à un travail d'intérêt général aux exigences de la conscience, le Conseil national a réfuté cette terminologie pour finalement lier l'astreinte aux valeurs éthiques fondamentales de la personne considérée (Le Conseil national a finalement approuvé le projet par 77 voix contre 29). De surcroît, la chambre du peuple a décrété l'impunité de l'objecteur si l'inaptitude préexistait à l'insoumission. Plusieurs conseillers nationaux, insatisfaits du projet finalement adopté, ont déposé des textes relatifs à ce domaine. Par le biais d'initiatives parlementaires, Helmut Hubacher (Iv.pa. 89.245) exige une modification constitutionnelle introduisant un service civil alors que Susanne Leutenegger Oberholzer (Iv.pa. 89.254) souhaite une amnistie en faveur de tous les objecteurs. Laurent Rebeaud (verts, GE; Po. 89.706) demande, dans un postulat, la création d'un service national d'utilité publique remplaçant l'actuel service militaire.