Le DFTCE a procédé à la mise en consultation du projet de révision de la loi sur l'énergie atomique et de l'arrêté fédéral concernant cette loi, dont l'objectif est de simplifier et d'accélérer les procédures d'autorisation pour la construction de dépôts pour les déchets radioactifs (Cette révision de la loi fait suite à l'adoption par les Chambres fédérales d'une motion Fischer (prd, AG) (Mo. 91.3016)). Pour y parvenir, les compétences des cantons dans le domaine de l'aménagement du territoire et leur souveraineté sur leur sous-sol seront restreintes au profit de la Confédération. A côté de l'autorisation générale qui devra toujours être approuvée par le Parlement, les autres autorisations et concessions, actuellement de la compétence des communes ou des cantons, seront réunies en une seule autorisation octroyée par le DFTCE et non par le Conseil fédéral; le détenteur de cette autorisation bénéficiera d'un droit d'expropriation. En compensation, le statut juridique des personnes concernées sera amélioré: il leur sera possible de s'adresser directement au Tribunal fédéral pour contester une décision d'expropriation ou une autorisation accordée par les autorités. Les prises de position des cantons sur cette question furent partagées, une moitié étant favorable au projet et l'autre opposée. Les quatre cantons (GR, NW, UR, VD), directement concernés par la construction éventuelle d'un dépôt de stockage pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs, se sont opposés au projet du Conseil fédéral. Le principal reproche des autorités cantonales résidait dans la remise en cause de l'autonomie des cantons et des communes en ce qui concerne l'aménagement du territoire et de l'octroi de concessions. Les partis bourgeois et les représentants de l'économie privée se sont prononcés en faveur du projet alors que le PS et les verts s'y opposaient. Quant aux organisations de protection de l'environnement, elles ont déjà annoncé leur intention de lancer un référendum au cas où le projet était approuvé tel quel par les Chambres fédérales.

Le Conseil fédéral a publié son message relatif à une révision partielle de la loi sur l'énergie atomique et de l'arrêté fédéral concernant cette loi dont les dispositions visent deux objectifs distincts. D'une part, il s'agit de simplifier et d'accélérer les procédures d'autorisation pour la construction de dépôts pour déchets radioactifs. Selon le projet du gouvernement, leur construction nécessitera toujours une autorisation générale requérant l'approbation des Chambres fédérales. En revanche, les autres autorisations et concessions - actuellement de la compétence des cantons ou des communes - seront réunies dans une seule autorisation octroyée par le DFTCE, ce qui ne va pas sans restreindre les attributions cantonales en matière d'aménagement du territoire et de souveraineté sur le sous-sol. Le projet stipule toutefois que les voeux des cantons seront pris en compte dans toute la mesure du possible. Par ailleurs, le titulaire d'une autorisation émanant du DFTCE bénéficiera d'un droit d'expropriation. En contre-partie, le statut des personnes concernées sera sensiblement amélioré: celles-ci auront désormais la possibilité de recourir contre toute décision d'expropriation ou autorisation accordée par les autorités devant le Tribunal fédéral. Considérant qu'il ne fallait pas repousser davantage le problème de l'élimination des déchets faiblement et moyennement radioactifs, le Conseil fédéral a justifié les mesures prévues en ce qui concerne leur entreposage en mettant l'accent sur le fait que diverses modifications du droit cantonal nidwaldien menacent d'empêcher la poursuite des travaux en vue de l'établissement d'un dépôt pour déchets radioactifs sur le site du Wellenberg (NW). D'autre part, les prescriptions relatives à la non-prolifération des armes nucléaires sont rendues plus sévères, principalement en ce qui concerne les peines et les délais de prescription. Quant à l'activité d'intermédiaire dans le commerce d'articles et de technologie nucléaires, elle sera soumise au régime de l'autorisation. Par ces nouvelles mesures, le Conseil fédéral entend remédier à des lacunes apparues avec le réarmement d'Etats du Proche et du Moyen-Orient ainsi qu'empêcher le trafic incontrôlé de combustibles nucléaires en provenance de l'ancien bloc soviétique.

Lors de la session parlementaire d'automne, le Conseil des Etats n'a pas traité du volet relatif à la simplification des procédures d'autorisation pour la construction de dépôts pour déchets radioactifs contenu dans le projet de révision de la loi sur l'énergie atomique. Le rapporteur de la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie, Kurt Schüle (prd, SH) a en effet déclaré qu'au vu de la prochaine votation cantonale nidwaldienne sur le dépôt du Wellenberg, une législation spéciale dans ce domaine serait inopportune. La Chambre haute a, en revanche, accepté à l'unanimité l'essentiel des mesures concernant la non-prolifération des armes nucléaires.

C'est notamment dans l'optique de respecter la volonté populaire exprimée lors du vote nidwaldien que le chef du DFTCE s'est prononcé, en septembre, en faveur de l'annulation du volet relatif à la simplification des procédures d'autorisation pour la construction de dépôts pour déchets radioactifs contenu dans le projet de révision partielle de la loi sur l'énergie atomique. Rappelant néanmoins que le problème de l'entreposage de ce type de déchets restait entier, Adolf Ogi a déclaré que la totalité des options en la matière devait demeurer ouverte: réactualisation des sites d'Ollon (VD), d'Oberbauenstock (UR) et du Misox (GR), entreposage à la surface, exportation des déchets vers l'étranger. Déjà à l'origine du gel, en 1994, de la discussion relative à la simplification des procédures d'autorisation prévue dans le projet de révision partielle de la législation sur l'énergie atomique, et conformément au souhait du chef du DFTCE, la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil des Etats a décidé, fin octobre, de ne pas entrer en matière sur cet objet. Elle a été suivie en cela par les députés de la petite Chambre lors de la session parlementaire d'hiver. Une simplification des procédures d'autorisation devrait néanmoins intervenir dans le cadre de la révision totale de la loi sur l'énergie atomique dont devrait traiter le parlement d'ici quelques années.

Tout comme la Chambre haute en 1994, le Conseil national a accepté à une forte majorité l'essentiel des mesures concernant la non-prolifération des armes nucléaires contenues dans le projet de révision partielle de la loi sur l'énergie atomique. L'entrée en vigueur de celle-ci a été fixée au 1er décembre par le Conseil fédéral qui a par ailleurs adapté l'ordonnance atomique aux prescriptions internationales plus strictes sur le contrôle des marchandises nucléaires.

Tout comme la Chambre des cantons en 1995, le Conseil national a tiré les conséquences du vote négatif de la population nidwaldienne quant à l'établissement d'un dépôt pour déchets radioactifs sur le site du Wellenberg et a dès lors décidé de ne pas entrer en matière sur le projet de révision partielle de la loi sur l'énergie atomique qui visait à accélérer la procédure d'octroi des autorisations dans le domaine du stockage des déchets nucléaires.