Am ihrem Wahlkongress in Lausanne bekräftigten die Liberalen ihre Absicht, wieder eine bedeutendere Rolle in der Bundespolitik spielen zu wollen. Ziel sei es, in den eidgenössischen Wahlen vom Herbst die 1999 verlorenen Ständeratsmandate zurückzuerobern. Deshalb bewarben sich die Liberalen nicht nur in ihren vier Stammkantonen (VD, GE, NE, BS) für einen Sitz in der kleinen Kammer, sondern erstmals auch im Wallis. In den meisten Kantonen gingen sie zudem eine Listenverbindung mit der FDP ein. Gemäss Parteipräsident Claude Ruey (VD) sollte das Verhältnis zur FDP aber nicht über die Zweckgemeinschaft der Listenverbindung hinausgehen – eine Fusion komme nicht in Frage.

Bei den eidgenössischen Wahlen verlor die Liberale Partei zwei ihrer sechs bisherigen Mandate im Nationalrat (darunter den Sitz von Christine Wirz-von Planta, BS) und büsste damit ihre Fraktionsstärke ein. Die vier liberalen Parlamentarier, welche alle aus der Romandie stammen, schlossen sich der FDP-Fraktion an; diese trug dem Zuwachs Rechnung, indem sie sich in der französischen Version in „groupe radical-liberal“ umbenannte. Erste Gespräche über eine engere Zusammenarbeit der beiden Parteien auf nationaler Ebene hatten bereits im Sommer stattgefunden; der gemeinsame Ständeratswahlkampf der beiden Präsidenten Claude Ruey (lp) und Christiane Langenberger (fdp) in der Waadt sowie die Verluste beider Parteien in den Nationalratswahlen hatten die Annäherung gefördert. Auf nationaler Ebene bilden Liberale und Freisinnige künftig eine Föderation, die kantonalen Parteistrukturen bleiben jedoch erhalten. Die Empfehlungen der LP zu den eidgenössischen Vorlagen deckten sich mit jenen der FDP, mit Ausnahme der Revision der Volksrechte, zu der die Liberalen die Nein-Parole herausgaben.

Im Januar beschlossen die Liberalen in Neuenburg oppositionslos, eine Föderation mit den Freisinnigen einzugehen (bei den eidgenössischen Wahlen hatte die LP ihre Fraktionsstärke eingebüsst und sich der FDP-Fraktion angeschlossen). Liberale und Freisinnige bleiben eigenständige Parteien mit eigenen Statuten, wollen aber künftig gemeinsame Fachtagungen und gemeinsame Delegiertenversammlungen durchführen und sich die Kommissions- und Sekretariatsarbeit teilen. In einer von 200 Liberalen beantworteten Umfrage sprachen sich zwei Drittel für ein Bündnis mit den Freisinnigen aus, gleich viele lehnten aber eine eigentliche Fusion ab, lediglich 13% sprachen sich für diese Variante des Zusammengehens aus. Gemäss Parteipräsident Ruey bilde die Fusion der beiden Parteien auf nationaler Ebene eine langfristige Option, auf kantonaler Ebene sei sie wenig wahrscheinlich. 69% der Liberalen hatten sich für eine Allianz mit der FDP, 14% mit der SVP und 17% für eine Dreifachallianz ausgesprochen.

Im Sommer zog Parteipräsident Ruey eine positive Bilanz der Zusammenarbeit mit der FDP auf eidgenössischer Ebene und sprach sich für eine Fortführung der Kooperation aus. Die Annäherung sei ein Mittel, die schweizerische Politik zu dynamisieren, welche heute wegen der starren Politik von SP und SVP immer mehr unter Blockaden leide.

Anfang April billigten die Liberalen im Beisein von FDP-Präsident Fulvio Pelli (TI) die Statuten zur Neugründung einer Union der Freisinnigen und Liberalen (UFL), und zwei Monate später stimmten ihr beide Parteien an einer gemeinsamen Delegiertenversammlung in Neuenburg zu. LP-Präsident Claude Ruey (VD) betonte die Notwendigkeit, dass sich die liberalen Kräfte geschlossen der Blockierung der Politik von rechts und links entgegenstellten. Die neue Union ist als Verein konstituiert und setzt sich vorrangig zum Ziel, die Arbeit der beiden Parteien auf eidgenössischer Ebene anzugleichen und zu koordinieren sowie eine Annäherung in den Kantonen zu fördern. Geplant sind vorerst gemeinsame Abstimmungskampagnen, Fachtagungen und eine UFL-Plattform für die eidgenössischen Wahlen 2007. Geleitet wird die Union von einem zwölfköpfigen Vorstand und einer Generalversammlung, die aus den Vorstandsmitgliedern beider Parteien, den Präsidenten der Kantonalparteien und der Fraktionen sowie Vertretungen der Jungen und der Frauen besteht. Im November bestimmten LP und FDP den liberalen Genfer Grossrat Pierre Weiss zum ersten politischen Verantwortlichen der UFL. Er soll die Aktivitäten der Union koordinieren und den Weg zu allfälligen Fusionen der beiden Parteien auf kantonaler Ebene ebnen. Gemäss Weiss stehe die Fusion im Kanton Freiburg unmittelbar bevor, und im Wallis komme sie rasch voran. In Neuenburg steige ein Liberaler als UFL-Kandidat in die Ersatzwahl für den Regierungsrat. In mehreren Waadtländer Gemeinden gäbe es UFL-Listen, und auch in den Kantonen Genf und Basel-Stadt sei der Annäherungsprozess im Gang.

Nach ihrem Nein zur Volksinitiative „Nationalbankgewinne für die AHV“ (Kosa-Initiative) und ihrer Zustimmung zu den Sonntagsverkäufen in Bahnhöfen empfahlen die Delegierten der FDP an ihrem Parteitag in Mendrisio (TI) das neue Partnerschaftsgesetz mit 142:8 Stimmen bei sieben Enthaltungen zur Annahme. Mit 160:2 Stimmen billigten sie die Union der Freisinnigen und Liberalen. Die vertiefte Zusammenarbeit mit der LP werde die Probleme des Freisinns aber gemäss FDP-Parteipräsident Pelli nicht lösen. Um den Wählerschwund zu stoppen, brauche es ein klares und mutiges, eigenständiges Profil: Einerseits soll die Delegiertenversammlung aufgewertet werden, indem sie künftig wichtige Positionen, die zuvor allein von den Leitungsgremien vorgegeben wurden, diskutiert und verabschiedet; so erteilte die Basis der Parteileitung grünes Licht, sich dafür einzusetzen, dass mit dem Nationalbankgold Schulden der IV abgebaut werden. Andererseits sollen die Kantonalparteien ihre Positionen besser mit der FDP Schweiz absprechen, vor allem, wenn es um kantonale Fragen von nationaler Bedeutung geht. Um die entsprechenden Kontakte zu intensivieren, nimmt sich jedes Geschäftsleitungsmitglied einer Region an: Marianne Kleiner (AR) der Ostschweiz, Ruedi Noser (ZH) der Nordwestschweiz und Berns, der Walliser Kantonalpräsident Léonard Bender der Westschweiz, die Tessiner Regierungsrätin Marina Masoni ihres Heimatkantons und Parteipräsident Fulvio Pelli des Kantons Zürich. Der Luzerner Nationalrat Georges Theiler, einziges Nicht-Mitglied des Präsidiums, stellt die Verbindung zur Innerschweiz sicher.

Im Herbst führten Liberale und Freisinnige ihren ersten gemeinsamen Anlass, die „Sommer-Universität“ in Morges (VD), durch. An der Veranstaltung, die durch eine offene Diskussionsrunde mit Bundesrat Couchepin abgerundet wurde, nahmen rund 200 Personen von der Basis bis zu den Parteispitzen teil.

Die Freisinnigen gaben sich ein neues Logo, das die Partei im April der Öffentlichkeit präsentierte. Ein blauer Schriftzug auf weissem Grund propagiert das Motto „FDP. Wir Liberalen“. Die Basler Liberalen kritisierten das Motto wegen seiner grossen Ähnlichkeit mit ihrem eigenen, „Die Liberalen. LDP“, und forderten die Rücknahme des Logos. Der Streit konnte schliesslich beigelegt werden.

Die enge Zusammenarbeit mit der FDP im Rahmen der freisinnig-liberalen Union fand kantonal wie kommunal nur vereinzelt ein Echo, so in Corcelles-Cormondrèche (NE), wo im März die „Union radicale-liberale“ gegründet wurde. Im Kanton Freiburg kam es zur Fusion der FDP mit der dort sehr kleinen LP zum „Parti libéral-radical“. Im Kanton Wallis, wo den Liberalen ebenfalls nur geringe Bedeutung zukommt, fand die Zusammenarbeit in der gemeinsamen Parlamentsfraktion statt. Auf nationaler Ebene beschlossen die Delegierten beider Parteien im Dezember die weitere Zusammenarbeit in der seit 2003 bestehenden gemeinsamen Fraktion im Bundesparlament.

Im Januar hielt die Liberale Partei gemeinsam mit der FDP eine Veranstaltung in Genf ab, an der die beiden Parteien über die Initiative für eine Einheitskrankenkasse diskutierten. Der Präsident der Liberalen, Claude Ruey (VD), plädierte in einer Rede für eine noch engere Zusammenarbeit der beiden Parteien, sprach jedoch nicht von Fusion. Die Atmosphäre zwischen Freisinnigen und Liberalen an der Veranstaltung wurde in der Presse als kühl beschrieben.

Nach den Nationalratswahlen, welche den Verlust von 0,3 Prozentpunkten Wähleranteil und eine gleich bleibende Sitzzahl (4) gebracht hatten, kündigte Parteipräsident Ruey (VD) an, dass er eine Fusion mit der FDP anstrebe. Die beiden Parteien sollten sich nach seiner Vorstellung auf nationaler Ebene vereinen, auf kantonaler Ebene jedoch weiterhin getrennt voneinander auftreten. Ruey schlug vor, die fusionierte Partei solle einen neuen Namen erhalten. Die Liberal-demokratische Partei des Kantons Basel-Stadt, die einzige Deutschschweizer Sektion der LPS, erklärte, sie sei mit den Plänen für einen Zusammenschluss von FDP und LP nicht einverstanden.