Vor allem zwei Ereignisse sorgten dafür, dass die FDP 2025 nicht nur häufiger als in anderen Jahren, sondern auch häufiger als jede andere Partei Thema in den Medien war: die Neubesetzung des Parteipräsidiums und die kontroverse Positionierung der Partei zu den Bilateralen III. Nach Thierry Burkarts Rücktritt als Parteipräsident erhielt die FDP ein Co-Präsidium aus Susanne Vincenz-Stauffacher und Benjamin Mühlemann; Gegenkandidaturen hatte es keine gegeben. Die FDP wird damit als erste bürgerliche Partei überhaupt auf Bundesebene von einer Doppelspitze geleitet. Dass Vincenz-Stauffacher und Mühlemann für unterschiedliche Strömungen der Partei stehen – sie gilt als gesellschafts- und sozialliberal sowie als Befürworterin der Bilateralen III, er als wirtschafts- und eher rechtsliberaler Skeptiker des Vertragspakets –, wurde in der Presse als Vorteil interpretiert.
Als einzige Partei liess die FDP ihre Delegierten über die Vernehmlassungsantwort zu den Bilateralen III entscheiden. Zur Vorbereitung des entsprechenden Beschlusses hatte die Parteispitze in einem aussergewöhnlichen Vorgehen zwei separate Arbeitsgruppen eingesetzt, von denen eine mit Befürwortenden und die andere mit Gegnerinnen und Gegnern des Vertragspakets besetzt war. Dies sorgte für eine monatelange, auch in den Medien ausgetragene Debatte zur Positionierung der Partei. Letztlich sprachen sich die Delegierten deutlicher als gemeinhin erwartet für eine Unterstützung des Vertragspakets aus und dafür, die Vorlage dem fakultativen Referendum und somit nur dem Volksmehr zu unterstellen. Die FDP positioniert sich so auch auf einer Linie mit ihrem Bundesrat Ignazio Cassis, der in der Regierung für das Europadossier verantwortlich ist. Nach dem deutlichen, breit abgestützten Entscheid hoffte die FDP-Spitze auf eine Beruhigung der parteiinternen Debatte. Die SVP versuchte in der Folge mit einer Inseratekampagne, FDP-Mitglieder aus dem unterlegenen Lager zu einem Parteiwechsel zu animieren und meldete tatsächlich zahlreiche Parteibeitritte. Es blieb jedoch offen, inwieweit es sich dabei um ehemalige Freisinnige handelte – aus der FDP hiess es jedenfalls, die Zahl von Parteiaustritten sei überschaubar.
Inhaltlich profilierten sich die Freisinnigen mit Forderungen nach Sparmassnahmen für den Bundeshaushalt, einer entschlossenen Aufrüstung oder einem Personalstopp bei der Bundesverwaltung; in die gleiche Richtung zielt die von den Jungfreisinnigen beschlossene Volksinitiative für eine «Verwaltungsbremse». Im Zollkonflikt mit den USA lehnte die FDP etwaige Gegenzölle ab; nebst Verhandlungen mit den USA propagierte sie Freihandelsabkommen mit anderen Ländern und eine sparsame Finanzpolitik als Mittel zur langfristigen Stärkung der Schweizer Wirtschaft. Über die im November getroffene Einigung mit den USA zur Senkung der Zölle äusserte sich die FDP-Spitze zurückhaltend, da sie womöglich mit allzu weitreichenden Zugeständnissen der Schweiz erkauft worden sei.
Mit Blick auf die kantonalen Wahlen verlief das Jahr für die FDP wenig erfolgreich: In Solothurn und Neuenburg verlor sie je einen Regierungssitz; in der Neuenburger Kantonsregierung büsste sie dadurch ihre absolute Mehrheit ein. Bei den Parlamentswahlen verlor sie insgesamt sechs Mandate (SO -2, VS 0, NE -2, JU -2), in Solothurn wurde sie erstmals überhaupt von der Position als stärkste Partei verdrängt. Positiv stand die Eroberung eines Ständeratssitzes in Schaffhausen zu Buche. Aufgrund des Parteiwechsels von Matthias Jauslin zur GLP ging der FDP derweil ein Nationalratssitz verloren. Erfreulicher als das Wahl- verlief für die FDP das eidgenössische Abstimmungsjahr, gehörte sie doch bei allen fünf abgestimmten Vorlagen zum siegreichen Lager. Am bedeutendsten dürfte dabei aus freisinniger Sicht die nach vielen gescheiterten Anläufen gelungene Abschaffung des Eigenmietwerts sein.
Als Erklärungen für die elektoralen Schwierigkeiten der FDP wurden in den Medien etwa die Zerreissprobe bei den Bilateralen III und generell die parteiinterne Uneinigkeit in vielen Fragen, ihre «Sandwichposition» mit offenen Flanken sowohl zur SVP als auch zur GLP sowie ein anhaltendes Image als Banken- und Managerpartei genannt. Vor dem Hintergrund des Abwärtstrends bei Wahlen wurde in den Medien regelmässig auch die Frage verhandelt, wie lange die FDP ihre Zweiervertretung im Bundesrat noch halten könne. Von besonderem Interesse war dabei das Rennen zwischen FDP und Mitte um die Position als drittstärkste Partei; in dem Zusammenhang wurden die Mühen der Mitte, nur schon mehrere Kandidierende für die Besetzung ihres bisher einzigen Bundesratssitzes zu finden, von manchen Medienschaffenden und Freisinnigen als gewisse Erleichterung für die FDP gewertet.
Einige mediale Aufmerksamkeit bescherten der FDP schliesslich zwei umstrittene Beitrittsgesuche: Eine Wiederaufnahme von Nicolas Rimoldi, der die FDP einst selbst verlassen hatte, wurde von der zuständigen Lokalsektion abgelehnt; der als Covid-Massnahmenkritiker bekannte Rimoldi hätte sich anschliessend um das nationale Parteipräsidium bewerben wollen. Gutgeheissen wurde hingegen der Beitritt des ehemaligen Grünen Klaus Kirchmayr in Basel-Landschaft; eine Nomination als Regierungsratskandidat blieb ihm jedoch verwehrt.