Parmi les dossiers des négociations bilatérales avec l'UE, retenus par le Conseil des ministres, les douze ont réussi à imposer le sujet de l'accès au marché pour les produits agricoles. Les milieux paysans ont exprimé leur crainte de voir le Conseil fédéral accepter certaines exigences des pays du Sud de l'Europe qui n'étaient pas comprises dans le traité de l'EEE. A ce propos, le gouvernement, afin d'obtenir l'appui de l'Espagne lors des négociations, a fait un geste en sa faveur en diminuant les droits de douane de quelques produits agricoles ibériques.

Par ailleurs, le Conseil national a transmis comme postulat une motion Leu (pdc, LU) qui charge le gouvernement d'élaborer un ensemble de propositions offensives en vue des négociations dans le domaine agricole dans le but d'obtenir un plus large accès à l'UE pour les produits suisses.

La Commission de l'UE a recommandé au Conseil des ministres de conclure avec la Suisse un accord dans le domaine de l'accès au marché des produits agricoles et a, pour ce faire, proposé un projet de mandat de négociation qui accompagne cinq autres mandats sectoriels. Un meilleur accès au marché suisse des produits de l'UE constitue en effet une condition importante pour l'aboutissement de nombreuses demandes suisses de négociations. Le projet de la Commission prévoit d'élargir le contenu de l'accord EEE et consiste essentiellement en la réduction ou la suppression mutuelle de droits de douane et d'autres obstacles à l'importation sur une soixantaine de produits (viande, fruits, légumes, fromages, vins, etc.). Après adoption par le Conseil des ministres des projets de la Commission, les négociations ont été entamées à la mi-décembre.

Bien que les négociations entre la Confédération et l'UE portant sur la réduction voire la suppression des différents obstacles à la libre circulation de certains produits agricoles n'aient pas abouti pendant l'année sous revue, les deux parties ont trouvé un terrain d'entente sur certains points. En effet, les négociateurs helvétiques se sont rapprochés sensiblement des exigences de l'UE sur les produits laitiers, le vin, ainsi que sur les fruits et légumes. Au sujet de la production fromagère, ils ont donné leur accord pour abolir immédiatement les limitations à l'importation ainsi que pour diminuer, et dans un second temps supprimer, les subventions à l'exportation. Dans le secteur de la viande, la position de la Suisse a été en revanche beaucoup plus restrictive, même si Berne n'a pas exclu des concessions sur les contingents tarifaires. En échange, l'UE s'est engagée à prendre des mesures réciproques. Les représentants suisses n'ont pas obtenu de la part des négociateurs européens que les produits agricoles transformés (tels que le chocolat) soient mis sur la table des discussions, les négociateurs de l'Union faisant savoir que ce volet n'était pas compris dans le mandat qui leur avait été délivré par les ministres européens.

Sans pour autant aboutir à un accord définitif, les négociateurs européens et helvétiques sont parvenus à un nombre non négligeable de points de convergence, notamment au sujet du commerce de fromages et de vins. En effet, en ce qui concerne la production fromagère, les deux parties se sont entendues sur l'exemption de toute taxation douanière pour les principaux fromages helvétiques à pâte dure ainsi que pour certains fromages frais ou à pâte molle européens. Au sujet de la production viticole, les négociateurs helvétiques ont accepté d'abaisser les droits de douane sur le vin rouge en bouteille au niveau de celui valable pour le vin rouge en vrac, les représentants européens offrant à leur tour d'augmenter de 10'000 hectolitres le contingent annuel de vins suisses franc de toute taxation. Dans le secteur de la viande, les deux parties ne sont en revanche pas parvenues à un accord. Dans ce domaine – tout comme d'ailleurs dans le secteur des fruits et légumes – il semble que l'heure de la disparition des contingents tarifaires n'ait pas encore sonné.

La Commission européenne a décidé de ne pas comprendre l'emmental dans la liste des produits agricoles bénéficiant d'une dénomination protégée: l'appellation emmental devenant générique, elle pourra être utilisée par n'importe quel producteur européen. Si l'OFAG a regretté la décision concernant ce fromage particulier, il a néanmoins exprimé son souhait de pouvoir aboutir à un accord qui permette aux autres produits helvétiques bénéficiant en Suisse d'une dénomination protégée de jouir d'une telle protection également au sein de l'UE. Cet accord devrait constituer l'un des objets du deuxième paquet des négociations bilatérales avec l'UE.

Du fait de l'introduction d'une directive de l'Union européenne soumettant l'importation de fromage au strict respect de certaines normes de propreté, l'ensemble des fromageries helvétiques ont été passées au peigne fin par des inspecteurs de la Confédération. Un cinquième des centres de production – soit quelque 250 établissements – ont été déclarés non conformes. Si la majorité des cas concernés pourront procéder sans trop d'encombres aux modifications nécessaires, il est vraisemblable que les exigences de l'UE signifieront la disparition de certaines fromageries.

Le village de Champagne (VD) n’aura plus le droit d’utiliser cette appellation pour commercialiser son chasselas. Lors des négociations bilatérales avec l’UE, la France s’est révélée intransigeante sur le fait qu’un produit, qu’elle jugeait similaire, puisse porter le même nom que le prestigieux Champagne hexagonal. Il faut dire que dans le cadre d’un traité passé avec la France en 1974, concernant la protection des indications de provenance et appellations d’origine, la Suisse avait omis de protéger l’appellation «Champagne» vaudoise. Juridiquement, la France est ainsi dans son droit. Cette affaire a fait grand bruit en Suisse romande. L’Etat de Vaud a fait savoir au conseiller fédéral Pascal Couchepin qu’il s’opposait catégoriquement à la disparition de l’étiquette de l’appellation controversée. Il a estimé que les deux produits étaient suffisamment différenciés pour que l’on ne puisse pas les confondre et qu’en outre, la faible quantité de vin mis en bouteilles par le petit village vaudois était largement vouée à une consommation intérieure qui ne menaçait de loin pas le marché du pétillant vin français.

En complément de l’approbation globale des sept accords bilatéraux, les chambres fédérales ont dû se prononcer sur deux objets ayant trait à l’agriculture: la loi fédérale sur les denrées alimentaires et les mesures d'accompagnement.

Une chaîne de distribution française a été accusée de «détournement de notoriété» et «usurpation de marque» pour avoir proposé à ses clients le vin du village de Champagne (VD). En raison d’un vice de forme, aucune condamnation n’a toutefois été prononcée. Au terme d’un moratoire de deux ans, le vin vaudois ne sera de toute façon plus autorisé à porter ce nom, comme prévu dans les accords bilatéraux et revendiqué par la France. Par ailleurs, une bière de fabrication suisse utilisant du champagne français dans sa fabrication a dû renoncer à utiliser cette appellation. Bénéficiaire des bilatérales, la compagnie aérienne Swissair a décidé de baptiser par solidarité un des ces avions du nom de «Champagne».