Die Frage der Spitalfinanzierung stand im Zentrum der 2. KVG-Teilrevision. Ausgelöst worden war die Diskussion durch ein Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichtes (EVG), welches die Kantone verpflichtet hatte, bei ausserkantonalen Behandlungen auch in den privaten und halbprivaten Abteilungen einen Grundbeitrag zu leisten. Die Krankenkassen hatten dies zum Anlass genommen, die Praxis der Kantone, innerkantonal lediglich die öffentlichen Abteilungen der Spitäler mit einem Pauschalbetrag zu subventionieren, als nicht dem Geist des KVG entsprechend anzuprangern, und sie hatten verlangt, dass die Kantone in jedem Fall einen Sockelbeitrag leisten sollten. Auf Vermittlung des BSV war es zu einem „Stillhalteabkommen“ zwischen Kantonen und Kassen für den innerkantonalen Bereich gekommen, allerdings unter der von den Versicherern gestellten Bedingung, dass bis Ende 2000 neue Finanzierungsregeln im KVG definiert würden. Als sich die Vorlage verzögerte, drohten die Krankenkassen, das Stillhalteabkommen gerichtlich anzufechten. Zudem hatten mehrere parlamentarische Vorstösse ebenfalls die gängige Spitalfinanzierung in Frage gestellt. Sie verlangten, die Kantone sollten nicht mehr automatisch die Spitaldefizite abgelten, sondern nur mehr zusammen mit den Versicherungen für je 50% der tatsächlich erbrachten Leistungen, allenfalls mit einer Pauschale resp. mit einem Globalbudget aufkommen.
Mitte September verabschiedete der Bundesrat seine diesbezügliche Botschaft zuhanden des Parlaments. Nach dem neuen Modell sollen sich die Kantone und die Krankenkassen je zur Hälfte in die Vergütung der obligatorischen Leistungen teilen. Die Neuregelung wird für alle Spitäler auf der Spitalliste eines Kantons gelten und für alle Versicherten, unabhängig von deren Versicherungsdeckung. Im Gegenzug sollen sich die Krankenkassen zu 50% an den Investitionskosten der Spitäler beteiligen. Damit soll erreicht werden, dass beide Seiten (Spitäler und Versicherer) für Einsparungen einstehen, anstatt sich gegenseitig die Kosten zuzuschieben. Profitieren werden in erster Linie die Zusatzversicherten, die bisher ihren Spitalaufenthalt ohne Kantonssubventionen allein über ihre Prämien berappen mussten. Die Kantone stellten sich vehement gegen die Pläne des Bundesrates, die sie als für ihre Haushalte völlig untragbar bezeichneten. Sie verlangten zumindest eine Etappierung bei der Einführung der Neuregelung, den Ausschluss der gewinnorientiert arbeitenden Privatkliniken von jeglicher Subventionierung sowie eine Erhöhung der Bundesbeiträge an die Prämienverbilligungen; die hälftige Beteiligung der Kantone an der Finanzierung von teilstationären Einrichtungen sei gänzlich zu streichen. In der zuständigen Kommission des Ständerates, der die 2. Teilrevision als Erstrat behandelt, stiessen die Vorbehalte der Kantone auf Verständnis. Sie trat auf die Vorlage zwar ein, beauftragte aber die Verwaltung, noch andere Wege der Spitalfinanzierung zu prüfen. Aus diesem Grund konnte die Vorlage nicht, wie ursprünglich geplant, in der Wintersession vom Plenum behandelt werden.