In seinem Bericht zum Voranschlag 2019 mit integriertem Aufgaben- und Finanzplan 2020-2022 rechnete der Bundesrat im Lichte der Staatsrechnung 2017 mit einem Überschuss von CHF 1.3 Mrd. für das Jahr 2019. Diesen Überschuss führte er auf die momentan nur spärlich zurückgeforderte Verrechnungssteuer sowie auf die vom Volk abgelehnten Grossprojekte zurück. Deren bereits in der Finanzplanung aus früheren Jahren enthaltene Kosten könnten folglich vorläufig noch eingespart werden, argumentiert er. In Anbetracht der seit 2018 überdurchschnittlichen inländischen Wirtschaftsleistung, die für die Schuldenbremse einen konjunkturellen Überschuss von CHF 300 Mio. nötig macht, wurde somit ein struktureller Überschuss von CHF 1 Mrd. budgetiert.
Im Voranschlag 2019 rechnete der Bundesrat gegenüber dem Voranschlag 2018 mit um 3.1 Prozent gestiegenen Einnahmen, die er vor allem auf die positiven Folgen der wachstumsstarken Jahre 2018 und vermutlich auch 2019 – insbesondere auf die direkten Bundessteuern, die Mehrwertsteuer und die Verrechnungssteuer – zurückführte. Demgegenüber wuchsen die Ausgaben im Vergleich zum Vorjahr um 1.8 Prozent, besonders stark nahmen sie in den Bereichen Sicherheit (7.1%) und Bildung und Forschung (2.4%) zu. Die Bruttoschulden konnten aufgrund des letztjährigen Überschusses um CHF 3 Mrd. auf CHF 96 Mrd. reduziert werden.
Für das Jahr 2020 schränkte der Bundesrat die positiven Aussichten bereits wieder ein und betonte stattdessen den begrenzten finanziellen Handlungsspielraum des Bundes: Unter anderem aufgrund der STAF und der Beseitigung der Heiratsstrafe erwartete er eine deutlich weniger komfortable finanzielle Lage in den Finanzplanjahren (2020: CHF -0.4 Mrd.; 2021: CHF 0.1 Mrd.; 2022: CHF 1.0 Mrd.).

Der Nationalrat behandelte den Voranschlag 2019 in der Wintersession 2018 als Erstrat. Die Mehrheit der FK-NR hatte entschieden, die Ausgaben im Voranschlag gegenüber dem bundesrätlichen Vorschlag um 60 Mio. zu reduzieren. Den grössten Teil dieser Differenz wollte die Kommission durch Kürzungen in der Höhe von CHF 45 Mio. bei der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge erzielen; diese Einsparungen könnten erreicht werden, wenn die aktuelle, sinkende Zahl an Asylgesuchen berücksichtigt werde, erklärte die Kommission. Zusätzliche Finanzierung sah die Kommission für das Grenzwachtkorps vor, das mit CHF 2.8 Mio. 44 neue Stellen finanzieren sollte; dieser Betrag sollte jedoch departementsübergreifend beim Personal kompensiert werden.
Daneben lagen 54 Minderheitsanträge vor, von denen die meisten von der SVP- und der SP-Fraktion stammten und nur vereinzelte erfolgreich waren. Die Stossrichtung dieser Anträge widerspiegelt sich deutlich in den Voten der Fraktionssprechenden in der allgemeinen Debatte: Während Franz Grüter (svp, LU) für die SVP «zur Vorsicht im Umgang mit den Staatsfinanzen» mahnte und wie zahlreiche weitere Votantinnen und Votanten der bürgerlichen Parteien den begrenzten finanziellen Handlungsspielraum des Bundes hervorhob, erachtete Samuel Bendahan (sp, VD) als Vertreter der SP-Fraktion die aktuelle Situation als Chance für Investitionen in die Zukunft.
Der Nationalrat behandelte den Voranschlag 2019 in sechs Blöcken. Die SVP bemühte sich mit ihren Minderheitsanträgen zum Beispiel um Kürzungen oder zumindest um einen Verzicht auf Erhöhungen bei den Personalkosten, bei Beratung und Auftragsforschung über alle Departemente hinweg, beim Bundesamt für Energie, beim Generalsekretariat des VBS, beim Bundesamt für Kultur oder beim BFS. Nach dem starken Anstieg in den letzten Jahren brauche es zudem eine «massvolle Dämpfung» durch eine Plafonierung der Ausgaben für die internationale Zusammenarbeit, beim EDA und bei der Entwicklungshilfe, erklärte Peter Keller (svp, NW). Zudem wurde eine vollständige Streichung des Aufwands des Eidgenössischen Büros für die Gleichstellung von Frau und Mann gefordert. Alle aufgezählten Anträge wurden abgelehnt.
Die Mitglieder der SP-Fraktion beantragten in ihren Minderheitsanträgen, auf die Querschnittskürzungen beim Sach- und Betriebsaufwand, welche die Mehrheit der FK-NR vorgeschlagen hatte, zu verzichten. Weitere Anträge auf zusätzliche Finanzierung oder auf einen Verzicht auf Reduktion wurden unter anderem im Bereich der Entwicklungszusammenarbeit, beim Funktionsaufwand des Gleichstellungsbüros, beim BSV-Globalbudget oder beim Verteidigungsbudget gestellt. Philipp Hadorn (sp, SO) beantragte, die Zahlen für die Sozialhilfe für Asylsuchende und vorläufig Aufgenommene auf die neue Formel des SEM zu stützten, anstatt die aktuellen Zahlen des laufenden Jahres zu verwenden. Bereits in der Debatte zum Voranschlag 2017 hatte die FK-NR darauf verzichtet, die neu entwickelten Kennzahlen zu verwenden. Schliesslich beantragte eine Minderheit Meyer (sp, ZH), die zusätzlichen Stellen für das Grenzwachtkorps ohne Kürzungen bei anderen Departementen zu verwirklichen. Auch diese Anträge scheiterten allesamt. Erfolgreich waren die Anträge der SP hingegen bezüglich Bildung und Forschung. Hier reichte die SP-Fraktion acht Anträge ein, mit denen das Budget in Übereinstimmung mit dem Mitbericht der WBK-NR wieder dem Niveau der BFI-Botschaft 2017-2020 angepasst werden sollte. Umstritten war dabei vor allem die Frage, ob diese neuen Beträge in Übereinstimmung mit der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) teuerungsbereinigt seien, wie Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) argumentierte, oder ob dadurch die Teuerungsbereinigung, die departementsübergreifend vorgenommen worden war, im Bildungsbereich wieder rückgängig gemacht werde, wie Finanzminister Maurer beteuerte. Bis auf einen wurden alle Anträge betreffend das WBF angenommen.
Anträge erfolgten auch durch Mitglieder der übrigen Fraktionen, auch sie waren jedoch grösstenteils erfolglos. Angenommen wurde jedoch ein Minderheitsantrag Bigler (fdp, ZH), der den Funktionsaufwand der Eidgenössischen Finanzkontrolle (EFK) verglichen mit dem bundesrätlichen Vorschlag um CHF 1.97 Mio. kürzen wollte. Der Bundesrat hatte den Funktionsaufwand um 10 Prozent aufgestockt, damit die EFK ihren Personalbestand um 10 Vollzeitstellen ausbauen kann. Die EFK ist laut Finanzkontrollgesetz das oberste Aufsichtsorgan des Bundes und überwacht unter anderem die finanzielle Führung der Bundesverwaltung. Sie sei mit den Untersuchungen und Prüfungen unter anderem bezüglich der Bürgschaften für Hochseeschiffe, der Ruag und dem Mandat der Finanzdelegation zur Governance der Arbeitslosenversicherung überlastet, hatte die EFK erklärt. Der Antragssteller warf diesbezüglich jedoch die Frage auf, ob man wirklich eine «eigentliche Überwachungsbehörde» wolle. Mit dem bisherigen Personalbestand sei ein «priorisiertes Controlling» durchaus möglich, zumal es der EFK – mit Verweis auf die Abstimmung zur Unternehmenssteuerreform III und zur Debatte zu den Waffenexporten – bereits jetzt möglich sei, «kaum gesetzeskonforme Stellungnahmen zu politischen Geschäften abzugeben». Albert Vitali (fdp, LU) betonte als Vizepräsident der Finanzdelegation (FinDel) die einstimmige Unterstützung Letzterer für den Antrag der Eidgenössischen Finanzkontrolle auf mehr Ressourcen für ihre Kontrolltätigkeit. Diskussionen zum Rollenverständnis und zur Kommunikation der EFK seien nicht im Rahmen der Budgetdebatte vorzunehmen; die FinDel werde dies mit der EFK in Kürze diskutieren. Mit 111 zu 77 Stimmen setzten sich die SVP-Fraktion, Mehrheiten der FDP- und der CVP-Fraktion sowie ein Mitglied der BDP-Fraktion durch und verwarfen die Erhöhung.
Erfolgreich war auch ein Antrag Gschwind (cvp, JU) für eine Erhöhung des Bundesbeitrags für das Alpine Museum Schweiz 2019 sowie in den Finanzplanjahren. In der Antwort auf die Interpellation Engler (cvp, GR; Ip. 18.3543) habe der Bundesrat die Bedeutung des Museums anerkannt, argumentierte Gschwind. Nun solle die Vernetzungsarbeit nicht nur mit CHF 250'000, sondern zusätzlich mit CHF 530'000 unterstützt werden.

«Mit dem Budget werden die Finanzen gesteuert», betonte Heinz Siegenthaler (bdp, BE) im Rahmen der Budgetdebatte. Dass dies nicht ausschliesslich der Fall ist, liegt am neuen Führungsmodell für die Bundesverwaltung (NFB), das die Steuerung der Verwaltungseinheiten durch eine Kombination aus Globalbudgets und Leistungsinformationen im Rahmen des Voranschlags und des Finanzplans erlaubt. So erfreuten sich die Sollwerte, die im Rahmen der Planungsgrössen im Voranschlag festgelegt werden können, in betreffendem Jahr grosser Beliebtheit. Die Mehrheit der Finanzkommission schlug vor, als neues Ziel für die Bundeskanzlei eine Überprüfung der ausserparlamentarischen Kommissionen festzulegen. Die Bundeskanzlei solle diese Kommissionen anhand der Kriterien «ausgewiesene Notwendigkeit» und «effektiv nachgewiesene Subsidiarität» beurteilen und ihre Anzahl im nächsten Jahr um mindestens 10 Prozent reduzieren. Allgemein kritisierte Heinz Siegenthaler dieses Vorgehen deutlich: Verwaltungsakte seien nicht Aufgabe der Finanzpolitik, erklärte er. In diesem Falle komme hinzu, dass die Bundeskanzlei – wie auch Finanzminister Maurer betonte – diesbezüglich gar keine Entscheidungskompetenz habe und dieses Ziel daher gar nicht erreichen könne. Dennoch folgte der Nationalrat dem Mehrheitsantrag und stimmte der Sollgrösse mit 106 zu 88 Stimmen gegen den Widerstand von SP, Grünen, BDP und der Mehrheit der CVP zu.
Ebenso umstritten war die Frage, ob die durchgeführten Personalbeurteilungen in der Bundesverwaltung zukünftig als Sollwert einer Normalverteilung folgen müssen, wie es die FK-NR forderte. Thomas Weibel (glp, ZH) erklärte das Anliegen zwar für unterstützungswürdig, kritisierte aber die «Hauruck-Übung» der Kommission. Barbara Gysi (sp, SG) kritisierte die «komische Forderung», gemäss der man gleich viele schlechte wie gute Mitarbeitende haben müsse. Auch hier waren die Proteste jedoch nicht von Erfolg gekrönt, mit 118 zu 76 Stimmen stimmte der Nationalrat dem Mehrheitsantrag der Kommission zu.
Schliesslich schlug die Finanzkommission mit 16 zu 8 Stimmen (bei 1 Enthaltung) vor, es dem SEM als Ziel aufzuerlegen, bis zum 31. Dezember 2020 ein Rückübernahmeabkommen mit Eritrea abzuschliessen. Während Kommissionssprecher Thomas Müller (svp, SG) die Meinung vertrat, man müsse – wie im Fussball – mit einer «klaren Zielsetzung in den Match gehen», um zu gewinnen, hielt Alois Gmür (cvp, SZ) im Namen der Minderheit fest, dass dieses Ziel «völlig aus der Luft gegriffen» sei. Eritrea habe noch mit keinem Land ein solches Abkommen abgeschlossen. Zudem sei nicht klar, welche Konsequenzen ein Nichterreichen des Ziels habe. Mit 99 zu 92 Stimmen setzten sich die geschlossen stimmenden SVP- und FDP-Fraktionen mit Unterstützung je eines Mitglieds der CVP und der BDP auch hier durch.
Doch nicht nur die bürgerliche Mehrheit der FK-NR, auch Mitglieder der SP-Fraktion beabsichtigten die Nutzung des Instruments der Sollwerte: Eine Minderheit Kiener Nellen (sp, BE) wollte die eidgenössische Steuerverwaltung über die Planungsgrössen in zwei Anträgen dazu verpflichten, sowohl für die Verrechnungssteuer als auch für die Mehrwertsteuer mehr Steuerinspektionen vor Ort vorzunehmen. Beide Anträge fanden jedoch nur bei den Mitgliedern der SP, der Grünen und der EVP Unterstützung.

Nach dreitägiger Debatte verabschiedete die grosse Kammer den Voranschlag 2019 mit 126 zu 60 Stimmen (bei 7 Enthaltungen). Wie bereits im Jahr zuvor lehnte die Mehrheit der SVP-Fraktion das Budget ab. Der Voranschlag beinhaltete in dieser Version einen Überschuss von CHF 1.209 Mrd. und einen strukturellen Überschuss von 915 Mio., wies also um CHF 54 Mio. höhere Ausgaben auf als die Version des Bundesrates und um CHF 121 Mio. höhere als die Version der FK-NR.

Im Vergleich zum Nationalrat bereinigte der Ständerat den Voranschlag 2019 in deutlich kürzerer Zeit und deutlich einhelliger: In den meisten Kommissionsanträgen folgte der Ständerat stillschweigend ohne Gegenantrag dem Entwurf des Bundesrates und schuf so einige Differenzen zum Erstrat. Diskussionslos und stillschweigend sprach sich der Ständerat auch für die vom Bundesrat beantragte und vom Nationalrat abgelehnte Aufstockung des Funktionsaufwands der EFK aus.
Länger diskutiert wurde hingegen über die Berufungskammer des Bundesstrafgerichts. Hier hatte die FK-SR keine Änderung zum bundesrätlichen Vorschlag vorgesehen. Beat Rieder (cvp, VS) erklärte jedoch dem Rat im Rahmen seines Antrags die Problematik des Bundesstrafgerichts ausführlich: Mitte 2017 hatte man eine neue Berufungskammer für das Bundesstrafgericht geschaffen, die sowohl den Sachverhalt als auch die Rechtsanwendung mit voller Kognition von Urteilen überprüfen soll. Aus der geringen Anzahl Fälle, mit denen gerechnet worden war, wurden alleine im Jahr 2017 über 70 Urteile, wofür die auf 300 Stellenprozente erhöhte Personalausstattung nicht ausreichte. Deshalb entschied der Nationalrat stillschweigend, für die Berufungskammer eine eigene Budgetposition zu schaffen und diese um CHF 1 Mio. auf CHF 2.9 Mio. aufzustocken. Mit seinem Einzelantrag beabsichtigte Rieder, diesbezüglich dem Nationalrat zu folgen. Ulrich Meyer, Präsident des Bundesgerichtes, begrüsste im Namen des Bundesgerichts die Änderung des Nationalrats. In der Folge beantragte Hannes Germann (svp, SH) als Präsident der FK-SR den Rückzug des Mehrheitsantrags, wogegen die übrigen Kommissionsmitglieder keine Einwände äusserten und wodurch der Antrag Rieder angenommen wurde.
Die andere grössere Debatte drehte sich um die Frage, welche Beträge zu den verschiedenen WBF-Positionen genau «Dittli-konform» (Anita Fetz, sp, BS) sind, also mit der Motion von Josef Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) übereinstimmen, gemäss der die Teuerung nur ausgeglichen werden soll, wenn sie anfällt. Finanzminister Maurer bat den Rat diesbezüglich, auf die vorgeschlagenen Erhöhungen der Beträge – die FK-SR schlug in zwei Fällen einen Mittelweg zwischen Bundesrat und Nationalrat vor und sprach sich ansonsten für die von der grossen Kammer vorgenommenen Korrekturen aus – zu verzichten. Man habe die Teuerung bei der ganzen Verwaltung entsprechend der Motion Dittli herausgerechnet; es sei daher nicht fair, hier die Beträge wieder um die Teuerung zu erhöhen. Dem widersprach jedoch Anita Fetz: Ein rückwirkender Teuerungsausgleich, wie ihn der Bundesrat vorgenommen habe, sei nicht Teil der Motion Dittli. Jedoch habe man im Vergleich zum Nationalrat die aktuelle Teuerung herausgerechnet, wodurch die teilweise unterschiedlichen Anträge zur grossen Kammer zu erklären seien. Trotz der Beteuerungen des Finanzministers, dass die Teuerung bei allen Budgetpositionen gleichermassen berücksichtigt worden sei, nahm der Ständerat sämtliche Mehrheitsanträge der Finanzkommission zum WBF an und schuf dadurch auch einige Differenzen zum Nationalrat.
Kurios mutete schliesslich ein Antrag Hösli (svp, GL) an: Ebenso wie ein im Nationalrat unterlegener Minderheitsantrag Gmür (cvp, SZ) forderte dieser den Verzicht auf die Aufstockung des Grenzwachtkorps, obwohl die SVP-Fraktion im Nationalrat die von der FK-NR vorgeschlagene Aufstockung klar befürwortet hatte. Werner Hösli begründete den Antrag damit, dass die Standesinitiativen mit Forderung einer Aufstockung des Grenzwachtkorps aus dem Jahr 2015 stammten, «als sich unsere Grenzbevölkerung zu Recht in ihrer Sicherheit gefährdet sah». Dies sei jetzt aber nicht mehr der Fall und da durch die Zusammenlegung der operativen Einheiten von Grenzwachtkorps und Zoll und der Einführung von DAZIT im administrativen Bereich Personal gespart werden könne, brauche es diese Aufstockung nicht. Dem stimmte auch Finanzminister Maurer zu und staunte über die «verkehrte Welt»: «Normalerweise wollen Sie uns Stellen, die wir Ihnen beantragen, streichen. Hier wollen Sie uns Stellen geben, die wir eigentlich nicht brauchen.» Der Ständerat sprach sich jedoch in Übereinstimmung mit dem Nationalrat ebenfalls für die Finanzierung der 44 neuen Stellen aus, tat dies mit 21 zu 20 Stimmen bei 1 Enthaltung jedoch deutlich knapper als die grosse Kammer.
Ansonsten stimmte der Ständerat dem Erstrat bei zahlreichen Budgetpositionen zu. Unter anderem stimmte er für die Aufstockung der Budgets des Alpinen Museums Schweiz, der internationalen Sportanlässe zur Durchführung der Rad-WM in Aigle sowie der Sicherheitsuntersuchungsstelle, deren Erhöhung der Bundesrat in einer Nachmeldung aufgrund des Unfalls der Ju-Air beantragt hatte. Differenzen schuf er unter anderem bezüglich des BAG, der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge, des Zivildienstes und des Sach- und Betriebsaufwands, bei denen der Ständerat entsprechend dem bundesrätlichen Vorschlag mehr Geld sprechen wollte als der Nationalrat. Bei der Landwirtschaft und diversen Bildungspositionen hatte sich der Nationalrat grosszügiger gezeigt als die Ständekammer.
Einstimmig mit 42 zu 0 respektive 43 zu 0 Stimmen nahm der Ständerat sämtliche zum Budget gehörigen Bundesbeschlüsse an.

Im Differenzbereinigungsverfahren zum Voranschlag 2019 gelang es den beiden Räten, bis auf eine Position alle Differenzen zu bereinigen. Der Nationalrat kam bis zum Schluss des Differenzbereinigungsverfahrens dem Ständerat bei den Differenzen zur Landwirtschaft, zum Eidgenössischen Hochschulinstitut für Berufsbildung, beim Zivildienst und beim Sach- und Betriebsaufwand in den Finanzplanjahren entgegen – bezüglich des Sach- und Betriebsaufwands im budgetierten Jahr hatte zuvor der Ständerat eingelenkt. Auch sämtliche beabsichtigten Änderungen der Sollwerte gab der Nationalrat auf. Der Ständerat folgte seinerseits dem Nationalrat bei den von der grossen Kammer vorgeschlagenen Kürzungen bei der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge und bei der Erhöhung der Beiträge an Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung. Beim BAG wollte der Nationalrat den Funktionsaufwand, mit dem der Beizug von externen Sachverständigen finanziert wird, um CHF 1.4 Mio. oder 9 Prozent des gesamten Funktionsaufwandes kürzen. Trotz verschiedenster Wortmeldungen gegen diese Änderung – unter anderem auch durch den Finanzminister, der die Aufstockung der Position durch den Bundesrat als «Quittung für Hunderte von Vorstössen und Programmen zur Überwachung, die Sie fordern» bezeichnet hatte –, lenkte der Ständerat diesbezüglich ein. Das BAG erhielt folglich CHF 1.4 Mio. weniger, als vom Bundesrat veranschlagt.
Nicht einig wurden sich die Räte einzig bezüglich der beantragten Aufstockung des Globalbudgets der Finanzkontrolle. Während der Ständerat mit Verweis auf ihre ausgewiesene Notwendigkeit einstimmig auf der Aufstockung beharrte, wurde das Thema im Nationalrat mehrfach diskutiert. Insbesondere Barbara Kiener Nellen (sp, BE) und Heinz Siegenthaler (bdp, BE) machten sich im Namen der Minderheit für eine Aufstockung stark: Der Mehraufwand der EFK sei erwiesen, die EFK reduziere gleichzeitig ihren Sach- und Betriebsaufwand um CHF 240'400 und die Stellenaufstockung werde sich selber finanzieren, argumentierten sie. Als wahren Grund für die Ablehnung der Aufstockung vermuteten sie jedoch eine «Trötzelei» (Siegenthaler), «Retourkutsche» (Kiener Nellen) oder «Strafaktion» (beide) gegen unliebsame Botschaften der EFK. Dem widersprachen verschiedene Mitglieder der SVP- und der FDP-Fraktion: Franz Grüter (svp, LU) erklärte für die SVP, die 108 Vollzeitstellen reichten für die EFK aus. Albert Vitali (fdp, LU) hingegen schloss eine Aufstockung nicht gänzlich aus. Er argumentierte, dass die FDP Aufstockungen erst zustimmen würde, nachdem das Rollenverständnis der EFK geklärt sei.
In der Folge wurde für diese letzte Differenz eine Einigungskonferenz einberufen. Darin setzte sich der Ständerat mit seiner Absicht durch, den Aufwand wie vom Bundesrat beantragt um CHF 1.97 Mio. zu erhöhen. Im Nationalrat wies Hans-Ulrich Bigler (fdp, ZH) noch einmal darauf hin, dass seine Minderheit keinen Ausbau wolle, es aber in erster Linie nicht um den Betrag gehe, sondern um die «Grundsatzfrage, welche Art von Finanzkontrolle wir wollen und welche Art von Finanzkontrolle wir nicht wollen».
Mit 113 zu 64 Stimmen (9 Enthaltungen) liess sich die grosse Kammer auch in der Abstimmung zum Vorschlag der Einigungskonferenz nicht von ihrer ursprünglichen Meinung abbringen und lehnte den Vorschlag ab. Die ablehnenden Stimmen stammten von der geschlossen stimmenden SVP-Fraktion sowie von den fast geschlossen stimmenden FDP- und CVP/EVP-Fraktionen. Der Ständerat nahm den Vorschlag der Einigungskonferenz mit 33 zu 2 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) an. Damit erhielten die von beiden Räten vor der Einigungskonferenz gefundenen Kompromisse Gültigkeit; da bei den in der Einigungskonferenz abgelehnten Positionen aber der tiefere Wert verwendet wird, wurde das Globalbudget der EFK zumindest vorläufig nicht aufgestockt.

Im Nachtrag I zum Voranschlag 2019 beantragte der Bundesrat dem Parlament neun Kredite über CHF 75.4 Mio. zur Annahme. Der grösste Teil davon (CHF 58.5 Mio.) sollte für die Wiedergutmachung für Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen eingesetzt werden. Dies sei kein zusätzlicher Kredit, sondern eine Kreditverschiebung der geplanten Mittel für die Finanzplanjahre, weil das BJ die eingegangenen Gesuche schneller als erwartet bearbeitet habe, erklärte das EFD. CHF 11.5 Mio. sollten für den Mehrbedarf an Personalressourcen im Bereich Cyber-Defence, verteilt auf die Verwaltungseinheiten armasuisse, Nachrichtendienst, Führungsunterstützungbasis und Generalsekretariat VBS zur Verfügung gestellt werden; der Kredit würde jedoch beim Globalbudget der Verteidigung kompensiert. Ein weiterer Mehrbedarf von CHF 4.2 Mio. fiel beim erhöhten Einzelkulturbeitrag für Zuckerrüben an. Insgesamt erhöhten sich die budgetierten Ausgaben durch den Nachtrag I um 0.09 Prozent, was unter dem langjährigen Durchschnitt (2012–2018: 0.2 Prozent) lag.
Ebenfalls im Rahmen des Nachtrags I zum Voranschlag 2019 legte der Bundesrat dem Parlament eine Änderung des Verpflichtungskredits zur ersten Phase des HGV-Anschlusses vor. Der Verpflichtungskredit war bereits um 5 Jahre verlängert worden und läuft im Jahr 2020 aus. Wegen Beschwerden konnte der Doppelspurbau Goldach-Rorschach Stadt nicht rechtzeitig umgesetzt werden, weshalb die entsprechende Frist gestrichen werden soll.
Einstimmig nahmen Ständerat und Nationalrat in der Sommersession 2019 den ersten Nachtrag zum Voranschlag 2019 an.

Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Bereits im März 2020 publizierte der Bundesrat wie üblich seinen Bericht zur Staatsrechnung 2019. Darin stellte er ordentliche Einnahmen von CHF 74.47 Mrd. ordentlichen Ausgaben von CHF 71.41 Mrd. gegenüber und berichtete somit ein ordentliches Finanzierungsergebnis von CHF 3.06 Mrd. Dies sollte insofern erstaunen, als Bundesrat und Parlament beim Voranschlag noch mit einer deutlich positiveren Wirtschaftsentwicklung gerechnet hatten, als tatsächlich eintraf. So lag das tatsächliche reale BIP-Wachstum (0.9 Prozent) 1.1 Prozentpunkte unter dem veranschlagten realen BIP (2 Prozent), das nominelle BIP gar 1.4 Prozentpunkte unter dem erwarteten. Die Vorgaben der Schuldenbremse konnten damit deutlich übertroffen werden. Zusammen mit ausserordentlichen Einnahmen für Erlöse in der Höhe von CHF 541 Mio. (aus der Auktion der 5G-Mobilfunkfrequenzen, Bussen der Wettbewerbskommission sowie Einnahmen aus der Nachlassliquidation der Swissair) schloss der Bund das Jahr 2019 somit mit einem Finanzierungsergebnis von CHF 3.6 Mrd. ab. Die ausserordentlichen Einnahmen wurden wie üblich auf das Amortisationskonto der Schuldenbremse gebucht, das nun CHF 3.4 Mrd. aufweist – was sicherlich im Rahmen der Diskussion um die Verbuchung der Kosten der Corona-Krise, die allenfalls auf das Amortisationskonto gebucht werden könnten, relevant werden wird. Auch die Senkung der Bruttoschulden um weitere CHF 2.5 Mrd. auf CHF 96.9 Mrd. sollte sich früher als erhofft als relevant herausstellen.

Der unerwartet hohe Überschuss – budgetiert worden war ein Überschuss von CHF 1.2 Mrd. – beruhte sowohl auf höheren Einnahmen (+1.2%) als auch auf tieferen Ausgaben (-1.3%) im Vergleich zum Budget. Wie bereits im Vorjahr zeigten sich vor allem die hohen Einnahmen bei der Verrechnungssteuer (+1.3 Mrd.) sowie bei der direkten Bundessteuer (+0.5 Mrd.) für die Mehreinnahmen verantwortlich. Auch die tieferen Einnahmen bei der Mehrwertsteuer (-0.9 Mrd.) verglichen mit dem Voranschlag konnten bereits im Vorjahr beobachtet werden. Die Höhe der Minderausgaben entsprach dem zehnjährigen Durchschnitt. Obwohl die Ausgaben tiefer lagen als budgetiert, stiegen sie im Vergleich zum Vorjahr um 1.2 Prozent (CHF 0.8 Mrd.), was insbesondere auf einen Anstieg der Ausgaben für die Sicherheit (+CHF 0.4 Mrd.), für Bildung und Forschung (+CHF 0.3 Mrd.) sowie für die Energie (+CHF 0.5 Mrd.) zurückzuführen war.
Auch die Erfolgsrechnung verzeichnete einen Überschuss von CHF 6 Mrd., der durch das gute operative Ergebnis (+CHF 4 Mrd.) und das positive Ergebnis aus Beteiligungen (+CHF 2.7 Mrd.) zustandekam. Die Investitionsrechnung schloss mit Nettoinvestitionen über CHF 10.2 Mrd., wobei die Investitionsausgaben um 0.4 Prozent angestiegen waren, sich die Investitionseinnahmen hingegen mit einer Verringerung um 42.8 Prozent beinahe halbiert hatten. Dies führte der Bundesrat jedoch auf hohe einmalige Investitionen im Jahr 2018 insbesondere für die SIFEM und einen Übertrag beim NAF zurück.

Auch im Jahr 2019 stiegen die Einnahmen aus der Verrechnungssteuer (CHF 8.3 Mrd.) um 5 Prozent gegenüber dem Vorjahr und kamen um CHF 1.3 Mrd. höher zu liegen, als budgetiert worden war (CHF 7 Mrd.). Jedoch waren nicht nur die Einnahmen, sondern auch die Ausgaben der Verrechnungssteuer deutlich stärker angestiegen als im Vorjahr. Um der Tatsache, dass diese Einnahmen nicht in demselben Jahr, wie sie erhoben wurden, sondern erst in den Folgejahren zurückgefordert werden, stärker Rechnung zu tragen, berechnete der Bundesrat die Rückstellungen zur Verrechnungssteuer im Jahr 2019 erstmals aufgrund einer neuen Bewertungsmethode. Gleichzeitig nahm er ein Restatement der Rückstellungen des Vorjahrs vor, um die Vergleichbarkeit zwischen den Jahren zu gewährleisten. Entsprechend wurden die Rückstellungen für das Jahr 2018 um CHF 7.8 Mrd. und die Einnahmen aus der Verrechnungssteuer 2018 um CHF 200 Mio. erhöht. Werden die Einnahmen seit 2007 korrigiert, ergibt sich dadurch eine Reduktion der Einnahmen um CHF 1.9 Mrd., welche von dem Gesamtbetrag auf dem Ausgleichskonto der Schuldenbremse abgezogen wurde.

Anders als in «normalen» Jahren behandelte das Parlament die Staatsrechnung 2019 in der Wintersession 2020 zusammen mit dem ordentlichen zweiten Nachtrag zum Voranschlag 2020 sowie mit dem Voranschlag 2021. Die Kommissionssprecher Roland Fischer (glp, LU) und Jacques Nicolet (svp, VD) präsentierten dem Rat die Rechnung 2019 und erklärten, die Verzögerung in der Behandlung der Staatsrechnung sei dadurch entstanden, dass die Subkommissionen der Finanzkommission im Frühjahr nur eingeschränkt oder gar nicht hätten tagen können. Nicolet wies auf den erfreulichen strukturellen Überschuss von CHF 3.1 Mrd. hin, der zudem CHF 2.2 Mrd. höher liege, als budgetiert worden sei, was auf höhere ordentliche Einnahmen (+CHF 918 Mio.) sowie auf tiefere ordentliche Ausgaben (-CHF 920 Mio.) verglichen mit dem Budget zurückgeführt werden könne. Bereits im Jahr 2019 gebe es aber Anzeichen für ein Abflachen der Wirtschaft in der Schweiz, was unter anderem an den um CHF 1 Mrd. tieferen Einnahmen bei der Mehrwertsteuer im Vergleich zum Voranschlag 2020 erkennbar sei. Die Kommissionssprecher erläuterten zudem, dass der Bundesrat in der ersten Nachmeldung zum Voranschlag 2021 beantragt hatte, den budgetierten strukturellen Überschuss ausnahmsweise dem Amortisationskonto der Schuldenbremse gutzuschreiben – auf diesem werden normalerweise nur die ausserordentlichen Überschüsse und Fehlbeträge verbucht. Dieses würde anschliessend einen Betrag von CHF 4.8 Mrd. aufweisen, welcher für den Abbau der ausserordentlich verbuchten Corona-Defizite verwendet werden könnte. Der nicht budgetierte Teil des strukturellen Überschusses sollte hingegen wie gewöhnlich auf das Ausgleichskonto gebucht werden, das direkt für den Schuldenabbau verwendet wird und in der Folge CHF 27.7 Mrd. aufweisen würde. Dies sei kein «buchhalterischer Trick», «aber eine buchhalterische Massnahme, um die ausserordentlichen Schulden etwas kleiner zu halten», ergänzte Finanzminister Maurer die Ausführungen. Die Fraktionssprecherinnen und -sprecher zeigten sich mit dem Vorgehen einverstanden und der Nationalrat hiess die Staatsrechnung 2019 einstimmig mit 180 zu 0 Stimmen gut. Auch die Rechnung des Bahninfrastrukturfonds 2019 war unbestritten und wurde mit 183 zu 1 Stimme abgesegnet. Die einzige Gegenstimme stammte von Roger Köppel (svp, ZH). Auch im Ständerat waren die beiden Rechnungen unbestritten, beide wurden einstimmig mit 39 zu 0 Stimmen gutgeheissen.