Suite aux nombreuses interventions parlementaires déposées depuis 1991, le Conseil fédéral a publié son rapport sur la coopération transfrontalière et la participation des cantons à la politique étrangère. L'objectif de ce document, qui vient compléter et concrétiser celui de novembre 1993 sur la politique extérieure de la Suisse dans les années 90, est de dresser l'état de la coopération transfrontalière et de la participation des cantons à la politique étrangère, domaines politiques particulièrement sensibles depuis la votation du 6 décembre 1992 sur l'EEE. Le rapport rappelle tout d'abord les bases juridiques relatives au partage des compétences entre la Confédération et les cantons en matière d'affaires étrangères: la compétence générale de la Confédération résulte des articles 8, 85 et 102 de la Constitution. Quant aux articles 9 et 10, ils n'attribuent aux cantons que des compétences subsidiaires. Cependant, le Conseil fédéral interprète ces dispositions de façon libérale, ce qui permet aux cantons de conclure des traités avec l'étranger dans tous les domaines relevant de leurs compétences. La "courtoisie fédéraliste" implique, en outre, que la Confédération fasse preuve d'une certaine retenue lors de la conclusion de traités qui empiètent sur le domaine législatif des cantons.
En ce qui concerne la politique étrangère, le rapport rappelle que les cantons possèdent d'ores et déjà un certain nombre de moyens leur permettant d'intervenir en la matière, notamment lorsque leurs intérêts et des domaines relevant de leur compétence sont en cause: procédures de consultation ou autres formes de concertation, participations de représentants cantonaux à des délégations lors de négociations, droit d'initiative. Les négociations relatives à l'Accord EEE semblent toutefois avoir marqué un tournant dans la participation des cantons à la politique étrangère de la Confédération. A cette occasion, le développement d'autres instruments permettant d'associer plus étroitement les cantons au processus d'intégration européenne est apparu comme nécessaire. C'est dans cette perspective qu'il faut appréhender la réactivation du Groupe de contact Confédération-cantons qui, depuis 1989, a traité à chacune de ses réunions de l'intégration européenne et de ses répercussions sur le fédéralisme. Cet organe est également à l'origine de la mise en place, dès 1990, du réseau des délégués cantonaux aux affaires européennes (eurodélégués). Bien que l'Accord EEE ait été rejeté, les gouvernements cantonaux et le Conseil fédéral ont décidé de poursuivre leur collaboration en matière de politique étrangère.
Si le Conseil fédéral s'est par ailleurs déclaré prêt à examiner la question d'une réglementation législative (éventuelle base constitutionnelle) dans le domaine de la participation des cantons à la politique étrangère de la Confédération, il a toutefois fait remarquer que l'accroissement de cette participation ne devait pas modifier la répartition des compétences en matière d'affaires étrangères entre l'Etat fédéral et les cantons telle qu'elle résulte de la Constitution fédérale.
En matière de coopération transfrontalière, le rapport rappelle principalement que ce domaine dépend des initiatives que prennent les cantons, les communes, d'autres institutions publiques régionales et locales ainsi que divers milieux privés. Il incombe donc aux cantons de déterminer en premier lieu la configuration des relations transfrontalières (concrétisation institutionnelle, contacts ad hoc ou informels) et d'utiliser la marge de manoeuvre dont ils disposent en la matière. Bien que celle-ci soit importante dans certains domaines tels que les transports, l'élimination des déchets, la formation, etc., le Conseil fédéral a tenu à rappeler qu'elle est en revanche réduite lorsqu'il s'agit de traités de libéralisation ou d'intégration. Comme le souligne le rapport, la compétence de conclure ce type d'accords appartient à la Confédération. Si le gouvernement entend protéger les intérêts des cantons et les soutenir dans leurs efforts de coopération transfrontalière, il attache toutefois une importance toute particulière à la préservation de l'équilibre interne de la Confédération - notamment entre cantons frontaliers et cantons non frontaliers - en s'en tenant à une politique d'intégration homogène. La création de mini-EEE dans les régions frontalières est donc exclue.
Dans sa conclusion, le Conseil fédéral a déclaré qu'il approfondira volontiers sa collaboration avec les cantons, car elle permet d'enraciner la politique étrangère dans la politique intérieure et de la rendre plus accessible aux citoyens. Lors de la session parlementaire d'automne, le Conseil national a pris acte du rapport avec satisfaction, à l'exception du Groupe du parti de la liberté (ex-PA) qui redoute que la coopération transfrontalière conduise à l'établissement de mini-EEE.