A Lucerne, les ministres de l’environnement de huit pays, à savoir l’Allemagne, l’Autriche, la France, l’Italie, le Liechtenstein, Monaco, la Slovénie et la Suisse, ont signé le protocole Transports de la Convention alpine lors de la 6ème Conférence. Le protocole sur les transports a donné lieu à d’intenses négociations et les protagonistes se sont accordés sur cinq importants points : 1. renoncer à la construction de nouvelles routes transalpines 2. ne pas réaliser de grosses routes pour la circulation alpine que quand elles passent l’examen du contrat environnemental et qu’il n’y ait pas une autre possibilité de surmonter le trafic 3. harmoniser les nouveaux ouvrages et les transformations importantes d’infrastructures existantes entre les pays 4. privilégier les moyens de transports écologiquement conciliants 5. prendre en charge les nouveaux ouvrages liés aux infrastructures de transport selon le principe du pollueur payeur. L’Union Européenne étant partenaire du contrat de la Convention des Alpes, elle s’est jointe aux résolutions. Les huit pays ont aussi adopté le protocole Règlement des différends: ce document prévoit une procédure obligée débouchant sur une sentence d’arbitrage contraignante. Les pays se donnent ainsi les moyens de régler la question des divergences d’opinion dans l’interprétation et l’application des dispositions de la Convention et de ses protocoles. Il a également été décidé de créer un secrétariat permanent. Avec le protocole "Transports", la Suisse a signé les 9 accords qui accompagnaient la Convention alpine. Les Chambres fédérales auront le dernier mot, car les protocoles ne sont pas soumis au référendum facultatif. A ce propos, les milieux économiques suisses ont fait part de leur opposition et engagé les Chambres fédérales à ne pas ratifier ce protocole.

Après discussions, la Confédération et les cantons, à l’exception du Valais, se sont mis d’accord au sujet de la ratification des protocoles d’application de la Convention alpine. Ils étaient au nombre de neuf : aménagement du territoire et développement durable, agriculture de montagne, forêts de montagne, protection de nature et entretien des paysages, tourisme, énergie, transports, protection des sols et règlement des différends. Le Valais redoutait un antagonisme entre le développement touristique et les impératifs de la protection de la nature. Néanmoins, il s’est finalement rétracté et a accepté les protocoles additionnels, mais à la seule condition de rédiger un protocole socio-économique supplémentaire. Celui-ci devait, d’après lui, garantir un équilibre entre volonté de protection et développement économique des régions alpines. Le PRD a réagi en appelant le parlement à rejeter la ratification des protocoles. Economiesuisse en a fait de même. Le protocole des transport posait problème au parti radical, car il empêchait la construction de nouvelles routes transalpines et entrait, selon lui, en contradiction avec l’accord bilatéral sur les transports signé avec l’UE. Celui-ci laissait le libre choix du moyen de transport, élément que le protocole n’évoquait pas. Les radicaux y décelaient une manœuvre du Conseil fédéral pour empêcher le doublement du tunnel du Gothard. Outre ce point, le PRD craignait aussi le protocole sur le principe de subsidiarité, qui risquait selon eux de faire perdre aux cantons certaines compétences. L’UDC a maintenu sa position aux côtés des radicaux. Le PDC s’est dit prêt à approuver les protocoles, à condition que ceux-ci soient complétés par un volet "Economie et Société". Le PS a été le seul parti gouvernemental à approuver sans réserve les décisions prises par le Conseil fédéral.

Grâce au soutien des ses quatre membres socialistes et démocrates-chrétiens, le Conseil fédéral a adopté les protocoles et les a transmis aux Chambres pour ratification. Le PRD, l’UDC, l’USAM et Economiesuisse ont réitéré leur opposition. Le Conseil fédéral leur a répondu en précisant que le Protocole sur les transports ne s’oppose pas à un deuxième tunnel au Gothard, car l’axe n’est pas considéré comme une nouvelle route. Quant à l’entorse à l’accord bilatéral sur les transports, Moritz Leuenberger n’a pas caché qu’il souhaitait engager les autres pays dans la même voie que la Suisse, à savoir celle du transfert modal des marchandises de la route vers le rail. Afin d’ancrer la position centrale de la Suisse, le Conseil fédéral a également retenu la candidature de Lugano pour accueillir le Secrétariat permanent. Les dossiers de Davos, Lucerne et Sion ont été écartés. Le Tessin soumettra sa candidature le 28 février 2002 au comité de la Conférence alpine. Lugano affrontera celles d’Innsbruck (A), de Bolzano (I) et de Grenoble (F).

L’UDC a créé le comité "Liberté plutôt que réserve" (En allemand, "Freiheit statt Reservat".) afin de d’empêcher la ratification des neuf protocoles additionnels de la Convention alpine. Outre le texte sur l’énergie et celui sur les transports, le neuvième protocole incarnait à ses yeux la quintessence du mal : un arbitrage international serait imposé en cas de désaccord entre deux pays. Cet élément était une chose intolérable pour l’UDC. Répondant à l’UDC et à ses détracteurs, l’Office du développement territorial a précisé qu’il n’y avait rien dans les protocoles qui allait au-delà de la loi suisse. Souhaitant connaître les conséquences d’une ratification des protocoles sur l’aménagement du territoire, l’agriculture de montagne, les forêts, le tourisme, les sols, l’énergie et les transports, la CEATE-CE a renvoyé le dossier au gouvernement pour complément d’information. La Commission a aussi demandé un rapport sur la portée des protocoles afin de déterminer leur relation avec le droit suisse. Reprenant le dossier, la CEATE-CE a demandé, par neuf voix sans opposition et trois abstentions au Conseil des Etats de ne pas entrer en matière sur la ratification des neuf protocoles additionnels. Outre les zones d’ombre d’application des protocoles, de lourds soupçons pesaient sur celui des transports : les opposants redoutaient qu’il empêche la construction d'une deuxième galerie routière au Gothard. Mais, les craintes les plus graves portaient sur le neuvième protocole : la menace du juge étranger, qui obligerait la Suisse à modifier certaines pratiques et reprendre des dispositions contraires à son droit, a convaincu les membres de la CEATE de refuser ces accords complémentaires. A cela s’ajoutaient les incertitudes sur les modalités financières, en particulier l’indemnisation de ceux qui feraient les frais de certaines restrictions, comme par exemple les paysans de montagne, les producteurs d’énergie, les collectivités publiques ou encore les propriétaires de forêts. Réuni à Merano (I), les membres de la Convention alpine ont choisi Innsbruck (A) comme son centre politique et administratif. Alors que le Conseil des Etats aurait dû se prononcer en décembre sur les protocoles de la Convention alpine, son bureau a décidé par manque de temps de reporter son examen.

N’écoutant pas sa CEATE, le Conseil des Etats est entré en matière par 20 voix contre 18 sur les protocoles additionnels de la Convention sur la protection des Alpes. Il l’a toutefois renvoyé par 33 voix contre 1 à sa Commission avec le mandat d’examiner la possibilité d’adopter individuellement tout ou en partie des huit protocoles, tous n’étant pas contestés. Combattus par la droite et les milieux économiques, les protocoles additionnels ont donné lieu à un débat acharné au sénat. Les opposants à la ratification craignaient une perte d’autonomie des populations locales en matière d’aménagement du territoire, de transports, de règlements de construction ou de gestion du loup, ainsi qu’une paralysie des projets économiques et des projets d’utilité publique. A cela, les partisans rétorquaient que les protocoles étaient un moyen de faire partager aux autres pays alpins les perspectives suisses en matière de protection des Alpes et de les lier à nos propres standards. De plus, un rejet de la ratification aurait un effet dommageable sur l’image de la Suisse à l’extérieur.

Chargée par le Conseil des Etats d’examiner individuellement les protocoles de la Convention sur la protection des Alpes, sa commission de l’environnement lui a recommandé de n’en ratifier que trois sur les neuf. Il s’agit des dossiers « aménagement du territoire et développement durable », « protection des sols » et « transports ». Suivant les recommandations de sa commission plutôt que celles du Conseil fédéral, le Conseil des Etats a approuvé, par 24 voix contre dix, trois des neuf protocoles d’application de la Convention sur la protection des Alpes. Les sénateurs les ont acceptés car ils considéraient que la politique suisse était déjà compatible dans ces domaines avec la Convention. Ils ont toutefois exigé du Conseil fédéral qu’il établisse un rapport sur le développement durable des régions de montagne et les mesures nécessaires dans ce domaine. Tergiversant sur la convention, la commission de l’environnement du Conseil national a décidé de suspendre ses travaux en attendant le rapport gouvernemental. Le Conseil national a transmis tacitement une motion du Conseil des Etats demandant au Conseil fédéral d’établir les éventuelles mesures à prendre en cas de ratification des protocoles de mise en œuvre de la Convention alpine (Mo. 04.3260).

Lors de la session d’hiver, le Conseil national a refusé, par 97 voix contre 94, d’entrer en matière sur le projet gouvernemental de ratification des protocoles de mise en œuvre de la Convention sur la protection des Alpes. Le plénum a suivi la majorité de sa CEATE, laquelle a jugé trop contraignantes les conséquences de ces protocoles pour la Suisse. Outre des effets relativement imprévisibles sur le droit suisse, ces protocoles accordent, selon la commission, une importance excessive à la protection des Alpes au détriment des intérêts des régions concernées et font courir le risque de nouvelles entraves économiques imposées de l’extérieur. À l’inverse, la minorité de la CEATE-CN, emmenée par Sep Cathomas (pdc, GR), a fait valoir que la ratification n’engendrerait pas de restrictions supplémentaires pour l’activité économique, ni de révisions législatives. Au terme de vifs échanges, le ralliement d’une majorité du groupe démocrate-chrétien aux groupes socialistes et écologistes unanimes s’est avéré insuffisant face aux libéraux-radicaux et aux démocrates du centre. L’objet retourne dès lors au Conseil des Etats qui avait approuvé trois protocoles en juin 2004.

Le désaccord entre les chambres au sujet de la ratification des protocoles de mise en œuvre de la Convention sur la protection des Alpes est demeuré total. Alors que les sénateurs ont une nouvelle fois approuvé l’entrée en matière, par 25 voix contre 15, lors de la session d’été, les députés ont exprimé un second refus, par 102 voix contre 76, lors de la session d’automne. Ainsi, après six années de vifs débats parlementaires, le projet a été définitivement liquidé.