Gegen Herbst entfachte der im Rahmen des „Projet triangulaire“ gefasste Plan, die Pharmazieausbildung auf den Standort Genf zu konzentrieren und in der leer werdenden Lausanner Ecole de pharmacie die Genomik einzurichten, heftige Turbulenzen und erbitterten Widerstand. Die Studenten- und Professorenschaft der Pharmazieschule wehrten sich gegen einen Auszug aus dem erst zehnjährigen, für über 20 Mio Fr. eigens für ihre Bedürfnisse gebauten Gebäude. Solidarität erfuhren sie von Seiten der waadtländischen Apothekerinnen und Apotheker, welche den Verlust ihres Fachzentrums befürchteten. Grundsätzliche Bedenken am „Projet triangulaire“ meldete schliesslich der Studentenverband Fédération des associations d’étudiants (FAE) an und warnte vor einer Förderung der Forschung auf Kosten der Lehre, vor einer Vernachlässigung der Geisteswissenschaften sowie vor einer ungenügenden demokratischen Kontrolle der neuen Strukturen. Im Dezember stimmte der Waadtländer Grosse Rat der Vorlage für das „Projet triangulaire“ zu und unterstellte angesichts des vehement geäusserten Widerstands die Fusion der Ecole de pharmacie dem obligatorischen Referendum.

Am 10. Juni sagte die Waadtländer Stimmbevölkerung Ja zu einem Transfer der „Ecole romande de Pharmacie“ nach Genf zugunsten des „projet triangulaire“ – der Hochschulkoordination im „Arc lémanique“. Die Stimmergebnisse für den jährlichen Beitrag von 4,6 Mio Fr. an die in Genf konzentrierte Westschweizer Pharmazie-Schule sowie für eine Gesetzesänderung, mit welcher der Verzicht auf eine Apothekerschule in Lausanne beschlossen wurde, fielen relativ knapp aus. Dem Transfer war unter anderem seitens der Waadtländer Apothekerinnen und Apotheker sowie von Seiten der Studentenschaft etliche Skepsis entgegengebracht worden. Im Oktober kam es mit der Angliederung der Sektion Chemie der Universität Lausanne an die ETH Lausanne (ETHL) zum Vollzug der ersten von vier Etappen des Kooperationsprojektes der beiden Hochschulen. In der Frage nach der zukünftigen Struktur der so ausgedünnten Universität beging das Rektorat einen Tabubruch, indem es in einem Bericht an den Waadtländer Staatsrat die Fusion mit der benachbarten ETHL vorschlug und gezielt die bisherige Abhängigkeit der Universität vom Kanton bzw. ganz allgemein die Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen kritisierte. Die gemeinsame Verwaltung der beiden Hochschulen dank einer gemeinsamen Trägerschaft von Bund und Kanton würde eine bessere Zusammenarbeit erlauben und so das Standhalten gegenüber dem internationalen Wettbewerb ermöglichen. Im November stimmte der ETH-Rat einer im Rahmen des „projet triangulaire“ geplanten Strukturänderung der ETHL zu, wonach diese auf Januar 2002 in eine eigentliche Technische Universität umgewandelt werden soll. Die zwölf bestehenden Departemente der ETHL werden in fünf Fakultäten mit einer klaren Schwerpunktsetzung auf den Lebenswissenschaften zusammengefasst.