Unterschiedlicher Meinung waren die Räte auch beim Zahlungsrahmen im Bereich des Universitätsförderungsgesetzes (UFG). Während der Ständerat den Bundesratsentwurf einstimmig annahm, entspann sich im Zweitrat eine Diskussion um die Befürchtung bestimmter Universitätskantone (BS mit BL, FR, NE, VD), den ihnen über das UFG zugesicherten Grundbeitrag für 2012 nicht zu erhalten. Grund für die Befürchtungen war die ab 2013 vorgesehene sogenannte Synchronisation von Zahlungsrahmen und Voranschlagskrediten im FBI-Subventionsbestand, die der Bund gleichzeitig mit der Zwischenbotschaft 2012 und im Hinblick auf das einheitliche Finanzierungsmodell für Fachhochschulen und Universitäten im Bundesgesetz über die Förderung der Hochschulen und die Koordination im Schweizerischen Hochschulbereich (HFKG) vornahm (siehe unten). In den vorangehenden Förderperioden waren die Beitrags- und die Auszahlungsjahre zeitversetzt gehandhabt, sogenannt nachschüssig bezahlt worden: Die Kantone erhielten den jeweils über den vierjährigen Zahlungsrahmen zugesicherten Grundbeitrag für ein bestimmtes Jahr erst im nachfolgenden ausbezahlt. Jene Kantone, welche die Bundessubventionen periodengerecht abgrenzen (transitorisch verbuchen), befürchteten mit dem Systemwechsel erhebliche Vermögensverluste beziehungsweise Fehlbeträge in ihren Staatsrechnungen 2012. Politisch und juristisch – die juristischen Gutachten von Bund und den in der Frage aktiven Kantonen waren gegenteiliger Meinung – gingen die Einschätzungen über die finanzielle Tragweite der Systemumstellung auseinander. Das Meinungsspektrum bewegte sich zwischen dem Vorwurf an die Kantone, doppelte Subventionen zu verlangen, bis zur Vorhaltung an den Bund, ein ganzes Beitragsjahr «kalt zu streichen». Die Kommissionsmehrheit beantragte den Einbau einer Garantie für den Bundesbeitrag 2012 nach UFG. Eine Kommissionsminderheit und mit ihr der Bundesrat sprachen von einem buchhalterischen Problem, da der entsprechende Bilanzverlust nur bei einer Veränderung des Subventionsschlüssels oder im Fall der äusserst unwahrscheinlichen Einstellung der Bundessubventionen realisiert werden müsste. In der Schlussabstimmung setzte sich der Antrag der Kommissionsmehrheit für eine Garantie mit 83 zu 81 Stimmen knapp durch. In der Differenzbereinigung stellte sich die Mehrheit der ständerätlichen WBK und mit ihr das Ratsplenum (24 zu zwölf Stimmen) gegen die Grundbeitragsgarantie für 2012. Eine Kommissionsminderheit (SP, CVP) schlug vergeblich vor, den alten, nachschüssigen Auszahlungsmodus solange beizubehalten, bis sich Bundesrat und die betroffenen Kantone auf eine für die Kantone nicht mit Vermögensverlusten einhergehende Vorgehensweise geeinigt haben würden. In der Folge schlug die WBK-NR als Kompromisslösung vor, die in der vorangehenden Debatte beschlossene Beitragsgarantie für 2012 mit der Formulierung zu ersetzen, wie sie die unterlegene ständerätliche Kommissionsminderheit vorgeschlagen hatte. Mit dem Versprechen von Bundesrat Burkhalter, das Problem einer politischen Lösung zuzuführen, stimmte der Rat mit 77 zu 74 Stimmen jedoch knapp für den Bundesratsentwurf und gegen den Kommissionsvorschlag. Damit sahen die Räte von einer gesetzlichen Abfederung des Systemwechsels ab.