A la suite de l'acception, par la Landsgemeinde nidwaldienne, des trois initiatives – finalement déclarées recevables par le tribunal constitutionnel cantonal – accordant un droit de participation à l'assemblée populaire dans l'octroi de concessions pour le stockage des déchets radioactifs, la CEDRA a décidé de faire recours auprès du Tribunal fédéral et du tribunal constitutionnel cantonal afin de clarifier la répartition des compétences relatives à l'entreposage des déchets radioactifs en Suisse (L'exploitation d'installations atomiques se trouvant dans des galeries ou cavernes sera soumise à un devoir de concession; la compétence dans l'attribution des autorisations relatives à l'utilisation du sous-sol est du ressort de la Landsgemeinde. La votation eut lieu le 29 avril).

Le Conseil fédéral a proposé d'accorder la garantie sans réserve de la Constitution de Nidwald. Cette dernière avait été modifiée en 1990 de telle manière que la compétence en ce qui concerne l'octroi de concessions pour l'utilisation du sous-sol soit transférée à la Landsgemeinde du canton. L'objectif de cette révision constitutionnelle consistait à permettre aux autorités cantonales d'avoir le dernier mot sur la question de la concession pour le stockage de déchets radioactifs, envisagé par la CEDRA sur la commune de Wellenberg. Sur la base de l'examen de la répartition des compétences entre la Confédération et les cantons dans le domaine de l'énergie atomique, le Conseil fédéral a estimé que les nouvelles dispositions constitutionnelles ne permettaient pas au canton de Nidwald de refuser pour des raisons de sécurité une concession pour l'utilisation du sous-sol en vue du stockage définitif de déchets radioactifs et, donc, que la question de la sécurité d'une installation atomique devait être examinée de façon exhaustive par la Confédération. Le refus d'une concession par les autorités cantonales n'est envisageable que pour des motifs relevant de la police des constructions ou de l'aménagement du territoire. Ces remarques faites, le gouvernement a tout de même admis que ces nouvelles dispositions n'étaient pas en contradiction avec le droit fédéral. Les Chambres fédérales ont ajourné leur décision, étant donné que plusieurs recours de droit public étaient encore pendants auprès du Tribunal fédéral.

Au soulagement de la CEDRA, la Landsgemeinde du canton de Nidwald a rejeté l'initiative populaire du comité «pour une participation du peuple de Nidwald en matière d'installations atomiques». Celle-ci visait à modifier la loi cantonale sur les ressources minières en l'étendant à la marne argileuse, présente en grande quantité sur l'emplacement envisagé pour la construction du dépôt. Une telle modification aurait eu pour effet de soumettre le site de Wellenberg à l'octroi d'une concession cantonale et par conséquent au vote de la Landsgemeinde. Après les trois initiatives populaires du même comité, adoptées en 1990 par la Landsgemeinde, c'est la première fois que le comité nidwaldien essuyait un échec devant les électeurs. Comme le gouvernement, les partis bourgeois s'étaient prononcés contre l'initiative.

Au mois de septembre, le Tribunal fédéral a rejeté les deux recours de droit public de la CEDRA contre le canton de Nidwald. Ces recours portaient sur la conformité avec le droit fédéral des deux initiatives populaires adoptées par la Landsgemeinde en 1990 qui octroyaient à l'assemblée populaire la compétence de délivrer les concessions pour l'utilisation du sous-sol. La décision de la plus haute instance judiciaire du pays risque de retarder quelque peu le début des travaux de construction du dépôt, mais ne devrait pas remettre en cause les projets de la CEDRA. A ce propos, les Chambres fédérales ne se sont pas encore prononcées sur la garantie de la constitution de Nidwald.

Conformément à la proposition du gouvernement, les Chambres fédérales ont accordé la garantie à la constitution révisée du Canton de Nidwald. Cette dernière avait en effet été modifiée en 1990 de telle manière que les autorités cantonales puissent avoir le dernier mot sur la question de la concession nécessaire au stockage de déchets radioactifs sur le site du Wellenberg.