In seiner Frühjahressession befasste sich der Nationalrat erneut mit den Differenzen zum Ständerat beim Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer (MWSt); rund 40 waren noch übriggeblieben. Strahm (sp, BE) wandte sich im Namen einer Kommissionsminderheit gegen die Steuerausnahme für die Zollfreigebiete Samnaun und Sampuoir (GR). Jans (sp, ZG) forderte, dass die beiden Talschaften wenigstens die Steuerausfälle vollständig kompensieren sollten, falls an der Befreiung festgehalten würde. Das Plenum folgte dem Mehrheitsantrag seiner WAK und hiess den Ständeratsentscheid gut. Zudem folgte der Rat einem Antrag von Baumberger (cvp, ZH), wonach die periodische Indexierung der im Gesetz genannten Frankenbeträge bereits dann anzupassen ist, wenn der Landesindex 15% statt 30% ansteigt. In Bezug auf die Humanmedizin forderten Gysin (sp, BS), Raggenbass (cvp, TG), Vallender (fdp, AR), Wiederkehr (ldu, ZH) sowie die Grüne Fraktion mit Erfolg, die Naturärzte bei der Besteuerung den Schulmedizinern gleichzustellen und sie von der MWSt zu befreien. Rechsteiner (sp, BS) setzte sich vergeblich gegen eine Steuerbefreiung privater Alters- und Pflegeheime zur Wehr. Die vom Ständerat beschlossene Steuerbefreiung der im Rahmen gemeinnütziger Jugendaustauschorganisationen durchgeführten Kultur- und Bildungsförderung fand auch im Nationalrat Zustimmung.
Kühne (cvp, SG) und Speck (svp, AG) forderten sodann mit einer Kommissionsminderheit, dass die Vermietung und Verpachtung von Sportanlagen zur Förderung des Breitensports von der MWSt befreit werde. Der Rat folgte dem Antrag mit 92 zu 45 Stimmen. Ein von Gros (lp, GE) vorgetragener Minderheitsantrag zur Steuerbefreiung internationaler Flüge wurde dagegen abgewiesen. Bundesrat Villiger führte an, dass grundsätzlich alle Transportleistungen versteuert werden sollten. Da jedoch die EU die internationalen Flüge nicht besteuert, sei es für die Schweiz unmöglich, die Besteuerung im Alleingang vorzunehmen. Der Bundesrat begrüsste deshalb die ständerätliche Version, welche die Entscheidung über eine Besteuerung von Transportdienstleistungen dem Bundesrat überlassen will. In der Abstimmung wies das Plenum den Antrag Gros zurück und schloss sich der kleinen Kammer an. Schliesslich verlangte Columberg (cvp, GR), dass gemäss dem Entscheid im Ständerat auf die Besteuerung der Kurtaxe verzichtet werden solle. Bundesrat Villiger stellte indes klar, dass nicht die Kurtaxe an sich besteuert werde, sondern nur touristische Leistungen, die aus den Einkünften der Kurtaxe bezahlt werden. Das Plenum folgte dem Bundesrat und der Kommissionsmehrheit und hielt damit die Differenz zum Ständerat aufrecht.