Im August 2021 brachte der Bundesrat mit der vorgeschlagenen Anpassung der Bundesbeschlüsse über den zweiten Schweizer Beitrag an ausgewählte EU-Mitgliedstaaten Bewegung in die Diskussionen um den seit 2019 eingefrorenen Beitrag in Höhe von CHF 1302 Mio. (inklusive CHF 65 Mio. Eigenaufwand der Bundesverwaltung). Nach der Aberkennung der Börsenäquivalenz durch die EU hatten sich die beiden Räte dafür ausgesprochen, die Auszahlung des Beitrags zu blockieren, bis vonseiten der EU keine diskriminierenden Massnahmen mehr in Kraft seien. In seiner Botschaft liess der Bundesrat jedoch verlauten, dass man nach dem Abbruch der Verhandlungen über das institutionelle Rahmenabkommen den bilateralen Weg fortführen und daher den Schweizer Beitrag «ohne europapolitische Bedingungen» freigeben wolle. Die Freigabe würde auch beweisen, dass die Schweiz eine verlässliche Partnerin bleibe, erklärte der Bundesrat. Dafür müsse das Parlament die Bundesbeschlüsse zu den Rahmenkrediten Kohäsion (CHF 1047 Mio.) und Migration (CHF 190 Mio.) möglichst bald – vorzugsweise noch in der Herbstsession 2021 – freigeben. Der Bundesrat wolle durch diesen Schritt den Beziehungen zur EU neue Impulse verleihen und Fortschritte in weiteren Dossiers ermöglichen, beispielsweise bei der Weiterführung der Assoziierung an das Forschungsprogramm Horizon Europe. Zudem sei eine rasche Freigabe des Rahmenkredits wichtig, weil dessen gesetzliche Grundlage bis Ende 2024 befristet sei. Basierend auf den Erfahrungen des ersten Beitrags schätzte der Bundesrat, dass die Verpflichtung der Mittel ungefähr drei Jahre brauche, weshalb eine spätere Freigabe die Vollständigkeit der Verpflichtung bedrohe. Für die Umsetzung der Auszahlung plane man zudem ein MoU zu vereinbaren, um eine Grundlage für den Abschluss der bilateralen Umsetzungsabkommen mit den Empfängerstaaten zu schaffen.
Die AZ gab tags darauf zu bedenken, dass der Zeitplan des Bundesrats illusorisch sei, da sich der Ständerat erst am letzten Sessionstag mit dem Geschäft auseinandersetze, weshalb es erst in der Wintersession in den Nationalrat gelangen könne. Zahlreiche Parlamentarier und Parlamentarierinnen äusserten sich gegenüber den Medien zwar wohlwollend zu den Plänen des Bundesrats, zeigten gegenüber dem zeitlichen Drängen jedoch wenig Verständnis. Ständerat Würth (mitte, SG) meinte, dass eine Abweichung von der Verfahrensordnung vom Bundesrat begründet werden müsse. Auch Ständeratspräsident Kuprecht (svp, SZ) teilte mit, dass das Ständeratsbüro ein dringliches Verfahren für unnötig erachte. Ähnlich klang es vonseiten der Mitte, bei der Parteipräsident Pfister (mitte, ZG) den Entscheid der EU-Kommission zur zukünftigen Schweiz-Politik abwarten wollte, wie die NZZ berichtete. Die FDP-Fraktion unterstützte zwar die Absichten des Bundesrats, liess jedoch auch Kritik an dessen Kurs anklingen. Nationalrat Portmann (fdp, ZH) verlangte Vorschläge für das weitere Vorgehen zur Entspannung der Beziehung Schweiz-EU. Auch sein Parteikollege Damian Müller (fdp, LU) erwartete, dass der Bundesrat zuerst aufzeige, welche Ziele mit der EU angestrebt werden und wie eine Gesamtstrategie aussehen solle.

Zu Beginn der Herbstsession 2021 behandelte der Ständerat einen Ordnungsantrag Sommaruga (sp, GE), der die Behandlung der Bundesbeschlüsse über den zweiten Schweizer Beitrag an ausgewählte EU-Mitgliedstaaten in die erste oder zweite Sessionswoche vorziehen wollte. Ursprünglich sollte sich die kleine Kammer erst am zweitletzten Sessionstag mit der Materie beschäftigen. Sommaruga äusserte sein Unverständnis über den Zeitplan des Rats, welcher die parlamentarische Arbeit verlangsame. Er erinnerte daran, dass die EU nach dem Abbruch der Verhandlungen über das InstA die Verlängerung und Aufdatierung der bestehenden Abkommen eingefroren und zudem die Assoziierung der Schweiz an EU-Forschungsprogramme wie Horizon Europe ausgesetzt hatte. Sommaruga machte deutlich, dass nach seiner Auffassung eine Teilnahme an Horizon Europe nur nach der Freigabe der zweiten Kohäsionsmilliarde möglich sei. Der grosse Rat des Kantons Genf habe per Resolution ein rasches Handeln verlangt, genauso wie Universitäten, Fachhochschulen und die Wirtschaft, so Sommaruga. Er kritisierte, dass man am vorletzten Tag keine ruhige Parlamentsdebatte mehr führen könne und zudem ein mögliches Differenzbereinigungsverfahren auf die nächste Session verschoben werden müsste. Thomas Hefti (fdp, GL) beantragte im Namen des Büros des Ständerats die Ablehnung des Antrags. Die APK-SR habe sich im August gegen einen terminlichen Vorzug entschieden. Hefti war der Ansicht, dass das «ordentliche, solide parlamentarische Handwerk» seine Berechtigung haben müsse und die Beratung im Zweitrat sowie die Differenzbereinigung demnach in der Wintersession stattfinden sollten. Der Ständerat lehnte den Ordnungsantrag Sommaruga in der Folge mit 30 zu 14 Stimmen ab.

Wie im Ständerat einige Wochen zuvor, wurde in der Herbstsession 2021 auch im Nationalrat ein Ordnungsantrag zur Anpassung der Bundesbeschlüsse über den zweiten Schweizer Beitrag an ausgewählte EU-Mitgliedstaaten eingereicht. Der Antragsteller Christian Wasserfallen (fdp, BE) verlangte, die Behandlung des Geschäfts vorzuziehen und dieses – wie der Ständerat – bereits in der Herbstsession zu behandeln. Er argumentierte, dass die APK-NR das Geschäft bereits vorberaten und eindringlich studiert habe, weshalb es reif für die Beratung während der Herbstsession sei. Das Parlament müsse endlich aktiv werden, um Chancen für den Schweizer Bildungs- und Wirtschaftsstandort zu öffnen. Kommissionsmitglied Schneider-Schneiter (mitte, BL) war hingegen der Ansicht, die bevorstehende Annahme des Beschlusses durch den Ständerat sei bereits «ein deutliches Zeichen in Richtung Brüssel». Für sie würde die vorgezogene Behandlung keinen Mehrwert schaffen, «sondern lediglich Frustration und kontraproduktive Effekte» nach sich ziehen. Sie kritisierte zudem den Bundesrat für die lange Wartezeit zwischen dem Abbruch der Verhandlungen über das InstA und der Publikation der Botschaft zur Freigabe der Kohäsionsmilliarde. Nationalratspräsident Aebi (svp, BE) kündigte vor der Abstimmung an, im Falle einer Annahme würde der Nationalrat die Vorlage am Abend des vorletzten Sessionstags nach dem Ständerat beraten. Eine knappe Mehrheit des Nationalrats nahm den Ordnungsantrag mit 93 zu 88 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Gegen den Antrag stimmte die SVP-Fraktion sowie Mitglieder der Mitte- und der FDP.Liberalen-Fraktionen.

Etwa anderthalb Stunden diskutierte der Nationalrat in der Herbstsession 2021 über die Freigabe des zweiten Kohäsionsbeitrags an die EU. Die APK-NR empfehle, den Vorschlag des Bundesrats anzunehmen und mit dem Entscheid einem «konstruktiven Ansatz in der Europapolitik Raum zu geben», teilte Kommissionssprecher Nussbaumer (sp, BL) zu Beginn der Debatte mit. Die Kommission wolle den Bundesbeschluss zur Freigabe der Kohäsionsmilliarde jedoch dahingehend ergänzen, dass Verpflichtungen auf Grundlage des Kohäsionskredits erst eingegangen würden, nachdem der Bundesrat die Finanzierungsbotschaft zur Schweizer Teilnahme an Erasmus plus vorgelegt hat. Um diesen Prozess zu beschleunigen, hatte die APK-NR Anfang September 2021 eine entsprechende Kommissionsmotion eingereicht.
Obwohl sich alle Fraktionen mit Ausnahme der SVP für die Annahme des Bundesbeschlusses aussprachen, benötigten die Mitglieder des Nationalrats in der Folge viel Sitzfleisch, bis sie eine Entscheidung treffen konnten. So wehrte sich die SVP-Fraktion vehement gegen das Anliegen der Kommissionsmehrheit, wobei ihre Mitglieder zahlreiche Fragen an die Rednerinnern und Redner stellten und dem Rat mehrere Minderheitsanträge vorlegten. Thomas Aeschi (svp, ZG) etwa wollte von Kommissionssprecher Nussbaumer wissen, weshalb die APK-NR trotz weiterer Diskriminierungen die Freigabe unterstütze. Er beklagte die fehlende Assoziierung an Horizon Europe und an Erasmus plus sowie die Probleme im gesamten Strombereich und beim Mutual Recognition Agreement (MRA). Nussbaumer erklärte die Entscheidung der Kommission damit, dass man mit dem Entscheid ein neues Kapitel in den bilateralen Beziehungen aufschlagen könne. Zwei Minderheitsanträge von Roger Köppel (svp, ZH) verlangten, nicht auf das Geschäft einzutreten respektive keine Verpflichtungen auf Grundlage des Rahmenkredits einzugehen, bis die Schweiz an Horizon Europe assoziiert sei oder die Börsenäquivalenz wiederhergestellt worden sei. Eine Minderheit Nidegger (svp, GE) wollte die Vorlage an den Bundesrat rücküberweisen und ihn beauftragen, die Kohäsionsmilliarde für die Sanierung der AHV zu verwenden. Franz Grüter (svp, LU) schlug mit seinem Einzelantrag vor, den Beschluss dem fakultativen Referendum zu unterstellen.
Überdies legten die Sprecherinnen und Sprecher aller Fraktionen deren Position ausführlich dar. So warf etwa Sibel Arslan (basta, NR) für die Grüne Fraktion sowohl der Schweiz wie auch der EU vor, Fehler gemacht zu haben, sah den finalen Fehltritt aber auf Schweizer Seite, und zwar im Abbruch der Verhandlungen über das Rahmenabkommen. Die Freigabe der Kohäsionsmilliarde erachtete sie als einen Schritt zur Normalisierung und als Erfüllung eines längst gemachten Versprechens. Da die Motion der APK-NR zur Finanzierungsbotschaft von Erasmus plus bereits angenommen worden war, forderte sie in einem Minderheitsantrag die Streichung der entsprechenden Bedingung. Ähnlich tönte es auch von SP-Sprecher Molina (sp, ZH), der das Ende der Verhandlungen ebenfalls als «verantwortungslos» kritisierte. Auch aus Sicht der GLP sei der Verhandlungsabbruch ein «grosser Fehler» gewesen, meinte Roland Fischer (glp, LU). Die Schweiz profitiere enorm vom europäischen Binnenmarkt und zahle im Verhältnis zu Norwegen sehr wenig für den Zugang. Die FDP setze sich für die Freigabe des Kohäsionsbeitrags ein, um die Negativspirale im Verhältnis zur EU zu durchbrechen, erklärte Christa Markwalder (fdp, BE). Auch sie sprach das überaus günstige Kosten-Nutzen-Verhältnis an, dass die Schweiz im Hinblick auf die Verflechtung mit dem Binnenmarkt aufweise. Eine Verringerung der wirtschaftlichen und sozialen Ungleichheiten wirke sich über die europaweiten Bildungs-, Forschungs- und Kulturkooperationen auch positiv auf die Schweiz aus. Mitte-Nationalrätin Elisabeth Schneider-Schneiter (mitte, BL) hob die Bedeutung der Kohäsionszahlung für das Vorankommen im Horizon-Dossier hervor. Die Nichtassoziierung der Schweiz sei zwar diskriminierend und die Verknüpfung mit der Kohäsionsmilliarde «unschön», doch rechtlich gesehen stehe die EU nicht in der Pflicht, Abkommen mit der Schweiz zu aktualisieren. Auch die Mitte-Fraktion unterstütze die Freigabe des Beitrags sowie den Minderheitsantrag Arslan, gab sie bekannt. Nationalrat Grüter vertrat schliesslich die Ansicht, dass die Schweiz der EU nichts schulde, da die EU massiv von der Schweiz als Handels- und Wirtschaftspartnerin profitiere. Er bemängelte zudem, dass der Bundesbeschluss der Schweizer Bevölkerung nicht zur Abstimmung vorgelegt worden war.
Der im Rat anwesende Aussenminister Cassis drängte die grosse Kammer zur Freigabe der Zahlung, weil man nur so eine positive Verhandlungsdynamik schaffen und Fortschritt in anderen Dossiers erzielen könne. Für die plötzliche Kehrtwende trotz andauernder Diskriminierung der EU im Rahmen der aberkannten Börsenäquivalenz habe der Bundesrat zwei Gründe, erklärte Cassis: Einerseits hätten die Schutzmassnahmen für die Schweizer Börseninfrastruktur die Situation entspannt, andererseits sei die Rechtsgrundlage für den zweiten Kohäsionsbeitrag auf Ende 2024 befristet. Den Einzelantrag von Franz Grüter empfahl er zur Ablehnung, da Finanzgeschäfte gemäss Parlamentsgesetz in Form von einfachen Bundesbeschlüssen erlassen würden – so etwa auch 2019, als das Parlament die Rahmenkredite der zweiten Kohäsionszahlung genehmigt hatte.
Die grosse Kammer lehnte in der Folge sämtliche Minderheitsanträge der SVP ab, strich aber gemäss der Forderung von Sibel Arslan die Verknüpfung mit der Finanzierungsbotschaft für Erasmus plus. Spätabends wurde der Entwurf in der Gesamtabstimmung mit 131 zu 55 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gegen den Willen der SVP-Fraktion und einiger Fraktionsmitglieder der Mitte angenommen.

Die Beratung des Ständerats über die Freigabe des zweiten Kohäsionsbeitrags in der Herbstsession 2021 dauerte rund zwei Stunden. Einen Nichteintretensantrag Minder (parteilos, SH) lehnte die kleine Kammer mit 34 zu 9 Stimmen klar ab. Ständerat Minder zweifelte daran, dass die EU nach der Auszahlung der Kohäsionsmilliarde in Höhe von CHF 1.3 Mrd. ihre «Repressionen gegen die Schweiz» beenden würde. Man habe von der EU bisher keine Signale erhalten, dass dadurch die Aufnahme ins Forschungsprogramm Horizon Europe oder die Wiederinstandsetzung der Börsenäquivalenz gewährleistet würde. Eine bedingungslose Freigabe wäre daher «falsch» und «grob fahrlässig». Sein Mitunterstützer Marco Chiesa (svp, TI) äusserte seinen Unmut darüber, dass sich die Schweiz der «kolonialistischen Politik Brüssels» unterwerfen wolle und ohne Garantien Geld auszahle. Auch einige Ratsmitglieder der Mitte wie Heidi Z'graggen (mitte, UR) und Daniel Fässler (mitte, AI) störten sich daran, dass der Kohäsionsbeitrag ausbezahlt werden solle, obwohl die 2019 vom Parlament geforderte Bedingung der «Nicht-Diskriminierung» seitens der EU nicht erfüllt worden war.
Eine überwiegende Mehrheit des Ständerats wollte mit dem Entscheid jedoch einen ersten Schritt auf die EU zugehen. Matthias Michel (fdp, ZG), Sprecher der APK-SR, hielt fest, dass die Zurückbehaltung der Kohäsionsmilliarde offensichtlich keinen Druck auf die EU aufgebaut habe. Die gegenseitige «Blockadepolitik» habe auf beiden Seiten die gewünschte Wirkung verfehlt, nach dem Scheitern des Rahmenabkommens müssten nun auch diese Blockaden beendet werden. Pirmin Bischof (mitte, SO) betonte, dass die Kohäsionszahlungen nichts mit dem InstA zu tun hätten und der EU für die Teilnahme der Schweiz am Binnenmarkt geschuldet sei. Bischof meinte, die Deblockierung der bilateralen Verträge müsse der nächste Schritt sein. Obwohl die EU keine Garantie dafür abgegeben habe, so herrsche doch die Gewissheit, dass die Nichtfreigabe des Beitrags sicher nicht zur Deblockierung führe. Auch Daniel Jositsch (sp, ZH) kam zum Schluss, dass die Schweiz ohne eine Freigabe nichts erreichen könne und bemühte die Analogie eines Mietverhältnisses, bei dem der Mieter einen neuen Mietvertrag abschliessen will, obwohl er seine Miete nicht bezahlt habe. Die Zahlung des Kohäsionsbeitrags bestärke die Verlässlichkeit der Schweiz und lege die Basis für die Fortführung des bilateralen Wegs, argumentierte Andrea Gmür-Schönenberger (mitte, LU).
Bundesrat Ignazio Cassis wiederholte, dass die Zahlung keineswegs eine Garantie für die Assoziierung an Horizon Europe bedeute, obwohl die EU diese politisch sachfremden Themen miteinander verknüpft habe. Der Bundesrat sei aber bestrebt, die «Negativspirale der Konditionalitäten» zu durchbrechen und mit dem Beitrag einen ersten Schritt zu machen. Daher lehnte Cassis auch die Verknüpfung der Freigabe mit der Finanzierungsbotschaft zu Erasmus plus ab. Eine Minderheit Sommaruga (sp, GE) hatte vorgeschlagen, den Rahmenkredit nicht umzusetzen, bis der Bundesrat dem Parlament die Finanzierungsbotschaft der Teilnahme an Erasmus plus vorgelegt habe. Diesen Minderheitenantrag zog Sommaruga kurz darauf zurück, da der Nationalrat gleichentags eine Motion der APK-NR (Mo. 21.3975) angenommen hatte, welche seinem Anliegen entsprach. Aussenminister Cassis erinnerte die kleine Kammer auch daran, dass das Bundesgesetz über die Zusammenarbeit mit den Staaten Osteuropas 2024 auslaufe und Verpflichtungen nur bis dann eingegangen werden könnten. Er plädierte daher für einen möglichst baldigen Entscheid, denn anhand der Erfahrungen mit dem ersten Kohäsionsbeitrag liesse sich festhalten, dass zwischen dem Parlamentsentscheid und der Projektumsetzung rund drei Jahre vergingen. Schliesslich stimmte der Ständerat der Freigabe mit 30 zu 9 Stimmen, gegen den Willen der SVP und einiger Mitglieder der Mitte, deutlich zu.