Der Bundesrat schickte einen Vorentwurf für ein Bundesgesetz über die Förderung der Hochschulen und die Koordination im schweizerischen Hochschulbereich in die Vernehmlassung. Das Gesetz legt fest, dass die gemeinsame und einheitliche Steuerung durch Bund und Kantone neu den gesamten Hochschulbereich umfasst. Bund und Kantone verpflichten sich zur Durchführung einer strategischen Planung auf gesamtschweizerischer Ebene und zur optimalen Aufgabenteilung.

Der Vorentwurf für das Bundesgesetz über die Förderung der Hochschulen und Koordination im schweizerischen Hochschulbereich (HFGK) stiess in der Vernehmlassung teilweise auf Widerstand. Die SVP und die Grünen forderten die Rückweisung der Vorlage und auch die übrigen Vernehmlassungsteilnehmer äusserten sich kritisch zu zentralen Punkten des Gesetzesentwurfs. Abgelehnt wurde insbesondere die institutionelle Aufwertung der Fachhochschulen. Die SP bemängelte, dass dadurch der enge Bezug zur Berufsbildung verloren ginge, was eine Akademisierung der Fachhochschulen zur Folge hätte, während der Gewerkschaftsbund vor allem eine Entmündigung der Parlamente von Bund und Kantonen befürchtete. Grundsätzliche Einwände gegen den Entwurf erhob auch der Gewerbeverband. Er machte geltend, die Wettbewerbsverzerrung zwischen den Fachhochschulen und der höheren Berufsbildung, deren Absolvierung für die Studierenden wesentlich teurer sei, drohe diesen zweiten Weg zu zerstören. Die Direktorenkonferenz der Berufsfachschulen forderte einen Ausgleich der öffentlichen Finanzleistungen zugunsten der höheren Berufsbildung. Mit dem neuen Konzept prinzipiell zufrieden war die CVP.

Im Mai präsentierte der Bundesrat den Entwurf des Bundesgesetzes über die Förderung der Hochschulen und Koordination im schweizerischen Hochschulbereich (HFGK). Mit dem neuen Erlass soll eine gemeinsame Struktur zur Koordination von Eidgenössisch Technischen Hochschulen, Universitäten und Fachhochschulen geschaffen werden. Die Autonomie der Hochschulen bleibt gewahrt, die Vorschriften über die Anerkennung und Qualitätskontrolle werden aber verschärft. Alle Institutionen die die Bezeichnung Universität, Fachhochschule oder pädagogische Hochschule tragen wollen, müssen sich bei einem unabhängigen Organ akkreditieren lassen und dazu über ein Qualitätssicherungssystem verfügen. Bei der Verteilung der Subventionen sollen Kriterien wie die Anzahl der Studienabschlüsse oder die Studiendauer eine stärkere Rolle spielen. Als oberstes hochschulpolitisches Organ fungiert die Schweizerische Hochschulkonferenz, die sich aus einem Mitglied des Bundesrats und je einem Mitglied aller Kantonsregierungen zusammensetzt.

In der Herbstsession setzte sich der Ständerat in einer fünfstündigen Debatte mit dem Entwurf des Bundesgesetzes über die Förderung der Hochschulen und die Koordination im schweizerischen Hochschulbereich auseinander. Der neue Erlass soll Eidgenössisch Technische Hochschulen, Universitäten und Fachhochschulen einem gemeinsamen Regelungssystem von Bund und Kantonen unterstellen. Mit Rücksichtnahme auf die Autonomie der Kantone schlug die Kommission vor, den Begriff „Planung“ durch „Koordination“ zu ersetzen und klarzustellen, dass die Aufgabenteilung in besonders kostenintensiven Bereichen nur in wenigen besonders wichtigen Fällen verordnet werden soll. Diese Änderungen wurden vom Plenum gutgeheissen. Felix Gutzwiller (fdp, ZH) beantragte im Namen einer Kommissionsminderheit den Verzicht auf die Hochschulkonferenz, in der gemäss Entwurf neben dem Bund alle Kantone vertreten sind. Ihre Aufgaben sollten dem kleineren und flexibleren Hochschulrat übertragen werden, in dem neben dem Bund nur die 14 Trägerkantone mitbestimmen dürfen. Dem wurde entgegengehalten, die Verfassung spreche von allen Kantonen und über die Konkordate zahlten auch alle mit. Innenminister Burkhalter befürchtete, dass ein Verzicht auf die Plenarversammlung dazu führen könnte, dass die Kantone ein eigenes Gremium ohne Beteiligung des Bundes schaffen würden. Mit 29 zu 7 Stimmen folgte die Kleine Kammer dem Bundesrat und der Kommissionsmehrheit. Ebenfalls festhalten wollte der Rat an einem Artikel, der den Fachhochschulen vorschreibt, dass ihre Studien praxisorientiert und der Bachelor-Abschluss in der Regel berufsqualifizierend sein müsse. Eine Kommissionsminderheit machte vergeblich geltend, diese Vorschriften hätten eine Einschränkung der Autonomie und damit eine Ungleichbehandlung gegenüber den Universitäten zur Folge. Mit 30 zu 7 Stimmen hat die kleine Kammer die Liste der Kriterien für die Mittelzuteilung um die „Qualität der Ausbildung“ ergänzt. Die Argumente der Gegner dieses Antrags, die einwendeten, dass der Qualitätsindikator anders als die übrigen Grössen nicht klar messbar sei, blieben erfolglos. In der Gesamtabstimmung wurde die Vorlage mit 26 Ja-Stimmen und 6 Enthaltungen verabschiedet, das Geschäft ging an den Nationalrat.

In der Sommersession begann der Nationalrat als Zweitrat mit der Beratung des Bundesgesetzes über die Förderung der Hochschulen und die Koordination im Schweizerischen Hochschulbereich (HFKG). Nach dem Willen des Bundesrats soll das neue, auf Art. 63a BV abgestützte Gesetz einheitliche Rahmenbedingungen schaffen, die Bund und Kantonen die Entwicklung eines gemeinsamen, wettbewerbsfähigen Hochschulraums (gebildet durch die kantonalen Universitäten, die eidgenössischen Technischen Hochschulen, die Fachhochschulen und die Pädagogischen Hochschulen) ermöglichen. Es soll das bestehende Universitätsförderungsgesetz und das Fachhochschulgesetz ersetzen (nicht aber das ETH-Gesetz) und mit dem sich in Totalrevision befindlichen Forschungs- und Innovationsförderungsgesetz (FIFG) abgestimmt werden. Dazu soll erstens die Hochschulkonferenz als gemeinsames hochschulpolitisches Organ die gemeinsamen Steuerungsaufgaben von Bund und Kantonen im Hochschulbereich schweizweit koordinieren. Die Hochschulkonferenz tagt in zwei unterschiedlichen Besetzungen, einerseits als eine den Bund und alle Kantone umfassende Plenarversammlung, andererseits als Hochschulrat, in dem neben dem Bund die Trägerkantone von Universitäten, Fachhochschulen und pädagogischen Hochschulen vertreten sind. Zweitens sollen gemeinsame Rahmenbedingungen (vergleichbare Studienordnungen) und ein gemeinsames Akkreditierungssystem (Qualitätssicherung) geschaffen, drittens in kostenintensiven Bereichen eine Aufgabenteilung unter den verschiedenen Hochschulinstitutionen vorgesehen und viertens gemeinsame Grundsätze der Hochschulfinanzierung festgelegt werden. Neben einem Nichteintretensantrag Föhn (svp, SZ) hatte die Grosse Kammer auch über einen Minderheitsantrag des St. Galler SVP-Vertreters Theophil Pfister (darin wurden insbesondere die Vorbehalte des Schweizerischen Gewerbeverbands zum HFKG ins Parlament eingebracht) zu befinden. Letzterer wollte das Geschäft mit der Auflage an den Bundesrat zurückweisen, die Fragen des Wettbewerbs, der Autonomie (Verhältnis subsidiäre Bundeskompetenz – kantonale bzw. universitäre Autonomie) und des Bedarfs eingehender zu prüfen. Nach einer animierten Eintretensdebatte wurden – zweimal gegen den beinahe geschlossenen Widerstand der SVP-Fraktion – der Nichteintretensantrag Föhn mit 110 zu 51, der Rückweisungsantrag Pfister mit 95 zu 57 Stimmen abgelehnt.

Der vom Ständerat gestützte Bundesratsentwurf strebte die Verankerung der grundlagenorientierten Universitäten und praxisorientierten Fachhochschulen als gleichwertige, sich in ihren Aufgaben ergänzende Institutionen der tertiären Bildung an. Minderheitsanträge aus dem bürgerlichen Lager des Nationalrats hingegen zielten auf die Betonung des Wettbewerbselements unter den Hochschulen und auf eine Schwächung der vom Bundesrat anvisierten und den übrigen Parteien gestützten strategischen Gesamtverantwortung des Bundes für einen international wettbewerbsfähigen Hochschulraum. Unter anderem mit dem Stichentscheid des Ratspräsidenten sprach sich das Grosse Ratsplenum für die Abschwächung der vorgesehenen Bundesregulierung aus. In der Differenzbereinigung hielt der Ständerat aber an seiner Version der Zweckbestimmung für das HFKG fest. Mit einer aktiveren Rolle des Bundes in der Hochschulkoordination und seinem allgemeiner gehaltenen Finanzierungsgrundsatz befände sich die Version der Kleinen Kammer näher am Verfassungsartikel, wurde betont. Diese beharrte auch auf ihrer weit vorsichtigeren Annäherung an das Wettbewerbsprinzip und verteidigte hier den Grundsatz der Profilbildung. Auch in diesem Punkt schloss sich der Nationalrat schliesslich dem Ständerat an.

Das durchberatende HFKG passierte die Schlussabstimmung im Ständerat mit 41 Zustimmungen bei drei Enthaltungen. Im Nationalrat wurde das Gesetz gegen den geschlossenen Widerstand der SVP-Fraktion, welche die Vorlage als wettbewerbs- und innovationsfeindlich taxierte und die Autonomieeinbussen der Hochschulen beklagte, angenommen. Aufgrund der hohen Komplexität des Gesetzes gaben Economiesuisse und der Schweizerische Gewerbeverband (SGV) bekannt, das Referendum nicht zu ergreifen, ein solches aber gegebenenfalls zu unterstützen. Die Inkraftsetzung des HFKG ist für 2014 geplant. Zuvor müssen die Kantone die Zusammenarbeitsgrundlage mit dem Bund in Form eines Konkordats schaffen und verabschieden.

Analog zum Ständerat stellte der Nationalrat die Koordination des Hochschulwesens unter gleichberechtigen Partnern (Bund und Kantone) und nicht dessen Planung in den Mittelpunkt des HFKG. Damit suchte auch der Zweitrat den Ausgleich zwischen der insbesondere von rechtsbürgerlichen Kreisen befürchteten Zentralisierung des Hochschulwesens und der vom Bundesrat angestrebten gesamtschweizerischen Strategie. Hatte der Ständerat dem Bund in den Zweckbestimmungen noch einen aktiven Part in der Koordination des Hochschulwesens zugewiesen, schwächte der Nationalrat den Passus ab. So sollte der Bund in Zusammenarbeit mit den Kantonen nur noch geeignete Rahmenbedingungen für den Wettbewerb unter den Hochschulen schaffen. Allfällige Investitionsbeiträge des Bundes an die Hochschulen wurden auf besonders kostenintensive Bereiche beschränkt (siehe unten). In der Differenzbereinigung hielt der Ständerat an seiner Version der Zweckbestimmungen fest. Mit einer aktiveren Rolle des Bundes in der Hochschulkoordination und seinem allgemeiner gehaltenen Finanzierungsgrundsatz befände sich die Version der Kleinen Kammer näher am Verfassungsartikel, wurde betont. Er beharrte auch auf seiner weit vorsichtigeren Annäherung an das Wettbewerbsprinzip und verteidigte hier den Grundsatz der Profilbildung. In seiner Differenzberatung schwenkte der Nationalrat schliesslich auf die Linie der Kleinen Kammer um.