En début d’année, les zurichois ont accepté par 55,5% une contribution cantonale de CHF 300 millions au capital de la nouvelle compagnie aérienne. Ils ont aussi approuvé par 67,6% une garantie de CHF 100 millions pour l’aéroport de Kloten. L’aval du souverain zurichois a permis la mise en place de la variante 26/26 (26 court et moyen-courriers et 26 long-courriers). Argovie, Bâle-Campagne, Bâle-Ville, Glaris, Grisons, Neuchâtel, Obwald, Schwyz, St-Gall, Tessin, Valais, et Uri ont également souscrit au capital-actions de la future compagnie. Par contre, Berne, Fribourg, Jura, Lucerne, Schaffhouse, Soleure, Nidwald, Vaud, Zoug ainsi que les villes de Zurich et de Kloten ont refusé d’y participer. Les actionnaires ont prolongé jusqu’au 30 avril 2003 le délai pour le capital autorisé. Divers cantons et communes qui s’étaient déclarés prêts à participer en décembre 2001 n’ont pas encore pu y souscrire, le feu vert du peuple leur faisant notamment encore défaut. Après des mois de spéculations et l’attribution des concessions court, moyen et long-courrier par le DETEC, le nom et la raison sociale de la nouvelle compagnie aérienne ont été dévoilés officiellement en février. Les avions ont volé dès le 31 mars sous le nom de "Swiss" et déclinaient le nom du pays dans les quatre langues nationales : Schweiz, Suisse, Svizzera et Svizra. D’un point de vue légal, la nouvelle société s’appelait Swiss Air Lines Ltd et son siège était à Bâle. Lors de leur assemblée, les actionnaires ont validé ces deux noms. S’estimant floué, SAirGroup a saisit la justice zurichoise pour interdire à Crossair d’utiliser le logo Swiss et l’appellation Swiss Air Lines Ltd. Le Tribunal de commerce de Zurich a refusé d’entrer en matière sur la plainte contre l’utilisation de la marque "Swiss". Il considérait qu’il n’y avait pas de danger de préjudice irréparable pour SAirGroup et que le danger de confusion entre Swiss et Swissair était inexistant, les marques étant nettement distinctes. SairGroup n’a pas recouru. A la fin mars, la cellule d’intervention – task force "pont aérien", créée le 5 octobre 2001 pour assurer l’exploitation du réseau Swissair durant l’horaire d’hiver et faciliter la mise sur pied de la nouvelle compagnie –, a été démantelée. Les actionnaires principaux de Swiss ont prolongé à fin août 2004 la clause de non-vente des actions souscrites à l’occasion de l’augmentation de capital. Celle-ci s’élevait à CHF 2,561 milliards. La décision a été prise par 33 actionnaires, institutionnels et privés, détenant plus de 90% des titres existants. (La Confédération possédait 20,5% des actions, le canton de Zurich 10,2%, les autres cantons 12,1%, l’UBS 10,5%, le Credit Suisse Group 10% et le milliardaire Walter Haefner, fondateur et propriétaire de l’importateur automobile AMAG 6,8%. L’économie privée contrôlait environ deux tiers du capital-actions.)

A l’entrée en vigueur de l’horaire d’été 2002, Swiss desservait 123 destinations dans 60 pays au moyen de 128 avions. En Europe, 86 destinations étaient proposées dans 34 pays et le réseau intercontinental couvrait 37 destinations dans 26 pays. Comparée au réseau d’été offert en 2001 par Swissair et Crossair, l’offre a été réduite de 30%. La compagnie employait 8'900 personnes à plein temps dans 73 pays. La mauvaise conjoncture et sa surcapacité ont toutefois obligé Swiss à régir et à tailler dans le vif pour sa survie. Sur les neufs premiers mois, la compagnie avait enregistré une perte nette de CHF 582 millions pour un chiffre d’affaires de CHF 3,134 milliards. Des mesures ont ainsi été prises avec l’abandon de neuf destinations et le gel sur l’embauche. La compagnie a décidé d’en inscrire de supplémentaires dans un programme d’économies visant à réduire les coûts de CHF 400 millions.

Au niveau du personnel, la direction de Swiss a réussi à s’accorder avec les cinq syndicats sur les conditions de travail du personnel au sol. La nouvelle convention collective de travail (CCT) touchait 2'300 employés ; elle est entré en vigueur à posteriori le 1er avril pour une période de trois ans. Les partenaires sociaux se sont aussi mis d’accord sur le la CCT pour le personnel de cabine. Lors de sa mise en consultation, le personnel de cabine ne l’a pas ratifié, principalement à cause de griefs financiers. Après plusieurs mois de négociations, Swiss et le syndicat Kapers se sont entendus sur une nouvelle CCT. Celle-ci prévoyait l’introduction d’un treizième salaire, un pourcentage plus élevé sur les ventes effectuées à bord, un défraiement supplémentaire pour les vols long-courriers et une compensation pour les heures supplémentaires. Les employés de bord ont cette fois plébiscité la CCT. Les membres du personnel de cabine affiliés au syndicat Unia ont de leur côté accepté la CCT pour les contrats à temps partiel, allant jusqu’à 50%.

La question du statut des pilotes n’a pas pu être définitivement réglée. L’année a commencé pour Swiss sous les plus mauvaises auspices, car l’Association du personnel de cockpit de Crossair (CCP) refusait de reconnaître le syndicat des pilotes de Swissair (Aeropers). Celui-ci craignait un traitement différenciés entre les pilotes de Crossair et Swissair, notamment sur le plan salarial. Menacé par une plainte d’Aeropers, il a toutefois décidé d’abandonner son droit exclusif de négociation sur la future CCT. Trois mois plus tard, CCP quittait prématurément la table de négociation suite à l’accord entre Swiss et Aeropers sur la CCT. Les doléances du personnel de cockpit de Crossair portaient sur l’organigramme, la future grille à l’ancienneté et les salaires. Le Tribunal arbitral de Bâle a jugé discriminatoire la CCT conclue entre Aeropers et Swiss. La cour a mis en évidence des inégalités en matière salariale, de vacances et de bonus en se basant sur le traitement accordé aux pilotes de l’ex-Swissair. Le syndicat des pilotes de l’ex-Crossair – rebaptisé entre-temps Swiss Pilots – a exigé une égalité de traitement de ses 1'050 pilotes avec les 830 de l’ex-Swissair. Il a refusé les CHF 16 millions proposés par Swiss pour réduire les inégalités dans les salaires et les vacances et ne s’est pas rendu aux négociations. Malgré l’absence de Swiss Pilots, la direction de Swiss a présenté deux scénarios pour harmoniser les conditions salariales. Swiss Pilots a refusé d’entrer en matière sur les deux scénarios proposés et mettait en avant le sien : il proposait de geler les salaires des pilotes de l’ex-Swissair sur le réseau européen aussi longtemps que nécessaire pour que les pilotes Crossair rattrapent le retard, à coups de 4% par année environ. Comme les négociations étaient à nouveau interrompues, Swiss Pilots choisissait de consulter sa base avant de retourner à la table des pourparlers. 80% des anciens pilotes confirmaient leur mandat de négociation au syndicat. Entre-temps, la direction de Swiss a adressé à Swiss Pilots un ultimatum lui donnant jusqu’au 15 septembre pour adhérer à la nouvelle CCT. En réponse, Swiss Pilots a déposé une nouvelle plainte devant le tribunal de Bâle. Celle-ci portait sur les salaires et les critères qui déterminaient quels seraient les premiers pilotes à être licenciés dans le cas d’un redimensionnement de Swiss. Les pilotes de l’ex-Crossair se sentaient désavantagés par rapport aux pilotes de l’ancienne Swissair à cause d’un principe d’ancienneté introduit dans la CCT. Contestant l’inégalité de traitement et estimant qu’offrir plus déséquilibrerait ses finances, Swiss, pour sa part, a également saisi le Tribunal arbitral de Bâle lui demandant de trancher sur la base d’une nouvelle procédure.

Conformément à la décision du Tribunal arbitral de Bâle l’année précédente, la direction de Swiss a accordé aux pilotes de l’ex-Crossair le même nombre de jours de vacances et les mêmes bonus qu'aux ex-Swissair. Par ailleurs, la centaine de pilotes de MD 83 a obtenu un salaire identique à celui des pilotes ex-Swissair de Airbus A320 en vertu du droit à un salaire égal pour travail égal. Devant à nouveau se prononcer sur la querelle entre le syndicat Swiss Pilots et Swiss, le Tribunal arbitral de Bâle a donné une seconde fois raison au syndicat des pilotes de l’ex-Crossair. La compagnie aérienne s’est vue obligée de respecter une règle de proportionnalité dans les licenciements des pilotes. La Cour a estimé que toute réduction d’effectifs dans le corps des pilotes devait toucher les membres de l’ex-Crossair et de l’ex-Swissair dans une proportion de 4 moyen et long-courriers pour 5 court-courriers, quels que soient le type d’appareils concernés et les besoins de l’entreprise. (Les 1'050 pilotes provenant de l’ex-Crossair et les 850 de l’ex-Swissair ont donné la clé au calcul de la proportionnalité.) La règle était valable avec effet rétroactif pour les 169 licenciements prononcés en début d’année et pour toute nouvelle mesure jusqu’à l’expiration du contrat collectif de travail fin octobre 2005. Considérant ces 169 licenciements comme abusifs et discriminatoires, le juge a enjoint Swiss à réintégrer les pilotes, s’il ne trouvait pas d’autre accord avec eux. L’autre requête de Swiss Pilots, demandant que les pilotes de l’ex-Swissair soient les premiers touchés en cas de licenciements, a été rejetée par le tribunal.

Le jugement du Tribunal arbitral n’a toutefois pas été appliqué, car le syndicat, après négociations avec Swiss, a renoncé à demander son application et l’annulation des 169 licenciements de février. Swiss Pilots acceptait ainsi le partage inégal des licenciements entre les deux corps de pilotes et la suppression de 559 postes parmi ses membres. En contrepartie, la compagnie leur a octroyé une indemnité de départ de 16 mois de salaire. Les autres pilotes de l’ex-Crossair ont obtenu d’être en partie protégés contre les licenciements jusqu’à la fin octobre 2005. La concession la plus importante de Swiss a été l’abandon de la constitution juridique de la filiale régionale low cost Swiss Express. Présentée en mai, cette dernière – censée permettre des économies de 20% - était appelée à regrouper tous les vols régionaux en Europe et n’aurait incorporé que des pilotes de l’ex-Crossair. S’estimant relégué à des emplois de seconde zone, Swiss Pilots en avait fait un casus belli. Lors de la votation, la base de Swiss Pilots a accepté à 74% l’accord signé par sa direction avec Swiss. La mauvaise situation financière et la volonté de Swiss de rejoindre une des grandes alliances aériennes ont pesé lourd dans l’armistice signée par le syndicat Swiss Pilots.

Afin de réduire les coûts salariaux, Swiss a résilié la convention collective de travail (CCT) pour le personnel au sol. Les négociations n’ont pas abouti, principalement à cause de l’intransigeance de la compagnie aérienne. La seule concession obtenue a été une prolongation de trois mois du plan social jusqu’à la fin mars 2005. Toujours dans un souci d’économies, la CCT pour le personnel de cabine a aussi été dénoncée en fin d’année.

Im September legten die Regionalpiloten (übernommen von der früheren Crossair) während eines Tages die Arbeit nieder. Vom Streik betroffen waren 8'900 Passagiere in Zürich, Genf und Basel. Die Piloten verlangten die gleichen Arbeitsbedingungen wie die Europa-Piloten der einstigen Swissair. Die überraschte Swiss musste 128 Flüge streichen, sechs weitere fielen am folgenden Tag aus. Die Swiss drohte, die Gewerkschaft Swiss Pilotes auf Schadenersatz zu verklagen und den Piloten im Wiederholungsfall zu kündigen. Dem Streik vorangegangen waren gescheiterte Verhandlungen zwischen Swiss Pilotes und der Swiss um einen neuen Gesamtarbeitsvertrag (GAV). Als bekannt wurde, dass zwei Gewerkschaftsfunktionäre die Abstimmung zum GAV-Entwurf dahingehend manipuliert hatten, dass eine Zustimmung der Gewerkschaft resultierte, weigerte sich die Fluggesellschaft zunächst, Swiss Pilotes weiterhin als Sozialpartner zu anerkennen und setzte einseitig die für die Piloten ungünstigeren Einzelarbeitsverträge in Kraft. Ende Jahr zeichnete sich eine Einigung über die Rahmenbedingungen eines neuen GAV ab.

Fin décembre 2006, les pilotes de Swiss European, compagnie régionale de Swiss (ex-Crossair), ont une nouvelle fois refusé d’entrer en matière sur le projet de convention collective de travail (CCT) proposé par la direction pour la période 2007-2010. Les pilotes ont exprimé leur volonté que leur syndicat, Swiss Pilots, rejoigne la table des négociations en vue de satisfaire leur principale revendication préalable: l’égalité salariale pour tous les pilotes de Swiss et Swiss European volant sur le continent européen. Finalement, les deux parties sont parvenues à un accord en avril, l’employeur ayant concédé des alignements avec la CCT des pilotes de Swiss. La nouvelle CCT des pilotes régionaux est ainsi entrée en vigueur le 1er juillet.

Nach dem Bekanntwerden des guten Betriebsergebnisses der Swiss drohte die Pilotengewerkschaft Aeropers, unzufrieden mit dem Verlauf der Verhandlungen für einen neuen Gesamtarbeitsvertrag (GAV), mit dem Verhandlungsabbruch. Die Gewerkschaft erwog mit Hinweis auf die besseren Anstellungsbedingungen für Piloten bei Lufthansa und British Airways einen Streik. Die Unternehmensleitung der Swiss liess gleichzeitig verlauten, dass die Verhandlungen aus ihrer Perspektive nicht gescheitert wären. Anfang Juli einigten sich die Sozialpartner dann in letzter Minute auf bessere Arbeitsbedingungen, planbarere Erholungszeiten und branchengerechtere Saläre, was bei der Swiss zu einer Erhöhung des Personalaufwands zugunsten der Aeropers-Piloten um rund 20% führte.