Im September diskutierte der Nationalrat über die Änderung des Bundesgesetzes über den Wald. Ähnlich wie im Ständerat, war die Meinung, dass das alte Gesetz über den Wald gut funktioniert habe aber nun reformiert werden müsse, weit verbreitet.
Erster Diskussionspunkt war die vom Ständerat angenommene Änderung bezüglich der Sonderbewilligung von Rodungen für den Bau von Erzeugungsanlagen von erneuerbaren Energien sowie Energietransport und -verteilanlagen. Die Mehrheit der Kommission forderte, den ständerätlichen Artikel durch einen Artikel zu ersetzten, der weniger konkret formuliert war. Danach wäre die Standortgebundenheit für Werke dann gegeben, wenn im Rahmen der Sachplanung des Bundes oder der kantonalen Richtplanung ein bestimmtes Gebiet für dieses Werk festgelegt wurde. So würde also der Erhalt einer Sonderbewilligung für Rodungen allgemein für „Werke“, die vom Kanton oder dem Bund im Wald geplant werden, erleichtert. Eine Minderheit der Kommission schlug vor, dem Vorschlag des Ständerates zu folgen. Ihr Hauptkritikpunkt war, dass die neue Formulierung der Mehrheit der Nationalratskommission sehr weit gefasst war und nicht klar sei, welche Konsequenzen sie mit sich bringen würde. So wäre zum Beispiel nicht klar abgegrenzt, welche Gebäude und Anlagen unter den Artikel fielen, da der gewählte Begriff der „Werke“ viel Raum für Interpretation offenlässt. Die Mehrheit des Nationalrats beschloss dann auch, der eindeutigeren Formulierung des Ständerates zu folgen und den Antrag der Minderheit ihrer Kommission anzunehmen.
Zu einer längeren Debatte führte auch der vom Ständerat gutgeheissene Vorschlag des Bundesrates, das Waldgesetz mit einer neuen Bestimmung über die Arbeitssicherheit von Waldarbeitern zu ergänzen. Nach ihm sollen Personen, die für Dritte im Wald Holzarbeiten erledigen, nachweisen müssen, dass sie eine entsprechende offizielle Ausbildung besucht haben. Als Hauptgrund wurde erläutert, dass die Suva in einer neueren Studie zum Ergebnis gekommen war, dass der Beruf des Waldarbeiters der mit Abstand gefährlichste Beruf in der Schweiz ist. Mehr als doppelt so viele Menschen starben bei einem tödlichen Arbeitsunfall bei Waldarbeiten als bei den zweitplatzierten Risikoberufen. Der Artikel wurde dennoch von einer Mehrheit der Kommission bekämpft. Es wurde nicht bestritten, dass die Arbeitssicherheit im Wald von grosser Bedeutung und erstrebenswert sei, doch wurde die Effektivität des Mittels hinterfragt. Oft seien es in der Landwirtschaft tätige Personen, welche die Holzarbeit im Wald erledigen, und da diese meistens für den eigenen Betrieb und nicht als Auftragnehmer bzw. Auftragnehmerinnen arbeiteten, wäre der Artikel für sie nicht bindend. Auch würden weitere Regulierungen mehr Bürokratie mit sich bringen und Waldarbeiten teurer machen. Die Streichung der Bestimmung wurde von den Fraktionen der SVP, FDP sowie CVP/EVP unterstützt und bei der Abstimmung von einer Mehrheit des Nationalrats angenommen, was zur ersten Differenz zum Ständerat führte.
Weiter entschied der Nationalrat im Abschnitt zur Holzförderung anders als der Ständerat. Im Unterschied zur kleinen Kammer hielt der Nationalrat in seinem Entwurf fest, dass nicht nur der Grundstoff Holz generell gefördert werden solle, sondern dass explizit Schweizer Holz begünstigt werden soll. Ein vom Nationalrat hinzugefügter Artikel hielt zudem fest, dass auch beim Bau von öffentlichen und öffentlich subventionierten Bauten die Verwendung von Schweizer Holz gefördert werden soll. Dass Bundesrätin Leuthard in der Diskussion mehrmals darauf hinwies, dass die explizite Förderung von Schweizer Holz das Diskriminierungsverbot des WTO-Rechts verletze, überzeugte nur eine Minderheit der Ratsmitglieder.
Die letzte grosse Differenz zum Ständerat bestand darin, dass der Nationalrat festhielt, dass der Bund für den Bau und die Wiederinstandsetzung von Erschliessungsanlagen (Strassen) Finanzhilfen gewähren kann, wenn diese für die Bewirtschaftung des Waldes förderlich sind. Bundesrätin Leuthard versuchte sich erfolglos gegen einen solchen Artikel zur Wehr zu setzen, da in den NFA-Vereinbarung festgehalten wurde, dass für die Erschliessung des Waldes ausserhalb des Schutzwaldes die Kantone zuständig seien. 100 aus allen Parteien stammende Nationalratsmitglieder stimmten für die Annahme des Passus, 71 dagegen und 4 Mitglieder enthielten sich.
In der Schlussabstimmung wurde der Entwurf einstimmig angenommen.