Les négociations ont donc débouché sur sept accords. Le premier concerne la recherche. Il pose que la Confédération peut ainsi participer, comme les membres de l’EEE, au quatrième programme-cadre de recherche (PCR) de l’UE, ainsi qu’au cinquième qui a débuté à la fin de cette année. Réciproquement, les instituts de recherche de Suisse sont également ouverts aux scientifiques européens qui pourront participer à leurs programmes. Des experts et représentants suisses sont de plus autorisés à suivre en tant qu’observateurs les travaux de tous les comités s’occupant du PCR.
Le deuxième accord est celui de la libre circulation des personnes. Dans ce cas, il a été choisi de procéder par étapes. Pendant une première phase de cinq ans, les conditions de séjour et de travail des citoyens de l’UE en Suisse seront améliorés. Après deux ans, la priorité donnée aux travailleurs domiciliés sur territoire helvétique ainsi que les contrôles discriminatoires des contrats de travail seront abandonnés et, simultanément, les citoyens suisses bénéficieront d’une totale liberté de circulation dans l’UE. La Suisse maintient lors de cette première phase son système de contingents, sans exception pour les ressortissants de l’UE. Dans la deuxième phase, la Suisse autorisera à l’essai la libre circulation des citoyens européens. En cas d’afflux massif, elle pourra toutefois réintroduire son système de contingents. Au bout de douze ans, la libre circulation deviendrait effective et définitive. Seule une dénonciation de l’accord ou l’appel à une clause de sauvegarde générale pourrait être effectué en cas de graves problèmes. Cet accord est conclu pour une période initiale de sept ans et sera ensuite prorogé pour une période indéterminée. Il comporte également des dispositions sur la reconnaissance mutuelle des diplômes et certificats de capacité professionnelle, sur la coordination des prestations sociales et l’acquisition de biens immobiliers. Une période de transition de sept ans a été prévue avant que le Suisse soit astreinte à fournir la totalité des prestations de l’assurance-chômage pour les saisonniers et travailleurs de courte durée (moins d’un an).
Le troisième accord porte sur les marchés publics. La principale mesure consiste à ce que la Suisse et l’UE s’octroient réciproquement, également au niveau des communes, les règles de libéralisation de l’OMC. Les deux parties s’engagent à faire tous les efforts pour que les soumissionnaires non indigènes ne soient pas traités de manière discriminatoire.
Dans le quatrième accord concernant les obstacles techniques au commerce, il s’agit avant tout de simplifier le commerce des produits industriels entre les deux entités. La reconnaissance mutuelle des évaluations de la conformité (examens, certifications, inspections) devra permettre d’éliminer tous les contrôles à double, ce qui profitera notamment aux domaines phares de l’industrie d’exportation suisse.
Le cinquième accord traite des produits agricoles et vise à faciliter les échanges de certains biens de consommation comme les produits laitiers, la viande, les fruits et légumes, les produits horticoles. Pour ce faire, il a été prévu une suppression ou une réduction des droits de douane. Des améliorations sont également apportées dans des secteurs non tarifaires tels que les contrôles vétérinaires. En outre, des dispositions sur la protection réciproque des appellations de vins et spiritueux ont été ajoutées.
Les deux derniers accords sont relatifs aux transports terrestres et aériens. Ils établissent les bases d’une coordination de la politique en la matière entre la Suisse et l’UE. L’élément principal pour la partie terrestre concerne le rehaussement progressif de la limite pour les poids lourds à 40 tonnes d’ici à 2005, moyennant une augmentation de la taxe de passage à 297 francs suisses (180 ECU) sur le parcours Bâle – Chiasso. La taxe augmentera dès la mise en service du premier tunnel des NLFA, mais au plus tard en 2008. Par contre, l’interdiction de circuler de nuit est maintenue, avec toutefois quelques assouplissements dans l’accomplissement des formalités douanières. Dans les airs, l’accord règle l’accès des compagnies aériennes au marché libéralisé des transports aériens. Les compagnies suisses bénéficieront progressivement sur deux ans de quatre nouvelles libertés (par exemple: Zurich-Paris, Paris-Zurich, Zurich-Paris-Madrid et Paris-Madrid). L’égalité totale avec celles de l’UE (soit la possibilité d’effectuer des vols intérieurs dans un autre pays) devra par contre faire l’objet de nouvelles négociations au bout de cinq ans. Selon Kaspar Villiger, le coût des accords bilatéraux se situera entre 500 et 800 millions de francs suisses par année. La majorité de ces frais devrait découler des assurances sociales.