Face au déficit des finances fédérales, les investissements nécessaires à la construction des deux tunnels projetés pose le problème suivant: faut-il choisir l'un des deux ouvrages et abandonner l'autre, ou étaler la construction dans le temps. De fait, une sorte de concurrence est née entre les tunnels qui a vu s'affronter les défenseurs de chacun. Otto Stich a suggéré que le Lötschberg soit délaissé au profit du Gothard, ce qui a provoqué les protestations des gouvernements bernois et valaisan. Les promoteurs du Lötschberg (Berne, Valais et BLS) ont exigé une stricte égalité entre leur axe et celui du Gothard. Adolf Ogi a tout d'abord déclaré que le premier projet prêt serait mis en oeuvre en priorité. Par la suite, il s'est cependant engagé en faveur d'une construction simultanée des deux tunnels. Il a notamment défendu cette position en réponse à une interpellation urgente Bloetzer (pdc, VS) (Ip. 93.3262). Le conflit fut croissant entre le DFF et le DFTCE et leurs chefs respectifs.

En outre, par l'adoption des conventions nécessaires, le Conseil fédéral a officiellement mandaté en septembre les CFF et le BLS pour la construction et le financement des NLFA. Le BLS a cependant tardé à signer, exigeant quelques discussions complémentaires. Le canton de Berne a ainsi déclaré qu'il souhaitait que le gouvernement assure que le BLS ne serait pas tenu d'assumer les déficits possibles, et que ceux-ci seraient pris en charge par la Confédération, ce qui fut fait.

En fin d'année, celui-ci fut encore alimenté par Franz Jaeger (adi, SG), professeur d'économie à St-Gall, qui a considéré, dans un rapport commandé par le DFTCE, que les NLFA pouvaient être financées et seraient rentables. Cela fut immédiatement contesté par le DFF. Selon ce département, le montant final de la facture sera beaucoup plus élevé que prévu. De plus, la demande devrait être inférieure à ce que prévoit le DFTCE. Un échelonnement consisterait pour le DFF à renoncer à certains tronçons, peut-être même au Lötschberg. Adolf Ogi a maintenu sa position en revendiquant une égalité de traitement entre les deux axes; pour lui, outre que cela est conforme à une décision populaire, cela permet de ne pas voir le problème que sous le seul angle financier, mais de prendre en compte les dimensions politique, environnementale et européenne du projet.

Pour tenter d'aplanir ce différend, une rencontre entre les quatre partis gouvernementaux et le Conseil fédéral s'est saisie du problème. Il a été proposé, eu égard aux difficultés financières de la Confédération, de procéder à une réalisation par étape des NLFA. Un tel échelonnement pourrait s'opérer en donnant la priorité à la construction des deux tunnels et en repoussant la réalisation des voies d'accès. Dans le plan financier 1995–1997, le gouvernement a d'ailleurs réduit de 20 pour cent le montant prévu pour les CFF et le BLS.

Le choix de variantes pour le tracé de chacune des NLFA a été source de plusieurs conflits. Pour la ligne du Gothard, les problèmes furent particulièrement débattus dans les cantons d'Uri et de Schwyz. Le gouvernement uranais s'est notamment déclaré opposé aux quatre variantes proposées en consultation. Des groupes écologistes schwytzois ont également manifesté leur mécontentement face aux choix proposés. Au Tessin, le gouvernement cantonal a également rejeté la variante officielle. Selon le DFTCE, les exigences de ces trois cantons (TI, SZ, UR) renchériraient le coût de la NLFA de CHF 1.6 milliards. Concernant le Lötschberg, les cantons du Valais et de Berne sont parvenu à un accord sur une variante. Celle-ci s'étant révélée trop chère, chacun dut faire quelques concessions en rationalisant le tracé afin de respecter l'enveloppe budgétaire.

Le débat sur le choix de ne construire qu'un seul tunnel afin d'épargner les finances fédérales s'est poursuivi en 1994. Certains politiciens alémaniques ont exprimé leur conviction que la construction du seul tunnel du Gothard était suffisante, ce qui a provoqué l'ire d'un certain nombre de Romands et de Bernois. Pour sa part, s'appuyant sur de nouvelles analyses financières concluant que la Suisse ne pourra faire face à des investissements aussi gigantesques, Otto Stich a, à nouveau, affirmé qu'il était nécessaire de ne construire que le Gothard. Ces déclarations ont provoqué de fortes protestations, notamment de la part du Valais et de Berne ainsi que des autres cantons romands, de diverses organisations et de Michel Béguelin (ps, VD), président de la commission des transports du Conseil national. Ceux-ci ont répliqué que, s'il s'agissait de faire des économies, c'est bien plutôt au Gothard qu'il fallait renoncer car son coût est plus élevé que celui du Lötschberg. Ils ont par ailleurs rappelé qu'il fallait respecter la volonté populaire et ne pas frustrer une fois de plus la Suisse occidentale. Les trois partis gouvernementaux bourgeois se sont également ralliés à ces protestations. Le chef du DFTCE a répondu aux propos d' Otto Stich en certifiant que les deux tunnels pouvaient être financés, qu'ils étaient nécessaires pour absorber le trafic européen et indispensables pour la Suisse romande. Le Conseil fédéral a pour sa part assuré que le percement du Lötschberg ne serait pas retardé et que les deux tunnels seraient traités sur un pied d'égalité.
Afin de sortir de ce débat, Max Friedli, directeur de l'OFT, a proposé de séparer la question de la construction des tunnels de celle des voies d'accès qui est la plus conflictuelle. Il s'agirait ainsi de réaliser dans un premier temps les tunnels de manière simultanée et de remettre à plus tard l'étude des voies d'accès et de leurs variantes. Les tunnels pourraient ainsi être achevés en 2005, en tout cas pour le Lötschberg. Les cantons du Valais, de Berne, du Tessin et d'Uri ont répondu favorablement à cette proposition.
Le comité urannais «Neat in den Berg», qui oeuvre en faveur d'une variante passant dans la montagne, a toutefois refusé cette idée et demandé une décision d'ensemble prenant en compte tous les facteurs. Selon lui, une construction par étapes risquerait d'aboutir à un manque de moyens pour la réalisation de voies d'accès compatibles avec l'environnement. De même, les représentants du Kandertal (BE) et des associations actives de la région ont refusé une construction par étapes et ont exigé une réalisation complète avec le tunnel du Niesen.

La controverse concernant la construction d'un ou de deux tunnels ainsi que leur financement s'est poursuivie en 1995. En début d'année, deux événements ont notamment contribué à échauffer les esprits. D'une part, la prise de position du conseiller national zurichois Blocher (udc) en faveur, pour des raisons financières, de la construction du seul tunnel du Gothard n'a pas manqué de susciter de vives réactions tant de la part du conseiller fédéral Ogi que des cantons bernois et romands. Les cantons romands et bernois ont dénoncé - notamment lors d'une manifestation de soutien au Lötschberg qui s'est tenue à Berne et qui a réuni les milieux économiques et politiques des cantons concernés - le fait que cette proposition ne prenne en compte que les intérêts du pôle économique zurichois, négligeant totalement ceux de la Suisse occidentale. Ils ont en outre souligné que, si seules des considérations d'équilibre budgétaire devaient être prises en compte, la construction du Lötschberg s'imposait, son coût étant moins élevé et sa réalisation plus rapide.

D'autre part, la publication d'un rapport commandé à un bureau londonien par le DFTCE a confirmé les craintes de ceux qui, à l'instar du chef des finances Otto Stich, doutaient fortement de la rentabilité des NLFA. L'étude des experts anglais a en effet souligné que la rentabilité des transversales alpines reposait sur certaines conditions, dont la réalisation ne pouvait de loin pas être tenue pour garantie. Plus précisément, l'expertise a mis en évidence le fait que, pour avoir une chance de rembourser les prêts en 2070, il serait indispensable d'augmenter de 15 pour cent les tarifs du transport ferroviaire et d'accroître, dans la même mesure, les coûts du transport routier afin que le rail conserve sa compétitivité. De plus et surtout, ces hausses devraient être valables à l'échelle européenne - ce qui présuppose une politique de coordination en la matière - afin d'éviter que les transporteurs routiers ne préfèrent contourner la Suisse. En conclusion de leur étude, les experts londoniens ont souligné que si ces conditions devaient ne pas être remplies, les intérêts mêmes des emprunts pourraient être difficiles à rembourser, ce qui signifierait un accroissement incontrôlable de la dette. Outre le coût global des NLFA, l'étude londonienne a également analysé la rentabilité des différentes variantes en discussion. Ainsi, elle a estimé que la construction de la seule galerie de base du Gothard, à laquelle s'ajouteraient uniquement dans un second temps les voies d'accès, était la solution la plus économique. Les autres alternatives retenues par l'étude londonienne se classent ainsi (par ordre de coût croissant): la construction simultanée du Gothard et des voies d'accès, la construction du Lötschberg suivie de celle du Gothard, la construction échelonnée inverse des deux axes, la construction simultanée des deux axes.

Au printemps, face à cette polémique croissante, le Conseil fédéral - qui depuis l'été 1994 n'avait pu s'exprimer d'une seule voix - a affirmé sa volonté de réaliser les deux tunnels simultanément, rejetant ainsi l'option d'échelonnement des deux projets défendue par Otto Stich au profit de celle chère à Adolf Ogi. Le gouvernement a justifié sa volonté en faisant référence notamment aux engagements européens de la Suisse, à la nécessité de respecter les choix populaires ainsi qu'aux dangers que la décision de ne construire qu'un seul tunnel ne manquerait pas de faire courir à la cohésion nationale. Sur la question du financement en revanche, le gouvernement a décidé de ne pas soumettre, contrairement à ce qui était prévu, le deuxième crédit d'engagement de CHF huit milliards au parlement, estimant que l'aspect financier devait être repensé. Prenant acte des conclusions de l'expertise londonienne, il a souligné notamment que le financement des deux NLFA ne devait pas se baser principalement sur des emprunts, mais sur des contributions à fonds perdus provenant de différents impôts indirects. Ces taxes permettraient de financer au fur et à mesure la construction des transversales alpines et diminueraient la charge financière que devront assumer les générations futures. Afin de repenser totalement l'aspect financier, le Conseil fédéral a cependant chargé un groupe de travail, composé des plus hauts fonctionnaires du DFF et du DFTCE, d'élaborer des propositions.
Sur la question du financement, il est à noter en outre que le parlement a transmis une motion Danioth (Mo. 95.3050) (pdc, UR) exprimant également la préoccupation que le cumul des intérêts ne rende impossible le remboursement des sommes empruntées pour la construction des NLFA. La motion demande en effet au CF de proposer un nouvel arrêté fédéral concernant le financement des NLFA de manière à permettre que les sommes provenant des droits sur les carburants soient octroyées comme contributions à fonds perdus, et non comme prêts remboursables. Le CN a adopté une motion Schmidhalter (Mo. 95.3058) (pdc, VS) à contenu similaire.

Les membres de ce groupe ont rendu leur rapport à la fin de l'été. Estimant qu'il était indispensable de réduire le coût des NLFA de CHF 18 à 13 milliards (prix 1995) si l'on entendait avoir une chance de les financer, les experts du DFF et du DFTCE ont proposé deux variantes signifiant un redimensionnement conséquent des projets initiaux. Selon les deux scénarios, seuls les tunnels de base seraient en effet construits, du moins dans un premier temps, sans les voies d'accès ni le raccordement de la Suisse orientale. La première variante, estimée à CHF 11.3 milliards, consisterait à construire simultanément les deux tunnels de base, mais en réduisant le Lötschberg à une seule voie. La seconde variante, d'environ CHF 12.4 milliards, reviendrait à construire le seul tunnel de base du Gothard dans une première étape, renvoyant à plus tard la construction du Lötschberg (sur deux voies), qui ne serait opérationnel qu'en 2015. Dans les deux variantes, la ligne du Gothard - à laquelle s'ajouteraient les tunnels du Monte-Ceneri (TI) et du Zimmerberg (ZH) - absorberait la quasi-totalité du trafic de marchandises, ce qui, selon les estimations des experts, serait à la mesure de ses capacités. Le groupe de travail a justifié le sacrifice du Lötschberg en soulignant que la nécessité de cette transversale n'était pas absolue pour le trafic de marchandises. Au sujet du renoncement aux voies d'accès, les membres du groupe de travail ont estimé que les nouvelles technologies ferroviaires (train à caisson inclinable) apportaient des solutions suffisamment efficaces, notamment du point de vue de la rapidité. Enfin, selon les hauts fonctionnaires des deux départements, la Suisse ne manquerait cependant pas à ses engagements européens, puisque le temps de parcours n'augmenterait pas de plus de dix minutes.

Au sujet du financement, le groupe de travail a envisagé un plan d'action spécial qui ne ferait appel à l'emprunt que dans une proportion de 25 pour cent (CHF 500 millions par an) et serait alimenté par les deux tiers du produit de la future redevance poids lourd liée aux prestations (CHF 400 millions par an), par une taxe ferroviaire ponctionnée sur le trafic voyageurs et marchandises (50 millions) ainsi que par une hausse de 10 centimes des droits sur les carburants (600 millions). A ces recettes s'ajouterait, comme prévu dans l'arrêté voté en 1991, une partie du revenu actuel des droits de douanes sur les carburants (450 millions). L'ensemble de ces ponctions ne serait effectué que le temps d'achever les différents projets et servirait également - conformément aux souhaits exprimés par les partis gouvernementaux - à couvrir le financement d'autres infrastructures (Rail 2000, raccordement de la Suisse romande au réseau à grande vitesse, programme antibruit). Pour en accroître l'acceptabilité politique, ces nouvelles taxes alimenteraient en outre le compte routier pour un montant de CHF 300 millions annuels.

Le Conseil fédéral a mis en consultation les propositions de ce rapport, réaffirmant toutefois sa préférence pour la construction simultanée des deux tunnels. Il a en outre ajouté que les trois nouvelles mesures de financement proposées - à savoir la hausse de 10 centimes sur les carburants, la taxe ferroviaire et le prélèvement des 2/3 du produit de la taxe poids lourd - seraient soumises sous la forme d'un seul article constitutionnel à l'approbation du peuple et des cantons.

Lors de la procédure de consultation, les réactions n'ont de loin pas été positives. Ainsi, les cantons romands et bernois ont accueilli assez froidement les propositions du groupe de travail, rejetant catégoriquement la variante consistant à construire prioritairement le tunnel du Gothard ainsi qu'émettant des doutes sur la sécurité et la rentabilité d'un tunnel du Lötschberg sur une seule voie. Les cantons de Suisse orientale ont quant à eux rejeté la proposition de renoncer au raccordement avec leur région. Enfin, ceux de Suisse centrale, de concert avec le Tessin et Zurich, ont exigé que les voies d'accès soient réalisées en même temps que le tunnel de base, même s'il fallait renoncer pour ce faire à toute construction au Lötschberg. Sur la question du financement, les cantons se sont exprimés de manière plus unanime et plus positive, même si certains ont proposé un recours plus massif à l'emprunt ou une hausse de la TVA. Les associations de défense des utilisateurs de la route ont à l'inverse critiqué principalement le mode de financement. Le Touring Club suisse (TCS), l'Association suisse des transports routiers (ASTAG) et la Fédération routière suisse (FRS) ont rejeté la proposition d'augmenter le prix de l'essence, estimant inadmissible que ce soient les utilisateurs de la route qui financent pour près de 70 pour cent les projets ferroviaires. L'ASTAG a réitéré son opposition catégorique au montant de la taxe poids lourd. Selon le lobby routier, une taxe sur la consommation, sous la forme d'une hausse de la TVA ou d' une taxe sur l'énergie fossile, ainsi qu' un recours plus important à l'emprunt seraient préférables. L'Association Transport Environnement (ATE) et le Service d'information des transports publics (LITRA) ont en revanche accueilli favorablement les propositions du Conseil fédéral en matière de financement, envisageant même une hausse du prix de l'essence plus importante. Concernant la question des deux variantes, l'ACS, la FRS et l'ATE se sont exprimés en faveur de la construction en priorité du tunnel de base du Gothard, les autres organisations s'abstenant de prendre position sur ce point.

Les partis gouvernementaux ont accueilli de manière globalement positive les propositions du Conseil fédéral, même si les partis bourgeois ont émis quelques réserves sur le mode de financement. Ainsi le parti radical s'est opposé à la hausse du prix de l'essence, du moins tant qu'un fonds d'investissement pour les transports publics ne serait pas créé à l'instar de celui qui existe pour la route. L'UDC et le PDC ont également exprimé le souhait que la solution du financement spécial soit, dans un second temps, abandonnée en faveur d'un fonds pour les transports publics. De plus, conformément à ce qu'ils avaient déclaré lors de la consultation sur la taxe poids lourd liée aux prestations, les partis bourgeois se sont opposés à la version retenue en la matière par le gouvernement. Au sujet des deux variantes à choix, les partis socialiste et radical ont exprimé leur préférence pour la construction simultanée des deux tunnels. Tiraillée entre ses sections bernoise et zurichoise, l'UDC n'a pas voulu s'exprimer à ce sujet, laissant au Conseil fédéral le soin de trancher. Après avoir exprimé sa préférence pour la réalisation en priorité du tunnel du Gothard, le PDC est, quant à lui, revenu sur sa position devant la profonde émotion, voire les menaces de dissidence, exprimées par la section valaisanne.