Un projet de révision partielle de la LPE, entrée en vigueur en 1985, a été mis en consultation. Selon le gouvernement, l'évolution de la société en général et de certains secteurs en particulier nécessite un certain nombre de modifications. Celles-ci concernent principalement trois éléments, et sont conçues sous forme d'instruments compatibles avec l'économie de marché. En premier lieu, il s'agit de l'amélioration de la capacité de traitement des déchets afin que la Suisse devienne plus autonome en la matière. Le Conseil fédéral prévoit de valoriser au mieux les déchets en réduisant les nuisances que cela peut impliquer, mais également de diminuer la quantité de substances polluantes lors du processus même de production. Il est envisagé de prélever des taxes d'élimination anticipées sur certains produits particulièrement nuisibles (piles, tubes fluorescents, etc.) afin de couvrir les frais de traitement. En second lieu, le gouvernement désire introduire des taxes d'incitation destinées à majorer le prix des produits les plus polluants, afin de décourager leur emploi. Seraient notamment touchés les huiles de chauffage, les engrais, les produits phytosanitaires ou les hydrocarbures organiques volatiles (solvants). Enfin, le Conseil fédéral veut réglementer le domaine des organismes vivants utilisés dans la technologie génétique, ceux-ci pouvant quelquefois endommager l'environnement (maladies des plantes, par exemple). Ce contrôle devrait toutefois se faire de manière à ne pas entraver la recherche. Par ailleurs, il est également prévu de soutenir le développement des technologies environnementales permettant la réduction des atteintes à l'environnement par le moyen de subventions à la recherche scientifique.

La plupart des cantons, ainsi que les socialistes, les écologistes et les organisations de protection de l'environnement et des consommateurs ont approuvé le principe des taxes incitatives. Le PS et le PE désireraient même son extension, notamment sous forme d'écobonus en ce qui concerne les émissions de CO2. Les partis bourgeois, pour leur part, ne remettent pas fondamentalement en cause leur existence, mais en désireraient une application plus restrictive. Par contre, les mesures envisagées en faveur du traitement des déchets semblent avoir rencontré un accueil presque unanimement positif. En ce qui concerne les organismes liés à la technologie génétique, la plupart des partis, à l'exception du PRD, paraît trouver la révision incomplète, voire totalement insuffisante. Les socialistes, les écologistes et les organisations de protection de l'environnement demandent une limitation drastique de ce genre de manipulations, quand ce n'est pas l'élaboration d'une loi particulière pour ce seul domaine, voire une interdiction pure et simple.

Le Conseil fédéral a pris connaissance des résultats de la procédure de consultation sur la révision de la loi sur la protection de l'environnement (qui prévoit notamment l'introduction de nombreuses taxes incitatives) et les a considérés comme globalement positifs. Il a même jugé opportun d'ajouter des dispositions en faveur de la protection des sols, ainsi que la notion de "responsabilité objective aggravée" en cas d'atteinte à l'environnement.

Pour ce qui est des taxes incitatrices, le Conseil national a transmis le postulat Allenspach (prd, ZH), qui demande au gouvernement d'examiner la forme qu'elles devraient prendre pour qu'elles n'influent pas sur l'indice des prix à la consommation.